UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1hke-4.1T28F3.32e-165chrIV 17,286,682C. elegans HKE-4.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5prom-1F26H9.1n/achrI 9,288,599prom-1 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to F54D5.9, that is required during meiotic prophase I for homologous chromosome pairing and rapid meiotic progression; prom-1 mutants exhibit increased germline apoptosis, reduced and variable bivalent formation in meiotic prophase, reduced meiotic recombination, delayed meiotic entry, delayed and asynchronous nuclear reorganization in meiotic prophase, high embryonic lethality (averaging ~90%, but varying from 46-99% even in a null prom-1[ok1140] mutant strain), decreased brood sizes, and an abnormally high frequency of male progeny (22%, probably due to nonsegregating X chromsomes); the apoptotic phenotype of prom-1 is suppressed by spo-11(ok79), and prom-1 mutants show accumulated RAD-51 protein in meiotic nuclei, indicating that prom-1 meiotic defects arises from a failure to resolve meiotic double-stranded DNA breaks.
6C10H11.8C10H11.8n/achrI 4,736,771contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
7C55B7.11C55B7.11n/achrI 6,512,726
8F35G12.5F35G12.5n/achrIII 4,585,670contains similarity to Wigglesworthia glossinidia brevipalpis RpoD protein.; TR:Q8D286
9F33E11.2F33E11.2n/achrV 298,304contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
10F55G1.5F55G1.5n/achrIV 7,475,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
11zim-2T07G12.10n/achrIV 10,556,907zim-2 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1, ZIM-3, and C02F5.12; ZIM-2 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosome V during meiosis; zim-2(tm574) oocytes ending prophase have ~5 bivalents and ~2 univalents, the latter of which are consistently chromosome V; zim-2 oocytes fail to begin chromosome V pairing at the start of meiosis; ZIM-2 associates with the right end of chromosome V, which may indicate an association with its pairing center; while the C-terminal region of ZIM-2 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-2 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-2 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
12F49E8.2F49E8.2n/achrIV 7,549,959contains similarity to Interpro domains IPR011767 (Glutaredoxin active site), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
13C44E4.3C44E4.3n/achrI 4,639,174contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR004838 (Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR000796 (Aspartate/other aminotransferase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
14F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
15bath-5F59H6.11n/achrII 2,031,389C. elegans BATH-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
16F21F3.4F21F3.4n/achrI 4,896,773contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein ENSP00000372122; ENSEMBL:ENSP00000372122
17C16C8.14C16C8.14n/achrII 3,450,118C16C8.14 encodes a Caenorhabditis-specific protein, with a central predicted coiled-coil and a C-terminal ubiqutin-like domain; C16C8.14 inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51; C16C8.14 is paralogous to C16C8.4, C16C8.11, C16C8.12, C16C8.13, C16C8.15, C16C8.16, and F54D10.7.
18W05F2.6W05F2.6n/achrI 3,370,130contains similarity to Interpro domains IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR001620 (Dopamine D3 receptor)
19F54D5.2F54D5.2n/achrII 11,573,977contains similarity to Interpro domain IPR000194 (ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding)
20ZC317.7ZC317.7n/achrV 5,469,825contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
21C38D4.4C38D4.4n/achrIII 4,794,206contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
22ZK418.8ZK418.8n/achrIII 7,084,302contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR009019 (K Homology, prokaryotic type), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
23C50B8.1C50B8.1n/achrV 13,566,397contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
24C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
25klc-1M7.2n/achrIV 11,085,048klc-1 encodes one of two C. elegans kinesin light chains; by homology, KLC-1 is predicted to function, along with kinesin-like heavy chains, as part of a multimeric kinesin complex involved in intracellular transport; consistent with this, KLC-1 has been shown to interact with UNC-116/kinesin, KCA-1/kinesin cargo adaptor, and the ARX-2/Arp2/3 complex component in yeast two-hybrid assays; RNAi experiments indicate that klc-1 activity is required for normal embryonic development.
26dhs-5F56D1.5n/achrII 5,454,878dhs-5 encodes a possible steroid dehydrogenase; DHS-5 generally resembles short chain-type alcohol/other dehydrogenases, but has two predicted N-terminal transmembrane sequences, and its closest relatives in vertebrates are known or putative steroid dehydrogenases such as hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 12 from mouse (also known as KIK-I or DHBK_MOUSE).
27T01C3.9T01C3.9n/achrV 15,005,731contains similarity to Foot-and-mouth disease virus O Polyprotein.; TR:Q80B22
28F56A3.1F56A3.1n/achrI 5,192,666
29cas-2C18E3.6n/achrI 4,191,639C. elegans CAS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01213 (Adenylate cyclase associated (CAP) N terminal) , PF08603 (DE   Adenylate cyclase associated (CAP) C terminal) contains similarity to Interpro domains IPR001837 (Adenylate cyclase-associated CAP), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013992 (Adenylate cyclase-associated CAP, N-terminal), IPR003073 (Orphan nuclear receptor, NURR type), IPR016098 (Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal), IPR006599 (CARP motif), IPR013912 (Adenylate cyclase-associated CAP, C-terminal)
30F52H3.4F52H3.4n/achrII 10,041,733contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Protein gar2.; SW:P41891
31bath-2F52C6.11n/achrII 1,922,182C. elegans BATH-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
32ego-1F26A3.3n/achrI 7,653,372The ego-1 gene encodes a homolog of RNA-directed RNA polymerase that is essential for germ-line development.
33ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
34C45B2.1C45B2.1n/achrX 6,086,305
35cyp-37B1F28G4.1n/achrV 16,279,374C. elegans CYP-37B1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
36K11H3.4K11H3.4n/achrIII 9,835,521contains similarity to Pfam domain PF02213 (GYF domain)
37M01A10.1M01A10.1n/achrI 5,565,037M01A10.1 encodes a protein, belonging to an ancient family of single-stranded nucleic acid-binding proteins, that is predicted to regulate gene expression through binding either mRNA or (locally) single-stranded DNA; it is most likely to specifically bind one or more discrete mRNAs and regulate their spatial localization or alternative splicing.
38glh-2C55B7.1n/achrI 6,515,665glh-2 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains six CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent, RNA helicase; at non-permissive temperatures, GLH-2 plays a role in germ-line development and fertility, specifically in regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-2 activity may also be required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, but not accumulation of P granule mRNA components; GLH-2 interacts in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase; GLH-2 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; GLH-2 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-2 is expressed at barely detectable levels in males.
39R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
40mig-32F11A10.3n/achrIV 12,090,700C. elegans MIG-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
41D2030.7D2030.7n/achrI 7,589,605contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
42Y57G11A.5Y57G11A.5n/achrIV 14,512,160contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
43F08G5.1F08G5.1n/achrIV 12,409,650contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
44F44D12.7F44D12.7n/achrIV 10,035,774contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
45bath-1F59H6.9n/achrII 2,028,219C. elegans BATH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
46F58G1.1F58G1.1n/achrII 12,921,386contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
47T02G5.12T02G5.12n/achrII 7,097,415contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48gei-14K01C8.5n/achrII 8,274,744gei-14 encodes a novel protein that interacts with GEX-3 in yeast two-hybrid assays.
49fbxa-192F57G4.8n/achrV 17,645,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
50R148.4R148.4n/achrIII 3,172,188