UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T28D6.6T28D6.60chrIII 11,334,762contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF02824 (TGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004095 (TGS), IPR006074 (GTP1/OBG, conserved site)
2Y40B1B.8Y40B1B.8n/achrI 13,431,748contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domain IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
3gip-2C45G3.3n/achrI 9,227,490gip-2 encodes a member of the Biotin/lipoate A/B protein ligase family.
4F54D7.2F54D7.2n/achrI 4,807,641contains similarity to Pfam domain PF01066 CDP-alcohol phosphatidyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR014472 (Choline/ethanolaminephosphotransferase), IPR000462 (CDP-alcohol phosphatidyltransferase)
5T24A6.17T24A6.17n/achrV 3,564,846
6npp-11F53F10.5n/achrI 3,819,703C. elegans NPP-11 protein; contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
7rad-26C27B7.4n/achrIV 8,897,727C. elegans RAD-26 protein; contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000330 (SNF2-related), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
8K10B2.4K10B2.4n/achrII 6,360,595contains similarity to Pfam domain PF03669 Uncharacterised protein family (UPF0139) contains similarity to Interpro domain IPR005351 (Protein of unknown function UPF0139)
9C30B5.4C30B5.4n/achrII 6,196,350contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
10npp-2T01G9.4n/achrI 8,292,456npp-2 encodes a protein with low similarity to rat nucleoporin Nup75 that affects embryonic viability and has a variety of other defects in RNAi screens including: nuclear morphology, growth, fertility, locomotion, and egg laying; enriched in oocytes.
11K07C5.3K07C5.3n/achrV 10,344,230contains similarity to Pfam domain PF00645 Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region contains similarity to Interpro domain IPR001510 (Zinc finger, PARP-type)
12F55G1.9F55G1.9n/achrIV 7,476,741contains similarity to Pfam domain PF03807 NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent contains similarity to Interpro domains IPR004455 (NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent), IPR000304 (Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
13dnj-15K08D10.2n/achrIV 4,177,547This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
14F39B2.3F39B2.3n/achrI 14,788,812contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding)
15C23H3.5C23H3.5n/achrII 48,839
16ulp-2Y38A8.3n/achrII 4,957,746C. elegans ULP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
17ddx-23F01F1.7n/achrIII 5,851,012C. elegans DDX-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
18C05D11.10C05D11.10n/achrIII 6,431,356contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
19F19F10.9F19F10.9n/achrV 7,573,793The F19F10.9 gene encodes a homolog of the human SART1 gene, which encodes a protein recognised by IgE that may be involved in atopic disease.
20F56D1.2F56D1.2n/achrII 5,476,416contains similarity to Pfam domain PF08357 SEFIR domain contains similarity to Interpro domain IPR013568 (SEFIR)
21C07D8.6C07D8.6n/achrX 7,342,092contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
22gbh-1D2089.5n/achrII 10,692,053gbh-1 encodes a predicted ortholog of human hBBOX1; expressed in the intestine and in head and body muscles.
23F10G8.6F10G8.6n/achrI 10,047,224F10G8.6 encodes an homolog of S. cerevisiae CFD1 (also known as YIL003W/DRE3), a putative P-loop ATPase conserved in eukaryotes and required in yeast for 4Fe-4S cluster assembly; F10G8.6 is also homologous to yeast NBP35/YGL091C; in C. elegans, F10G8.6 is required for normally rapid growth and maintenance of the germline; F10G8.6 protein was predicted to be mitochondrial on the basis of its phylogenetic profile.
24R12C12.5R12C12.5n/achrII 6,044,615contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
25ZK795.3ZK795.3n/achrIV 12,559,996contains similarity to Pfam domain PF04427 Brix domain contains similarity to Interpro domain IPR007109 (Brix)
26F32B6.3F32B6.3n/achrIV 9,883,182contains similarity to Pfam domains PF02840 (Prp18 domain) , PF08799 (pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like) contains similarity to Interpro domains IPR014906 (Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like), IPR003648 (Splicing factor motif), IPR004098 (Prp18)
27F55H12.2F55H12.2n/achrI 8,868,112contains similarity to Interpro domain IPR000242 (Tyrosine specific protein phosphatase)
28F22B5.10F22B5.10n/achrII 8,467,514contains similarity to Pfam domain PF05809 Eukaryotic protein of unknown function (DUF841) contains similarity to Interpro domain IPR008559 (Protein of unknown function DUF841, eukaryotic)
29K09F6.3K09F6.3n/achrII 2,258,704contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
30F28C6.8F28C6.8n/achrII 8,607,222contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
31M03C11.8M03C11.8n/achrIII 10,432,042contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
32F28H6.4F28H6.4n/achrX 14,130,605contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domains IPR006570 (SPK), IPR012287 (Homeodomain-related), IPR009057 (Homeodomain-like)
33F54B8.1F54B8.1n/achrV 15,811,031contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
34W06A11.4W06A11.4n/achrII 4,056,790
35dnc-2C28H8.12n/achrIII 5,925,025dnc-2 encodes a member of the dynamitin family that affects spindle alignment in polarized cells in early embryos, nuclear movement, spindle morphology, chromosome segregation, and pronuclear migration.
36F31E3.4F31E3.4n/achrIII 6,965,804contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR006055 (Exonuclease), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
37rnf-121C16C10.5n/achrIII 4,169,952C. elegans RNF-121 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
38F17A9.2F17A9.2n/achrV 6,111,285contains similarity to Pfam domains PF04676 (Protein similar to CwfJ C-terminus 2) , PF04677 (Protein similar to CwfJ C-terminus 1) contains similarity to Interpro domains IPR006768 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 1), IPR006767 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 2), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
39Y47H9C.8Y47H9C.8n/achrI 11,895,073contains similarity to Streptococcus pneumoniae Magnesium transporter, CorA family.; TR:Q97SX8
40C11D2.3C11D2.3n/achrIV 6,154,348
41T07A9.1T07A9.1n/achrIV 384,318contains similarity to Homo sapiens Protein; VG:OTTHUMP00000025811
42mtr-4W08D2.7n/achrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
43Y43F8C.7Y43F8C.7n/achrV 19,642,720contains similarity to Anopheles gambiae str PEST AGAP011346-PA.; TR:Q7PST7
44C08B6.2C08B6.2n/achrV 10,106,583contains similarity to Rattus norvegicus Adenomatous polyposis coli protein (APC protein).; SW:APC_RAT
45dnc-1ZK593.5n/achrIV 10,929,896DNC-1 encodes a dynactin, orthologous to Drosophila GLUED, that is required for pronuclear migration and centrosome separation in one-cell embryos and for the correct alignment of mitotic spindles in early embryos; DNC-1 shares embryonic functions with DNC-2, DHC-1, LIS-1 and NUD-1; DNC-1 is located at cortical microtubule attachment sites.
46C08B6.8C08B6.8n/achrV 10,138,746contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
47sec-10C33H5.9n/achrIV 7,780,928C. elegans SEC-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF07393 Exocyst complex component Sec10 contains similarity to Interpro domain IPR009976 (Exocyst complex component Sec10)
48F21D5.8F21D5.8n/achrIV 8,739,792contains similarity to Homo sapiens 13 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000376734
49ergo-1R09A1.1n/achrV 1,013,580C. elegans ERGO-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
50C03H5.3C03H5.3n/achrII 387,056contains similarity to Interpro domain IPR002408 (Natriuretic peptide, brain type)