UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T27E7.5T27E7.53e-147chrIV 14,537,655contains similarity to Bacillus stearothermophilus D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase precursor (EC 3.4.16.4) (DD-speptidase) (DD-carboxypeptidase) (CPase) (PBP5).; SW:DACA_BACST
2E03H4.4E03H4.4n/achrI 12,409,488contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
3str-114F59B1.1n/achrV 3,650,602C. elegans STR-114 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4mdf-1C50F4.11n/achrV 9,542,977mdf-1 encodes a coiled-coil domain-containing protein that is orthologous to the Saccharomyces cerevisiae mitotic spindle checkpoint protein Mad1p; consistent with a role as a checkpoint protein, MDF-1 is required in C. elegans for mitotic genome stability and hence, long-term survival and fertility; in vitro, MDF-1 interacts with MDF-2, the C. elegans Mad2p ortholog.
5ZC155.4ZC155.4n/achrIII 5,213,465contains similarity to Pfam domain PF03009 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family contains similarity to Interpro domain IPR004129 (Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)
6dsc-1C18B12.3n/achrX 15,032,922C. elegans DSC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
7W03G9.2W03G9.2n/achrI 4,963,346contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR001545 (Gonadotropin, beta chain)
8B0361.7B0361.7n/achrIII 7,284,829contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
9ZK858.1ZK858.1n/achrI 9,119,671contains similarity to Pfam domains PF03828 (Poly(A) polymerase) , PF01909 (Nucleotidyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002934 (Nucleotidyltransferase), IPR002058 (PAP/25A-associated)
10str-18T23D5.6n/achrV 15,741,213C. elegans STR-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11T25G12.2T25G12.2n/achrX 17,245,951The T25G12.2 gene encodes a homolog of the human gene HSD, which when mutated leads to cortisol 11-beta ketoreductase deficiency (OMIM:218030); T25G12.2 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
12C47C12.2C47C12.2n/achrX 7,754,107
13srx-112T24E12.8n/achrII 3,764,010C. elegans SRX-112 protein ;
14str-19T23D5.7n/achrV 15,743,832C. elegans STR-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15pqn-62T03G11.1n/achrX 5,200,980The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
16E03H4.2E03H4.2n/achrI 12,403,805contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
17F13G3.10F13G3.10n/achrI 7,313,972contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
18srg-2C18F10.5n/achrIII 6,259,346srg-2 encodes a predicted seven transmembrane domain G protein-coupled chemosensory receptor; an SRG-2::GFP fusion protein is expressed exclusively in the cilia of ASK sensory neurons, which are believed to be involved in chemotaxis to lysine and sensory regulation of egg laying; localization of SRG-2 to ASK cilia does not appear to depend upon wild-type activity of either odr-4 or odr-8.
19nhr-103F44C8.4n/achrV 2,226,236nhr-103 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
20tbx-36ZK829.5n/achrIV 11,951,305C. elegans TBX-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
21srg-22Y25C1A.10n/achrII 3,092,472C. elegans SRG-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
22F20D1.7F20D1.7n/achrX 14,989,294contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR007110 (Immunoglobulin-like)
23F28C6.2F28C6.2n/achrII 8,595,158F28C6.2 encodes an AP-2-like transcription factor that is ~60% identical to that of F28C6.1, which lies adjacent to F28C6.1 on chromosome II; loss of F28C6.2 activity via large-scale RNAi results in some embryonic lethality and low levels of larval arrest, body morphology defects, and uncoordinated locomotion.
24D1044.4D1044.4n/achrIII 5,521,831
25prg-2C01G5.2n/achrIV 6,528,248C. elegans PRG-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02171 (Piwi domain) , PF02170 (PAZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
26ZK177.9ZK177.9n/achrII 5,517,477
27age-1B0334.8n/achrII 11,523,196age-1 encodes the C. elegans ortholog of the phosphoinositide 3-kinase (PI3K) p110 catalytic subunit; AGE-1, supplied maternally and embryonically, is a central component of the C. elegans insulin-like signaling pathway, lying downstream of the DAF-2/insulin receptor and upstream of both the PDK-1 and AKT-1/AKT-2 kinases and the DAF-16 forkhead type transcription factor, whose negative regulation is the key output of the insulin signaling pathway; in accordance with its role in insulin signaling, AGE-1 activity is required for regulation of metabolism, life span, dauer formation, stress resistance, salt chemotaxis learning, fertility, and embryonic development; although the age-1 expression pattern has not yet been reported, ectopic expression studies indicate that pan-neuronal age-1 expression is sufficient to rescue life-span defects, while neuronal, intestinal, or muscle expression can partially rescue dauer formation, and neuronal or muscle expression can rescue metabolic defects.
28srx-51T10H4.9n/achrV 15,282,706C. elegans SRX-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
29M04F3.5M04F3.5n/achrI 4,775,768contains similarity to Pfam domain PF08397 IRSp53/MIM homology domain contains similarity to Interpro domain IPR013606 (IRSp53/MIM homology domain (IMD))
30vps-33.1B0303.9n/achrIII 8,702,024C. elegans VPS-33.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
31srg-23Y25C1A.11n/achrII 3,095,026C. elegans SRG-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
32Y51A2A.4Y51A2A.4n/achrV 18,291,106contains similarity to Haemophilus influenzae High-affinity zinc uptake system protein znuA precursor.; SW:ZNUA_HAEIN
33R06C7.2R06C7.2n/achrI 7,234,078contains similarity to Dictyostelium discoideum Hypothetical protein.; TR:Q86KG8
34F07G11.2F07G11.2n/achrV 7,304,229contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
35H05L14.2H05L14.2n/achrI 7,987,359contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
36T26E4.1T26E4.1n/achrV 15,780,361contains similarity to Pfam domain PF01030 (Receptor L domain)
37T10B11.6T10B11.6n/achrI 6,944,267contains similarity to Pfam domain PF05705 Eukaryotic protein of unknown function (DUF829) contains similarity to Interpro domain IPR008547 (Protein of unknown function DUF829, eukaryotic)
38F36F12.2F36F12.2n/achrV 2,093,433contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
39srw-119K12D9.7n/achrV 2,999,188C. elegans SRW-119 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
40clec-127W10G11.5n/achrII 3,568,702C. elegans CLEC-127 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
41F21H12.3F21H12.3n/achrII 6,082,723
42fbxa-145F48C1.2n/achrI 5,320,402This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
43C44C10.3C44C10.3n/achrX 11,703,337contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
44C47F8.1C47F8.1n/achrI 12,335,819This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
45F25H9.6F25H9.6n/achrV 13,467,638contains similarity to Pfam domain PF02441 Flavoprotein contains similarity to Interpro domain IPR003382 (Flavoprotein)
46B0228.6B0228.6n/achrII 7,754,791
47B0547.2B0547.2n/achrIV 5,646,017
48srb-12F58A6.10n/achrII 5,153,860C. elegans SRB-12 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
49F27C8.3F27C8.3n/achrIV 9,595,409contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8ICY1
50xnp-1B0041.7n/achrI 4,668,742xnp-1 encodes an ATP-dependent DNA helicase of the SNF2 family that is orthologous to human XNP/ATR-X, which is associated with a number of X-linked mental retardation syndromes; in C. elegans, xnp-1 activity is required at high temperatures for embryogenesis, somatic gonad development, fertility, and vulval morphogenesis; in addition, animals doubly mutant for xnp-1 and lin-35/Rb, hpl-2/HP1, or nucleosome remodelling and histone deacetylase (NuRD) complex members such as lin-53 and let-418, display larval arrest with growth cessation but continued cell proliferation; xnp-1 is also required, with lin-35/Rb and hpl-2/HP1, for proper regulation of transgene expression; xnp-1 mRNA, detectable in embryos and the germline by in situ hybridization, is expressed at highest levels in embryos with decreasing levels seen in successive larval stages; xnp-1 transcriptional reporter fusions exhibit strong expression beginning at mid-embryogenesis but fading by embryonic morphogenesis; at hatching, expression is observed in all dividing cells including the P lineage, and at later larval stages expression is observed in the vulval precursor cells.