UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T26A5.6T26A5.60chrIII 6,449,449contains similarity to Interpro domain IPR001194 (DENN)
2F37D6.3F37D6.3n/achrI 10,487,009contains similarity to Interpro domain IPR002004 (Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein)
3srgp-1F12F6.5n/achrIV 11,574,575C. elegans SRGP-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00611 (Fes/CIP4 homology domain) contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000198 (RhoGAP)
4C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
5F54D12.1F54D12.1n/achrII 1,400,894contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
6B0212.3B0212.3n/achrIV 3,541,891contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domains IPR006570 (SPK), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
7F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
8W06B4.3W06B4.3n/achrII 4,464,653contains similarity to Pfam domain PF05131 Pep3/Vps18/deep orange family contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR007810 (Pep3/Vps18/deep orange), IPR016024 (Armadillo-type fold)
9nhr-168C50B6.8n/achrV 13,332,476C. elegans NHR-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10B0261.7B0261.7n/achrI 5,270,246
11T12E12.3T12E12.3n/achrIV 5,543,170
12emb-30F54C8.3n/achrIII 9,438,172emb-30 encodes an anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) component orthologous to mammalian APC-4 and Schizosaccharomyces pombe Lid1; EMB-30 is required for the metaphase-to-anaphase transition during meiosis and mitosis, for establishing anterior-posterior polarity in the early embryo, and for proper localization of germline granules and the maternally provided PAR-2 and PAR-3 proteins.
13F44F1.4F44F1.4n/achrI 13,264,689contains similarity to Sulfolobus solfataricus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q97WH0
14C14F11.2C14F11.2n/achrX 6,211,298contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (6), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
15gst-44F13A7.10n/achrV 16,391,643gst-44 encodes a putative omega-class glutathione transferase (GST; EC 2.5.1.18) which, like its paralog GSTO-1, might have thiol oxidoreductase and dehydroascorbate reductase activity; GST-44 is expressed in excretory cell cytoplasm; other GST-44 paralogs include C02D5.3 and K10F12.4; GST-44 has no obvious function in mass RNAi assays.
16C14A4.11C14A4.11n/achrII 10,606,420contains similarity to Pfam domain PF06840 Protein of unknown function (DUF1241) contains similarity to Interpro domain IPR009652 (Protein of unknown function DUF1241)
17ceh-5C16C2.1n/achrI 9,727,604ceh-5 encodes a homeodomain protein, similar to the human VENTRAL ANTERIOR HOMEO BOX 2 gene (VAX2; OMIM:604295); CEH-5 is dispensable for viability and gross morphology.
18F45G2.9F45G2.9n/achrIII 13,436,244contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016448 (23S ribosomal RNA methyltransferase), IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
19C04F5.8C04F5.8n/achrV 5,112,623contains similarity to Bos taurus Similar to C04F5.8.; TR:Q0IIF4
20nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21eif-3.CT23D8.4n/achrI 9,978,188eif-3.C encodes a putative c subunit of translation initiation factor 3 that is required for fertility and for embryonic osmotic integrity; eif-3.C is orthologous to human EIF3S8 (OMIM:603916) and budding yeast NIP1.
22fbxa-22T12B5.5n/achrIII 939,140C. elegans FBXA-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
23srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24H37A05.2H37A05.2n/achrV 13,632,011contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
25F41G4.5F41G4.5n/achrX 16,831,782
26sra-31C56C10.5n/achrII 6,577,792C. elegans SRA-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
27mvb-12C06A6.3n/achrIV 7,831,453C. elegans MVB-12 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein FAM125B; ENSEMBL:ENSP00000354772
28ZC317.1ZC317.1n/achrV 5,472,445contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
29lsd-1T08D10.2n/achrX 11,950,295T08D10.2 encodes an ortholog of the human histone demethylase LSD1 (KIAA0601), and a paralog of C. elegans SPR-5; similar histone demethylase homologs are found in human, mouse, Drosophila, fission yeast, and Arabidopsis; T08D10.2 is predicted to demethylate histone H3 lysine 4 residues and act as a transcriptional corepressor.
30C24H12.2C24H12.2n/achrII 437,796
31T09E11.1T09E11.1n/achrI 12,338,593contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
32srh-211D1065.5n/achrV 4,078,922C. elegans SRH-211 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
33nhr-271T03E6.3n/achrV 16,579,462C. elegans NHR-271 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
34C45G9.2C45G9.2n/achrIII 5,069,704contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR003733 (Thiamine monophosphate synthase), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
35F39H11.1F39H11.1n/achrI 8,697,062contains similarity to Pfam domain PF07572 Bucentaur or craniofacial development contains similarity to Interpro domains IPR011421 (Bucentaur or craniofacial development), IPR005413 (Low calcium response V antigen)
36C01H6.9C01H6.9n/achrI 7,231,276C01H6.9 encodes a homolog of haploid germ cell-specific nuclear protein kinase (haspin) that specifically binds GOA-1 in yeast two-hybrid assays; C01H6.9 is expressed in PHB sensory neurons and PVT interneurons in the tail, several unidentified neurons in the head (with projections to the nose and nerve ring), and intestinal cells, with mainly nuclear localization; C01H6.9 has no obvious function or phenotype in RNAi assays, either alone or with inactivation of a close paralog (F22H10.5).
37F09E5.9F09E5.9n/achrII 5,346,983
38tag-322C33H5.10n/achrIV 7,784,751C. elegans TAG-322 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG5913-PA;; FLYBASE:CG5913
39C25F6.6C25F6.6n/achrX 5,450,509
40R10H10.6R10H10.6n/achrIV 10,409,131contains similarity to Pfam domain PF01687 Riboflavin kinase contains similarity to Interpro domain IPR015865 (Riboflavin kinase)
41ZK1128.1ZK1128.1n/achrIII 10,113,863contains similarity to Pfam domain PF02636 Uncharacterized ACR, COG1565 contains similarity to Interpro domain IPR003788 (Protein of unknown function DUF185)
42mop-25.2Y53C12A.4n/achrII 9,702,750mop-25.2 encodes a Mo25 protein that inhibits DHC-1 in vivo; MOP-25.2 is orthologous to fission yeast Mo25p, budding yeast Hym1p, Aspergillus nidulans HymA, human CAB39, and human CAB39L; MOP-25.2 is paralogous to MOP-25.1 and (more distantly) MOP-25.3; mop-25.2(RNAi) suppresses the lethality of conditional dhc-1 mutations, as well as the spindle length and cytokinesis defects of dhc-1(or195), indicating that MOP-25.2 negatively regulates dynein; in early embryos, MOP-25.2 is associated with the midbody and spindle poles after cytokinesis; MOP-25.2 shares a redundant function with MOP-25.1 in fertility and embryonic viability; in mass RNAi assays, MOP-25.2 is required for normal locomotion, body coloration, speed, and body size.
43F26F4.6F26F4.6n/achrIII 4,892,477contains similarity to Homo sapiens Similar to Suppressor protein SRP40; VG:OTTHUMP00000170311
44itsn-1Y116A8C.36n/achrIV 17,122,917tag-11/Y116A8C.36 encodes a homolog of human NCF1, which when mutated leads to chronic granulomatous disease (OMIM:306400).
45srd-40F17A2.12n/achrX 12,324,508C. elegans SRD-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46srh-17C47E8.2n/achrV 14,662,094C. elegans SRH-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47atg-16.1F02E8.5n/achrX 4,461,104atg-16.1 encodes a divergent ortholog of the autophagic budding yeast protein Atg16p, and of human ATG16L1 (OMIM:610767, associated with Crohn disease) and ATG16L2; ATG-16.1 is paralogous to ATG-16.2; ATG-16.1 is expressed in larval and adult intestine, renal gland cells, stomato-intestinal muscle, anal depressor muscle, and head mesodermal cell; ATG-16.1 has no obvious function in mass RNAi assays.
48str-134C05E4.6n/achrV 744,563C. elegans STR-134 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49W08D2.5W08D2.5n/achrIV 9,821,001contains similarity to Pfam domains PF00122 (E1-E2 ATPase) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR008250 (E1-E2 ATPase-associated region), IPR006544 (P-type ATPase of unknown pump specificity (type V)), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR000150 (Cof protein), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
50C16C2.4C16C2.4n/achrI 9,714,017contains similarity to Pfam domain PF03909 BSD domain contains similarity to Interpro domain IPR005607 (BSD)