UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T24E12.1T24E12.10chrII 3,786,852contains similarity to Interpro domain IPR009071 (High mobility group box, HMG)
2K09E3.6K09E3.6n/achrX 17,114,487contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
3fbxb-98C16C4.6n/achrII 1,863,210This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
4F14F7.5F14F7.5n/achrIII 13,033,511contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
5F28C6.1F28C6.1n/achrII 8,591,963F28C6.1 encodes an AP-2-like transcription factor that is ~60% identical to that of F28C6.2 which lies immediately adjacent to F28C6.1 on chromosome II; loss of F28C6.1 activity via large-scale RNAi experiments results in embryonic and larval lethality.
6K03A11.1K03A11.1n/achrX 13,053,489contains similarity to Interpro domain IPR001130 (Deoxyribonuclease, TatD-related)
7C26B9.6C26B9.6n/achrX 5,334,221contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
8pqn-29F10F2.9n/achrIII 4,645,137The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
9skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
10C14C6.3C14C6.3n/achrV 544,415
11ZK1127.12ZK1127.12n/achrII 7,052,882
12T02G6.7T02G6.7n/achrI 11,828,074contains similarity to Pfam domains PF00337 (Galactoside-binding lectin) , PF08277 (PAN-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
13K12D9.1K12D9.1n/achrV 3,015,027contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) , PF01209 (ubiE/COQ5 methyltransferase family) contains similarity to Interpro domains IPR004033 (UbiE/COQ5 methyltransferase), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
14C33A12.12C33A12.12n/achrIV 9,483,553contains similarity to Interpro domains IPR000225 (Armadillo), IPR016024 (Armadillo-type fold)
15srsx-29C51E3.4n/achrV 10,155,688C. elegans SRSX-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
16his-64F22B3.1n/achrIV 11,407,277his-64 encodes an H4 histone.
17acr-18F28F8.1n/achrV 15,555,125acr-18 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR), predicted to be a ligand-gated ion channel regulating fast action of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; ACR-18 falls into the 'DEG-3' class of nAChR subunits, apparently unique to nematodes, which includes DEG-3, DES-2, ACR-5, ACR-17, ACR-20, and ACR-23.
18F52D10.2F52D10.2n/achrX 11,590,643contains similarity to Interpro domains IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
19C01G12.5C01G12.5n/achrII 14,586,920contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
20R01B10.2R01B10.2n/achrV 6,042,173
21T05B4.8T05B4.8n/achrV 4,115,949contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
22sri-53ZC239.10n/achrII 3,201,906C. elegans SRI-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23T28F2.1T28F2.1n/achrI 3,640,560contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
24F59A1.13F59A1.13n/achrV 17,689,072contains similarity to Pfam domains PF00610 (Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin) , PF00595 (PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)) , PF02377 (Dishevelled specific domain) contains similarity to Interpro domains IPR003351 (Dishevelled protein), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF), IPR015506 (Dishevelled related protein), IPR008339 (Dishevelled region), IPR000591 (Pleckstrin/ G-protein, interacting region)
25efn-4F56A11.3n/achrIV 563,657efn-4 encodes a member of the ephrin family of ligands that affects neuroblast migrations during closure of the ventral gastrulation cleft and subsequent epidermal morphogenesis, possibly functioning independently of EFN-1, EFN-2, EFN-3, and the VAB-1 receptor during morphogenesis; can interact with VAB-1 in vitro, and is expressed in neural and epidermal precursors at the 100-cell stage, in head neurons, pharyngeal cells, lateral and tail neurons, and in the ectoderm during epidermal enclosure.
26prx-14R07H5.1n/achrIV 11,183,588C. elegans PRX-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF04695 Peroxisomal membrane anchor protein (Pex14p) conserved region contains similarity to Interpro domain IPR006785 (Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal)
27B0379.6B0379.6n/achrI 10,097,535contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein involved in pre-rRNA processing, 18S rRNA synthesis, and snoRNA synthesis; component of the small subunit processome complex, which is required for processing of pre-18S rRNA; SGD:YOR310C
28glr-7C43H6.9n/achrX 2,415,895glr-7 encodes a protein containing a ligand-gated ion channel domain and is a predicted non-NMDA type ionotropic glutamate receptor; expressed in the pharyngeal nervous system.
29T01G9.3T01G9.3n/achrI 8,283,218contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (9), PF01463 (Leucine rich repeat C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
30ubc-16Y54E5B.4n/achrI 14,822,998C. elegans UBC-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like)
31F53B7.4F53B7.4n/achrV 11,001,724contains similarity to Interpro domains IPR004090 (Chemotaxis methyl-accepting receptor), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
32E01G6.3E01G6.3n/achrX 12,243,099contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002018 (Carboxylesterase, type B), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
33F45G2.7F45G2.7n/achrIII 13,433,876contains similarity to Oceanobacillus iheyensis Two-component response regulator involved in modulation ofsflagellar.; TR:Q8EQW9
34K07F5.12K07F5.12n/achrIV 9,856,975contains similarity to Pfam domain PF07857 CEO family (DUF1632) contains similarity to Interpro domain IPR012435 (Protein of unknown function DUF1632)
35nhr-231Y17D7B.1n/achrV 18,792,886C. elegans NHR-231 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
36B0454.5B0454.5n/achrII 3,039,835contains similarity to Homo sapiens 21 kDa protein; VG:OTTHUMP00000165983
37C04F5.8C04F5.8n/achrV 5,112,623contains similarity to Bos taurus Similar to C04F5.8.; TR:Q0IIF4
38C53D6.4C53D6.4n/achrIV 9,020,038contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain)
39T21C9.1T21C9.1n/achrV 10,577,614contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
40F46C5.4F46C5.4n/achrII 8,837,535
41C47G2.4C47G2.4n/achrII 11,292,129contains similarity to Pfam domain PF04791 LMBR1-like membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR006876 (LMBR1-like conserved region)
42daf-8R05D11.1n/achrI 8,586,024daf-8 encodes a Smad protein that represses dauer development, perhaps by antagonizing DAF-3 activity, and promotes a commitment to reproductive growth; genetic interactions suggest partial functional redundancy with daf-14 with respect to the TGF-beta signaling pathway that regulates dauer formation.
43vps-26T20D3.7n/achrIV 9,340,583C. elegans VPS-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF03643 Vacuolar protein sorting-associated protein 26 contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR005377 (Vacuolar protein sorting-associated protein 26)
44F36F12.4F36F12.4n/achrV 2,089,002contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
45set-4C32D5.5n/achrII 6,330,534set-4 encodes a putative histone H4 lysine-20 methyltransferase; SET-4 is orthologous to Drosophila SUV4-20, and to human SUV420H1 (OMIM:610881) and SUV420H2; neither set-4(n4600) nor set-4(RNAi) have any obvious phenotypes.
46utx-1D2021.1n/achrX 8,560,128utx-1 encodes a putative histone H3 di/trimethyllysine-27 (H3K27me2/me3) demethylase, required for embryonic viability and vulval development, and for high brood sizes, locomotion, and growth sizes; UTX-1 contains a JmjC domain, is orthologous to human UTX and UTY, and is paralogous to human JMJD3; by orthology, UTX-1 is expected to antagonize transcriptional repression by polycomb repressor complexes, which mark stem cells (and presumably germline) by H3K27me3-mediated repression of somatic genes.
47knl-2K06A5.4n/achrI 6,462,350C. elegans KNL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF09133 SANTA (SANT Associated) contains similarity to Interpro domain IPR015216 (SANT associated)
48gcy-13F23H12.6n/achrV 12,366,622gcy-13 encodes a predicted guanylate cyclase.
49F36H2.2F36H2.2n/achrI 9,247,697contains similarity to Pfam domain PF01733 Nucleoside transporter contains similarity to Interpro domains IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
50his-5F45F2.3n/achrV 8,535,370his-5 encodes an H4 histone.