UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1lgc-40T24D8.10chrX 2,362,451C. elegans LGC-40 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
2K03B8.8K03B8.8n/achrV 11,410,221contains similarity to Interpro domains IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region)
3nhr-254ZK6.5n/achrV 393,883C. elegans NHR-254 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4pqn-25D1044.3n/achrIII 5,510,853The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
5clec-93ZK39.4n/achrI 11,143,094C. elegans CLEC-93 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
6fbxb-100Y63D3A.2n/achrI 14,093,529This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
7C46C11.3C46C11.3n/achrX 4,630,409
8F53G2.8F53G2.8n/achrII 2,483,639
9F54B11.4F54B11.4n/achrX 13,593,035contains similarity to Neurospora crassa Hypothetical protein.; TR:Q8X031
10F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
11srd-43R04D3.9n/achrX 13,304,796C. elegans SRD-43 protein ;
12thoc-1T02H6.2n/achrII 705,367C. elegans THOC-1 protein ; contains similarity to Danio rerio THO complex 1.; TR:Q7SYB2
13T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
14hsp-16.48T27E4.3n/achrV 9,088,350hsp-16.48 encodes a 16-kD heat shock protein (HSP) that is a member of the hsp16/hsp20/alphaB-crystallin (HSP16) family of heat shock proteins; an hsp-16.48 reporter fusion, expressed broadly but most strongly in body muscle and hypodermis, is induced solely in response to heat shock or other environmental stresses; expression is detectable in somatic tissues in post-gastrulation embryos, all larval stages, and in adults; HSP-16.48 is likely to function as a passive ligand temporarily preventing unfolded proteins from aggregating.
15F53A2.1F53A2.1n/achrIII 13,321,932contains similarity to Pfam domain PF06542 Protein of unknown function (DUF1114) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR009497 (Protein of unknown function DUF1114), IPR009010 (Aspartate decarboxylase-like fold)
16set-6C49F5.2n/achrX 11,972,276set-6 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase; SET-6 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-6(tm1611) nor set-6(RNAi) have any obvious phenotypes.
17srt-27C24B9.6n/achrV 2,720,278C. elegans SRT-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
19srd-66Y39A3B.4n/achrIII 1,981,723C. elegans SRD-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20gcy-22T03D8.5n/achrV 20,818,085gcy-22 is predicted to encode a guanylate cyclase.
21R11.3R11.3n/achrX 16,198,339contains similarity to Haemophilus influenzae Hypothetical protein HI0386.; SW:YBGC_HAEIN
22Y57G11A.4Y57G11A.4n/achrIV 14,484,352contains similarity to Interpro domain IPR005018 (DOMON related)
23C01G10.9C01G10.9n/achrV 15,083,391contains similarity to Pfam domain PF01008 Initiation factor 2 subunit family contains similarity to Interpro domains IPR000649 (Initiation factor 2B related), IPR011559 (Initiation factor 2B alpha/beta/delta)
24Y43F8C.13Y43F8C.13n/achrV 19,691,051contains similarity to Pfam domain PF01156 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001910 (Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase)
25K10H10.6K10H10.6n/achrII 14,504,011contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
26srsx-35F53F8.2n/achrV 20,677,605C. elegans SRSX-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
27F39F10.2F39F10.2n/achrX 16,895,317contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
28T07F12.2T07F12.2n/achrX 4,891,246contains similarity to Pfam domain PF02225 PA domain contains similarity to Interpro domain IPR003137 (Protease-associated PA)
29Y7A5A.2Y7A5A.2n/achrX 15,772,148contains similarity to Aquifex aeolicus Hypothetical protein AQ_372.; SW:Y372_AQUAE
30F48G7.12F48G7.12n/achrV 644,981contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
31col-72W09G10.1n/achrII 3,521,069C. elegans COL-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
32F57E7.1F57E7.1n/achrV 16,481,775contains similarity to Bos taurus Enoyl-CoA hydratase precursor (EC 4.2.1.17) (Fragment).; TR:Q95KZ6
33srh-37R11G11.9n/achrV 511,858C. elegans SRH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34nlp-17Y45F10A.5n/achrIV 13,505,484C. elegans NLP-17 protein ;
35C33C12.8C33C12.8n/achrII 2,184,467contains similarity to Pfam domain PF02055 O-Glycosyl hydrolase family 30 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001139 (Glycoside hydrolase, family 30), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
36ncs-1C44C1.3n/achrX 961,929The ncs-1 gene encodes a neuronal calcium sensor protein that, along with calcium, is essential for thermotaxis along isothermal paths in thermal gradients.
37T24C4.3T24C4.3n/achrIII 872,071
38K01A12.3K01A12.3n/achrX 8,622,819contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
39Y49G5B.1Y49G5B.1n/achrV 5,228,330contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
40C41D11.6C41D11.6n/achrI 4,461,426
41srt-2Y45G12C.5n/achrV 2,545,033C. elegans SRT-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
42F47G9.4F47G9.4n/achrV 11,319,469contains similarity to Pfam domain PF00643 B-box zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
43acr-11D2092.30.00000002chrI 6,623,291A homolog of an alpha type nicotinic acetylcholine receptor subunit involved in the mediation of fast synaptic transmission at neuromuscular junctions.
44F14F8.8F14F8.8n/achrV 16,671,873contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Daughter cell-specific secreted protein with similarity to glucanases, degrades cell wall from the daughter side causing daughter to separate from mother; expression is repressed by cAMP; SGD:YHR143W
45pgp-7T21E8.2n/achrX 10,867,530pgp-7 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-7 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-7 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of PGP-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-7 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the rays of the adult male tail.
46T26G10.3T26G10.3n/achrIII 9,413,048contains similarity to Pfam domain PF01282 Ribosomal protein S24e contains similarity to Interpro domain IPR001976 (Ribosomal protein S24e)
47F49E8.6F49E8.6n/achrIV 7,553,994contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
48hlh-29F31A3.4n/achrX 17,548,141C. elegans HLH-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
49srh-178ZK228.8n/achrV 18,479,364C. elegans SRH-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50T15B7.8T15B7.8n/achrV 6,822,465contains similarity to Ostreococcus tauri Predicted CDS, putative cytoplasmic protein family member, with ascoiled coil-4 domain, of ancient origin (ISS).; TR:Q010X5