UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sri-12T22H2.10chrI 11,700,163C. elegans SRI-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
2acr-14T05C12.2n/achrII 8,175,996acr-14 encodes a protein that contains neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding and transmembrane domains.
3ZK380.2ZK380.2n/achrX 1,633,167contains similarity to Interpro domain IPR011072 (HR1 rho-binding repeat)
4glb-7C23H5.2n/achrIV 2,124,416glb-7 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
5toh-1T24A11.3n/achrIII 3,806,880toh-1 encodes an astacin-like metalloprotease; TOH-1 is predicted to function as a secreted protease; experiments that specifically assessed toh-1's role in molting indicate that toh-1(RNAi) causes no abnormal phenotypes.
6F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
7F38H4.10F38H4.10n/achrIV 11,861,497contains similarity to Pfam domain PF03637 Mob1/phocein family contains similarity to Interpro domain IPR005301 (Mob1/phocein)
8R107.2R107.2n/achrIII 9,044,850contains similarity to Pfam domain PF01256 Carbohydrate kinase contains similarity to Interpro domain IPR000631 (Carbohydrate kinase)
9C05E7.2C05E7.2n/achrX 12,939,625
10F36D1.5F36D1.5n/achrI 11,266,244contains similarity to Homo sapiens Melastatin 1; TR:O75560
11srx-111T24E12.4n/achrII 3,758,519C. elegans SRX-111 protein ;
12srw-22T10H4.3n/achrV 15,269,194C. elegans SRW-22 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
13F54D10.9F54D10.9n/achrII 3,830,742contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
14C43F9.7C43F9.7n/achrIV 10,593,293contains similarity to Xanthomonas campestris Hypothetical protein XCC1495.; TR:Q8PAI8
15C36C9.1C36C9.1n/achrX 1,684,665contains similarity to Dictyostelium discoideum Similar to Homo sapiens (Human). Dentin sialophosphoprotein [Contains:sDentin phosphoprotein (Dentin phosphophoryn) (DPP); Dentinssialoprotein (DSP)].; TR:Q869X8
16R10E8.1R10E8.1n/achrV 18,243,119contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
17twk-32F53C11.6n/achrV 13,798,574C. elegans TWK-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF00041 (Fibronectin type III domain) (2), PF07885 (Ion channel) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR009147 (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), IPR013099 (Ion transport 2)
18D1007.4D1007.4n/achrI 4,580,304contains similarity to Homo sapiens Gem-associated protein 6; ENSEMBL:ENSP00000281950
19sri-37D2062.20.000000000001chrII 2,630,401C. elegans SRI-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20srw-130T24A6.14n/achrV 3,547,931C. elegans SRW-130 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
21F41G4.1F41G4.1n/achrX 16,841,928contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus 33 kDa inner dynein arm light chain, axonemal (p33).; SW:Q26630
22mec-14F37C12.12n/achrIII 7,191,528mec-14 encodes a protein with similarity to the beta-subunits of Shaker-type potassium channels, which are members of the aldo-keto reductase superfamily; MEC-14 is required for response to gentle touch by the six touch receptor neurons, and likely functions to regulate activity of the MEC-4 and MEC-10 degenerin channels; mec-14 expression is detected solely in the touch receptor neurons and is dependent on the MEC-3 LIM domain transcription factor; proper MEC-14 localization in the touch receptor neurons is dependent on MEC-12/alpha-tubulin.
23C29G2.1C29G2.1n/achrV 2,591,466
24R07E4.5R07E4.5n/achrX 5,951,318contains similarity to Plasmodium lophurae Histidine-rich glycoprotein precursor.; SW:P04929
25pfd-6F21C3.5n/achrI 7,283,387pfd-6 encodes a putative prefoldin 6 subunit, orthologous to human PFDN6 (OMIM:605660), required for normal microtubule growth and distal tip cell migration; PFD-6 is expressed cytoplasmically in most, if not all, tissues, including the germline; in mass RNAi assays, PFD-6 is required for normal mitotic spindle position, embryonic and larval viability, fertility, body shape, vulval development, and locomotion, and for normally rapid growth; pfd-6(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
26K03D7.8K03D7.8n/achrV 17,490,522
27C44C10.4C44C10.4n/achrX 11,694,526contains similarity to Pfam domain PF02463 RecF/RecN/SMC N terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR003395 (RecF/RecN/SMC protein, N-terminal)
28T24E12.2T24E12.2n/achrII 3,783,547
29ZC239.16ZC239.16n/achrII 3,225,022contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
30gop-2C34E10.2n/achrIII 5,259,723gop-2 encodes a member of the conserved hypothetical ATP binding protein family that affects embryonic viability, growth, and fertility.
31K08H2.3K08H2.3n/achrX 13,237,815contains similarity to Rattus norvegicus Inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C.; TR:Q80ZG2
32pes-23F14B8.3n/achrX 6,902,654C. elegans PES-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
33K11B4.2K11B4.2n/achrI 14,798,156contains similarity to Tetraodon nigroviridis UPF0402 protein.; SW:Q4S3C1
34srw-51F40D4.8n/achrV 17,170,151C. elegans SRW-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
35H20E11.2H20E11.2n/achrIV 6,828,617contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR003366 (CUB-like region)
36ZC513.5ZC513.5n/achrV 8,037,288contains similarity to Pfam domain PF03901 Alg9-like mannosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR005599 (Alg9-like mannosyltransferase)
37nhr-258C26B2.4n/achrIV 8,045,986C. elegans NHR-258 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
38D2092.5D2092.5n/achrI 6,603,752contains similarity to Interpro domains IPR002713 (FF), IPR000533 (Tropomyosin)
39T22H2.4T22H2.4n/achrI 11,694,849contains similarity to Pfam domain PF03860 Domain of Unknown Function (DUF326) contains similarity to Interpro domain IPR005560 (Protein of unknown function DUF326)
40sdz-36ZK1251.7n/achrIV 9,691,129C. elegans SDZ-36 protein
41cyn-12C34D4.12n/achrIV 7,132,656cyn-12 encodes a member of the cyclophilin family that is related to human PPIL1 (CGI-124); based upon its sequence similarity, CYN-12 is predicted to be a cytoplasmic protein potentially involved in a wide range of signal transduction pathways.
42E02H9.6E02H9.6n/achrIII 2,439,204contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
43srj-8T28A11.9n/achrV 3,248,476C. elegans SRJ-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44C34E10.8C34E10.8n/achrIII 5,251,598contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan 5.; TR:Q4FX62
45him-8T07G12.12n/achrIV 10,562,902him-8 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include ZIM-1/-3 and C02F5.12; HIM-8 is required by X chromosomes for normal homolog pairing, synapsis, recombination, and segregation during meiosis; him-8 mutants have an increased frequency of genotypically XO males in self-fertile hermaphrodite populations; HIM-8 is expressed during meiosis, and is associated with the X chromosome's meiotic pairing center (PC), which associates with the nuclear envelope during meiotic prophase; him-8 mutations are enhanced by rearrangements that inactivate the X-chromosomal PC; HIM-8 functions are genetically separable, since the him-8(me4) point mutation (which alters a domain N-terminal to HIM-8's zinc fingers) permits normal chromosome binding and nuclear localization, but causes abnormal pairing and synapsis; while the C-terminal region of HIM-8 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region is highly divergent, suggesting species-specific functions; unlike other him mutations, him-8 solely affects X chromosomes, and does not produce embryonic lethality via autosomal nondisjunction or aneuploidy; however, failure of X-chromosomal synapsis in him-8 mutants blocks the pachytene transistion from polarized to nonpolarized meiotic nuclei, by blocking the resolution of recombination intermediates on other chromosomes; him-8-blocked meiotic autosomes show persistent RAD-51 foci and have excess crossovers, both of which may be symptoms of a HUS-1-independent checkpoint induced by X-chromosomal nonsynapsis rather than DNA damage; HIM-8 also acts outside of meiosis, by inhibiting EGL-13 expression or activity; mutations of the HIM-8 zinc-finger domain semidominantly suppress missense (but not null) egl-13 mutations, due to him-8 haploinsufficiency; mutant HIM-8 fails to suppress mutant egl-13 on a free transgenic array, and also fails to suppress native mutant egl-13 if transgenic excess copies of the egl-13 promoter are present.
46K02A6.1K02A6.1n/achrX 8,219,837
47F44F4.9F44F4.9n/achrII 10,915,378contains similarity to Toxoplasma gondii Membrane skeletal protein IMC1.; TR:Q962H9
48T20G5.12T20G5.12n/achrIII 10,201,969contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
49T08A9.4T08A9.4n/achrX 7,313,654This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
50F39H12.2F39H12.2n/achrX 832,122contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)