UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ruvb-2T22D1.100chrIV 6,918,257C. elegans RUVB-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF06068 (TIP49 C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR010339 (TIP49, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3C25F9.9C25F9.9n/achrV 19,417,227contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IE25
4lip-1C05B10.1n/achrIV 6,843,879lip-1 encodes a mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase homologous to the vertebrate dual specificity phosphatase MKP-3; during development, LIP-1 negatively regulates MAP kinase activity to control the extent of germline proliferation and oocyte meiotic cell cycle progression; lip-1 activity is also required redundantly with dep-1 to negatively regulate MAPK signaling during vulval induction; in addition, lip-1 is required for normal embryonic development; lip-1 expression begins during embryogenesis and continues through adulthood; expression is seen in most somatic cells and in germ cells of the pachytene region, transition zone and proximal-most region of the mitotic zone; in the pachytene region, LIP-1 is associated with the plasma membrane; in early L3 larvae, LIP-1 expression increases in secondary vulval precursor cells in a lin-12/Notch-dependent manner, suggesting that lip-1 may be a direct downstream target of lin-12-mediated signaling; interaction with the Notch pathway is further demonstrated by chromatin immunoprecipitation experiments showing that, in the germline, the lip-1 promoter region coprecipitates with LAG-3; germline lip-1 mRNA accumulation is negatively regulated by the FBF proteins (FBF-1 and FBF-2) that bind to the lip-1 3'UTR.
5F52H2.3F52H2.3n/achrX 2,540,613
6H43I07.2H43I07.2n/achrV 4,201,565contains similarity to Pfam domains PF01000 (RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain) , PF01193 (RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain) contains similarity to Interpro domains IPR011263 (DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type), IPR011262 (DNA-directed RNA polymerase, insert), IPR011261 (DNA-directed RNA polymerase, dimerisation)
7cln-3.3ZC190.1n/achrV 8,684,539cln-3.3 encodes a predicted transmembrane protein that comprises one of three C. elegans homologs of human CLN3, (OMIM:607042, mutations are associated with Batten disease (also known as juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis), a recessively inherited childhood neurodegenerative lysosomal storage disease); as loss of cln-3.3 via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of cln-3.3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
8F46F5.12F46F5.12n/achrII 807,746contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
9T08B2.4T08B2.4n/achrI 6,225,763
10C27F2.4C27F2.4n/achrIII 4,959,381contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
11F52H2.5F52H2.5n/achrX 2,558,768
12F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
13ifa-4K05B2.3n/achrX 4,914,125IFA-4 encodes a nonessential intermediate filament protein that is coexpressed with the essential IF protein IFB-1; IFA-4 binds IFB-1 in blot overlay assays; ifa-4 is expressed in larvae in the pharyngeal-intestinal valve, the rectum, some neurons of the tail, the excretory cell, and the intestine of dauer (but not nondauer) larvae; IFA-4 has no function in RNAi assays.
14T13C5.4T13C5.4n/achrX 6,192,236T13C5.4 encodes a paired-like homeodomain protein of the Q50 class, which has no obvious function in mass RNAi assays.
15F09E5.12F09E5.12n/achrII 5,368,494contains similarity to Pfam domain PF05001 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
16D1081.8D1081.8n/achrI 8,493,557contains similarity to Pfam domain PF00249 Myb-like DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR012287 (Homeodomain-related), IPR014778 (Myb, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like), IPR015495 (Myb transcription factor)
17F59D12.5F59D12.5n/achrX 15,646,886
18T19D12.9T19D12.9n/achrII 6,653,312contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
19ZK1236.5ZK1236.5n/achrIII 8,431,825ZK1236.5 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs; either ZK1236.9, or ZK1236.5, or both proteins weakly inhibit DHC-1 in vivo; likewise, either ZK1236.5, or ZK1236.9, or both proteins are required in mass RNAi assays for normal osmoregulation and normally rapid growth.
20F22B8.6F22B8.6n/achrV 16,101,647F22B8.6 encodes a putative cystathionine gamma-lyase; F22B8.6 is orthologous to human CTH (OMIM:607657, mutated in cystathioninuria), extremely similar to its paralog ZK1127.10, and also paralogous to C12C8.2; either F22B8.6, or ZK1236.10, or both proteins weakly inhibit DHC-1 in vivo; otherwise, F22B8.6 has no obvious function in mass RNAi assays, perhaps because of genetic redundancy with ZK1127.10.
21F54C9.9F54C9.9n/achrII 8,579,712contains similarity to Pfam domain PF05178 Krr1 family contains similarity to Interpro domain IPR007851 (Kri1)
22R17.2R17.2n/achrIII 10,842,361contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domain IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
23T03G11.4T03G11.4n/achrX 5,167,050contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
24F10G8.6F10G8.6n/achrI 10,047,224F10G8.6 encodes an homolog of S. cerevisiae CFD1 (also known as YIL003W/DRE3), a putative P-loop ATPase conserved in eukaryotes and required in yeast for 4Fe-4S cluster assembly; F10G8.6 is also homologous to yeast NBP35/YGL091C; in C. elegans, F10G8.6 is required for normally rapid growth and maintenance of the germline; F10G8.6 protein was predicted to be mitochondrial on the basis of its phylogenetic profile.
25pssy-2T27E9.5n/achrIII 13,473,420C. elegans PSSY-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03034 Phosphatidyl serine synthase contains similarity to Interpro domain IPR004277 (Phosphatidyl serine synthase)
26C36E8.1C36E8.1n/achrIII 4,001,753contains similarity to Pfam domain PF05327 RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 contains similarity to Interpro domain IPR007991 (RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3)
27Y26D4A.8Y26D4A.8n/achrI 13,084,164contains similarity to Bos taurus Myosin-10 (Myosin heavy chain 10) (Myosin heavy chain, non-muscle IIb)s(Non-muscle myosin heavy chain IIb) (NMMHC II-b) (NMMHC-IIB) (Cellularsmyosin heavy chain, type B) (Non-muscle myosin heavy chain-B) (NMMHC-sB).; SW:Q27991
28F53F4.11F53F4.11n/achrV 13,623,395contains similarity to Interpro domains IPR016095 (Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich), IPR002143 (Ribosomal protein L1), IPR016094 (Ribosomal protein L1, 2-layer alpha/beta-sandwich)
29F17A9.4F17A9.4n/achrV 6,109,818contains similarity to Pfam domain PF00724 NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001155 (NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal), IPR002343 (Paraneoplastic encephalomyelitis antigen)
30gly-19F22D6.12n/achrI 7,113,932gly-19 encodes a protein similar to 2/I N-acetylglucosaminyltransferase; it is probably coexpressed with gly-18 in the anal sphincter muscle.
31W03C9.6W03C9.6n/achrII 11,957,465contains similarity to Interpro domains IPR006052 (Tumor Necrosis Factor), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
32C01B10.4C01B10.4n/achrIV 6,630,045contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
33K08C7.1K08C7.1n/achrIV 10,658,786contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
34F52C12.2F52C12.2n/achrIV 1,956,651contains similarity to Pfam domains PF04068 (Possible metal-binding domain in RNase L inhibitor, RLI) , PF04034 (Domain of unknown function (DUF367)) contains similarity to Interpro domains IPR007209 (Possible metal-binding region in RNase L inhibitor, RLI), IPR007177 (Protein of unknown function DUF367)
35F15A8.6F15A8.6n/achrX 4,432,690contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
36F55A4.1F55A4.1n/achrX 1,036,270contains similarity to Pfam domain PF00957 Synaptobrevin contains similarity to Interpro domains IPR010908 (Longin), IPR011012 (Longin-like), IPR001388 (Synaptobrevin)
37scpl-2F45E12.1n/achrII 7,312,591scpl-2 encodes a putative serine/threonine phosphatase, orthologous to budding yeast Nem1p and human DULLARD; SCPL-2 is expressed in pharynx and intestine; SCPL-2 is distantly similar to FCP-1 and SCPL-1, -3, and -4; by orthology, SCPL-2 is expected to localize to the nuclear envelope, to regulate nuclear membrane biogenesis, and to dephosphorylate the phosphatidic acid phosphatase ortholog H37A05.1.
38rpl-36F37C12.4n/achrIII 7,180,363rpl-36 encodes a large ribosomal subunit L36 protein; by homology, RPL-36 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPL-36 activity is required for embryonic and germline development and normal postembryonic growth rates.
39F56A11.5F56A11.5n/achrIV 569,608contains similarity to Pfam domains PF03473 (MOSC domain) , PF03476 (MOSC N-terminal beta barrel domain) contains similarity to Interpro domains IPR005303 (MOSC, N-terminal beta barrel), IPR005302 (Molybdenum cofactor sulphurase, C-terminal), IPR001484 (Pyrokinin, conserved site), IPR011037 (Pyruvate kinase, beta-barrel-like)
40ZC84.1ZC84.1n/achrIII 9,203,077contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) (3), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR011052 (Proteinase and amylase inhibitor), IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR001762 (Blood coagulation inhibitor, Disintegrin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
41F55D12.2F55D12.2n/achrI 7,892,099contains similarity to Interpro domains IPR002017 (Spectrin repeat), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal)
42C14E2.1C14E2.1n/achrX 1,826,905
43E04D5.2E04D5.2n/achrII 10,420,700contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
44K01C8.6K01C8.6n/achrII 8,278,000contains similarity to Drosophila pseudoobscura 39S ribosomal protein L10, mitochondrial precursor (L10mt) (MRP-L10).; SW:Q29NV5
45F57G8.5F57G8.5n/achrV 16,340,228contains similarity to Pfam domain PF00999 Sodium/hydrogen exchanger family contains similarity to Interpro domain IPR006153 (Sodium/hydrogen exchanger)
46rpb-11W01G7.3n/achrII 14,060,256C. elegans RPB-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01193 RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR008193 (DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16 kDa subunit, conserved site), IPR011261 (DNA-directed RNA polymerase, dimerisation), IPR009025 (DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like)
47Y18D10A.9Y18D10A.9n/achrI 12,855,664contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
48F56E10.1F56E10.1n/achrV 105,397contains similarity to Neurospora crassa Protein bfr-2.; SW:Q7S6P8
49R10E4.11R10E4.11n/achrIII 4,299,234contains similarity to Pfam domain PF00096 (Zinc finger, C2H2 type)
50ZC317.1ZC317.1n/achrV 5,472,445contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)