UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1glh-1T21G5.30chrI 6,856,107glh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains four CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent RNA helicase; at permissive temperature, GLH-1 is required redundantly with GLH-4 for proper germ-line development and fertility, specifically for regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-1 activity is also likely required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, such as PGL-1, but not for accumulation of P granule mRNAs; GLH-1 interacts in vivo with CSN-5, a COP9 signalosome component, and in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase, ZYX-1, a LIM domain-containing zyxin homologue, and GLH-3; GLH-1 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; consistent with its P granule localization, GLH-1 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-1 is also expressed in males.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F54D5.4F54D5.4n/achrII 11,570,295contains similarity to Haemonchus contortus NIM-2 protein.; TR:Q4QYX5
4C35E7.1C35E7.1n/achrI 10,848,430
5C47E8.4C47E8.4n/achrV 14,684,638contains similarity to Pfam domain PF04921 XAP5 protein contains similarity to Interpro domains IPR007005 (XAP5 protein), IPR000533 (Tropomyosin)
6F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
7R05F9.6R05F9.6n/achrII 4,890,420contains similarity to Pfam domains PF02879 (Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II) , PF02878 (Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I) , PF02880 (Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III) , PF00408 (Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016066 (Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site), IPR005843 (Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal), IPR016055 (Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I, II and III), IPR005841 (Alpha-D-phosphohexomutase, N-terminal), IPR005844 (Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I), IPR005846 (Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III), IPR005845 (Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II)
8col-150B0024.2n/achrV 10,294,098C. elegans COL-150 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
9rec-8W02A2.6n/achrIV 13,351,138rec-8 encodes a meiosis-specific cohesin complex subunit orthologous to Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe Rec8p; REC-8 is essential for pairing of homologoues and sister chromatids during meiosis and thus for proper chromosome disjunction; in the germline, REC-8 associates with chromatin of transition zone nuclei, and co-localizes with SMC-1 along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene and in a cruciform pattern at diakinesis; REC-8 localization to chromatin is dependent upon TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS, and additionally, REC-8 and SCC-3 are mutually required for chromatin localization; REC-8 cleavage and degradation during meiosis I is dependent on the AIR-2 aurora-like kinase and during meiosis II on AIR-2 and the PLK-1 polo-like kinase.
10col-130F08G5.4n/achrIV 12,427,979C. elegans COL-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
11col-39C09G5.4n/achrII 10,705,382col-39 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-39 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-35.
12prg-1D2030.6n/achrI 7,586,932C. elegans PRG-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
13col-138C52D10.13n/achrIV 17,183,237C. elegans COL-138 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
14Y43C5A.2Y43C5A.2n/achrIV 10,271,258contains similarity to Pfam domain PF00147 Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain contains similarity to Interpro domains IPR013048 (Meiotic recombination Spo11), IPR014716 (Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1), IPR002181 (Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular)
15C14C10.5C14C10.5n/achrV 12,603,773contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR016024 (Armadillo-type fold)
16C16A11.3C16A11.3n/achrII 4,231,931contains similarity to Pfam domains PF04435 (Domain of unknown function (DUF545)) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00628 (PHD-finger) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR006570 (SPK), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
17nhr-81C47F8.8n/achrI 12,328,787C. elegans NHR-81 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18T04F3.1T04F3.1n/achrV 11,747,105contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR001176 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
19col-142T15B7.4n/achrV 6,831,692C. elegans COL-142 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
20F55A12.1F55A12.1n/achrI 5,370,477contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
21C17H12.4C17H12.4n/achrIV 6,800,609contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
22Y17D7B.4Y17D7B.4n/achrV 18,776,427
23col-80C09G5.5n/achrII 10,707,668C. elegans COL-80 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
24W07G4.4W07G4.4n/achrV 13,045,013contains similarity to Pfam domain PF00883 Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR000819 (Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal)
25ZK829.4ZK829.4n/achrIV 11,954,203ZK829.4 is orthologous to the human gene GLYCINE DECARBOXYLASE PRECURSOR (GLUD1; OMIM:238300), which when mutated leads to disease.
26lec-9C16H3.2n/achrX 17,600,900lec-9 encodes a predicted lectin that affects embryonic viability.
27F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
28pgk-1T03F1.3n/achrI 3,868,329T03F1.3 is orthologous to the human gene PHOSPHOGLYCERETE KINASE 1 (PGK1; OMIM:311800), which when mutated leads to hemolytic anemia and neurologic disturbances.
29col-94W05B2.1n/achrIII 10,987,216C. elegans COL-94 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
30T02G5.4T02G5.4n/achrII 7,083,184contains similarity to Pfam domains PF02803 (Thiolase, C-terminal domain) , PF00108 (Thiolase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR002155 (Thiolase), IPR016039 (Thiolase-like)
31F10E7.3F10E7.3n/achrII 7,124,926
32ugt-1AC3.7n/achrV 10,396,677C. elegans UGT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
33F27D4.1F27D4.1n/achrI 7,703,501The F27D4.1 gene encodes an ortholog of the human gene ELECTRON-TRANSFER-FLAVOPROTEIN, ALPHA POLYPEPTIDE (ETFA), which when mutated leads to glutaricaciduria type IIA (OMIM:231680).
34H03A11.2H03A11.2n/achrX 15,228,166contains similarity to Trypanosoma brucei Putative uncharacterized protein.; TR:Q57WE8
35col-154F55C10.2n/achrV 11,385,847C. elegans COL-154 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
36F35E12.5F35E12.5n/achrV 13,737,761contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003366 (CUB-like region)
37C05D2.8C05D2.8n/achrIII 5,608,885contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein (Fragment).; TR:Q16Z88
38F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
39F23H11.3F23H11.3n/achrIII 900,827contains similarity to Pfam domains PF00549 (CoA-ligase) , PF02629 (CoA binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005810 (Succinyl-CoA ligase, alpha subunit), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR017440 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site), IPR003781 (CoA-binding), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
40alh-3F36H1.6n/achrIV 11,024,207alh-3 encodes an aldehyde dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
41col-38F54C9.4n/achrII 8,568,492col-38 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) required for normal body morphology.
42pas-4C36B1.4n/achrI 8,727,906pas-4 encodes a proteasome alpha-type seven subunit of the core 20S proteasome subcomplex; loss of pas-4 activity via RNAi results in a wide variety of defects including embryonic and larval lethality, sterility, abnormal locomotion, slow growth, and abnormal transgene expression and subcellular localization; loss of pas-4 activity also results in activation of SKN-1, a transcription factor required in adult worms for the acute response to oxidative stress and maternally for embryonic development.
43F57F5.1F57F5.1n/achrV 12,003,793contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
44K01G5.3K01G5.3n/achrIII 10,751,062contains similarity to Mus musculus Ladinin 1 (Lad-1) (Linear IgA disease autoantigen).; SW:LAD1_MOUSE
45dpf-5R11E3.8n/achrIV 4,804,689dpf-5 encodes a putative acylamino-acid-releasing enzyme (AARE; EC 3.4.19.1), orthologous to human APEH, with no obvious function in mass RNAi assays.
46tyr-2K08E3.1n/achrIII 13,745,634C. elegans TYR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
47C36A4.5C36A4.5n/achrIII 3,846,247contains similarity to Interpro domains IPR003993 (Treacher Collins syndrome, treacle), IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5)
48F55G11.8F55G11.8n/achrIV 12,963,684contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
49ivd-1C02B10.1n/achrIV 5,087,748The C02B10.1 gene encodes an isovaleryl-CoA dehydrogenase; this function has been verified by both sequence homology and direct biochemical assay.
50prdx-3R07E5.2n/achrIII 4,407,867C. elegans PRDX-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF08534 (Redoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR013740 (Redoxin), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen)