UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1scpl-4T21C9.120chrV 10,600,600scpl-4 encodes an ortholog of budding yeast TIM50 and human TIMM50 (OMIM:607381); by orthology, SCPL-4 is expected to be part of the mitochondrial inner membrane protein translocase; SCPL-4 is required for embryonic development and fertility in mass RNAi assays; SCPL-4 is distantly similar to FCP-1 and SCPL-1, -2, and -3.
2tag-264B0511.8n/achrI 10,637,866C. elegans TAG-264 protein; contains similarity to Pfam domain PF07147 Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) contains similarity to Interpro domain IPR010793 (Ribosomal protein S30, mitochondrial)
3T09B4.9T09B4.9n/achrI 6,179,413contains similarity to Pfam domain PF04280 Tim44-like domain contains similarity to Interpro domains IPR007379 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim44), IPR017303 (Import inner membrane translocase, TIM44 subunit, mitochondria), IPR005682 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim44, subtype)
4E02A10.1E02A10.1n/achrV 12,564,567contains similarity to Pfam domains PF00333 (Ribosomal protein S5, N-terminal domain) , PF03719 (Ribosomal protein S5, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR013810 (Ribosomal protein S5, N-terminal), IPR005324 (Ribosomal protein S5, C-terminal), IPR000851 (Ribosomal protein S5), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold)
5oxi-1Y39A1C.2n/achrIII 10,862,495C. elegans OXI-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00632 HECT-domain (ubiquitin-transferase) contains similarity to Interpro domain IPR000569 (HECT)
6F25E5.1F25E5.1n/achrV 7,468,526contains similarity to Interpro domain IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II)
7ers-3T07A9.2n/achrIV 389,575ers-3 encodes a a glutamine (E)/glutaminyl (Q) tRNA synthetase.
8abcf-1F18E2.2n/achrV 12,762,189C. elegans ABCF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00005 ABC transporter contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
9H19N07.1H19N07.1n/achrV 11,111,736contains similarity to Pfam domains PF03143 (Elongation factor Tu C-terminal domain) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR004160 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR009001 (Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal)
10T01E8.6T01E8.6n/achrII 10,241,373contains similarity to Pfam domain PF00253 Ribosomal protein S14p/S29e contains similarity to Interpro domain IPR001209 (Ribosomal protein S14)
11F59A3.3F59A3.3n/achrI 5,506,231contains similarity to Pfam domain PF00467 KOW motif contains similarity to Interpro domains IPR005825 (Ribosomal protein L24/L26, conserved site), IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR003256 (Ribosomal protein L24)
12rps-10D1007.6n/achrI 4,584,217rps-10 encodes a small (40S) ribosomal subunit S10 protein; loss of rps-10 activity in adult animals extends lifespan.
13R05D11.4R05D11.4n/achrI 8,599,872contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
14R12E2.12R12E2.12n/achrI 4,174,271contains similarity to Interpro domain IPR000529 (Ribosomal protein S6)
15ifd-2F25E2.4n/achrX 814,890ifd-2 encodes a nonessential intermediate filament protein; IFD-2 is predicted to function as a structural component of the cytoskeleton; IFD-2 has no obvious function in RNAi assays.
16W07B8.1W07B8.1n/achrV 1,136,888contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
17mif-2C52E4.2n/achrV 11,977,505C. elegans MIF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01187 Macrophage migration inhibitory factor (MIF) contains similarity to Interpro domains IPR014347 (Tautomerase), IPR001398 (Macrophage migration inhibitory factor)
18ppk-1F55A12.3n/achrI 5,361,848ppk-1 encodes a putative phosphatidylinositol-4-phosphate 5' kinase that is essential for ovulation, intense gonad sheath contraction and dilation of the spermathecal valve during oocyte maturation, and UNC-54 filament organization; more generally, PPK-1 is required for fertility, progression through larval development, normal locomotion and defecation, and overall health; defects of ppk-1(RNAi) animals in sterility, ovulation, and UNC-54 filaments are suppressed by the gain-of-function itr-1(sy290) allele, presumably through increased IP(3) signalling; PPK-1 is expressed in gonad sheath, spermatheca, uterine and vulva muscles, distal tip cells, intestine, head mesodermal cell, and many neurons (e.g., in the ventral nerve cord, near the nerve ring, and in tail); PPK-1 may be activated by VAV-1; PPK-1 is orthologous to five human proteins (e.g., PIP5K1B, OMIM:602745), and distantly paralogous to PPK-2.
19mel-46T06A10.1n/achrIV 16,859,204C. elegans MEL-46 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
20C45B2.6C45B2.6n/achrX 6,055,182contains similarity to Pfam domains PF01734 (Patatin-like phospholipase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (3)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin), IPR002110 (Ankyrin)
21ZK1236.1ZK1236.1n/achrIII 8,430,360contains similarity to Pfam domains PF06421 (GTP-binding protein LepA C-terminus) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) , PF00679 (Elongation factor G C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR006297 (GTP-binding protein LepA), IPR000640 (Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal), IPR013842 (GTP-binding protein LepA, C-terminal), IPR009022 (Elongation factor G, III and V)
22B0280.9B0280.9n/achrIII 7,121,829contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR001680 (WD40 repeat), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
23K10D11.6K10D11.6n/achrIV 12,988,061contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
24F23H11.2F23H11.2n/achrIII 897,957contains similarity to Interpro domains IPR001228 (4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site)
25E04A4.5E04A4.5n/achrIV 4,744,928contains similarity to Pfam domain PF02466 Tim17/Tim22/Tim23 family contains similarity to Interpro domains IPR005678 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17), IPR003397 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22)
26tufm-2C43E11.4n/achrI 4,248,543C. elegans TUFM-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF03143 (Elongation factor Tu C-terminal domain) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR004160 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR009001 (Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal)
27D2096.8D2096.8n/achrIV 8,378,494D2096.8 encodes a protein related in sequence to the conserved NAP (Nucleosome Assembly Protein) family of proteins involved in chromatin remodeling; loss of D2096.8 activity in wild-type and various mutant backgrounds suggests that in C. elegans the product of D2096.8 is required for proper transcriptional regulation that affects a number of biological processes including embryonic and larval development, body morphology, locomotion, and vulval formation.
28F14B4.3F14B4.3n/achrI 9,283,761contains similarity to Pfam domains PF06883 (RNA polymerase I, Rpa2 specific domain) , PF04561 (RNA polymerase Rpb2, domain 2) , PF04567 (RNA polymerase Rpb2, domain 5) , PF04565 (RNA polymerase Rpb2, domain 3) , PF00562 (RNA polymerase Rpb2, domain 6) , PF04560 (RNA polymerase Rpb2, domain 7) , PF04563 (RNA polymerase beta subunit) contains similarity to Interpro domains IPR007120 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6), IPR007641 (RNA polymerase Rpb2, domain 7), IPR007644 (RNA polymerase, beta subunit, protrusion), IPR009674 (RNA polymerase I, Rpa2 specific), IPR015712 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2), IPR007645 (RNA polymerase Rpb2, domain 3), IPR007642 (RNA polymerase Rpb2, domain 2), IPR007647 (RNA polymerase Rpb2, domain 5), IPR007121 (RNA polymerase, beta subunit, conserved site)
29R02F2.7R02F2.7n/achrIII 5,482,043
30cyp-13A11F14F7.2n/achrIII 13,022,359C. elegans CYP-13A11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
31B0205.6B0205.6n/achrI 10,738,293contains similarity to Pfam domains PF01212 (Beta-eliminating lyase) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR001597 (Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR016454 (Cysteine desulphurase, NifS), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
32pfd-3T06G6.9n/achrI 12,729,010pfd-3 encodes a putative prefoldin, orthologous to human VBP1 (OMIM:300133), that is required for normal alpha-tubulin synthesis, microtubule growth, mitotic spindle formation and positioning, early embryonic cell division, and embryonic and larval viability; PFD-3 is expressed cytoplasmically in most, if not all, tissues.
33nst-1K01C8.9n/achrII 8,281,963nst-1 encodes a homolog of human GNL3 (OMIM:608011, nucleostemin) and GNL3L, and of S. cerevisiae NUG1; NST-1 may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, NST-1 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline; nucleostemin is a nucleolar protein found in stem cells that is required in quantitatively correct amounts (neither too little nor too much) for continued cell division and survival by stem cells or transformed cells; NST-1 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth, larval viability, and normal body morphology and pigmentation.
34ubh-4C08B11.7n/achrII 8,038,864C. elegans UBH-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01088 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 contains similarity to Interpro domains IPR001578 (Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1), IPR017390 (Ubiquitinyl hydrolase, UCH37 type)
35Y48A6C.4Y48A6C.4n/achrIII 11,121,345Y48A6C.4 encodes an ortholog of S. cerevisiae IPI1 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, Y48A6C.4 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
36pgp-5C05A9.1n/achrX 10,856,675pgp-5 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; by homology, PGP-5 is predicted to function as an ATP-dependent efflux pump that protects C. elegans by exporting exogenous toxins; however, as loss of pgp-5 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of PGP-5 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
37ars-2F28H1.3n/achrI 3,984,796ars-2 encodes a predicted cytoplasmic alanyl-tRNA synthetase (AlaRS), a class II aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of alanine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; ARS-2 is essential for embryogenesis, and is required for fertility and a normal rate of postembryonic development; ARS-2 expression is likely ubiquitous and detected in hypodermis, intestine, neurons, and the pharynx from late embryogenesis through the adult stage of development.
38ZK1098.7ZK1098.7n/achrIII 9,523,311contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpS23-PA;; FLYBASE:CG31842
39F09E5.8F09E5.8n/achrII 5,351,303contains similarity to Pfam domain PF01168 Alanine racemase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR011078 (Predicted pyridoxal phosphate-dependent enzyme, YBL036C type), IPR001608 (Alanine racemase, N-terminal)
40tsfm-1F55C5.5n/achrV 12,270,895F55C5.5 encodes a translational elongation factor Ts (EF-Ts) that binds two different EF-Tu proteins (EF-TU1/Y71H2AM.23 and EF-TU2/C43E11.4) in vitro, stimulating guanine-nucleotide exchange and mRNA translation; F55C5.5 is predicted to be mitochondrial and has a putative N-terminal transit peptide sequence; F55C5.5 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth and for maintenance of the germline.
41ddx-23F01F1.7n/achrIII 5,851,012C. elegans DDX-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
42B0303.15B0303.15n/achrIII 8,717,978contains similarity to Pfam domains PF00298 (Ribosomal protein L11, RNA binding domain) , PF03946 (Ribosomal protein L11, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR000911 (Ribosomal protein L11)
43R12E2.11R12E2.11n/achrI 4,173,045contains similarity to Pfam domain PF00156 Phosphoribosyl transferase domain contains similarity to Interpro domains IPR004467 (Orotate phosphoribosyl transferase), IPR000836 (Phosphoribosyltransferase), IPR002375 (Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferase, conserved site)
44F08A8.3F08A8.3n/achrI 12,948,957contains similarity to Pfam domains PF01756 (Acyl-CoA oxidase) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) contains similarity to Interpro domains IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR012258 (Acyl-CoA oxidase), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR002655 (Acyl-CoA oxidase, C-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal)
45vha-2R10E11.2n/achrIII 9,782,355vha-2 and vha-3 encode an ortholog of subunit c of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); the protein encoded by vha-2 and vha-3 (VHA-2/3) is identical; VHA-2/3 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component, whose polypeptide sequence is identical to that of VHA-3; VHA-1 and VHA-2/3 comprise a closely related family of subunit c co-orthologs, predicted to carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export; VHA-2/3 is dispensable for viability, since vha-2/3(RNAi) animals have mostly healthy progeny; however, VHA-2 is required for ovulation and embryogenesis, since vha-2(RNAi) animals are sterile with polyploid, unmatured oocytes; VHA-2, along with VHA-15 and probably all V-ATPase subunits, is required for systemic RNAi, probably during endocytotic RNAi uptake; VHA-2 is required for necrosis, since vha-2(RNAi) suppresses necrotic neurodegeneration; vha-2 shares an operon with vha-1 and R10E11.6; both vha-2 and vha-1 are expressed in the excretory cell, the rectum, and a pair of cells posterior to the anus.
46K01C8.6K01C8.6n/achrII 8,278,000contains similarity to Drosophila pseudoobscura 39S ribosomal protein L10, mitochondrial precursor (L10mt) (MRP-L10).; SW:Q29NV5
47T23B12.2T23B12.2n/achrV 8,468,082contains similarity to Pfam domain PF00573 Ribosomal protein L4/L1 family contains similarity to Interpro domains IPR013005 (Ribosomal protein L4/L1e, bacterial-type), IPR002136 (Ribosomal protein L4/L1e)
48clec-26T20B3.12n/achrV 16,849,392C. elegans CLEC-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
49R11D1.9R11D1.9n/achrV 12,729,002contains similarity to Pfam domain PF05046 Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) contains similarity to Interpro domain IPR007740 (Ribosomal protein L49/IMG2)
50T22B11.5T22B11.5n/achrIV 4,700,455The T22B11.5 gene encodes an ortholog of the human gene OGDH, which when mutated leads to alpha-ketoglutarate deficiency (OMIM:203740); the T22B11.5 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.