UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T20G5.4T20G5.40chrIII 10,213,504contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4F15A8.4F15A8.4n/achrX 4,408,576
5C51E3.6C51E3.6n/achrV 10,165,329contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
6F17C8.6F17C8.6n/achrIII 4,745,411F17C8.6 encodes an alpha1 Ca2+ channel subunit; large-scale RNAi experiments indicate that during development F17C8.6, along with nca-2, may play a role in regulating egg size and shape.
7srb-6R05H5.6n/achrII 10,195,792C. elegans SRB-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
8T03G11.5T03G11.5n/achrX 5,168,923
9R09H10.1R09H10.1n/achrIV 10,601,257contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
10C32E8.3C32E8.3n/achrI 3,787,036contains similarity to Pfam domain PF05517 p25-alpha contains similarity to Interpro domain IPR008907 (P25-alpha)
11sre-21C47A10.4n/achrV 17,771,397C47A10.4 is orthologous to the human gene ALBINISM, OCULAR, TYPE I (OA1; OMIM:300500), which when mutated leads to Nettleship-Falls type ocular albinism.
12K05G3.1K05G3.1n/achrX 16,501,554contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domain IPR002562 (3'-5' exonuclease)
13C01G6.7C01G6.7n/achrII 9,292,949contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
14lge-1K09C8.4n/achrX 10,968,138C. elegans LGE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01501 Glycosyl transferase family 8 contains similarity to Interpro domain IPR002495 (Glycosyl transferase, family 8)
15M04D8.5M04D8.5n/achrIII 10,032,724contains similarity to Periplaneta americana Large conductance calcium activated potassium channel pSlo spliceforms1-5A.; TR:Q8I9V1
16unc-38F21F3.5n/achrI 4,899,335unc-38 encodes a nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) alpha subunit; UNC-38 is required for normal locomotion and egg-laying, and functions as a subunit of a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with ACR-2, ACR-3, UNC-29, and LEV-1, non-alpha nAChR subunits, the resulting multimer can form levamisole-gated channels; UNC-38 is expressed postsynaptically in muscles and neurons where it colocalizes with TAX-6, and with ACR-8, ACR-12, and UNC-29, respectively.
17F18E9.4F18E9.4n/achrX 8,582,026
18W06B11.1W06B11.1n/achrX 5,850,462contains similarity to Pfam domain PF05301 Protein of unknown function (DUF738) contains similarity to Interpro domain IPR007965 (Protein of unknown function DUF738)
19F10D7.4F10D7.4n/achrX 17,380,140
20C34F6.7C34F6.7n/achrX 11,212,716contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG14646-PA;; FLYBASE:CG14646
21F40A3.7F40A3.7n/achrV 7,897,725contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
22R09A1.3R09A1.3n/achrV 1,025,455
23osm-9B0212.5n/achrIV 3,554,256The osm-9 gene encodes a capsaicin receptor homolog involved in sensory responses to a subset of chemical stimuli and to ASH neuron-mediated osmotic and mechanical stimuli; OSM-9 is also involved in adaptation to volatile odorants and salts.
24F07C6.3F07C6.3n/achrIV 12,789,701contains similarity to Coxiella burnetii Hypothetical protein.; TR:Q83D43
25C35A5.7C35A5.7n/achrV 10,512,499contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
26clec-156F26A1.11n/achrIII 4,842,010C. elegans CLEC-156 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
27C34F11.1C34F11.1n/achrII 5,213,423contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
28fbxa-213Y37H2C.3n/achrV 18,268,033This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
29F35F10.11F35F10.11n/achrV 3,311,123contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
30fbxa-32ZC47.6n/achrIII 1,268,313This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
31C14A11.5C14A11.5n/achrX 2,806,295
32srt-47Y41E3.12n/achrIV 15,051,352C. elegans SRT-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR006121 (Heavy metal transport/detoxification protein)
33ZK938.4ZK938.4n/achrII 9,835,995contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
34F28F9.3F28F9.3n/achrIV 3,831,378
35T01D3.1T01D3.1n/achrV 13,691,269contains similarity to Pfam domain PF00008 (EGF-like domain)
36sdz-4C32B5.16n/achrII 959,537C. elegans SDZ-4 protein ;
37sru-22F36G9.5n/achrV 15,973,922C. elegans SRU-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
38cyp-13A1T10B9.8n/achrII 9,780,487C. elegans CYP-13A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
39Y54E2A.1Y54E2A.1n/achrII 14,736,737contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
40sre-53C50E10.3n/achrII 12,322,214C. elegans SRE-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR)
41F40G12.2F40G12.2n/achrV 14,260,215contains similarity to Interpro domain IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site)
42F18F11.4F18F11.4n/achrIV 332,622contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
43R10F2.5R10F2.5n/achrIII 2,924,200contains similarity to Interpro domain IPR000443 (Islet amyloid polypeptide)
44del-1E02H4.1n/achrX 14,274,420del-1 encodes an ion channel protein of the DEG/ENaC (degenerin/epithelial Na+ channel) family; like other members of the degenerin family, DEL-1 is predicted to function as a sensory mechanotransduction channel, however detailed analysis of the DEL-1 mutant phenotype has not yet been reported; DEL-1 is expressed postembryonically in the VA and VB motor neurons and in the FLP sensory neurons; the DEL-1 expression pattern overlaps that of UNC-8, an additional C. elegans degenerin involved in movement control, with which DEL-1 may coassemble to form mechanically activated cation channels.
45clk-1ZC395.2n/achrIII 5,278,572clk-1 encodes the C. elegans ortholog of COQ7/CAT5, a highly conserved demethoxyubiquinone (DMQ) hydroxylase that is necessary for the biosynthesis of ubiquinone (coenzyme Q, Q9) from 5-demethoxyubiquinone (DMQ9); in C. elegans, CLK-1 activity is required for normal physiological rates of growth, development, behavior, and aging, as well as for normal brood sizes.
46F46B3.1F46B3.1n/achrV 20,592,082contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
47E03H4.12E03H4.12n/achrI 12,436,494contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
48cmk-1K07A9.2n/achrIV 1,829,288cmk-1 encodes a Ca+2/calmodulin-dependent protein kinase I (CaMK1); CMK-1 activity is required, cell autonomously and downstream of the cyclic nucleotide-gated channel TAX-4, for several aspects of AFD thermosensory neuron differentiation, including expression of the gcy-8 guanylyl cyclase and nhr-38 nuclear hormone receptor genes and morphology of the AFD sensory endings; cmk-1 activity is thus also required for normal thermosensory behavior; a cmk-1::gfp reporter is expressed in head sensory and interneurons as well as in the ventral nerve cord; expression is seen specifically in the neurons of the thermosensory circuit, AFD, AIY, and AIZ; CMK-1 localizes exclusively to the cytoplasm.
49F37C4.1F37C4.1n/achrIV 3,890,907contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
50F17H10.1F17H10.1n/achrX 13,106,728contains similarity to Danio rerio Protein SERAC1.; SW:Q5SNQ7