UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T20D4.11T20D4.112e-110chrV 3,399,039contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
2col-35C15A11.1n/achrI 7,386,359col-35 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-35 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-39.
3grl-19R02D3.6n/achrIV 252,252grl-19 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-19 is expressed in intestine; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
4acs-2F28F8.2n/achrV 15,568,615C. elegans ACS-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
5col-102C18H7.3n/achrIV 605,160col-102 encodes a cuticle collagen.
6nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
7F09F7.6F09F7.6n/achrIII 5,551,674
8nlp-12M01D7.5n/achrI 1,843,618nlp-12 encodes two predicted neuropeptide-like proteins; nlp-12 is part of a LQFamide neuropeptide family that has members in at least one other nematode species; nlp-12 is expressed in one tail neuron; as loss of nlp-12 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of nlp-12-encoded peptides in development and/or behavior is not yet known.
9E04F6.9E04F6.9n/achrII 7,211,856
10col-84K12D12.3n/achrII 11,869,021C. elegans COL-84 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
11ora-1F57H12.3n/achrIV 7,978,407C. elegans ORA-1 protein ; contains similarity to Onchocerca volvulus OV39 antigen (Fragment).; SW:P31730
12clec-60ZK666.6n/achrII 10,480,905clec-60 encodes a C-type lectin protein with no obvious non-nematode orthologs required for normal resistance to infection with Microbacterium nematophilum; clec-60 transcription is induced 6.6-fold by infection with M. nematophilum, making it one of the most strongly infection-responsive genes (second only to tts-1), while not being induced by other pathogens; CLEC-60 is expressed throughout the larval intestine, continuing adult expression primarily in the posterior intestinal cells int8 and int9; CLEC-60 contains an N-terminal von Willebrand factor type A domain and a C-terminal C-type lectin domain; CLEC-60 has no obvious function in mass RNAi assays, and is dispensable for viability.
13col-158D2023.7n/achrV 11,830,378C. elegans COL-158 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
14F56H9.2F56H9.2n/achrV 12,637,872contains similarity to Plasmodium falciparum Transport protein, putative.; TR:Q8IHR3
15nlp-28B0213.3n/achrV 3,988,091C. elegans NLP-28 protein ; contains similarity to Ixodes scapularis Putative secreted salivary gland peptide.; TR:Q5Q982
16scl-11F49E11.6n/achrIV 13,051,732C. elegans SCL-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
17cnc-2R09B5.3n/achrV 1,449,921cnc-2 encodes one of six C. elegans caenacin peptides; cnc-2 expression is strongly induced after infection by the fungus Drechmeria coniospora and the gram-negative bacteria Serratia marcescens, suggesting that it functions as a secreted antimicrobial peptide in the innate immune response.
18C34C6.7C34C6.7n/achrII 8,707,892contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
19T28A11.19T28A11.193e-98chrV 3,269,156contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
20F40G12.5F40G12.50.009chrV 14,269,931contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
21hsp-12.3F38E11.1n/achrIV 9,445,065hsp-12.3 encodes a small heat-shock protein that forms heterotetramers with HSP-12.2 and has no chaperone-like activity; structurally, HSP-12.3 is mostly a beta-sheet; at least one HSP-12 (which may or may not be HSP-12.2) is ubiquitously expressed in L1 larvae, and later expressed in adult spermatids (and perhaps spermatocytes), and some adult vulval cells; hsp-12.3 is upregulated in daf-2 mutants, suggesting that hsp-12.3's expression may contribute to prolonged lifespan in dauer larvae.
22col-45F53G12.7n/achrI 116,588col-45 encodes a cuticle collagen.
23cpi-1K08B4.6n/achrIV 6,093,107cpi-1 encodes a homolog of cysteine protease inhibitors (cystatins); cpi-1 is at least superficially dispensable for viability and gross morphology.
24col-2W01B6.7n/achrIV 10,084,918col-2 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies); expression peaks during the molt that separates the L2 larval and dauer stages as the dauer cuticle is being formed, and mRNA is expressed at low levels in post-dauer L4 larvae and in adult animals.
25F22B7.9F22B7.9n/achrIII 8,653,148
26T01C3.4T01C3.4n/achrV 14,994,531contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
27sodh-1K12G11.3n/achrV 11,888,912C. elegans SODH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR002328 (Alcohol dehydrogenase, zinc-containing, conserved site)
28nlp-39C54C8.9n/achrI 12,461,774C. elegans NLP-39 protein ;
29grd-4T01B10.1n/achrX 8,501,684grd-4 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground domain; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-4 is weakly required for normal molting; GRD-4 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
30F47B8.2F47B8.2n/achrV 14,316,299contains similarity to Lyngbya lagerheimii CP 43 protein (Fragment).; TR:Q937F7
31F53A9.1F53A9.1n/achrX 8,711,652contains similarity to Interpro domains IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR002395 (HMW kininogen)
32cpr-2F36D3.9n/achrV 16,533,516C. elegans CPR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
33C18A11.1C18A11.1n/achrX 8,069,882
34nlp-29B0213.4n/achrV 3,984,616nlp-29 encodes a neuropeptide-like protein; nlp-29 appears to play a role in innate immunity, as its expression is strongly induced following bacterial and fungal infection; nlp-29 is expressed in the hypodermis and in the intestine; nlp-29 expression is regulated by TIR-1, an ortholog of SARM, a Toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain protein, and by the RAB-1 GTPase and the product of R53.4, a mitochondrial ATP synthase subunit f homolog.
35F47B8.8F47B8.8n/achrV 14,332,167contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domain IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal)
36dct-7F15E6.8n/achrIV 4,290,416C. elegans DCT-7 protein ;
37scl-2F49E11.10n/achrIV 13,058,350C. elegans SCL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
38F46A8.7F46A8.7n/achrI 11,238,164contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein MGC35285; ENSEMBL:ENSP00000279688
39ZK971.1ZK971.1n/achrII 10,279,516contains similarity to Arabidopsis thaliana Gb|AAB67622.1.; TR:Q9LT65
40B0507.8B0507.8n/achrV 8,761,695contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Nucleoporin nup211 (Nuclear pore protein nup211).; SW:O74424
41grl-17C56A3.1n/achrV 13,562,991grl-17 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-17 is expressed in pharynx, rectal epithelium, amphid socket cells, larval arcade cells, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
42col-116F17E9.1n/achrIV 8,357,297C. elegans COL-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
43F07C3.9F07C3.9n/achrV 9,254,456
44F43H9.4F43H9.4n/achrV 8,027,713contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
45F07C4.6F07C4.6n/achrV 7,627,266contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
46F12D9.2F12D9.2n/achrX 8,646,792
47Y73F4A.3Y73F4A.3n/achrIV 9,040,014contains similarity to Pfam domain PF03351 DOMON domain contains similarity to Interpro domains IPR005018 (DOMON related), IPR008960 (Carbohydrate-binding family 9/cellobiose dehydrogenase, cytochrome), IPR013050 (DOMON)
48F57F4.2F57F4.2n/achrV 6,388,125contains similarity to Felis silvestris catus RPGR (Fragment).; TR:Q56PC0
49F22B5.4F22B5.4n/achrII 8,451,121contains similarity to Pseudomonas putida Butylphenol hydroxylase component A1.; TR:Q842G6
50C06G3.3C06G3.3n/achrIV 7,036,272