UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T20D3.8T20D3.87e-138chrIV 9,342,540contains similarity to Pfam domain PF06432 Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR009450 (Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase)
2C48B6.3C48B6.3n/achrI 6,915,508contains similarity to Homo sapiens UPF0472 protein C16orf72; ENSEMBL:ENSP00000331720
3pie-1Y49E10.14n/achrIII 12,427,870pie-1 encodes a C-x8-C-x5-C-x3-H-type zinc-finger protein; maternally provided PIE-1 is essential for germline cell fate determination, as it functions as a repressor of RNA polymerase II-dependent gene expression in the developing germ line; PIE-1 localization, initially uniform and then concentrated in the posterior germ cell lineages, is regulated by other maternally supplied gene products including PAR-1, MEX-5, and MEX-6.
4F52C6.3F52C6.3n/achrII 1,925,233contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
5W03C9.2W03C9.2n/achrII 11,963,758contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Transcription elongation factor S-II (TFIIS).; SW:TFS2_SCHPO
6zhp-3K02B12.8n/achrI 8,530,344zhp-3 encodes a RING finger protein orthologous to budding yeast Cst9p (meiotically expressed) and human RNF212 (associated with varying recombination rate); ZHP-3 activity is required during meiosis for crossover recombination and chiasma formation; ZHP-3 activity is thus essential for proper chromosome segregation and normal levels of fertility; a ZHP-3::GFP fusion protein localizes along synapsed chromosomes in a manner that is dependent upon the presence of mature synaptonemal complexes; ZHP-3 is paralogous to D1081.9, F55A12.10, and Y39B6A.16.
7C42C1.8C42C1.8n/achrIV 12,292,136contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
8C52B11.4C52B11.4n/achrX 1,285,532
9C56C10.9C56C10.9n/achrII 6,591,647contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
10dnj-22T23B12.7n/achrV 8,461,579This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain that is predicted to be mitochondrial.
11F40G9.7F40G9.7n/achrIII 165,986
12F33G12.2F33G12.2n/achrII 5,030,810contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
13F52C6.4F52C6.4n/achrII 1,923,563contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
14F43D2.1F43D2.1n/achrV 14,613,051contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
15F30F8.3F30F8.3n/achrI 7,836,374contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
16hop-1C18E3.8n/achrI 4,209,468hop-1 encodes one of three C. elegans presenilins (the other two presenilins are encoded by sel-12 and spe-4); originally identified on the basis of its sequence similarity to SEL-12 and the human PS1 and PS2 presenilins, HOP-1 has been shown to function redundantly with SEL-12 in embryonic, larval, and germline development and thus, to likely function by regulating LIN-12/GLP-1 signaling; in addition, hop-1 can functionally substitute for sel-12 by rescuing the egg-laying and vulval development defects of sel-12 mutants; hop-1 transcription appears to be regulated, at least in part, by the C. elegans spr genes, some of which encode orthologs of the mammalian CoREST repressor complex.
17Y49A10A.1Y49A10A.1n/achrX 10,359,445contains similarity to Pfam domain PF06565 Repeat of unknown function (DUF1126) contains similarity to Interpro domains IPR010554 (Protein of unknown function DUF1126), IPR006602 (Region of unknown function DM10)
18C15C6.4C15C6.4n/achrI 12,214,144C15C6.4 encodes an ortholog of Pop4 (Rpp29), a protein subunit of the endoribonuclease RNAse P, which cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end; C15C6.4 is evolutionarily ubiquitous among eukaryotes.
19F35H10.6F35H10.6n/achrIV 8,300,273contains similarity to Pfam domain PF02996 Prefoldin subunit contains similarity to Interpro domains IPR004127 (Prefoldin alpha-like), IPR009053 (Prefoldin)
20M02B7.4M02B7.4n/achrIV 3,802,482contains similarity to Pfam domain PF08660 Oligosaccharide biosynthesis protein Alg14 like contains similarity to Interpro domain IPR013969 (Oligosaccharide biosynthesis protein Alg14 like)
21Y5F2A.4Y5F2A.4n/achrIV 11,077,311contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
22C02B10.2C02B10.2n/achrIV 5,090,651contains similarity to Homo sapiens SNARE-associated protein Snapin; ENSEMBL:ENSP00000357674
23ekl-5Y26E6A.1n/achrX 13,915,941C. elegans EKL-5 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001579 (Glycoside hydrolase, chitinase active site), IPR006642 (Zinc finger, Rad18-type putative)
24F08B6.1F08B6.1n/achrI 6,760,893contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
25hcp-3F58A4.3n/achrIII 9,615,787The hcp-3 gene encodes a centromere protein (CENP)-A homolog required for kinetochore function; inactivation of hcp-3 in one-cell embryos by RNAi causes a complete loss of kinetochores, with total failure of chromosomes to segregate properly during mitosis, to recruit components to the kinetochore other than HCP-3, or to assemble a stable mitotic spindle; in addition, HCP-4 fails to localize properly to the kinetochore in hcp-3(RNAi) embryos.
26F49C5.5F49C5.5n/achrII 12,546,186
27dro-1F53A2.5n/achrIII 13,342,882C. elegans DRO-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
28C17H12.2C17H12.2n/achrIV 6,788,223contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7289-PA;; FLYBASE:CG7289
29F27B3.5F27B3.5n/achrIII 6,560,937contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
30W06D11.1W06D11.1n/achrX 12,294,462
31F53F8.5F53F8.5n/achrV 20,697,686contains similarity to Pfam domain PF00536 SAM domain (Sterile alpha motif) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM)
32T05H10.1T05H10.1n/achrII 8,044,949contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR011051 (Cupin, RmlC-type)
33fbxa-108F59A1.7n/achrV 17,657,524This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34lrr-1F33G12.4n/achrII 5,035,345F33G12.4 encodes a leucine rich repeat-containing protein; loss of F33G12.4 activity via large-scale RNAi indicates that F33G12.4 is essential for embryonic and larval development.
35M05D6.2M05D6.2n/achrII 8,469,058contains similarity to Pfam domain PF05794 T-complex protein 11 contains similarity to Interpro domain IPR008862 (T-complex 11)
36his-46B0035.9n/achrIV 11,326,144his-46 encodes an H4 histone.
37F42A6.5F42A6.5n/achrIV 3,331,304contains similarity to Interpro domain IPR001357 (BRCT)
38F36A2.8F36A2.8n/achrI 8,811,005contains similarity to Pfam domain PF05005 Janus/Ocnus family (Ocnus) contains similarity to Interpro domain IPR007702 (Janus/Ocnus)
39B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
40C29A12.1C29A12.1n/achrV 10,812,876contains similarity to Mesocricetus auratus Synaptonemal complex protein 1 (SCP-1 protein) (Meiotic chromosomessynaptic protein) (Fragment).; SW:SCP1_MESAU
41F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
42F56A8.4F56A8.4n/achrIII 13,264,008contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
43try-1ZK546.15n/achrII 4,948,807C. elegans TRY-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00089 Trypsin contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine), IPR008256 (Peptidase S1B, glutamyl endopeptidase I)
44F55C5.4F55C5.4n/achrV 12,273,750contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
45F48E8.2F48E8.2n/achrIII 5,466,142contains similarity to Mus musculus E2F-associated phosphoprotein (EAPP).; SW:Q5BU09
46C49C3.6C49C3.6n/achrIV 17,331,938contains similarity to Saccharomyces cerevisiae a homologue of BUL1; SGD:YML111W
47mxl-2F40G9.11n/achrIII 187,571C. elegans MXL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
48B0564.2B0564.2n/achrIV 13,107,893contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
49F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
50ZC477.5ZC477.5n/achrIV 7,102,332