UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1clec-26T20B3.120chrV 16,849,392C. elegans CLEC-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
2F28A10.10F28A10.10n/achrII 831,531contains similarity to Pfam domain PF01467 Cytidylyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR004821 (Cytidyltransferase-related), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold), IPR004820 (Cytidylyltransferase)
3glrx-5Y49E10.2n/achrIII 12,373,098C. elegans GLRX-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00462 Glutaredoxin contains similarity to Interpro domains IPR002109 (Glutaredoxin), IPR014025 (Glutaredoxin subgroup), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004480 (Glutaredoxin-related protein)
4cyp-25A2C36A4.2n/achrIII 3,836,163C. elegans CYP-25A2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
5gly-3ZK688.8n/achrIII 7,916,183gly-3 encodes an N-acetylgalactosaminyltransferase that is functional in vitro.
6F19C7.1F19C7.1n/achrIV 4,606,991contains similarity to Pfam domain PF06879 Protein of unknown function (DUF1261) contains similarity to Interpro domain IPR009673 (Protein of unknown function DUF1261)
7K09E3.2K09E3.2n/achrX 17,117,739
8hlh-15C43H6.8n/achrX 2,413,123C. elegans HLH-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
9vpr-1F33D11.11n/achrI 5,869,119C. elegans VPR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein), IPR016763 (Vesicle-associated membrane protein)
10F08A8.3F08A8.3n/achrI 12,948,957contains similarity to Pfam domains PF01756 (Acyl-CoA oxidase) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) contains similarity to Interpro domains IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR012258 (Acyl-CoA oxidase), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR002655 (Acyl-CoA oxidase, C-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal)
11oxi-1Y39A1C.2n/achrIII 10,862,495C. elegans OXI-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00632 HECT-domain (ubiquitin-transferase) contains similarity to Interpro domain IPR000569 (HECT)
12K02F3.10K02F3.10n/achrIII 851,885contains similarity to Interpro domain IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site)
13ZK370.8ZK370.8n/achrIII 8,753,333contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
14C01H6.4C01H6.4n/achrI 7,211,559contains similarity to Pfam domains PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) , PF00743 (Flavin-binding monooxygenase-like) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR000960 (Flavin-containing monooxygenase FMO), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
15sfxn-1.5T04F8.1n/achrX 11,660,570C. elegans SFXN-1.5 protein; contains similarity to Pfam domain PF03820 Tricarboxylate carrier contains similarity to Interpro domain IPR004686 (Tricarboxylate/iron carrier)
16mif-2C52E4.2n/achrV 11,977,505C. elegans MIF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01187 Macrophage migration inhibitory factor (MIF) contains similarity to Interpro domains IPR014347 (Tautomerase), IPR001398 (Macrophage migration inhibitory factor)
176R55.26R55.2n/achrX 17,713,765
18plc-4R05G6.8n/achrIV 7,511,060C. elegans PLC-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00168 (C2 domain) , PF00387 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain) , PF09279 (Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like) , PF00036 (EF hand) , PF00388 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain) contains similarity to Interpro domains IPR015359 (Phospholipase C, phosphoinositol-specific, EF-hand-like), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR001192 (Phospholipase C, phosphoinositol-specific, C-terminal (PLC)), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000909 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X region), IPR001711 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain), IPR013841 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X and Y boxes), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
19W02G9.4W02G9.4n/achrV 2,668,540contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
20ZK180.4ZK180.4n/achrIV 4,512,601contains similarity to Pfam domains PF00025 (ADP-ribosylation factor family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR006687 (GTP-binding protein SAR1), IPR013684 (Miro-like), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
21C50F2.3C50F2.3n/achrI 3,878,907contains similarity to Pfam domain PF02184 HAT (Half-A-TPR) repeat contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013212 (Mad3/BUB1 homology region 1), IPR003107 (RNA-processing protein, HAT helix)
22mrs-1F58B3.5n/achrIV 11,633,685mrs-1 encodes a predicted cytoplasmic methionyl-tRNA synthetase (MetRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of methionine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; MRS-1 is essential for embryogenesis and required also for a normal rate of postembryonic growth.
23F48C1.6F48C1.6n/achrI 5,318,763
24F25E5.1F25E5.1n/achrV 7,468,526contains similarity to Interpro domain IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II)
25F26H9.5F26H9.5n/achrI 9,313,557contains similarity to Pfam domain PF00266 Aminotransferase class-V contains similarity to Interpro domains IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR003248 (Phosphoserine aminotransferase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
26Y56A3A.19Y56A3A.19n/achrIII 11,915,313contains similarity to Pfam domain PF00550 Phosphopantetheine attachment site contains similarity to Interpro domains IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR003231 (Acyl carrier protein (ACP))
27coq-8C35D10.4n/achrIII 4,865,152coq-8 encodes a putative protein kinase orthologous to ABC1 (COQ8) from S. cerevisiae and UbiB from E. coli, and paralogous to C. elegans D2023.6 and its (uncharacterized) eukaryotic orthologs; COQ-8 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; alternative hypotheses for COQ-8's biochemical function are that it is a 2-polyprenylphenol 6-hydroxylase, or that it may activate proteins necessary for monooxygenase activity via phosphorylation; coq-8 is expressed in several tissues during larval development, but in later adult life its expression is restricted to neurons; coq-8 mutants have slowed pharyngeal pumping, and eventually arrest as paralysed larvae before dying; coq-8(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans; coq-8 mutants are not rescued by dietary coenzyme Q.
28tag-314F15H10.4n/achrV 10,427,635C. elegans TAG-314 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
29T07A9.10T07A9.10n/achrIV 391,835contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
30nduf-2.2T26A5.3n/achrIII 6,466,129T26A5.3 encodes a predicted mitochondrial protein whose mature sequence has near-identity (95%) to GAS-1; T26A5.3 transcription is detectable by RT-PCR, but not visible by promoter-GFP fusion; however, a transgene containing a fusion of the gas-1 promoter to the T26A5.3 protein-coding sequence is able to fully rescue gas-1 mutants, indicating that T26A5.3 encodes a fully functional mitochondrial 49 kDa subunit that may rescue gas-1(fc21) mutants from lethality; mutants homozygous for a T26A5.3 deletion have normal anesthetic sensitivity and normal sensitivity to oxygen (unlike gas-1 mutants) but a shortened lifespan at normal laboratory oxygen levels (20%); animals doubly mutant for gas-1 and T26A5.3 have maternal-effect lethality, but sterile surviving parents are abnormally long-lived (2.7 times longer than wild-type and 4.2 times longer than gas-1 mutants); double mutants remain hypersensitive to oxygen.
31sec-10C33H5.9n/achrIV 7,780,928C. elegans SEC-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF07393 Exocyst complex component Sec10 contains similarity to Interpro domain IPR009976 (Exocyst complex component Sec10)
32vps-54T21C9.2n/achrV 10,571,379The vps-54 gene encodes an ortholog of VPS54 in S. cerevisiae, a protein involved in vacuolar trafficking.
33cyp-25A1C36A4.1n/achrIII 3,833,539C. elegans CYP-25A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
34F52G2.3F52G2.3n/achrIV 13,545,784contains similarity to Pfam domain PF07547 RSD-2 N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR011508 (RSD-2, N-terminal)
35mtss-1PAR2.1n/achrIII 8,768,640C. elegans MTSS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00436 Single-strand binding protein family contains similarity to Interpro domains IPR000424 (Primosome PriB/single-strand DNA-binding), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR011344 (Single-strand DNA-binding)
36dhs-20F35B12.2n/achrV 11,603,237dhs-20 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
37C25H3.4C25H3.4n/achrII 5,692,793contains similarity to Pfam domains PF01472 (PUA domain) , PF01253 (Translation initiation factor SUI1) contains similarity to Interpro domains IPR004521 (Uncharacterized domain 2), IPR015947 (PUA-like), IPR001950 (Translation initiation factor SUI1), IPR002478 (PUA)
38ZK328.6ZK328.6n/achrIII 6,029,645contains similarity to Pfam domains PF02818 (PPAK motif) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
39dhp-2C47E12.8n/achrIV 9,979,451The dhp-2 gene encodes an ortholog of the human gene DIHYDROPYRIMIDINASE (DPYS), which when mutated leads to dihydropyrimidinuria (OMIM:222748).
40K10D11.6K10D11.6n/achrIV 12,988,061contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
41drs-2F10C2.6n/achrV 12,050,440drs-2 encodes a putative aspartyl-tRNA synthetase.
42cogc-8R02D3.2n/achrIV 242,340cogc-8 encodes an ortholog of mammalian COG-8, a subunit of lobe B of the conserved oligomeric Golgi complex (COGC); COGC-8 is weakly required for normal gonadal distal tip cell migration, a process that also requires seven other orthologs of COGC subunits; like other lobe B subunits in both C. elegans and S. cerevisiae, COGC-8 is only partially required for normal function, while lobe A subunits are strongly required in either worms or yeast.
43R11D1.9R11D1.9n/achrV 12,729,002contains similarity to Pfam domain PF05046 Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) contains similarity to Interpro domain IPR007740 (Ribosomal protein L49/IMG2)
44tag-257F46G11.3n/achrX 5,784,865C. elegans TAG-257 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
45rpl-30Y106G6H.3n/achrI 10,436,561rpl-30 encodes a large ribosomal subunit L30 protein; by homology, RPL-30 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, loss of rpl-30 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
46nuo-1C09H10.3n/achrII 11,099,005nuo-1 encodes a encodes a 51 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation, resistance to volatile anesthetics, and progression through development; nuo-1 is orthologous to human NDUFV1 (OMIM:161015, mutated in Leigh syndrome); nuo-1(ua1) induces a developmental arrest at the third larval (L3) stage that blocks reproduction, and thus is lethal to a population homozygous for nuo-1(ua1); yet arrested L3 nuo-1(ua1) animals have an individual lifespan significantly longer than normal.
47C24F3.4C24F3.4n/achrIV 10,217,118contains similarity to Pfam domains PF00795 (Carbon-nitrogen hydrolase) , PF02540 (NAD synthase) contains similarity to Interpro domains IPR003010 (Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold), IPR003694 (NAD+ synthase), IPR014445 (Glutamine-dependent NAD(+) synthetase, GAT region)
48F21H12.6F21H12.6n/achrII 6,095,139F21H12.6 encodes the C. elegans tripeptidyl peptidase II ortholog; loss of F21H12.6 activity via RNAi indicates that the product of F21H12.6 promotes fat formation; an F21H12.6::GFP reporter fusion is expressed in the intestine, the site of fat storage, and in a subset of nerve ring neurons.
49ddb-1M18.5n/achrIV 12,117,957M18.5 is orthologous to the human gene DAMAGE-SPECIFIC DNA BINDING PROTEIN 1 (127KD) (DDB1; OMIM:600045), which when mutated leads to disease.
50F15D4.5F15D4.5n/achrII 13,246,445contains similarity to Interpro domain IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)