UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T19D2.3T19D2.36e-24chrX 3,939,726
2fbxa-30ZC47.4n/achrIII 1,275,041This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
3M04D8.5M04D8.5n/achrIII 10,032,724contains similarity to Periplaneta americana Large conductance calcium activated potassium channel pSlo spliceforms1-5A.; TR:Q8I9V1
4C45G9.8C45G9.8n/achrIII 5,052,953
5K01D12.15K01D12.15n/achrV 12,386,487contains similarity to Interpro domains IPR001859 (Ribosomal protein P2), IPR000976 (Wilm's tumour protein)
6tax-4ZC84.2n/achrIII 9,183,509tax-4 is orthologous to the human gene ROD PHOTORECEPTOR CGMP-GATED CHANNEL (CNGA1; OMIM:123825), which when mutated leads to disease.
7skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
8T08G3.6T08G3.6n/achrV 16,446,543contains similarity to Interpro domain IPR008975 ()
9ZK688.1ZK688.1n/achrIII 7,910,130
10K09F5.1K09F5.1n/achrX 7,740,721
11srt-47Y41E3.12n/achrIV 15,051,352C. elegans SRT-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR006121 (Heavy metal transport/detoxification protein)
12Y18D10A.3Y18D10A.3n/achrI 12,812,894contains similarity to Pfam domain PF03853 YjeF-related protein N-terminus contains similarity to Interpro domain IPR004443 (YjeF-related protein, N-terminal)
13F56D5.9F56D5.9n/achrIV 9,420,446contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR001357 (BRCT)
14T06H11.2T06H11.2n/achrX 10,129,860contains similarity to Sulfolobus tokodaii Putative reverse gyrase.; TR:Q975P6
15srbc-70F30B5.6n/achrIV 4,227,430C. elegans SRBC-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
16F18A12.6F18A12.6n/achrII 3,401,335F18A12.6 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F18A12.6 has no clear orthologs in other organisms.
17F02H6.4F02H6.4n/achrIV 14,217,678contains similarity to Saccharomyces cerevisiae GTPase, required for general translation initiation by promoting Met-tRNAiMet binding to ribosomes and ribosomal subunit joining; homolog of bacterial IF2; SGD:YAL035W
18Y41C4A.9Y41C4A.9n/achrIII 11,714,688contains similarity to Pfam domain PF06862 Protein of unknown function (DUF1253) contains similarity to Interpro domain IPR010678 (Protein of unknown function DUF1253)
19nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
20K07H8.5K07H8.5n/achrIV 8,272,091
21Y17G7B.4Y17G7B.4n/achrII 11,995,419contains similarity to Pfam domain PF01916 Deoxyhypusine synthase contains similarity to Interpro domain IPR002773 (Deoxyhypusine synthase)
22R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
23C36C9.5C36C9.5n/achrX 1,701,859
24F36G9.15F36G9.15n/achrV 15,987,734contains similarity to Pfam domain PF06678 Protein of unknown function (DUF1179) contains similarity to Interpro domain IPR009564 (Protein of unknown function DUF1179)
25ZK1128.7ZK1128.7n/achrIII 10,137,921contains similarity to Pfam domain PF00011 Hsp20/alpha crystallin family contains similarity to Interpro domains IPR002068 (Heat shock protein Hsp20), IPR008978 (HSP20-like chaperone), IPR001436 (Alpha crystallin/Heat shock protein)
26W04G5.9W04G5.9n/achrI 11,644,012contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
27Y54E2A.5Y54E2A.5n/achrII 14,756,797
28F45E6.1F45E6.1n/achrX 12,476,473contains similarity to Interpro domain IPR005829 (Sugar transporter, conserved site)
29gly-15C54C8.11n/achrI 12,463,985gly-15 encodes a protein similar to 2/I N-acetylglucosaminyltransferase; gly-15 expressed only in cellular processes that are probably part of the secretory network of the G2 gland cells.
30F46B3.1F46B3.1n/achrV 20,592,082contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
31ZK402.5ZK402.5n/achrX 1,399,783contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
32C25A1.12C25A1.12n/achrI 10,192,090contains similarity to Pfam domain PF00561 alpha/beta hydrolase fold contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase), IPR002410 (Peptidase S33, prolyl aminopeptidase)
33tsp-19D2092.7n/achrI 6,617,424C. elegans TSP-19 protein; contains similarity to Interpro domain IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
34B0454.5B0454.5n/achrII 3,039,835contains similarity to Homo sapiens 21 kDa protein; VG:OTTHUMP00000165983
35F46F5.8F46F5.8n/achrII 821,517
36C04G6.7C04G6.7n/achrII 5,101,080contains similarity to Interpro domains IPR006081 (Alpha defensin), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
37srx-88F43A11.1n/achrV 11,584,291C. elegans SRX-88 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
38F27E5.5F27E5.5n/achrII 10,129,961contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
39nhr-96F44C8.11n/achrV 2,234,310nhr-96 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
40math-30F52C6.5n/achrII 1,908,950C. elegans MATH-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
41C05C8.8C05C8.8n/achrV 7,253,723contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
42F21C10.5F21C10.5n/achrV 9,125,800contains similarity to Xenopus tropicalis H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein.; SW:Q5RJV1
43T08G3.7T08G3.7n/achrV 16,464,369contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00023 (Ankyrin repeat) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
44C33H5.8C33H5.8n/achrIV 7,778,475contains similarity to Pfam domain PF00515 Tetratricopeptide repeat contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
45T23F4.1T23F4.1n/achrII 1,167,834contains similarity to Pfam domain PF01738 Dienelactone hydrolase family contains similarity to Interpro domain IPR002925 (Dienelactone hydrolase)
46T08B6.5T08B6.5n/achrIV 4,890,263contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
47nlp-23T24D8.4n/achrX 2,342,692nlp-23 encodes three predicted neuropeptide-like proteins; in C. elegans, nlp-23 is part of the FRPamide neuropeptide family that also contains nlp-2 and nlp-22; nlp-23 is expressed in the tail and in dorsal and ventral hypodermis; as loss of nlp-23 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of the nlp-23-encoded peptides in development and/or behavior is not yet known.
48fbxa-213Y37H2C.3n/achrV 18,268,033This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
49str-111F10A3.15n/achrV 16,168,531C. elegans STR-111 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50R12H7.4R12H7.4n/achrX 13,217,956contains similarity to Homo sapiens similar to zinc-finger helicase; ENSEMBL:ENSP00000304137