UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T19B10.8T19B10.80chrV 11,243,290contains similarity to Pfam domain PF07819 PGAP1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR012908 (PGAP1-like)
2vps-33.2C56C10.1n/achrII 6,602,269C. elegans VPS-33.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
3F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
4T10H10.3T10H10.3n/achrX 2,285,608contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR011524 (SARAH), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
5C32D5.3C32D5.3n/achrII 6,319,574C32D5.3 encodes an ortholog of ROLLING BLACKOUT (RBO; also called CMP44E or STAMPHA), a eukaryotic protein required for sustained phospholipase C activity during Drosophila phototransduction; RBO homologs have two predicted transmembrane helices, are significantly similar to several acylglycerol lipases, and share motifs characteristic of carboxyesterases and lipases.
6ZK1193.2ZK1193.2n/achrX 411,499contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001304 (C-type lectin), IPR006582 (Region of unknown fuction MD, Caenorhabditis elegans), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
7F59E12.1F59E12.1n/achrII 5,655,915contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001487 (Bromodomain)
8F13D12.5F13D12.5n/achrII 11,727,540contains similarity to Interpro domain IPR001814 (Filamentous bacteriophage Vg4 protein)
9coh-3F08H9.1n/achrV 14,458,664coh-3 encodes a member of the Rad21/Rec8-like family of cohesion proteins that is expressed in the germline; an effect on embryonic viability has been reported based on some RNAi screens, but has not been demonstrated in others.
10ehbp-1F25B3.1n/achrV 9,553,309C. elegans EHBP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00307 Calponin homology (CH) domain contains similarity to Interpro domains IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
11F54D5.2F54D5.2n/achrII 11,573,977contains similarity to Interpro domain IPR000194 (ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding)
12C30G12.2C30G12.2n/achrII 7,290,986contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
13bath-1F59H6.9n/achrII 2,028,219C. elegans BATH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
14F55G1.5F55G1.5n/achrIV 7,475,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
15F30A10.10F30A10.10n/achrI 9,508,859contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02809 (Ubiquitin interaction motif) contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
16F46F11.6F46F11.6n/achrI 5,617,576contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
17C29H12.5C29H12.5n/achrII 6,111,947contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR000953 (Chromo domain), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR016197 (Chromo domain-like)
18D2096.11D2096.11n/achrIV 8,390,987contains similarity to Pfam domains PF00307 (Calponin homology (CH) domain) (2), PF02187 (Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain) contains similarity to Interpro domains IPR003108 (Growth-arrest-specific protein 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
19apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
20dcr-1K12H4.8n/achrIII 8,076,021The dcr-1 gene encodes a bidentate ribonuclease that is homologous to E. coli RNAse III; dcr-1 is required both for RNA interference and for synthesis of small developmental RNAs; DCR-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA (dsRNA) binding protein required for RNAi that interacts with trigger dsRNAs and may function to deliver dsRNAs to DCR-1 for endonucleolytic processing.
21thoc-2C16A3.8n/achrIII 6,370,914C. elegans THOC-2 protein ; contains similarity to Homo sapiens THO complex 2 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000347959
22F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
23K04G2.6K04G2.6n/achrI 8,041,954contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
24B0273.3B0273.3n/achrIV 5,485,115contains similarity to Tetraodon nigroviridis Chromosome 18 SCAF15038, whole genome shotgun sequence. (Fragment).; TR:Q4RJG8
25T02G5.12T02G5.12n/achrII 7,097,415contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
26K02D10.4K02D10.4n/achrIII 8,778,867
27F17B5.2F17B5.2n/achrI 13,192,171contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
28F43H9.3F43H9.3n/achrV 8,024,072contains similarity to Homo sapiens PAP associated domain containing 4; ENSEMBL:ENSP00000296783
29R12E2.1R12E2.1n/achrI 4,183,608contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (5), PF00651 (BTB/POZ domain) , PF07707 (BTB And C-terminal Kelch) , PF07646 (Kelch motif) (3)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR017096 (Kelch-like protein, gigaxonin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015916 (Galactose oxidase, beta-propeller), IPR013069 (BTB/POZ), IPR011705 (BTB/Kelch-associated), IPR013089 (Kelch related), IPR006651 (Kelch), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
30pes-7F09C3.1n/achrI 14,267,298pes-7 encodes an IQGAP ortholog; IQGAP proteins bind actin and CLIP-170, effect activities of the Rho family GTPases Rac1 and Cdc42, and function in cytokinesis; PES-7 is required for completing meiosis and mitosis, and for germline formation and maintenance; IQGAP's alpha-actinin domain is related distantly to alpha-actinin domains in calponin, transgelin (SM22 alpha), and the proto-oncogene Vav; a pes-7 reporter is first expressed in the ventral nerve cord of the elongating embryo and in later stages of development is also expressed in all major ganglia, the vulva, and in the spermathecal valves; in the ventral nerve cord, pes-7 expression is detected in nuclei as well as in cell bodies and neural processes.
31cpg-4C10F3.1n/achrV 5,997,803cpg-4 encodes a large (782-residue), unfamiliar, putatively secreted protein with a C-terminal low-complexity domain; CPG-4 has 35 potential chondroitin attachment sites, mostly in its C-terminal half, 4 of which have been verified by mass spectrometry; CPG-4 has no obvious function in mass RNAi assays.
32ZK1067.3ZK1067.3n/achrII 9,224,144contains similarity to Mus musculus Serine/threonine-protein kinase Nek9 (EC 2.7.1.37) (NimA-relatedsprotein kinase 9).; SW:NEK9_MOUSE
33W01A11.1W01A11.1n/achrV 6,500,809contains similarity to Pfam domains PF06441 (Epoxide hydrolase N terminus) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR016292 (Epoxide hydrolase), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR000639 (Epoxide hydrolase-like), IPR010497 (Epoxide hydrolase, N-terminal)
34F56A3.1F56A3.1n/achrI 5,192,666
35K12D12.5K12D12.5n/achrII 11,862,086contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
36ZC317.7ZC317.7n/achrV 5,469,825contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
37F26B1.5F26B1.5n/achrI 6,309,949contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
38pdr-1K08E3.7n/achrIII 13,772,270pdr-1 encodes an ortholog of human parkin (PARK2; OMIM:602544), which when mutated leads to the juvenile 2 form of Parkinson disease (OMIM:600116).
39F20A1.9F20A1.9n/achrV 7,050,345contains similarity to Pfam domains PF04326 (Divergent AAA domain) , PF00622 (SPRY domain) contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY), IPR007421 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-4)
40F33H2.2F33H2.2n/achrI 15,025,433contains similarity to Homo sapiens Protein FAM91A1; ENSEMBL:ENSP00000335082
41F43G6.4F43G6.4n/achrII 11,793,919contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
42C44E4.3C44E4.3n/achrI 4,639,174contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR004838 (Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR000796 (Aspartate/other aminotransferase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
43cas-2C18E3.6n/achrI 4,191,639C. elegans CAS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01213 (Adenylate cyclase associated (CAP) N terminal) , PF08603 (DE   Adenylate cyclase associated (CAP) C terminal) contains similarity to Interpro domains IPR001837 (Adenylate cyclase-associated CAP), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013992 (Adenylate cyclase-associated CAP, N-terminal), IPR003073 (Orphan nuclear receptor, NURR type), IPR016098 (Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal), IPR006599 (CARP motif), IPR013912 (Adenylate cyclase-associated CAP, C-terminal)
44R05D3.8R05D3.8n/achrIII 8,357,800contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
45msh-2H26D21.2n/achrI 3,695,931The msh-2 gene encodes a DNA mismatch repair protein homolog that is orthologous to human MSH2 (OMIM:120435); mutation of the human MSH2 gene leads to hereditary non-polyposis colon cancer (OMIM:120436).
46rrt-2C29H12.1n/achrII 6,126,706C. elegans RRT-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF05746 (DALR anticodon binding domain) , PF00750 (tRNA synthetases class I (R)) contains similarity to Interpro domains IPR015945 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic, core), IPR008909 (DALR anticodon binding), IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR009080 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding), IPR001278 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
47M01E5.4M01E5.4n/achrI 13,288,518contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of UPF0561 protein; ENSEMBL:ENSP00000304410
48mlh-1T28A8.7n/achrIII 13,511,833The mlh-1 gene encodes a DNA mismatch repair protein homolog that is orthologous to human MLH1.
49C43D7.4C43D7.4n/achrV 19,322,158contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein of unknown function, rich in asparagine residues; SGD:YDL167C
50fem-2T19C3.8n/achrIII 633,323A CB5161 ortholog of fem-2, Cbn-fem-2, has been isolated from the sibling Caenorhabditis species CB5161.