UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T19A5.1T19A5.10chrV 8,959,477contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) , PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
2exc-7F35H8.5n/achrII 9,578,446exc-7 encodes an ELAV, an mRNA-binding protein homologous to Drosophila ELAV and human HuC/D (OMIM:603458, 168360, autoimmune antigens associated with paraneoplastic neurologic disorders); EXC-7 is required for formation of the tailspike and the excretory cell canals; exc-7 mutations enhance defects produced by mutations in exc-3, predicted to encode a peptidase, and sma-1, which encodes beta H-spectrin, a key component of the apical cytokeleton of polarized epithelial cells such as the excretory cell; in vitro, EXC-7 can bind the sma-1 mRNA 3' UTR, and thus is predicted to regulate SMA-1 expression in vivo; EXC-7 is expressed transiently in the excretory cell nucleus during mid-embryogenesis and during larval stages is detected in the pharynx, nerve ring, and nerve cord nuclei.
3gbf-1C24H11.7n/achrIII 11,762,525C. elegans GBF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01369 Sec7 domain contains similarity to Interpro domains IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000904 (SEC7-like)
4F49E11.2F49E11.2n/achrIV 13,037,470contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
5T18D3.3T18D3.3n/achrX 12,465,679contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domains IPR002524 (Cation efflux protein), IPR000425 (Major intrinsic protein)
6R90.1R90.1n/achrV 12,893,678contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
7rab-11.1F53G12.1n/achrI 109,369rab-11.1 encodes a small GTPase homologous to the Rab GTPases that function in endocytosis, membrane fusion, and vesicular trafficking events; RAB-11.1 activity is required for completion of the final stages of cytokinesis during early embryogenesis and for efficient uptake of yolk proteins during oocyte development; RAB-11.1 is also required for normal peripheral localization of nuclei in the synctial germ cell in the ovary.
8C53B4.3C53B4.3n/achrIV 8,972,115C53B4.3 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:23098) (SLC22A1L; OMIM:602631), which when mutated leads to disease.
9C52D10.1C52D10.1n/achrIV 17,188,302contains similarity to Interpro domain IPR011935 (Conserved hypothetical protein CHP02231)
10tag-335C42C1.5n/achrIV 12,277,039C. elegans TAG-335 protein; contains similarity to Pfam domains PF00132 (Bacterial transferase hexapeptide (three repeats)) (4), PF00483 (Nucleotidyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR001451 (Bacterial transferase hexapeptide repeat), IPR005835 (Nucleotidyl transferase), IPR011004 (Trimeric LpxA-like)
11R10E8.3R10E8.3n/achrV 18,235,608contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
12F53C11.3F53C11.3n/achrV 13,783,418contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR000507 (Adrenergic receptor, beta 1), IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
13R07B1.5R07B1.5n/achrX 9,865,660contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
14prp-8C50C3.6n/achrIII 8,168,465prp-8 is orthologous to the human gene SIMILAR TO U5 SNRNP-SPECIFIC PROTEIN (220 KD), ORTHOLOG OF S.
15F13B6.1F13B6.1n/achrIV 7,457,398
16Y43F4A.4Y43F4A.4n/achrIII 13,245,650contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein DKFZp313C0640; ENSEMBL:ENSP00000367438
17Y32F6B.1Y32F6B.1n/achrV 10,482,818contains similarity to Pfam domain PF03137 Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family contains similarity to Interpro domains IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
18gex-2F56A11.1n/achrIV 578,227The gex-2 gene encodes a homolog of p140/Sra-1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1; gex-2 is required for tissue morphogenesis and cell migrations.
19C01B10.10C01B10.10n/achrIV 6,626,165contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002410 (Peptidase S33, prolyl aminopeptidase), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
20ptr-6C54A12.1n/achrII 5,244,628ptr-6 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTR-6 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; however, PTR-6 in conjunction with PTR-1 and PTR-10 is strongly required for both molting and viability, with triple ptr-1/-6/-10 RNAi animals showing pronounced molting defects and lethality; PTR-6 is also required for normal growth to full size and locomotion.
21H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
22plc-2Y75B12B.6n/achrV 15,195,140C. elegans PLC-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00387 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain) , PF00388 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain) contains similarity to Interpro domains IPR001192 (Phospholipase C, phosphoinositol-specific, C-terminal (PLC)), IPR000909 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X region), IPR001711 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain), IPR013841 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X and Y boxes)
23rab-6.2T25G12.4n/achrX 17,223,409rab-6.2 encodes a small, monomeric Rab GTPase that is most closely related to the Drosophila and mammalian Rab6 GTPases; by homology, RAB-6.2 is predicted to function in the regulation of intracellular membrane trafficking; RNAi experiments indicate that rab-6.2 is required redundantly with rab-6.1 for normal embryonic development and reproduction.
24tag-241C34E11.3n/achrX 11,831,339C. elegans TAG-241 protein; contains similarity to Interpro domains IPR010978 (tRNA-binding arm), IPR009061 (Putative DNA binding), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
25F17C11.1F17C11.1n/achrV 10,942,089contains similarity to Methanosarcina mazei Conserved protein.; TR:Q8PT55
26nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27rer-1F46C5.8n/achrII 8,811,744C. elegans RER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03248 Rer1 family contains similarity to Interpro domain IPR004932 (Retrieval of early ER protein Rer1)
28C44C1.2C44C1.2n/achrX 959,222contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
29T05C7.1T05C7.1n/achrIV 48,261contains similarity to Interpro domain IPR011019 (KIND)
30T05H10.3T05H10.3n/achrII 8,049,736
31R173.3R173.3n/achrX 7,033,107contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
32chs-2F48A11.1n/achrII 207,689chs-2 encodes a putative chitin synthase, paralogous to CHS-1; CHS-2 is required for synthesis of chitin lining the inner pharyngeal surface (primarily in the buccal cavity and grinder), while CHS-1 is dispensable for pharyngeal chitin; CHS-2 is also required for normal pharyngeal shape and function, and for larval viability; chs-2(RNAi) animals have abnormally large, misshapen grinders, and arrest as early larvae; chs-2 is expressed by the glandular pharyngeal g1 and g2 cells, and by m3 and m4 myoepithelial cells; chs-2 is transcribed in short periods before each larval molt; the pharyngeal expression of chs-2 parallels gna-1; CHS-2 is predicted to be in the plasma membrane rather than the Golgi apparatus.
33R08D7.7R08D7.7n/achrIII 8,993,437contains similarity to Pfam domains PF02782 (FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain) , PF00370 (FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR000577 (Carbohydrate kinase, FGGY)
34tli-1F25H2.1n/achrI 10,536,634C. elegans TLI-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00168 (C2 domain) , PF02845 (CUE domain) contains similarity to Interpro domains IPR003892 (Ubiquitin system component Cue), IPR009060 (UBA-like), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
35F54D10.3F54D10.3n/achrII 3,812,819contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domains IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
36his-16ZK131.10n/achrII 13,817,860his-16 encodes an H2A histone; his-16 is contained within the histone gene cluster HIS3.
37C43G2.2C43G2.2n/achrIV 6,569,098contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
38gpb-2F52A8.2n/achrI 7,319,690gpb-2 encodes an ortholog of Gbeta(5), that is dispensable for viability, but required for normal egg-laying, locomotion, and pharyngeal pumping; GBP-2 may regulate the interaction between the GOA-1 and EGL-30 signaling pathways based on genetic analysis; gpb-2 is expressed throughout development in the nervous system and in muscle, and expression is dependent upon expression of both EAT-16 and EGL-10.
39C27C7.2C27C7.2n/achrI 11,433,261contains similarity to Pfam domain PF01697 (Domain of unknown function)
40F44E2.4F44E2.4n/achrIII 8,835,361contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
41lam-1W03F8.5n/achrIV 5,176,291lam-1 encodes a laminin beta that affects degenerin-induced cell death and is required redundantly with lam-2 for morphogenesis.
42VT23B5.1VT23B5.1n/achrIV 12,665,034contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of WD repeat and FYVE domain-containing protein 3; ENSEMBL:ENSP00000318466
43F41G3.3F41G3.3n/achrII 6,757,638
44F45B8.3F45B8.3n/achrX 14,960,981contains similarity to Interpro domains IPR003267 (Small proline-rich), IPR000694 (Proline-rich region)
45C39E9.10C39E9.10n/achrIV 13,088,275contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR006052 (Tumor Necrosis Factor), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
46Y38H8A.1Y38H8A.1n/achrIV 13,484,496contains similarity to Homo sapiens NCOR isoform b; ENSEMBL:ENSP00000323172
47aha-1C25A1.11n/achrI 10,195,452aha-1 encodes an ortholog of human aryl-hydrocarbon receptor nuclear translocator; interacts with AHR-1 and HIF-1 in vitro, requires HIF-1 for proper localization, and is expressed ubiquitously.
48sulp-3F41D9.5n/achrX 8,405,893sulp-3 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-3 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids; a sulp-3::GFP transcriptional fusion is expressed exclusively in the pharyngeal muscles.
49ZC247.2ZC247.2n/achrI 10,258,909contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1203 protein; ENSEMBL:ENSP00000219689
50gei-15M03A8.4n/achrX 6,821,678C. elegans GEI-15 protein ;