UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ekl-6T16G12.50chrIII 10,066,125C. elegans EKL-6 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
2ZK1098.2ZK1098.2n/achrIII 9,530,428contains similarity to Klebsiella aerogenes Siroheme synthetase.; TR:Q9EYX8
3prp-17F49D11.1n/achrI 10,938,676C. elegans PRP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
4cpf-1F28C6.3n/achrII 8,601,385C. elegans CPF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
5T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
6F40G9.2F40G9.2n/achrIII 191,482contains similarity to Pfam domain PF05051 Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) contains similarity to Interpro domain IPR007745 (Cytochrome C oxidase copper chaperone)
7elb-1Y41C4A.10n/achrIII 11,719,034elb-1 encodes an Elongin B ortholog required for chromosome condensation and segregation during mitosis and meiotic division II, and also for cell proliferation (probably through degradation of CKI-1); elb-1(RNAi) animals tend to arrest at the second meiotic cell division, with escapers showing many other defects in chromosomal dynamics and cell cycle control such as abnormal pronuclear rotation and cortical protrusion, aberrant chromosomal structures in the intestine, and deficient germ cell proliferation; ELB-1 interacts with ELC-1 and ELC-2 in bacterial two-hybrid experiments.
8K06H7.7K06H7.7n/achrIII 8,084,529
9C27A12.9C27A12.9n/achrI 6,064,908contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
10F59A2.5F59A2.5n/achrIII 3,405,129F59A2.5 encodes a moderately small (123-residue) protein; F59A2.5 is orthologous to Brugia 14979.m04575, and more distantly similar to budding yeast Pcc1p, to human CTAG1B (OMIM:300156, cancer antigen), CTAG2 (OMIM:300396, melanoma antigen), and LAGE3 (OMIM:300060), and to many other uncharacterized proteins, ~80-200 residues long, in animals, fungi, and plants; F59A2.5 is required for fertility and embryonic development in mass RNAi assays and is bound by CKU-80 in two-hybrid assays; F59A2.5 is transcriptionally activated by HLH-2 and HLH-8, but has no known expression pattern; while F59A2.5 is putatively secreted and its human homologs are antigens, its yeast homolog Pcc1p is thought to be a transcription factor.
11F29B9.5F29B9.5n/achrIV 4,652,758contains similarity to Pfam domains PF00085 (Thioredoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR011594 (Thioredoxin-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
12tag-298C01H6.7n/achrI 7,226,247C. elegans TAG-298 protein; contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domain IPR001487 (Bromodomain)
13T24G10.2T24G10.2n/achrIII 5,441,718contains similarity to Pfam domain PF02201 SWIB/MDM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR003121 (SWIB/MDM2)
14F31C3.4F31C3.4n/achrI 15,051,595contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
15Y4C6B.1Y4C6B.1n/achrIV 5,355,504contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
16ceh-49F17A9.6n/achrV 6,119,282ceh-49 encodes a divergent ONECUT class CUT homeobox protein with a single N-terminal cut domain; CEH-49 has an atypical tyrosine residue at position 48 of its homeodomain rather than a phenylalanine or tryptophan residue; the cut domain may be a compact DNA-binding domain composed of alpha helices; phylogenetically, CEH-49 is (somewhat distantly) affiliated with CEH-48, Drosophila ONECUT, and mammalian HNF6 proteins; CEH-49 has no obvious function in mass RNAi assays.
17brc-1C36A4.8n/achrIII 3,858,030brc-1 encodes an ortholog of human BRCA1 (OMIM:113705, mutated in early onset breast and ovarian cancer) required for double-strand break repair via inter-sister recombination during meiosis; BRC-1 forms a heterodimer with BRD-1, which constitutes an E3 ubiquitin ligase; after irradiation, the DNA checkpoint proteins ATL-1 and MRE-11 are required for BRC-1/BRD-1 heterodimers to associate with RAD-51 and LET-70/Ubc5, and to ubiquitylate damaged chromatin; brc-1(RNAi) animals have excess chromosomal nondisjunction, abnormally high levels of CEP-1-dependent germ cell apoptosis (both with and without gamma-irradiation) and hypersensitivity to gamma-irradiation (e.g., abnormal sterility after irradiation); BRC-1 and BRD-1 bind one another, probably through their N-terminal RING domains, in yeast two-hybrid experiments and pull-down assays; BRC-1/BRD-1 heterodimers may interact with RAD-51 and other proteins via mutual binding to UBC-9; brc-1 is genetically dispensable for the induction of nuclear ATL-1 foci by gamma-irradiation or hydroxyurea.
18ZK1010.3ZK1010.3n/achrIII 12,979,542contains similarity to Pfam domain PF06229 FRG1-like family contains similarity to Interpro domains IPR010414 (FRG1-like), IPR008999 (Actin-crosslinking proteins)
19xpg-1F57B10.6n/achrI 6,560,500F57B10.6 is orthologous to the human gene EXCISION REPAIR CROSS-COMPLEMENTING RODENT REPAIR DEFICIENCY, COMPLEMENTATION GROUP 5 (XERODERMA PIGMENTOSUM, COMPLEMENTATION GROUP G (COCKAYNE SYNDROME)) (ERCC5; OMIM:133530), which when mutated leads to disease.
20F45C12.2F45C12.2n/achrII 1,732,740contains similarity to Interpro domains IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
21spt-4F54C4.2n/achrIII 69,455C. elegans SPT-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF06093 Transcription elongation protein Spt4 contains similarity to Interpro domains IPR016046 (Transcription initiation Spt4-like), IPR009287 (Transcription initiation Spt4)
22C06H2.3C06H2.3n/achrV 11,128,767contains similarity to Pfam domains PF02373 (JmjC domain) , PF00583 (Acetyltransferase (GNAT) family) contains similarity to Interpro domains IPR013129 (Transcription factor jumonji), IPR003347 (Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase), IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
23C26E6.3C26E6.3n/achrIII 4,945,871contains similarity to Pfam domain PF04078 Cell differentiation family, Rcd1-like contains similarity to Interpro domain IPR007216 (Cell differentiation proteins, Rcd1-like)
24fbxb-78E04A4.1n/achrIV 4,738,137This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
25hcf-1C46A5.9n/achrIV 7,772,495C. elegans HCF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (3), PF00041 (Fibronectin type III domain) , PF07646 (Kelch motif) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
26K08E7.1K08E7.1n/achrIV 12,565,008contains similarity to Pfam domain PF07534 TLD contains similarity to Interpro domain IPR006571 (TLDc)
27glod-4C16C10.10n/achrIII 4,154,066C. elegans GLOD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00903 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR004360 (Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase)
28cdk-8F39H11.3n/achrI 8,704,132cdk-8 encodes a member of the cyclin-dependent serine/threonine protein kinase family orthologous to human CDK8 (OMIM:603184) which functions in transcriptional regulation with the positive regulatory factor cyclin C, is associated with the RNA polymerase II holoenzyme, and may regulate gene-specific activators; CDK-8 also contains a glutamine/asparagine-rich domain; loss of cdk-8 function via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility in the injected hermaphrodite, suggesting that in C. elegans, CDK-8 may play a role in germ-line development.
29C25A11.2C25A11.2n/achrX 9,115,559contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
30B0511.2B0511.2n/achrI 10,651,985contains similarity to Interpro domain IPR015804 (Cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia, C-terminal)
31F17A9.2F17A9.2n/achrV 6,111,285contains similarity to Pfam domains PF04676 (Protein similar to CwfJ C-terminus 2) , PF04677 (Protein similar to CwfJ C-terminus 1) contains similarity to Interpro domains IPR006768 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 1), IPR006767 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 2), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
32cash-1K07C5.8n/achrV 10,364,141cash-1 encodes an ortholog of Drosophila CKA and the human striatins STRN, STRN3, and STRN4 that is required for vulval development; CASH-1 has an N-terminal region which may bind caveolin or calmodulin, and a C-terminal region with five tandem WD domains; by its orthology with CKA and striatins, CASH-1 is predicted to act as a scaffold linking signal transduction proteins (such as JKK-1 and JNK-1) to transcription factors (such as JUN-1 or FOS-1); CASH-1 is expressed broadly, in both larval and adult pharynx, intestine, rectal epithelium, hypodermis, and neurons, as well as the developing vulva and the adult reproductive system.
33F25H5.5F25H5.5n/achrI 9,161,573F25H5.5 encodes the C. elegans homologue of Claspin, an S-phase checkpoint component that interacts with Chk1 and negatively regulates cell cycle progression; in wild-type animals, loss of F25H5.5 activity results in some embryonic lethality; loss of F25H5.5 activity in a lin-35 mutant background, however, results in sterility, as well as smaller than normal body size, uncoordinated locomotion, and a protruding vulva; weaker F25H5.5 RNAi phenotypes are seen in lin-15B and eri-1; lin-15B backgrounds.
34T07F8.4T07F8.4n/achrII 7,131,218contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR000949 (ELM2)
35efl-1Y102A5C.18n/achrV 16,962,099efl-1 encodes a homolog of mammalian E2F that is required for embryonic asymmetry and that functions as a transcriptional repressor; during vulval development, efl-1, a class B synMuv gene, acts with class B synMuv genes dpl-1 and lin-35/Rb to antagonize receptor tyrosine kinase and Ras-mediated signaling; EFL-1 also negatively regulates the G1 to S phase cell cycle transition.
36T02G5.1T02G5.1n/achrII 7,098,996
37D1043.1D1043.1n/achrII 11,585,601contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
38lin-46R186.4n/achrV 12,969,772lin-46 encodes one of two C. elegans paralogs of bacterial MoeA proteins and mammalian gephyrins (E domain, only); LIN-46 is predicted to function as a scaffolding protein for a developmental timing complex, and may also play a role in molybdenum cofactor biosynthesis; identified in screens for suppressors of precocious heterochronic mutations in lin-14 and lin-28, lin-46 is required for stage-specific developmental events at the third larval and adult stages of development; as a component of the heterochronic pathway, lin-46 appears to act immediately downstream of lin-28, which encodes a predicted RNA binding protein required for cell fate specification at the L2 stage; a LIN-46:GFP fusion protein is detected in the cytoplasm and non-nucleolar part of the nucleus of ventral and lateral hypodermal cells around the time of the larval molts; in addition, the LIN-46 fusion protein is detected in cell bodies and axons of the AVBL/R motor interneurons.
39T24C4.7T24C4.7n/achrIII 893,471contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
40F32B6.3F32B6.3n/achrIV 9,883,182contains similarity to Pfam domains PF02840 (Prp18 domain) , PF08799 (pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like) contains similarity to Interpro domains IPR014906 (Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like), IPR003648 (Splicing factor motif), IPR004098 (Prp18)
41K03B8.4K03B8.4n/achrV 11,394,932contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3; ENSEMBL:ENSP00000349254
42mcm-3C25D7.6n/achrV 15,058,134mcm-3 encodes a member of the MCM2/3/5 family with similarity to human DNA replication licensing factor, MCM3, and affects embryonic viability.
43npp-5F07A11.3n/achrII 11,598,202C. elegans NPP-5 protein; contains similarity to Interpro domain IPR007252 (Nuclear pore protein 84/107)
44W02D9.3W02D9.3n/achrI 12,536,484contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG)
45his-6F45F2.13n/achrV 8,534,749his-6 encodes an H3 histone.
46sna-2T13F2.7n/achrIV 9,776,092sna-2 encodes an snRNP-binding protein (SNA-2/SL75p) homologous to Ascaris SL95p (SL 175kd); SNA-2 is found in at least two Sm snRNPs, SL1 and Y, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-2 associates with the SNA-1/SL21p protein, while associating with SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-2(RNAi) is lethal; SNA-2 can bind either SNA-1 or SUT-1 even in the absence of RNA.
47K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
48C27A12.2C27A12.2n/achrI 6,043,841contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
49K10E9.1K10E9.1n/achrI 196,071
50C24G6.3C24G6.3n/achrV 5,517,383contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)