UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T15D6.5T15D6.50chrI 12,382,523contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
2mce-1D2030.5n/achrI 7,582,722C. elegans MCE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00903 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR004360 (Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase)
3ani-3Y43F8C.14n/achrV 19,696,771ani-3 encodes one of three C. elegans anillins.
4sra-9AH6.14n/achrII 9,533,057C. elegans SRA-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
5F54D10.4F54D10.4n/achrII 3,806,515
6F21A3.5F21A3.5n/achrV 15,540,560contains similarity to Pfam domain PF01966 HD domain contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR006674 (Metal-dependent phosphohydrolase, HD region, subdomain)
7fbxa-193F59A1.9n/achrV 17,654,348C. elegans FBXA-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domains IPR001000 (Glycoside hydrolase, family 10), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
8his-44F08G2.1n/achrII 13,826,823his-44 encodes an H2B histone.
9F57C9.7F57C9.7n/achrI 4,825,902
10sqv-3R10E11.4n/achrIII 9,779,478sqv-3 encodes a beta(1,4)-galactosyltransferase, biochemically active in vitro, that is required for cytokinesis of one-cell embryos, vulval morphogenesis, and chondroitin synthesis; SQV-3 is orthologous to human human galactosyltransferase I (B4GALT7; OMIM:604327, mutated in the progeroid form of Ehlers-Danlos syndrome); sqv-3 transgenically rescues hamster cells lacking galactosyl transferase I; the common requirement for SQV-3 in both cytokinesis and morphogenesis may be to promote filling an extracellular space with hygroscopic proteoglycans (either in the eggshell, or underneath the L4 cuticle), which in turn may cause the space to fill with fluid.
11R05F9.11R05F9.11n/achrII 4,913,028
12F20D1.4F20D1.4n/achrX 14,982,392contains similarity to Pfam domain PF04845 PurA ssDNA and RNA-binding protein contains similarity to Interpro domain IPR006628 (PUR-alpha/beta/gamma, DNA/RNA-binding)
13D2096.1D2096.1n/achrIV 8,397,532contains similarity to Pfam domain PF02466 Tim17/Tim22/Tim23 family contains similarity to Interpro domain IPR003397 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22)
14Y32B12C.3Y32B12C.3n/achrV 16,613,751contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
15C44E4.5C44E4.5n/achrI 4,607,929contains similarity to Pfam domain PF04969 CS domain contains similarity to Interpro domains IPR008978 (HSP20-like chaperone), IPR017447 (CS), IPR007052 (CS domain)
16C09D4.2C09D4.2n/achrI 5,492,333
17syn-4T01B11.3n/achrIV 8,458,062syn-4 encodes a Type-I transmembrane protein that is orthologous to mammalian Syntaxin 1, a t-SNARE (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein (SNAP) receptor); by homology, SYN-4 is predicted to function as a receptor for intracellular transport vesicles during membrane fusion reactions; in C. elegans, SYN-4 activity is essential for three aspects of early embryogenesis: polar body extrusion, cytokinesis, and nuclear envelope reassembly following mitosis; in addition, SYN-4 may also play a role in formation of the vitelline membrane and/or eggshell; SYN-4 is expressed in the outer membrane of the early embryo, in a punctate pattern around reforming nuclear envelopes, and at the cleavage furrow during ingression; in L1 larvae, SYN-4 is expressed at high levels in lateral seam cells, and in adult hermaphrodites SYN-4 localizes to the incomplete membranes that separate germline nuclei in the gonad.
18sdz-15F23F12.4n/achrIII 6,499,273This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
19Y49E10.21Y49E10.21n/achrIII 12,458,332contains similarity to Nanoarchaeum equitans DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:P62135
20dos-1ZK507.4n/achrIII 9,105,304C. elegans DOS-1 protein ;
21puf-8C30G12.7n/achrII 7,297,140C. elegans PUF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
22R107.2R107.2n/achrIII 9,044,850contains similarity to Pfam domain PF01256 Carbohydrate kinase contains similarity to Interpro domain IPR000631 (Carbohydrate kinase)
23C10A4.2C10A4.2n/achrX 7,412,571
24C06A1.6C06A1.6n/achrII 10,564,347contains similarity to Interpro domains IPR000006 (Metallothionein, vertebrate), IPR004035 (Endonuclease III, iron-sulphur binding, conserved site-1), IPR001396 (Echinodermata metallothionein, family 4), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
25his-60F55G1.11n/achrIV 7,487,766his-60 encodes an H4 histone; by homology, HIS-60 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-60 expression is detected in early embryos, beginning at the 28-cell stage and continuing through the comma stage (early morphogenesis); his-60 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
26F20D12.2F20D12.2n/achrIV 7,951,094contains similarity to Pfam domain PF03399 SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25 family contains similarity to Interpro domain IPR005062 (SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25)
27F31F4.1F31F4.1n/achrV 685,113contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
28str-187F26D10.8n/achrIV 17,266,207C. elegans STR-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000539 (Frizzled protein)
29K08E4.4K08E4.4n/achrIV 12,066,699contains similarity to Entamoeba histolytica Pyruvate,phosphate dikinase (EC 2.7.9.1) (Pyruvate,orthophosphatesdikinase).; SW:PODK_ENTHI
30grd-10F09D12.1n/achrIV 3,441,427grd-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground domain; GRD-10 is expressed in seam cells; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-10 is weakly required for normal molting; GRD-10 is also required for normal growth to full size and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
31sun-1F57B1.2n/achrV 13,192,605sun-1 encodes a paralog of UNC-84, also called matefin, whose general domain organization (one or more central transmembrane and coiled-coil domains, followed by a C-terminal SUN domain) is shared by Sad1p from Schizosaccharomyces pombe and UNC-84 from C. elegans; SUN-1 is a nuclear envelope receptor for CED-4 during apoptosis, and is bound by CED-4 in vitro; SUN-1 is partially required for apoptosis, since sun-1(RNAi) animals have a moderate defect in normal cell death; SUN-1 is strongly expressed in the nuclear envelope of all early embryonic cells, the primordial germ cells Z2 and Z3, and the germ cell lineage (but not in sperm); early (embryonic) SUN-1 protein is provided maternally, while germ line SUN-1 is zygotic; SUN-1 colocalizes with the nuclear lamin LMN-1 in vivo and binds it in vitro; SUN-1 is required for localization of the hook protein ZYG-12 to the nuclear envelope, and thus for the attachment of centrosomes to nuclei; SUN-1 and UNC-84 may define a class of proteins localized to the outer nuclear envelope but not the endoplasmic reticulum.
32lips-17R07G3.2n/achrII 7,609,466C. elegans LIPS-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domains IPR002918 (Lipase, class 2), IPR008262 (Lipase, active site)
33F43G6.2F43G6.2n/achrII 11,782,680
34B0564.2B0564.2n/achrIV 13,107,893contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
35ZK402.1ZK402.1n/achrX 1,405,182
36T07E3.3T07E3.3n/achrIII 6,904,401contains similarity to Interpro domain IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
37fcd-2Y41E3.9n/achrIV 15,031,338fcd-2 encodes an ortholog of the human gene FANCD2 (mutated in Fanconi anemia, OMIM:227646) that is strongly required for resistance to DNA interstrand crosslinking (ICL) agents, but not to ionizing radiation (IR); fcd-2 mutants are viable and dispensable for resistance to IR, meiotic recombination, and S-phase checkpoint activation, but are hypersensitive to ICL agents; like its human ortholog, FCD-2 is monoubiquitylated and recruited to chromosomal foci after ICL but not IR; transgenic expresssion of the FANCD2 gene in mutant FA-D2 cells rescues their abnormal sensitivity to mitomycin C, an agent that cross-links strands of DNA.
38F37B12.3F37B12.3n/achrII 9,040,539contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39F54D12.1F54D12.1n/achrII 1,400,894contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
40M01G5.1M01G5.1n/achrIII 1,503,267contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000024537
41T09F3.4T09F3.4n/achrII 10,396,159T09F3.4 encodes a novel protein.
42T25G12.3T25G12.3n/achrX 17,234,022
43F48E8.6F48E8.6n/achrIII 5,444,858contains similarity to Pfam domain PF00773 RNB domain contains similarity to Interpro domain IPR001900 (Ribonuclease II and R)
44ndx-9F13H10.2n/achrIV 11,010,995The ndx-9 gene encodes a member of the NADH pyrophosphatase subfamily of the NUDIX hydrolases.
45B0432.3B0432.3n/achrII 289,662contains similarity to Mus musculus 39S ribosomal protein L41, mitochondrial precursor (L41mt) (MRP-L41).; SW:Q9CQN7
46C05A9.3C05A9.3n/achrX 10,830,625contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
47srw-121K12D9.3n/achrV 2,990,948C. elegans SRW-121 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
48abce-1Y39E4B.1n/achrIII 13,156,917C. elegans ABCE-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF04068 (Possible metal-binding domain in RNase L inhibitor, RLI) , PF00037 (4Fe-4S binding domain) , PF00005 (ABC transporter) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR001450 (4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding), IPR013283 (ABC transporter, ABCE), IPR007209 (Possible metal-binding region in RNase L inhibitor, RLI), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
49D1005.6D1005.6n/achrX 1,463,763
50dpf-2C27C12.7n/achrX 14,834,928C. elegans DPF-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00930 (Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region) , PF00326 (Prolyl oligopeptidase family) contains similarity to Interpro domains IPR001375 (Peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region), IPR002469 (Peptidase S9B, dipeptidylpeptidase IV N-terminal)