UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T14B4.9T14B4.90chrII 6,731,934contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
2rnf-1C06A5.9n/achrI 6,010,654C. elegans RNF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
3C40A11.8C40A11.8n/achrII 2,150,922
4Y48B6A.1Y48B6A.1n/achrII 14,152,681Y48B6A.1 encodes an ortholog of human BOP1 (OMIM:610596, overexpressed in colon cancer) and S. cerevisiae ERB1; Y48B6A.1 may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, Y48B6A.1 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline; however, BOP1 is also a phosphoprotein in mitotic spindles and required for normal chromosomal segregation, raising the possibility that Y48B6A.1 is multifunctional.
5srh-37R11G11.9n/achrV 511,858C. elegans SRH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6srd-43R04D3.9n/achrX 13,304,796C. elegans SRD-43 protein ;
7T06D8.2T06D8.2n/achrII 11,229,674contains similarity to Pfam domain PF02151 UvrB/uvrC motif contains similarity to Interpro domains IPR009055 (UvrB, C-terminal UvrC-binding), IPR001943 (UvrB/UvrC protein)
8nlp-17Y45F10A.5n/achrIV 13,505,484C. elegans NLP-17 protein ;
9W10G6.1W10G6.1n/achrX 16,245,293contains similarity to Babesia bovis Merozoite surface antigen-2a2.; TR:Q95UH0
10C34C6.2C34C6.2n/achrII 8,681,696contains similarity to Homo sapiens KIAA1219; ENSEMBL:ENSP00000302059
11tra-3LLC1.1n/achrIV 14,440,241tra-3 encodes an atypical calpain regulatory protease that lacks calcium-binding EF hand domains; during development, TRA-3 likely promotes female development in XX hermaphrodites by cleaving the membrane-associated TRA-2A protein to generate a TRA-2 peptide likely to have feminizing activity; in addition, TRA-3 is one of several proteases that mediate necrotic cell death during neurodegeneration.
12T15B7.8T15B7.8n/achrV 6,822,465contains similarity to Ostreococcus tauri Predicted CDS, putative cytoplasmic protein family member, with ascoiled coil-4 domain, of ancient origin (ISS).; TR:Q010X5
13F18A11.3F18A11.3n/achrII 13,036,522contains similarity to Candida albicans Multidrug resistance protein CDR2.; SW:CDR2_CANAL
14EGAP9.3EGAP9.3n/achrV 6,579,135contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
15Y39F10C.1Y39F10C.1n/achrII 675,733contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
16C46A5.2C46A5.2n/achrIV 7,761,432contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
17D1005.1D1005.1n/achrX 1,481,966contains similarity to Pfam domains PF08442 (ATP-grasp domain) , PF00549 (CoA-ligase) , PF02629 (CoA binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR013650 (ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type), IPR014608 (ATP-citrate synthase), IPR016142 (Citrate synthase-like, large alpha subdomain), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR016141 (Citrate synthase-like, core), IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR016143 (Citrate synthase-like, small alpha subdomain), IPR005810 (Succinyl-CoA ligase, alpha subunit), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR017440 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site), IPR003781 (CoA-binding), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
18cdc-25.2F16B4.8n/achrV 1,581,313cdc-25.2 encodes a putative homolog of Cdc25 phosphatase protein family that affects germline proliferation.
19C55A1.1C55A1.1n/achrV 15,622,421contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20C32D5.7C32D5.7n/achrII 6,337,900
21thoc-1T02H6.2n/achrII 705,367C. elegans THOC-1 protein ; contains similarity to Danio rerio THO complex 1.; TR:Q7SYB2
22srv-17C06E7.7n/achrIV 5,868,915C. elegans SRV-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
23nhr-250ZK488.1n/achrV 613,820C. elegans NHR-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
24F53G12.3F53G12.3n/achrI 141,205F53G12.3 encodes a large partial homolog of dual oxidase ('Ce-Duox2'), with an N-terminal peroxidase domain, two central calmodulin-binding EF hands, and a C-terminal superoxide-generating NADPH-oxidase domain; F53G12.3 may be required for dityrosine cross-linking of collagen, and thus for cuticular integrity; F53G12.3 may use cytosolic NADPH to generate reactive oxygen, which then may drive the peroxidase ectodomain to cross-link free tyrosine in collagen; F53G12.3 has no visible expression pattern detectable by antibodies, implying very low or rare expression.
25Y69H2.9Y69H2.9n/achrV 18,703,400contains similarity to Grapevine leafroll-associated virus 3 Polymerase (Fragment).; TR:Q8V2G8
26osm-6R31.3n/achrV 11,925,995osm-6 encodes a novel protein that is orthologous to the IFT52 component of the intraflagellar transport particle; osm-6 activity is required cell autonomously for proper sensory cilium structure and thus for normal ciliated sensory neuron function; OSM-6 is a component of the intraflagellar transport particle subcomplex B, and OSM-6::GFP reporter fusions are expressed exclusively in ciliated sensory neurons.
27B0250.5B0250.5n/achrV 20,491,021contains similarity to Pfam domain PF03446 NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR006115 (6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding), IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR015815 (3-hydroxyacid dehydrogenase/reductase), IPR011548 (3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase), IPR006183 (6-phosphogluconate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR002204 (3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site)
28fbxb-100Y63D3A.2n/achrI 14,093,529This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
29Y49F6C.2Y49F6C.2n/achrII 3,379,231
30F31D5.4F31D5.4n/achrII 4,179,466contains similarity to Pfam domain PF01825 Latrophilin/CL-1-like GPS domain contains similarity to Interpro domain IPR000203 (GPS)
31cyp-34A2T10H4.11n/achrV 15,290,031C. elegans CYP-34A2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
32T07D3.6T07D3.6n/achrII 881,565contains similarity to Pfam domain PF06828 Fukutin-related contains similarity to Interpro domain IPR009644 (Fukutin-related)
33fbxa-199T06E6.3n/achrV 15,398,082srx-40 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34ZK863.1ZK863.1n/achrV 12,169,192contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
35F23B2.8F23B2.8n/achrIV 9,152,242contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
36C18H7.5C18H7.5n/achrIV 587,001
37H14E04.1H14E04.1n/achrIII 2,404,160contains similarity to Pfam domains PF02353 (Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase) , PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) , PF01209 (ubiE/COQ5 methyltransferase family) contains similarity to Interpro domains IPR004033 (UbiE/COQ5 methyltransferase), IPR003333 (Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
38srz-90C18D4.9n/achrV 17,528,936C. elegans SRZ-90 protein
39R03H4.1R03H4.1n/achrV 9,018,100contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
40K08B12.3K08B12.3n/achrV 6,236,378contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006355 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA, hypothetical 2), IPR006357 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
41clec-187ZK896.6n/achrIV 12,870,360C. elegans CLEC-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
42srg-61C24B9.11n/achrV 2,739,518C. elegans SRG-61 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
43F21G4.5F21G4.5n/achrX 9,906,914contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zn-finger, C2H2 type)
44Y48B6A.10Y48B6A.10n/achrII 14,215,677contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
45pqn-27E01G4.4n/achrII 13,454,655The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
46srh-178ZK228.8n/achrV 18,479,364C. elegans SRH-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47srd-66Y39A3B.4n/achrIII 1,981,723C. elegans SRD-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48str-52C45H4.12n/achrV 2,145,082C. elegans STR-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
50T25G3.4T25G3.4n/achrI 7,566,145T25G3.4 encodes a putative mitochondrial glycerol-3-phosphate dehydrogenase, paralogous to Y50E8A.6 and orthologous to human GPD2 (OMIM:138430, mutated in type II diabetes mellitus); T25G3.4 transcripts are not obviously enriched during oogenesis, but T25G3.4 is predicted to be coexpressed in an operon with chs-1 and T25G3.3; such coexpression, if real, may simply reflect all three genes being required for oogenesis, rather than some more detailed functional connection; T25G3.4 has no obvious function in mass RNAi assays.