UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1aat-4T13A10.100chrIV 6,274,136aat-4 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-4 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-4 does not require this residue for heterodimer formation or, alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3set-24Y43F11A.5n/achrII 12,122,894set-24 encodes a protein with an N-terminal SET domain, followed by two SPK domains; SET-24's domain organization resembles that of SET-5, but SET-24 has no known non-nematode orthologs or C. elegans paralogs; neither set-24(n4909) nor set-24(RNAi) have any obvious phenotypes.
4ZK1240.5ZK1240.5n/achrII 2,317,121contains similarity to Interpro domain IPR000315 (Zinc finger, B-box)
5C15A7.2C15A7.2n/achrX 12,072,281contains similarity to Xenopus laevis Transmembrane protein 145.; SW:Q5U239
6skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
7T23F4.1T23F4.1n/achrII 1,167,834contains similarity to Pfam domain PF01738 Dienelactone hydrolase family contains similarity to Interpro domain IPR002925 (Dienelactone hydrolase)
8T10E9.8T10E9.8n/achrI 6,540,502
9str-28F25E5.12n/achrV 7,472,264C. elegans STR-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
10clec-242Y68A4B.2n/achrV 17,244,604C. elegans CLEC-242 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
11bath-33C08E3.3n/achrII 1,605,408C. elegans BATH-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
12F54B11.7F54B11.7n/achrX 13,600,836contains similarity to Neurospora crassa GTP cyclohydrolase I (EC 3.5.4.16) (GTP-CH-I).; SW:GCH1_NEUCR
13E02H4.5E02H4.5n/achrX 14,254,507contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IBC6
14nhr-189F47C10.8n/achrV 3,859,413C. elegans NHR-189 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
15K11G9.3K11G9.3n/achrV 6,670,893contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
16mel-26ZK858.4n/achrI 9,134,137mel-26 encodes a MATH and BTB/POZ domain-containing protein that functions as a novel substrate-specific adaptor of the CUL-3-containing E3 ubiquitin ligase; MEL-26 is required maternally for formation of mitotic spindles in the early embryo, and as a component of a ubiquitin ligase complex, for degradation of the microtubule-severing protein MEI-1 at the meiosis to mitosis transition; MEL-26 is also required maternally for embryonic morphogenesis; since MEL-26 contains a meprin-associated Traf homology (MATH) domain, it might be involved in apoptosis.
17F28C10.1F28C10.1n/achrX 543,683
18C53B7.6C53B7.6n/achrX 6,868,654
19H03G16.1H03G16.1n/achrX 15,054,187contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
20srd-40F17A2.12n/achrX 12,324,508C. elegans SRD-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21E02H4.2E02H4.2n/achrX 14,279,950contains similarity to Homo sapiens Type-1 protein phosphatase skeletal muscle glycogen targeting subunit; ENSEMBL:ENSP00000284601
22F52G3.4F52G3.4n/achrX 16,950,151
23W06D12.1W06D12.1n/achrV 17,736,716contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
24mvb-12C06A6.3n/achrIV 7,831,453C. elegans MVB-12 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein FAM125B; ENSEMBL:ENSP00000354772
25srh-104F21H7.7n/achrV 16,243,471C. elegans SRH-104 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26C04C3.7C04C3.7n/achrIV 3,433,232contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27nhr-32K08H2.8n/achrX 13,254,014C. elegans NHR-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
28C08G5.1C08G5.1n/achrII 736,664contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
29vps-32.2C37C3.3n/achrV 7,850,487C. elegans VPS-32.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
30W05H5.1W05H5.1n/achrII 12,443,814contains similarity to Ovis aries Lysophosphatidic acid receptor Edg-2 (LPA receptor 1) (LPA-1).; SW:EDG2_SHEEP
31ZC487.3ZC487.3n/achrV 6,723,598
32C06E4.4C06E4.4n/achrIV 7,259,079contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
33C32B5.6C32B5.6n/achrII 969,468
34C53C7.3C53C7.3n/achrX 13,049,643contains similarity to Triticum aestivum Alpha/beta-gliadin A-V precursor (Prolamin).; SW:GDA5_WHEAT
35Y66A7A.2Y66A7A.2n/achrIII 11,486,326Y66A7A.2 encodes an ortholog of Pop5, a protein subunit shared by the endoribonucleases RNase MRP and RNAse P; RNAse MRP cleaves mitochondrial RNA in mitochondrial DNA synthesis, nucleolar pre-rRNA in ribosome synthesis, and at least one mRNA (CLB2) involved in cell-cycle regulation; RNAse P cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end; Y66A7A.2 is evolutionarily ubiquitous among eukaryotes.
36hsd-2ZC8.1n/achrX 5,006,115The ZC8.1 gene encodes a homolog of the human gene 3BH1, which when mutated leads to giant cell hepatitis (OMIM:231100).
37srh-248H05B21.2n/achrV 2,954,922C. elegans SRH-248 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
38M01G12.6M01G12.6n/achrI 12,120,129contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
39Y37D8A.3Y37D8A.3n/achrIII 12,833,196contains similarity to Methanosarcina mazei Conserved protein.; TR:Q8Q0P1
40ZC411.1ZC411.1n/achrV 8,878,230
41srv-34F13A7.3n/achrV 16,373,569C. elegans SRV-34 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000355 (Chemokine receptor)
42K02D7.5K02D7.5n/achrIV 309,359contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
43ZK1128.7ZK1128.7n/achrIII 10,137,921contains similarity to Pfam domain PF00011 Hsp20/alpha crystallin family contains similarity to Interpro domains IPR002068 (Heat shock protein Hsp20), IPR008978 (HSP20-like chaperone), IPR001436 (Alpha crystallin/Heat shock protein)
44ina-1F54G8.3n/achrIII 9,170,331ina-1 encodes one of two C. elegans alpha integrin subunits; during development, ina-1 activity is required for migration of a number of cell types, including neurons, coelomocyte precursors, and the distal tip cells of the somatic gonad; in addition, ina-1 is required for axon fasciculation and morphogenesis of structures such as the head, pharynx, egg-laying apparatus, and male tail; INA-1 coimmunoprecipitates with the PAT-3 beta integrin subunit suggesting that, in vivo, INA-1 and PAT-3 function as a heterodimer to regulate cell migration and tissue morphogenesis; INA-1 is expressed in many tissues, including neurons, the gonad, and the pharyngeal basement membrane; expression begins during gastrulation and continues through to adulthood.
45F52H2.7F52H2.7n/achrX 2,569,600contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001565 (Synaptotagmin), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
46srbc-59R09E12.1n/achrV 779,433C. elegans SRBC-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
47C24H12.2C24H12.2n/achrII 437,796
48fbxa-171C38D9.1n/achrV 17,564,573This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
49K09D9.12K09D9.12n/achrV 4,003,740
50ZK470.4ZK470.4n/achrX 4,139,617