UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1srw-22T10H4.30chrV 15,269,194C. elegans SRW-22 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
2sri-37D2062.2n/achrII 2,630,401C. elegans SRI-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
3F36D1.5F36D1.5n/achrI 11,266,244contains similarity to Homo sapiens Melastatin 1; TR:O75560
4F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
5F38H4.10F38H4.10n/achrIV 11,861,497contains similarity to Pfam domain PF03637 Mob1/phocein family contains similarity to Interpro domain IPR005301 (Mob1/phocein)
6K03D7.8K03D7.8n/achrV 17,490,522
7glb-7C23H5.2n/achrIV 2,124,416glb-7 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
8C10A4.6C10A4.6n/achrX 7,391,386
9C43F9.7C43F9.7n/achrIV 10,593,293contains similarity to Xanthomonas campestris Hypothetical protein XCC1495.; TR:Q8PAI8
10rpb-6C06A1.5n/achrII 10,579,552C. elegans RPB-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01192 RNA polymerase Rpb6 contains similarity to Interpro domains IPR006110 (RNA polymerase Rpb6), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR006111 (DNA-directed RNA polymerase, 14 to 18 kDa subunit), IPR012293 (RNA polymerase subunit, RPB6/omega)
11K04E7.1K04E7.1n/achrX 6,462,585
12srj-8T28A11.9n/achrV 3,248,476C. elegans SRJ-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13srx-111T24E12.4n/achrII 3,758,519C. elegans SRX-111 protein ;
14T08A9.4T08A9.4n/achrX 7,313,654This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
15twk-44Y71H9A.1n/achrX 11,625,639C. elegans TWK-44 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B), IPR013099 (Ion transport 2)
16F54D10.9F54D10.9n/achrII 3,830,742contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
17H03E18.2H03E18.2n/achrX 8,514,766
18clec-50W04E12.8n/achrV 19,749,271C. elegans CLEC-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR000480 (Glutelin), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
19hex-3Y39A1C.4n/achrIII 10,851,789hex-3 encodes a beta-N-acetylhexosaminidase.
20pfd-6F21C3.5n/achrI 7,283,387pfd-6 encodes a putative prefoldin 6 subunit, orthologous to human PFDN6 (OMIM:605660), required for normal microtubule growth and distal tip cell migration; PFD-6 is expressed cytoplasmically in most, if not all, tissues, including the germline; in mass RNAi assays, PFD-6 is required for normal mitotic spindle position, embryonic and larval viability, fertility, body shape, vulval development, and locomotion, and for normally rapid growth; pfd-6(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
21T22F7.3T22F7.3n/achrIII 520,622contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) , PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
22F16H6.8F16H6.8n/achrV 18,214,941contains similarity to Mycoplasma capricolum CLPA/CLPB family (Fragment).; TR:Q49064
23C34D4.10C34D4.10n/achrIV 7,120,692
24F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
25R07E4.5R07E4.5n/achrX 5,951,318contains similarity to Plasmodium lophurae Histidine-rich glycoprotein precursor.; SW:P04929
26srj-7T28A11.10n/achrV 3,245,861C. elegans SRJ-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27F56D6.6F56D6.6n/achrIV 3,904,376
28acr-14T05C12.2n/achrII 8,175,996acr-14 encodes a protein that contains neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding and transmembrane domains.
29T22H2.4T22H2.4n/achrI 11,694,849contains similarity to Pfam domain PF03860 Domain of Unknown Function (DUF326) contains similarity to Interpro domain IPR005560 (Protein of unknown function DUF326)
30C34E10.8C34E10.8n/achrIII 5,251,598contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan 5.; TR:Q4FX62
31D1007.4D1007.4n/achrI 4,580,304contains similarity to Homo sapiens Gem-associated protein 6; ENSEMBL:ENSP00000281950
32srw-98K04F1.31e-16chrV 1,677,402C. elegans SRW-98 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
33sri-6T09E8.5n/achrV 13,186,537C. elegans SRI-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34srh-215T20B3.3n/achrV 16,831,260C. elegans SRH-215 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001356 (Homeobox)
35B0281.4B0281.4n/achrII 2,298,366contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
36C05E7.2C05E7.2n/achrX 12,939,625
37W02D7.6W02D7.6n/achrV 8,300,526contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
38B0207.8B0207.8n/achrI 5,951,441
39F23H12.7F23H12.7n/achrV 12,372,277contains similarity to Interpro domain IPR001463 (Sodium:alanine symporter)
40ZC53.1ZC53.1n/achrX 1,912,323
41nhr-33ZK455.6n/achrX 11,319,573C. elegans NHR-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
42srx-22F31F4.3n/achrV 680,688C. elegans SRX-22 protein ;
43him-8T07G12.12n/achrIV 10,562,902him-8 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include ZIM-1/-3 and C02F5.12; HIM-8 is required by X chromosomes for normal homolog pairing, synapsis, recombination, and segregation during meiosis; him-8 mutants have an increased frequency of genotypically XO males in self-fertile hermaphrodite populations; HIM-8 is expressed during meiosis, and is associated with the X chromosome's meiotic pairing center (PC), which associates with the nuclear envelope during meiotic prophase; him-8 mutations are enhanced by rearrangements that inactivate the X-chromosomal PC; HIM-8 functions are genetically separable, since the him-8(me4) point mutation (which alters a domain N-terminal to HIM-8's zinc fingers) permits normal chromosome binding and nuclear localization, but causes abnormal pairing and synapsis; while the C-terminal region of HIM-8 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region is highly divergent, suggesting species-specific functions; unlike other him mutations, him-8 solely affects X chromosomes, and does not produce embryonic lethality via autosomal nondisjunction or aneuploidy; however, failure of X-chromosomal synapsis in him-8 mutants blocks the pachytene transistion from polarized to nonpolarized meiotic nuclei, by blocking the resolution of recombination intermediates on other chromosomes; him-8-blocked meiotic autosomes show persistent RAD-51 foci and have excess crossovers, both of which may be symptoms of a HUS-1-independent checkpoint induced by X-chromosomal nonsynapsis rather than DNA damage; HIM-8 also acts outside of meiosis, by inhibiting EGL-13 expression or activity; mutations of the HIM-8 zinc-finger domain semidominantly suppress missense (but not null) egl-13 mutations, due to him-8 haploinsufficiency; mutant HIM-8 fails to suppress mutant egl-13 on a free transgenic array, and also fails to suppress native mutant egl-13 if transgenic excess copies of the egl-13 promoter are present.
44sdz-36ZK1251.7n/achrIV 9,691,129C. elegans SDZ-36 protein
45C34D4.13C34D4.13n/achrIV 7,133,813
46clec-235F36D3.10n/achrV 16,531,589C. elegans CLEC-235 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
47srh-45T03F7.2n/achrV 11,304,292C. elegans SRH-45 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor)
48T19D2.3T19D2.3n/achrX 3,939,726
49srg-4T12A2.12n/achrIII 6,261,094C. elegans SRG-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
50T08G5.1T08G5.1n/achrV 14,019,744contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein that may function as a cochaperone, as suggested by the presence of a DnaJ-like domain; SGD:YNL227C