UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1his-1T10C6.141e-41chrV 16,042,648his-1 encodes an H4 histone; his-1 is contained within the histone gene cluster HIS1; transcript analysis suggests that it encodes the major class of H4 transcripts.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3lin-11ZC247.3n/achrI 10,251,797lin-11 encodes a predicted LIM homeodomain transcription factor that affects vulval development, neuronal development and fate specification, utse cell differentiation, and fertility; it is expressed in some neurons, the vulva, pi cells and their progeny, and the spermatheca.
4F35F10.4F35F10.4n/achrV 3,292,977contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
5F22H10.6F22H10.6n/achrX 16,690,126
6dop-4C52B11.3n/achrX 1,296,964C. elegans DOP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000929 (Dopamine receptor), IPR002233 (Adrenergic receptor), IPR001671 (Melanocortin/ACTH receptor), IPR000995 (Muscarinic acetylcholine receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
7ZK1193.4ZK1193.4n/achrX 424,854
8math-23C46F9.2n/achrII 1,903,365The C46F9.2 gene encodes a protein closely similar to C46F9.3, which has a meprin-associated Traf homology (MATH) domain and may be involved in apoptosis.
9B0222.9B0222.9n/achrV 9,170,672contains similarity to Pfam domains PF00941 (FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase) , PF02738 (Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain) , PF00111 (2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain) , PF01799 ([2Fe-2S] binding domain) , PF01315 (Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR001041 (Ferredoxin), IPR002346 (Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding), IPR012675 (Beta-grasp fold, ferredoxin-type), IPR002888 ([2Fe-2S]-binding), IPR016166 (FAD-binding, type 2), IPR006058 (2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site), IPR016169 (CO dehydrogenase flavoprotein-like, FAD-binding, subdomain 2), IPR000674 (Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead), IPR008274 (Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding)
10str-136F21F8.9n/achrV 8,278,202C. elegans STR-136 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11T25G12.3T25G12.3n/achrX 17,234,022
12clec-21T07H3.4n/achrII 1,583,563C. elegans CLEC-21 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
13K08E4.4K08E4.4n/achrIV 12,066,699contains similarity to Entamoeba histolytica Pyruvate,phosphate dikinase (EC 2.7.9.1) (Pyruvate,orthophosphatesdikinase).; SW:PODK_ENTHI
14mce-1D2030.5n/achrI 7,582,722C. elegans MCE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00903 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR004360 (Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase)
15C44B12.6C44B12.6n/achrIV 1,131,250contains similarity to Interpro domain IPR010345 (Interleukin-17)
16nspb-11F35C5.10n/achrII 12,907,461C. elegans NSPB-11 protein ;
17K07G6.1K07G6.1n/achrII 1,741,871
18C35E7.8C35E7.8n/achrI 10,809,484
19C04E12.5C04E12.5n/achrV 3,359,866contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
20M02D8.5M02D8.5n/achrX 8,757,529contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
21K05F6.8K05F6.8n/achrII 1,567,541This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
22btb-9F45C12.4n/achrII 1,729,278C. elegans BTB-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
23T27F6.7T27F6.7n/achrI 12,496,077contains similarity to Timmia bavarica NADH dehydrogenase subunit 4 (Fragment).; TR:Q94YV9
24F26F2.7F26F2.7n/achrV 20,581,046contains similarity to Pfam domain PF05346 Eukaryotic membrane protein family contains similarity to Interpro domain IPR008010 (Protein of unknown function DUF747, CMV receptor)
25sre-7K02E11.2n/achrV 14,245,132C. elegans SRE-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
26B0244.7B0244.7n/achrIII 5,732,127contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
27acy-2C10F3.3n/achrV 5,978,731acy-2 encodes an adenylyl cyclase; an intragenic deletion of acy-2 is lethal at the first larval stage of development; the terminal phenotype resembles that seen in loss-of-function gsa-1 mutants.
28Y38F1A.8Y38F1A.8n/achrII 12,999,329contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Post-GPI attachment to proteins factor 2; ENSEMBL:ENSP00000300730
29sri-42T10D4.9n/achrII 3,141,931C. elegans SRI-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30R09H3.1R09H3.1n/achrX 1,660,650contains similarity to Sulfolobus solfataricus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q97WH0
31R11D1.2R11D1.2n/achrV 12,709,668contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
32srbc-52F54B8.10n/achrV 15,828,326C. elegans SRBC-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
33K10H10.5K10H10.5n/achrII 14,502,114contains similarity to Interpro domain IPR001030 (Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha)
34sre-39F10G7.7n/achrII 4,688,304C. elegans SRE-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
35uev-3F26H9.7n/achrI 9,311,457uev-3 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; based on similarity to Saccharomyces cerevisiae and human proteins, however, UEV-3 may play a role in cell cycle control or response to stress or DNA damage.
36C50H11.1C50H11.1n/achrV 3,090,166contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
37K08C7.7K08C7.7n/achrIV 10,665,006This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
38stdh-4F25G6.5n/achrV 8,550,589stdh-4 encodes a putative steroid dehydrogenase expressed in larval and adult pharynx; STDH-4 is orthologous to human HSD17B3 (OMIM:605573, mutated in pseudohermaphroditism), HSD17B12 (OMIM:609574), and HSDL1, and paralogous to LET-767 and STDH-1/-3; STDH-4 has no obvious function in mass RNAi assays.
39fbxa-133C38D9.4n/achrV 17,585,301C. elegans FBXA-133 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
40K02F3.8K02F3.8n/achrIII 838,968
41srw-31K03D7.2n/achrV 17,507,514C. elegans SRW-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
42bli-5F45G2.5n/achrIII 13,428,598bli-5 encodes a protease inhibitor that affects the integrity of the cuticle and the development of the bursa in the adult male.
43nas-22T11F9.6n/achrV 11,475,004nas-22 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-22::GFP promoter fusion is expressed in the uterus, uterine and vulval muscles, and uterine seam cell.
44C09B7.2C09B7.2n/achrX 2,669,882
45str-256T01G6.9n/achrV 500,551C. elegans STR-256 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46skr-6Y37H2C.2n/achrV 18,269,765The skr-6 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-6(RNAi) animals are at least superficially normal.
47F56E10.3F56E10.3n/achrV 82,911contains similarity to Pfam domain PF06371 Diaphanous GTPase-binding Domain contains similarity to Interpro domain IPR010473 (Diaphanous GTPase-binding)
48clec-27Y102A5B.1n/achrV 16,855,370C. elegans CLEC-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
49T28C6.8T28C6.8n/achrIV 8,830,136contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
50fbxa-98C08F11.5n/achrIV 13,634,329This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.