UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T10B5.7T10B5.70chrV 1,847,108contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
5hgo-1W06D4.1n/achrI 9,052,445hgo-1 encodes a putative homogentisate 1,2-dioxygenase, orthologous to human HGD (OMIM:607474, mutated in alkaptonuria), that is required for normal resistance to hypertonic stress; HGO-1 is expressed in larval and adult hypodermis and intestine, and in larval pharynx; HGO-1 is required for the tyrosinemic phenotype of K10C2.4(RNAi) animals.
6K02F3.9K02F3.9n/achrIII 840,905
7Y66H1A.5Y66H1A.5n/achrIV 428,660
8D1005.5D1005.5n/achrX 1,471,940
9F09C12.6F09C12.6n/achrII 5,117,137contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10clc-1C09F12.1n/achrX 11,048,302clc-1 encodes a claudin homolog, closely similar to CLC-2, that is required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water; CLC-1 maintains the impermeability ('barrier function') of epithelia, since clc-1(RNAi) animals have abnormal permeability of the pharynx to dyes; clc-1 is expressed in spermatheca, pharynx, intestine, hypodermis, the excretory-secretory system, and the cell-cell junctions of the vulva; in pharyngeal cells, CLC-1 colocalizes with AJM-1 in long thin lines, parallel to the pharyngeal axis and lining the lumenal surface, that appear to correspond with apical intercellular junctions.
11spp-1T07C4.4n/achrIII 10,355,287spp-1 encodes a predicted transmembrane protein containing a saposin (B) domain that is a member of a saposin-like protein superfamily containing mammalian NK-lysin and granulysin and the protozoan amoebapores; SPP-1 is predicted to function as a lipid-binding protein with cytotoxic, pore-forming activity, and in vitro, does exhibit antibacterial activity; loss of SPP-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not, however, result in any abnormalities.
12C42D4.1C42D4.1n/achrIV 7,189,738contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domains IPR002395 (HMW kininogen), IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
13glc-1F11A5.10n/achrV 16,220,736glc-1 encodes the alpha subunit of a glutamate-gated chloride channel and forms a functional channel in Xenopus oocytes; mutations genetically interact with avr-14 and avr-15 mutations such that triple mutants exhibit high level resistance to ivermectin.
14nnt-1C15H9.1n/achrX 6,124,888nnt-1 encodes a proton-pumping nicotinamide nucleotide transhydrogenase predicted to be mitochondrial.
15ZK218.7ZK218.7n/achrV 17,106,188contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR000480 (Glutelin), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
16far-6W02A2.2n/achrIV 13,328,799C. elegans FAR-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF05823 Nematode fatty acid retinoid binding protein (Gp-FAR-1) contains similarity to Interpro domain IPR008632 (Nematode fatty acid retinoid binding)
17tag-225K07C11.5n/achrV 8,202,146K07C11.5 is orthologous to the human gene SIMILAR TO TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASE 3 (SORSBY FUNDUS DYSTROPHY, PSEUDOINFLAMMATORY) (TIMP3; OMIM:188826), which when mutated leads to disease.
18asah-1K11D2.2n/achrI 12,506,351K11D2.2 is orthologous to the human gene N-ACYLSPHINGOSINE AMIDOHYDROLASE (ASAH; OMIM:228000), which when mutated leads to Farber lipogranulomatosis.
19ZK337.2ZK337.2n/achrI 14,977,996contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
20F57H12.6F57H12.6n/achrIV 7,975,882contains similarity to Onchocerca volvulus OV39 antigen (Fragment).; SW:P31730
21W09D12.1W09D12.1n/achrV 14,919,682contains similarity to Pfam domain PF00413 Matrixin contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin), IPR002477 (Peptidoglycan binding-like), IPR016293 (Peptidase M10A, matrix metallopeotidase)
22Y51B9A.9Y51B9A.9n/achrII 9,396,480contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
23str-232T10C6.1n/achrV 16,015,103C. elegans STR-232 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24C04F5.9C04F5.9n/achrV 5,116,964contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
25col-85T21B4.2n/achrII 12,494,362C. elegans COL-85 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
26srx-20R13H7.1n/achrIV 6,868,598C. elegans SRX-20 protein ;
27T12B3.3T12B3.3n/achrIV 7,375,883contains similarity to Pfam domain PF03009 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family contains similarity to Interpro domain IPR004129 (Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)
28Y37D8A.6Y37D8A.6n/achrIII 12,857,304contains similarity to Interpro domains IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
29srr-9T05B11.2n/achrV 7,738,784C. elegans SRR-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
30btb-21F47C10.2n/achrV 3,850,930C. elegans BTB-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
31col-44F54B11.2n/achrX 13,591,900col-44 encodes a cuticle collagen.
32F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
33T12D8.5T12D8.5n/achrIII 13,626,155contains similarity to Treponema pallidum Nuclease sbcCD subunit C.; SW:SBCC_TREPA
34C54D10.9C54D10.9n/achrV 12,448,057contains similarity to Interpro domain IPR001904 (Paxillin)
35C07E3.3C07E3.3n/achrII 10,355,550contains similarity to Ambrosia artemisiifolia Pollen allergen Amb a 1.2 precursor (Antigen E) (Antigen Amb a I).; SW:MP12_AMBAR
36tyr-1C02C2.1n/achrIII 7,875,371C02C2.1 encodes a tyrosinase homolog with a glutamine/asparagine-rich domain.
37H32K16.1H32K16.1n/achrI 9,151,388contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domain IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane)
38Y18D10A.23Y18D10A.23n/achrI 12,868,302contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domains IPR002091 (Aromatic amino acid permease), IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane), IPR006634 (TRAM, LAG1 and CLN8 homology)
39F21C10.4F21C10.4n/achrV 9,127,111contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
40H10D12.2H10D12.2n/achrIV 6,148,717
41snb-2F23H12.1n/achrV 12,345,050C. elegans SNB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00957 Synaptobrevin contains similarity to Interpro domains IPR016444 (Synaptobrevin, metazoa/fungi), IPR001388 (Synaptobrevin)
42M176.8M176.8n/achrII 9,437,409contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
43nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
44K12B6.8K12B6.8n/achrV 6,310,389contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
45zig-2F42F12.2n/achrX 12,340,922zig-2 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-2::gfp reporter fusion is expressed in the PVT interneuron and weakly in 4-6 additional head neurons.
46F47D12.3F47D12.3n/achrIII 6,298,853contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
47fat-2W02A2.1n/achrIV 13,325,097fat-2 encodes a delta-12 fatty acyl desaturase that increases membrane fluidity when expressed in yeast, and that may protect against cold stress; FAT-2's substrate is unknown, but may be acyl-CoA; FAT-2 is required in vivo for normal levels of C18 or C20 polyunsaturated fatty acids (PUFAs); FAT-2 is fully required for a sperm-attracting cue (perhaps an eicosanoid) secreted by oocytes, and partially required for the polarizing activity of PAR-3, PAR-6, and other proteins; FAT-2 is also required for a normally fast growth rate and movement rate, and for normal body shape, defecation rhythm, and brood size.
48ZK822.4ZK822.4n/achrIV 11,927,183contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
49col-33F36A4.6n/achrIV 4,264,264col-33 encodes a predicted cuticular collagen; by homology, col-33 is predicted to play a role in cuticle biosynthesis and regulation of body size and morphogenesis; however, as loss of col-33 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of COL-33 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
50F15D3.6F15D3.6n/achrI 11,574,794contains similarity to Pfam domain PF04707 PRELI-like family contains similarity to Interpro domain IPR006797 (MSF1)