UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1T09B4.3T09B4.32e-53chrI 6,177,087
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3srg-46F32H5.5n/achrV 13,364,203C. elegans SRG-46 protein ;
4Y47H9B.2Y47H9B.2n/achrI 11,745,783contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domain IPR005514 (Protein of unknown function DUF316)
5fbxa-96H03G16.4n/achrX 15,059,361This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
6nas-5T23H4.3n/achrI 9,887,167nas-5 encodes an astacin-like metalloprotease; loss of nas-5 activity in an RNAi hypersensitive strain results in axon guidance defects, including a failure of DD/VD motoneuron commissures to reach the dorsal cord, defasciculation of the dorsal nerve cord, and midline crossing defects in the ventral nerve cord.
7H12D21.5H12D21.5n/achrV 14,894,419contains similarity to Interpro domains IPR001307 (Thiosulfate sulfurtransferase), IPR000463 (Cytosolic fatty-acid binding protein), IPR001763 (Rhodanese-like)
8Y41C4A.1Y41C4A.1n/achrIII 11,648,712contains similarity to Oryza sativa Putative aspartate kinase.; TR:Q851Z6
9C06C3.9C06C3.9n/achrII 9,377,271
10F11D5.5F11D5.5n/achrX 3,302,988contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
11C31H1.2C31H1.2n/achrIV 5,792,361contains similarity to Pfam domain PF02013 Cellulose or protein binding domain contains similarity to Interpro domains IPR003616 (Post-SET zinc-binding region), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin), IPR002883 (Dockerin, cellulose-binding family V)
12sra-38T21H8.3n/achrX 13,898,963C. elegans SRA-38 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF03125 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
13C03B1.6C03B1.6n/achrX 6,350,637
14tag-19C09G9.4n/achrIV 8,875,605tag-19 superficially resembles aromatic-L-amino-acid/L-histidine decarboxylases; however, it is distantly related, being no closer to them than to glutamine decarboxylase/sphingosinge lyase (e.g., tag-38, spl-1); tag-19 thus might be termed a Pyridoxal-phosphate (PLP) dependent decarboxylase-like protei, but is missing the absolutely conserved Lys residue of all PLP-DCs (hence the -like would be needed); tag-19 is dispensable in mass RNAi assays.
15C25G4.8C25G4.8n/achrIV 12,461,585contains similarity to Pfam domain PF06887 Protein of unknown function (DUF1265) contains similarity to Interpro domain IPR009676 (Protein of unknown function DUF1265)
16grl-2T16G1.8n/achrV 12,945,836grl-2 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-2 is expressed in neurons, amphid socket cells, and other cells; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
17try-6F48A9.3n/achrI 6,586,594C. elegans TRY-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF00089 (Trypsin) , PF03761 (Domain of unknown function (DUF316)) contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
18unc-79E03A3.6n/achrIII 4,074,729unc-79 encodes a novel, conserved protein; unc-79 functions in a pathway with nca-1 and nca-2, which encode ion channel subunits, to regulate locomotion and the response to specific volatile anesthetics; unc-79 exerts its effects on these processes, at least in part, by regulating the levels of NCA-1 and NCA-2 proteins; an unc-79::gfp reporter is expressed in the nervous system in ventral nerve cord neurons in L2 and L3 larvae and in one or two head neurons in adults.
19T02G6.2T02G6.2n/achrI 11,801,906contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein.; TR:Q9C9Y9
20C01G5.3C01G5.3n/achrIV 6,537,601contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000352916
21F36D1.6F36D1.6n/achrI 11,270,696contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domains IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
22ZK1248.17ZK1248.17n/achrII 5,845,365contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
23sru-22F36G9.5n/achrV 15,973,922C. elegans SRU-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
24W03D8.3W03D8.3n/achrI 2,821,478contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
25T22B2.7T22B2.7n/achrX 3,909,459
26F41F3.1F41F3.1n/achrV 4,655,174
27srg-56C24B9.10n/achrV 2,736,901C. elegans SRG-56 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
28Y51A2D.18Y51A2D.18n/achrV 18,484,174contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
29Y48E1C.3Y48E1C.3n/achrII 13,439,410contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
30C33E10.6C33E10.6n/achrX 17,268,242contains similarity to Tetrahymena thermophila SB210 Putative uncharacterized protein.; TR:Q227I5
31M70.4M70.4n/achrIV 2,258,333M70.4 is orthologous to human O-MANNOSE BETA-1,2-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE (FLJ20277; OMIM:606822), which when mutated leads to muscle-eye-brain disease.
32C44F1.2C44F1.2n/achrIII 3,769,375contains similarity to Pfam domains PF01342 (SAND domain) , PF02178 (AT hook motif) contains similarity to Interpro domains IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR010919 (SAND-like), IPR000770 (SAND)
33T06E4.5T06E4.5n/achrV 9,631,723contains similarity to Interpro domains IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein), IPR001266 (Ribosomal protein S19e)
34C10G11.10C10G11.10n/achrI 6,305,695
35W05B5.1W05B5.1n/achrI 13,043,893contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Homolog of human WASP, proline-rich protein; SGD:YOR181W
36sea-2K10G6.3n/achrII 3,966,905sea-2 is an autosomal signal element gene, whose protein product contains four C2H2 zinc finger domains and three involucrin repeats embedded in extensive regions of low-complexity (e.g., glutamine/asparagine-rich) protein sequence; sea-2 has no obvious biological function in mass RNAi assays.
37Y18D10A.3Y18D10A.3n/achrI 12,812,894contains similarity to Pfam domain PF03853 YjeF-related protein N-terminus contains similarity to Interpro domain IPR004443 (YjeF-related protein, N-terminal)
38Y38F1A.2Y38F1A.2n/achrII 12,956,401contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
39srt-44M199.1n/achrIV 15,105,017C. elegans SRT-44 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
40rab-14K09A9.2n/achrX 15,605,871rab-14 encodes a member of the Rab GTPase family.
41ZK1290.10ZK1290.10n/achrII 7,552,859contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
42str-86F59E11.14n/achrV 8,983,013C. elegans STR-86 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43rpl-42C09H10.1n/achrII 11,093,225C. elegans RPL-42 protein ;
44F21C3.6F21C3.6n/achrI 7,284,859contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Caldesmon; ENSEMBL:ENSP00000354826
45F35B3.7F35B3.7n/achrX 17,038,997contains similarity to Homo sapiens Leucine zipper putative tumor suppressor 2; ENSEMBL:ENSP00000359240
46set-19W01C8.3n/achrX 5,677,695set-19 encodes a SET domain-containing protein; SET-19 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-15, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-19(ok1813) nor set-19(RNAi) have any obvious phenotypes.
47K10C9.7K10C9.7n/achrV 1,066,687
48Y43F8C.9Y43F8C.9n/achrV 19,646,679contains similarity to Dictyostelium discoideum Myb-like protein.; SW:P34127
49R04A9.1R04A9.1n/achrX 405,128
50C56C10.12C56C10.12n/achrII 6,606,347contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)