UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1T08D2.8T08D2.84.0000000000000004e-140chrX 196,174contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
2T14E8.2T14E8.2n/achrX 6,542,867contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
3F09A5.3F09A5.3n/achrX 13,151,561contains similarity to Plasmodium falciparum Normocyte-binding protein 1.; TR:Q8WRS5
4srj-11T28A11.12n/achrV 3,242,029C. elegans SRJ-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
5T23H2.4T23H2.4n/achrI 6,455,456
6F36F12.8F36F12.8n/achrV 2,091,148contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
7ugt-6ZC455.4n/achrV 12,796,799C. elegans UGT-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
8srx-22F31F4.3n/achrV 680,688C. elegans SRX-22 protein ;
9srj-10F14H3.1n/achrV 16,073,333C. elegans SRJ-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
10T10B5.8T10B5.8n/achrV 1,843,425contains similarity to Pfam domain PF00724 NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001155 (NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal)
11C47F8.6C47F8.6n/achrI 12,320,092contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
12srx-7C14C6.1n/achrV 561,828C. elegans SRX-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
13F55D12.2F55D12.2n/achrI 7,892,099contains similarity to Interpro domains IPR002017 (Spectrin repeat), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal)
14F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
15srw-98K04F1.3n/achrV 1,677,402C. elegans SRW-98 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
16F02D10.6F02D10.6n/achrX 13,450,586contains similarity to Cryptophlebia leucotreta granulosis virus Hypothetical protein.; TR:Q7T5R9
17R10D12.6R10D12.6n/achrV 13,949,458contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
18C13A2.5C13A2.5n/achrV 7,277,113contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
19T08G5.1T08G5.1n/achrV 14,019,744contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein that may function as a cochaperone, as suggested by the presence of a DnaJ-like domain; SGD:YNL227C
20xnp-1B0041.7n/achrI 4,668,742xnp-1 encodes an ATP-dependent DNA helicase of the SNF2 family that is orthologous to human XNP/ATR-X, which is associated with a number of X-linked mental retardation syndromes; in C. elegans, xnp-1 activity is required at high temperatures for embryogenesis, somatic gonad development, fertility, and vulval morphogenesis; in addition, animals doubly mutant for xnp-1 and lin-35/Rb, hpl-2/HP1, or nucleosome remodelling and histone deacetylase (NuRD) complex members such as lin-53 and let-418, display larval arrest with growth cessation but continued cell proliferation; xnp-1 is also required, with lin-35/Rb and hpl-2/HP1, for proper regulation of transgene expression; xnp-1 mRNA, detectable in embryos and the germline by in situ hybridization, is expressed at highest levels in embryos with decreasing levels seen in successive larval stages; xnp-1 transcriptional reporter fusions exhibit strong expression beginning at mid-embryogenesis but fading by embryonic morphogenesis; at hatching, expression is observed in all dividing cells including the P lineage, and at later larval stages expression is observed in the vulval precursor cells.
21him-14ZK1127.11n/achrII 7,067,448him-14 encodes a germline-specific member of the MutS family of DNA mismatch repair (MMR) proteins that is orthologous to human MSH4 and Saccharomyces cerevisiae Msh4p; during the pachytene stage of meiosis, HIM-14 activity is required for promoting crossing over between homologous chromosomes and thus, for chiasmata formation and proper chromosome segregation; in contrast, HIM-14 activity does not appear to be required for mismatch repair, nor for chromosome pairing or synapsis; him-14 mRNA expression is detected exclusively in the germline.
22C13A2.9C13A2.9n/achrV 7,263,287contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
23Y57G7A.6Y57G7A.6n/achrII 1,283,801contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
24dod-20B0554.6n/achrV 423,333C. elegans DOD-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
25B0035.6B0035.6n/achrIV 11,322,187contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Structural maintenance of chromosomes (SMC) protein; SGD:YOL034W
26ZK177.9ZK177.9n/achrII 5,517,477
27H14E04.4H14E04.4n/achrIII 2,391,147
28B0496.1B0496.1n/achrIV 7,446,888contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR000210 (BTB/POZ-like)
29Y62H9A.11Y62H9A.11n/achrX 11,906,196
30srsx-11C13D9.4n/achrV 4,978,533C. elegans SRSX-11 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
31clec-50W04E12.8n/achrV 19,749,271C. elegans CLEC-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR000480 (Glutelin), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
32btb-3B0047.2n/achrII 2,043,575C. elegans BTB-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR000210 (BTB/POZ-like)
33W09G12.8W09G12.8n/achrIV 1,226,925contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
34F56H6.4F56H6.4n/achrI 12,291,320contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
35M01G12.7M01G12.7n/achrI 12,115,167contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein.; TR:Q9LZ50
36lgc-7Y57G11C.2n/achrIV 14,712,127C. elegans LGC-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
37elks-1F42A6.9n/achrIV 3,346,268elks-1 encodes the C. elegans homolog of the vertebrate ELKS (glutamine, leucine, lysine, and serine-rich) proteins; although loss of elks-1 activity results in no obvious developmental or behavioral abnormalities, the ELKS-1 C-terminus interacts with the PDZ domain of UNC-10/RIM in vitro, and in vivo each protein appears to play a nonessential role in localizing the other to the presynaptic active zone; in addition to the active zone, ELKS-1 also localizes to the pharyngeal basal lamina.
38C01F6.1C01F6.1n/achrIV 9,098,665C01F6.1 encodes a putative calcium-dependent phospholipid binding protein of the copine family; C01F6.1 is required for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; C01F6.1(RNAi) hermaphrodites are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them.
39srg-2C18F10.5n/achrIII 6,259,346srg-2 encodes a predicted seven transmembrane domain G protein-coupled chemosensory receptor; an SRG-2::GFP fusion protein is expressed exclusively in the cilia of ASK sensory neurons, which are believed to be involved in chemotaxis to lysine and sensory regulation of egg laying; localization of SRG-2 to ASK cilia does not appear to depend upon wild-type activity of either odr-4 or odr-8.
40srxa-9ZK678.4n/achrX 15,749,493C. elegans SRXA-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03383 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein, class xa contains similarity to Interpro domain IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
41C34D4.10C34D4.10n/achrIV 7,120,692
42clec-235F36D3.10n/achrV 16,531,589C. elegans CLEC-235 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
43F36G9.3F36G9.3n/achrV 15,958,350contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF05978 (Eukaryotic protein of unknown function (DUF895)) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
44vab-15R07B1.1n/achrX 9,848,439The vab-15 gene encodes a msh-like homeobox gene that appears required for production of touch cell precursors, and that is orthologous to the human gene MSH HOMEO BOX HOMOLOG 1 (MSX1; OMIM:142983) which when mutated leads to disease.
45clec-223C03E10.5n/achrV 11,275,618C. elegans CLEC-223 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
46srw-132T05B4.5n/achrV 4,107,240C. elegans SRW-132 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
47T09B4.2T09B4.2n/achrI 6,184,694
48ZC376.6ZC376.6n/achrV 14,188,934contains similarity to Interpro domain IPR001028 (Glycoprotein phospholipase D)
49srd-17Y2H9A.2n/achrV 13,431,663C. elegans SRD-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50K02E2.1K02E2.1n/achrV 20,348,590contains similarity to Salmo salar NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 (EC 1.6.5.3).; SW:NU2M_SALSA