UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T08D2.4T08D2.46e-56chrX 177,626contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
2F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
3H41C03.2H41C03.2n/achrII 5,851,169contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
4T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
5F52C12.3F52C12.3n/achrIV 1,950,714
6F55C10.4F55C10.4n/achrV 11,387,665contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
7ZC395.4ZC395.4n/achrIII 5,270,595contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000333119
8C35D10.5C35D10.5n/achrIII 4,862,879contains similarity to Pfam domain PF03981 Ubiquinol-cytochrome C chaperone contains similarity to Interpro domain IPR007129 (Ubiquinol-cytochrome C chaperone)
9W03G1.3W03G1.3n/achrIV 512,107
10F56C11.3F56C11.3n/achrI 182,455contains similarity to Pfam domain PF04777 Erv1 / Alr family contains similarity to Interpro domain IPR006863 (Erv1/Alr)
11nhx-1B0395.1n/achrX 16,020,136nhx-1 encodes a sodium/proton exchanger expressed intracellularly within hypodermal and muscle cells; NHX-1 is required for embryonic viability, and is thought to prevent intracellular acidification by catalysing the electroneutral exchange of vesicular sodium for an intracellular proton.
12F36D4.2F36D4.2n/achrV 9,401,020contains similarity to Pfam domain PF04099 Sybindin-like family contains similarity to Interpro domains IPR011012 (Longin-like), IPR007233 (Sybindin-like protein)
13D2085.6D2085.6n/achrII 8,660,679D2085.6 is orthologous to the human gene CLASS A GLCNAC-INOSITOL PHOSPHOLIPID ASSEMBLY PROTEIN (PIGA; OMIM:311770), which when mutated leads to paroxysmal nocturnal hemoglobinuria.
14T20F7.1T20F7.1n/achrX 16,875,523contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
15san-1ZC328.4n/achrI 6,408,365san-1 encodes the C. elegans ortholog of the Saccharomyces cerevisiae spindle checkpoint protein Mad3p; san-1 is essential for the mitotic spindle checkpoint activity in response to stimuli such as microtubule depolymerization or anoxia, in which microscopically visible movement ceases and cell cycle progression reversibly arrests; san-1 has also been reported to be essential for normal embryonic development; SAN-1 localizes to the nucleus during prophase and, during metaphase, colocalizes with HCP-3 to the kinetochore, consistent with a role as a spindle checkpoint component.
16F55F10.1F55F10.1n/achrIV 4,373,684contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) (5)contains similarity to Interpro domains IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR012099 (Midasin), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR002078 (RNA polymerase sigma factor 54, interaction), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
17clec-144T27D12.3n/achrII 11,831,976C. elegans CLEC-144 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
18B0554.4B0554.4n/achrV 432,094contains similarity to Pfam domain PF02795 Domain of unknown function (DUF225) contains similarity to Interpro domain IPR004024 (Protein of unknown function DUF225)
19dcr-1K12H4.8n/achrIII 8,076,021The dcr-1 gene encodes a bidentate ribonuclease that is homologous to E. coli RNAse III; dcr-1 is required both for RNA interference and for synthesis of small developmental RNAs; DCR-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA (dsRNA) binding protein required for RNAi that interacts with trigger dsRNAs and may function to deliver dsRNAs to DCR-1 for endonucleolytic processing.
20C10A4.7C10A4.7n/achrX 7,414,514
21C49A9.2C49A9.2n/achrIV 6,226,732contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
22crml-1K07G5.1n/achrI 7,154,627C. elegans CRML-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
23F28H7.8F28H7.8n/achrV 10,759,739contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001071 (Cellular retinaldehyde binding/alpha-tocopherol transport), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
24F37C12.14F37C12.14n/achrIII 7,185,248
25T23G4.3T23G4.3n/achrIV 13,686,045contains similarity to Homo sapiens BAG-family molecular chaperone regulator-4; ENSEMBL:ENSP00000287322
26fbxa-82C25D7.4n/achrV 15,051,980This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
27C04G6.6C04G6.6n/achrII 5,099,576
28nhr-43C29E6.5n/achrIV 11,901,266nhr-43 is predicted to encode a nuclear hormone receptor (NHR); the primary sequence of nhr-43 reveals that it has a leucine instead of a methionine that is conserved within the NHR superfamily at the carboxyl boundary of the DNA-binding domain.
29W03H9.2W03H9.2n/achrII 14,144,403contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000046554
30C29F7.7C29F7.7n/achrX 13,442,218contains similarity to Peromyscus maniculatus Alcohol dehydrogenase 2 (EC 1.1.1.1).; SW:ADH2_PERMA
31T27A3.6T27A3.6n/achrI 6,106,790T27A3.6 is orthologous to the human gene MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYSTHESIS PROTEIN E (MOCS2; OMIM:603708), which when mutated leads to disease.
32ced-11ZK512.3n/achrIII 9,122,267The ced-11 gene encodes a predicted transmembrane ion channel related to the long transient receptor potential channel (LTRPC) subfamily of TRP channels found in Drosophila and mammals; CED-11 functions as a downstream effector in the programmed cell death pathway and may play a role in affecting the morphological changes seen in the nucleus, cytoplasm, and plasma membrane of apoptotic cells.
33seld-1Y45F10A.4n/achrIV 13,507,532C. elegans SELD-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR004536 (Selenide water dikinase)
34fbxa-51T12B5.1n/achrIII 962,902This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
35lpd-2C48E7.3n/achrI 6,254,291C. elegans LPD-2 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
36grl-21ZC168.5n/achrIV 10,737,774grl-21 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-21 is expressed in arcade cells and hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
37nhr-135VC5.5n/achrV 7,092,716C. elegans NHR-135 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
38srw-88T06G6.7n/achrI 12,721,084C. elegans SRW-88 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
39F47G9.6F47G9.6n/achrV 11,330,067contains similarity to Methanosarcina acetivorans Predicted protein.; TR:Q8TS27
40cyp-33E3F42A9.4n/achrIV 8,615,428C. elegans CYP-33E3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I)
41F22F7.4F22F7.4n/achrV 2,104,867contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
42F41B5.6F41B5.6n/achrV 2,240,376contains similarity to Pfam domain PF03564 Protein of unknown function (DUF1759) contains similarity to Interpro domain IPR005312 (Protein of unknown function DUF1759)
43F41E6.9F41E6.9n/achrV 8,605,583contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
44Y54G11A.9Y54G11A.9n/achrII 14,345,333contains similarity to Pfam domain PF01521 Iron-sulphur cluster biosynthesis contains similarity to Interpro domains IPR016092 (HesB/YadR/YfhF), IPR000361 (HesB/YadR/YfhF-like)
45C04C3.4C04C3.4n/achrIV 3,394,502
46T10B11.8T10B11.8n/achrI 6,953,068
47ekl-1F22D6.6n/achrI 7,096,946C. elegans EKL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002999 (Tudor)
48F22G12.3F22G12.3n/achrI 13,153,129This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
49K07C5.2K07C5.2n/achrV 10,340,201contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
50C46G7.2C46G7.2n/achrIV 6,016,483contains similarity to Anisakis simplex 29kDa protein from Anisakis simplex.; TR:Q9U5Z9