UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T08B2.4T08B2.45.000000000000001e-66chrI 6,225,763
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3ZC317.1ZC317.1n/achrV 5,472,445contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
4ZK402.5ZK402.5n/achrX 1,399,783contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
5W03F8.3W03F8.3n/achrIV 5,187,201contains similarity to Pfam domains PF00472 (Peptidyl-tRNA hydrolase domain) , PF03462 (PCRF domain) contains similarity to Interpro domains IPR005139 (PCRF), IPR000352 (Class I peptide chain release factor)
6T19D2.3T19D2.3n/achrX 3,939,726
7C01B10.4C01B10.4n/achrIV 6,630,045contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
8F49C12.3F49C12.3n/achrIV 9,301,257contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
9H08J19.1H08J19.1n/achrX 15,643,559contains similarity to Homo sapiens formin-like 3 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000335655
10Y17G7B.4Y17G7B.4n/achrII 11,995,419contains similarity to Pfam domain PF01916 Deoxyhypusine synthase contains similarity to Interpro domain IPR002773 (Deoxyhypusine synthase)
11C34B7.1C34B7.1n/achrI 8,331,627The C34B7.1 gene encodes a divergent MYST acetyltransferase that is (apparently) unique to Caenorhabditis; it has no well-characterized orthologs in the complete Drosophila or S. cerevisiae genomes, and no obvious orthologs in the draft human genome sequence either.
12K01G12.3K01G12.3n/achrIV 14,194,711contains similarity to Homo sapiens Acidic (Leucine-rich) nuclear phosphoprotein 32 family, member E; ENSEMBL:ENSP00000358111
13C14E2.1C14E2.1n/achrX 1,826,905
14Y41C4A.9Y41C4A.9n/achrIII 11,714,688contains similarity to Pfam domain PF06862 Protein of unknown function (DUF1253) contains similarity to Interpro domain IPR010678 (Protein of unknown function DUF1253)
15T08D2.2T08D2.2n/achrX 167,955contains similarity to Pfam domains PF00953 (Glycosyl transferase family 4) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR000715 (Glycosyl transferase, family 4)
16C56A3.5C56A3.5n/achrV 13,552,624contains similarity to Ureaplasma parvum Hypothetical protein UU346.; TR:Q9PQE5
17C33H5.8C33H5.8n/achrIV 7,778,475contains similarity to Pfam domain PF00515 Tetratricopeptide repeat contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
18hst-1F08B4.6n/achrIV 8,689,875C. elegans HST-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00685 Sulfotransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR000863 (Sulphotransferase)
19srt-33F40G12.8n/achrV 14,279,072C. elegans SRT-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20gro-1ZC395.6n/achrIII 5,266,087C. elegans GRO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01715 IPP transferase contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR002627 (tRNA isopentenyltransferase), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR011593 (Isopentenyl transferase-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
21R08F11.1R08F11.1n/achrV 3,781,014contains similarity to Pfam domain PF04685 Protein of unknown function, DUF608 contains similarity to Interpro domains IPR006775 (Protein of unknown function DUF608), IPR014551 (Beta-glucosidase, GBA2 type), IPR008928 (Six-hairpin glycosidase-like)
22F31A9.2F31A9.2n/achrX 1,795,240
23F09E5.12F09E5.12n/achrII 5,368,494contains similarity to Pfam domain PF05001 RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat
24C52E12.4C52E12.4n/achrII 7,017,594contains similarity to Pfam domains PF01477 (PLAT/LH2 domain) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) , PF02759 (RUN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR001024 (Lipoxygenase, LH2), IPR008976 (Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2), IPR004012 (RUN), IPR005113 (uDENN), IPR001194 (DENN)
25str-193C50C10.6n/achrV 9,821,161C. elegans STR-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26tgt-1ZK829.6n/achrIV 11,958,629tgt-1 encodes a tRNA-guanine transglycosylase predicted to be mitochondrial.
27K07D4.2K07D4.2n/achrII 4,045,127
28ZK1127.3ZK1127.3n/achrII 7,055,637contains similarity to Pfam domain PF07904 CT20 family contains similarity to Interpro domain IPR012423 (CT20)
29C10A4.6C10A4.6n/achrX 7,391,386
30fbxa-22T12B5.5n/achrIII 939,140C. elegans FBXA-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
31ruvb-2T22D1.10n/achrIV 6,918,257C. elegans RUVB-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF06068 (TIP49 C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR010339 (TIP49, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
32T11F1.6T11F1.6n/achrII 2,945,352contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
33F29C12.6F29C12.6n/achrII 13,129,953contains similarity to Helicobacter pylori Cytotoxicity associated immunodominant antigen (120 kDa protein)s(CAG pathogenicity island protein 26).; SW:CAGA_HELPY
34T13F2.2T13F2.2n/achrIV 9,797,072contains similarity to Pfam domain PF02229 Transcriptional Coactivator p15 (PC4) contains similarity to Interpro domains IPR003173 (Transcriptional coactivator p15), IPR009044 (ssDNA-binding transcriptional regulator)
35T09F3.4T09F3.4n/achrII 10,396,159T09F3.4 encodes a novel protein.
36ZK856.4ZK856.4n/achrV 10,183,835contains similarity to Interpro domain IPR011001 (Saposin-like)
37lin-24B0001.1n/achrIV 12,132,269lin-24 was identified in screens for mutations that result in altered vulval cell lineages; lin-24 is defined by two alleles, the first of which, a partially dominant mutation, generally results in vulvaless animals, while the second, a non-null amber mutation that is also partially dominant, results in wild-type animals when homozygous, but vulvaless animals when heterozygous with a wild-type allele; morphological examination of lin-24 animals indicates that some of the Pn.p cells that normally make up the vulva undergo inappropriate cell death that is dependent upon the ced-2, ced-5, and ced-10 engulfment genes, but not on the ced-3 and ced-4 killing genes; the precise molecular identity of lin-24 has not yet been reported.
38sri-4C05E4.4n/achrV 749,407C. elegans SRI-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39C05C8.8C05C8.8n/achrV 7,253,723contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
40nhr-33ZK455.6n/achrX 11,319,573C. elegans NHR-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
41F52H2.5F52H2.5n/achrX 2,558,768
42T13C5.4T13C5.4n/achrX 6,192,236T13C5.4 encodes a paired-like homeodomain protein of the Q50 class, which has no obvious function in mass RNAi assays.
43R10E4.11R10E4.11n/achrIII 4,299,234contains similarity to Pfam domain PF00096 (Zinc finger, C2H2 type)
44Y116A8C.8Y116A8C.8n/achrIV 16,932,518contains similarity to Interpro domain IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
45F02H6.4F02H6.4n/achrIV 14,217,678contains similarity to Saccharomyces cerevisiae GTPase, required for general translation initiation by promoting Met-tRNAiMet binding to ribosomes and ribosomal subunit joining; homolog of bacterial IF2; SGD:YAL035W
46ina-1F54G8.3n/achrIII 9,170,331ina-1 encodes one of two C. elegans alpha integrin subunits; during development, ina-1 activity is required for migration of a number of cell types, including neurons, coelomocyte precursors, and the distal tip cells of the somatic gonad; in addition, ina-1 is required for axon fasciculation and morphogenesis of structures such as the head, pharynx, egg-laying apparatus, and male tail; INA-1 coimmunoprecipitates with the PAT-3 beta integrin subunit suggesting that, in vivo, INA-1 and PAT-3 function as a heterodimer to regulate cell migration and tissue morphogenesis; INA-1 is expressed in many tissues, including neurons, the gonad, and the pharyngeal basement membrane; expression begins during gastrulation and continues through to adulthood.
47hst-2C34F6.4n/achrX 11,205,546hst-2 encodes the C. elegans ortholog of the heparan sulfate modifying enzyme 2O-sulfotransferase; by homology, HST-2 is predicted to function in heparan sulfate biosynthesis by catalyzing the chain-modifying sulfation of the C2 hydroxyl group of hexuronic acid; during development, hst-2 activity is required for normal body size, cell migration, and nervous system development; an hst-2::gfp reporter fusion is first expressed in embryos, continuing on through adulthood; expression is detected in many tissues, including the pharynx, hypodermis, muscles, vulva, and distal tip cells (DTCs) of the somatic gonad.
48C27F2.4C27F2.4n/achrIII 4,959,381contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
49scpl-2F45E12.1n/achrII 7,312,591scpl-2 encodes a putative serine/threonine phosphatase, orthologous to budding yeast Nem1p and human DULLARD; SCPL-2 is expressed in pharynx and intestine; SCPL-2 is distantly similar to FCP-1 and SCPL-1, -3, and -4; by orthology, SCPL-2 is expected to localize to the nuclear envelope, to regulate nuclear membrane biogenesis, and to dephosphorylate the phosphatidic acid phosphatase ortholog H37A05.1.
50srbc-70F30B5.6n/achrIV 4,227,430C. elegans SRBC-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)