UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T08A9.6T08A9.64e-61chrX 7,312,318This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
2Y54G11A.1Y54G11A.1n/achrII 14,262,654contains similarity to Mesocricetus auratus Nucleolin (Protein C23).; SW:NUCL_MESAU
3srh-17C47E8.2n/achrV 14,662,094C. elegans SRH-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4K11B4.2K11B4.2n/achrI 14,798,156contains similarity to Tetraodon nigroviridis UPF0402 protein.; SW:Q4S3C1
5lips-3F10F2.3n/achrIII 4,617,677C. elegans LIPS-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
6F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
7srd-50F15A2.4n/achrX 13,480,135C. elegans SRD-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8F41G4.1F41G4.1n/achrX 16,841,928contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus 33 kDa inner dynein arm light chain, axonemal (p33).; SW:Q26630
9F54D11.3F54D11.3n/achrV 4,636,257
10pstk-1Y49E10.22n/achrIII 12,467,328C. elegans PSTK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF08433 Chromatin associated protein KTI12 contains similarity to Interpro domain IPR013641 (Chromatin associated protein KTI12)
11str-244C50H11.9n/achrV 3,058,396C. elegans STR-244 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12ZK546.5ZK546.5n/achrII 4,936,745contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
13C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
14F12A10.1F12A10.1n/achrII 5,497,839contains similarity to Oryza sativa subsp indica Putative uncharacterized protein.; TR:A2YC95
15B0432.3B0432.3n/achrII 289,662contains similarity to Mus musculus 39S ribosomal protein L41, mitochondrial precursor (L41mt) (MRP-L41).; SW:Q9CQN7
16fbxa-43T20H9.2n/achrIII 2,258,234C. elegans FBXA-43 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
17T23B12.1T23B12.1n/achrV 8,469,517contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
18W06B4.3W06B4.3n/achrII 4,464,653contains similarity to Pfam domain PF05131 Pep3/Vps18/deep orange family contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR007810 (Pep3/Vps18/deep orange), IPR016024 (Armadillo-type fold)
19csb-1F53H4.1n/achrX 15,863,557csb-1 is orthologous to human gene ERCC6 (OMIM:133530, mutated in Cockayne syndrome); CSB-1 is required for embryonic viability, and represses UV-induced apoptosis in germ cells.
20str-187F26D10.8n/achrIV 17,266,207C. elegans STR-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000539 (Frizzled protein)
21F52D2.7F52D2.7n/achrX 1,964,366
22K04G11.1K04G11.1n/achrX 14,335,998contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
23F57G8.7F57G8.7n/achrV 16,329,811contains similarity to Antarctic bacterium str 643 Metalloproteinase precursor.; TR:Q9KH34
24ZC239.16ZC239.16n/achrII 3,225,022contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
25cic-1H14E04.5n/achrIII 2,397,836C. elegans CIC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
26F25B5.5F25B5.5n/achrIII 5,944,924contains similarity to Pfam domains PF00919 (Uncharacterized protein family UPF0004) , PF04055 (Radical SAM superfamily) , PF01938 (TRAM domain) contains similarity to Interpro domains IPR005839 (Protein of unknown function UPF0004), IPR013848 (Protein of unknown function UPF0004, N-terminal), IPR007197 (Radical SAM), IPR006638 (Elongator protein 3/MiaB/NifB), IPR002792 (Deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM)
27C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
28T17A3.9T17A3.9n/achrIII 152,890
29K07D4.2K07D4.2n/achrII 4,045,127
30F39H12.2F39H12.2n/achrX 832,122contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
31F10E9.7F10E9.7n/achrIII 8,306,002contains similarity to Interpro domain IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
32rfc-2F58F6.4n/achrIV 1,350,136rfc-2 encodes a member of the AAA family that are ATPases associated with DNA replication and has highest similarity to the mouse Replication factor C 40 kDa subunit, and affects embryonic viability, fertility, and locomotion in a large-scale RNAi screen.
33srw-94H06H21.1n/achrIV 4,815,890C. elegans SRW-94 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
34T12E12.3T12E12.3n/achrIV 5,543,170
35B0035.16B0035.16n/achrIV 11,295,988contains similarity to Pfam domain PF03054 tRNA methyl transferase contains similarity to Interpro domains IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold), IPR004506 (tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase)
36R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
37srw-121K12D9.3n/achrV 2,990,948C. elegans SRW-121 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
38F47E1.1F47E1.1n/achrX 9,075,645
39fbxa-95F28F8.4n/achrV 15,572,053This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
40end-3F58E10.5n/achrV 14,015,253end-3 encodes a GATA zinc finger protein, paralogous to end-1, that helps specify mesoendodermal (as opposed to mesectodermal) lineages derived from the E blastomere.
41M01E5.2M01E5.2n/achrI 13,278,606contains similarity to Pfam domains PF01018 (GTP1/OBG) , PF01926 (GTPase of unknown function) contains similarity to Interpro domains IPR014100 (GTP-binding protein Obg/CgtA), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR006169 (GTP1/OBG subdomain), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG)
42W08F4.10W08F4.10n/achrII 590,892contains similarity to Interpro domain IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site)
43emb-30F54C8.3n/achrIII 9,438,172emb-30 encodes an anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) component orthologous to mammalian APC-4 and Schizosaccharomyces pombe Lid1; EMB-30 is required for the metaphase-to-anaphase transition during meiosis and mitosis, for establishing anterior-posterior polarity in the early embryo, and for proper localization of germline granules and the maternally provided PAR-2 and PAR-3 proteins.
44ulp-4C41C4.6n/achrII 8,132,271C. elegans ULP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
45srj-55Y45G12A.1n/achrV 2,857,011C. elegans SRJ-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46C41D11.4C41D11.4n/achrI 4,442,876
47C29F9.8C29F9.8n/achrIII 96,559
48ZK218.1ZK218.1n/achrV 17,092,954contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
49F58E1.13F58E1.13n/achrII 1,695,343
50F20G4.2F20G4.2n/achrI 7,914,259contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Helicase encoded by the Y' element of subtelomeric regions, highly expressed in the mutants lacking the telomerase component TLC1; potentially phosphorylated by Cdc28p; SGD:YER190W