UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T06E4.9T06E4.98e-31chrV 9,620,523contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3pqn-5C03A7.4n/achrV 5,159,245The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
4fipr-20H14A12.6n/achrIII 7,462,256C. elegans FIPR-20 protein ;
5F48E3.3F48E3.3n/achrX 7,498,278contains similarity to Pfam domain PF06427 UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR009448 (UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase)
6T20B3.1T20B3.1n/achrV 16,818,064contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
7col-79C09G5.3n/achrII 10,703,993C. elegans COL-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
8Y75B8A.4Y75B8A.4n/achrIII 12,110,492contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF05362 (Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR004815 (Peptidase S16, ATP-dependent protease La), IPR008269 (Peptidase S16, lon C-terminal), IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
9M03F8.1M03F8.1n/achrV 5,952,583
10F13E6.1F13E6.1n/achrX 10,676,336contains similarity to Pfam domain PF04201 Tumour protein D52 family contains similarity to Interpro domain IPR007327 (Tumor protein D52)
11nrs-2F25G6.6n/achrV 8,547,557nrs-2 encodes a predicted asparaginyl-tRNA synthetase (AsnRS), a class II aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of asparagine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; loss of nrs-2 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
12C10C5.1C10C5.1n/achrIV 9,362,924contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG8486-PA;; FLYBASE:CG8486
13F21C10.7F21C10.7n/achrV 9,117,429contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
14gst-14F37B1.3n/achrII 13,615,382C. elegans GST-14 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
15C29F5.1C29F5.1n/achrII 6,304,849
16itx-1W03D8.6n/achrI 2,809,305itx-1 encodes one of two Caspr orthologues found in the C. elegans genome; Caspr proteins belong to the Neurexin superfamily and are involved in mediating cell-cell contacts and in the formation of specialized membrane-domains in polarized epithelial and nerve cells; RNA interference of itx-1 suggests that itx-1 is involved in the correct positioning and maintenance of apical junctions and in maintaining epithelial integrity in the gut; gfp-reporter studies indicate that ITX-1 is expressed in intestinal cell epithelia and in the socket cells of the inner and outer labial sensilla; immunofluorescence studies indicate that ITX-1 localizes to the baso-lateral membranes of intestinal epithelia.
17T06E4.10T06E4.100.0000002chrV 9,618,599T06E4.10 encodes an uncharacterized protein that is proline- and alanine-rich and contains a predicted signal sequence; as loss of T06E4.10 results in no obvious defects, the precise role of its gene product in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
18T06E4.8T06E4.82e-16chrV 9,622,529contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
19T05B4.12T05B4.12n/achrV 4,124,080contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
20pqn-57R09F10.7n/achrX 8,320,224The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
21K09E10.2K09E10.2n/achrIV 12,309,919contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
22W09C5.8W09C5.8n/achrI 13,658,783contains similarity to Pfam domain PF02936 Cytochrome c oxidase subunit IV contains similarity to Interpro domains IPR013288 (Cytochrome c oxidase subunit 4), IPR004203 (Cytochrome c oxidase subunit IV)
23T01E8.5T01E8.5n/achrII 10,245,041contains similarity to Pfam domain PF08424 Protein of unknown function (DUF1740) contains similarity to Interpro domain IPR013633 (Protein of unknown function DUF1740)
24act-2T04C12.5n/achrV 11,077,425act-2 encodes an invertebrate actin that may function specifically in the pharynx.
25D2096.6D2096.6n/achrIV 8,368,765contains similarity to Interpro domain IPR001376 (Gliadin, alpha/beta)
26cyp-33A1C12D5.7n/achrV 7,680,386C. elegans CYP-33A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
27Y47D3B.6Y47D3B.6n/achrIII 11,427,622contains similarity to Pfam domain PF01683 EB module contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
28col-125C29F4.1n/achrIV 11,225,985C. elegans COL-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
29W06A7.2W06A7.2n/achrV 14,822,585contains similarity to Salmonella typhi;Salmonella typhimurium Hypothetical protein (Putative inner membrane protein).; TR:Q8XEW6
30T07C12.9T07C12.9n/achrV 9,957,579contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
31gst-38F35E8.8n/achrV 15,915,638C. elegans GST-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF02798 Glutathione S-transferase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
32pqn-74W02A2.3n/achrIV 13,330,430pqn-74 encodes a protein with two chitin-binding peritrophin-A domains, separated by a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain; like CEJ-1 and CPG-2, PQN-74 might participate in eggshell synthesis and early embryonic development, and PQN-74's peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
33ZK84.1ZK84.1n/achrII 6,021,961contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
34ost-1C44B12.2n/achrIV 1,109,128ost-1 encodes the C. elegans ortholog of the conserved basement membrane glycoprotein component osteonectin/SPARC/BM-40; loss of ost-1 function via RNAi indicates that ost-1 activity is required for embryonic and larval development, as well as for normal gut development, body size, and fecundity; an OST-1::GFP reporter fusion protein localizes to the basement membranes along body wall and sex muscles, as well as around the pharynx and gonad, with particular concentration at the spermatheca and distal tip cells.
35col-182R09A8.4n/achrX 12,636,305C. elegans COL-182 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
36pqn-95ZK1067.7n/achrII 9,226,126The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
37F47F6.3F47F6.3n/achrII 1,264,985contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
38Y69E1A.5Y69E1A.5n/achrIV 10,957,242contains similarity to Pfam domain PF01161 Phosphatidylethanolamine-binding protein contains similarity to Interpro domain IPR008914 (Phosphatidylethanolamine-binding protein PEBP)
39F55G11.8F55G11.8n/achrIV 12,963,684contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
40abu-8C03A7.14n/achrV 5,193,784abu-8 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-8 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-8 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
41col-144B0222.6n/achrV 9,160,126C. elegans COL-144 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
42abu-10F35A5.3n/achrX 3,798,945abu-10 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and a cysteine-rich repeat (DUF139); abu-10 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum (ER), and ABU-10 may function within the ER to protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
43ram-2F38A3.2n/achrII 11,016,138ram-2 encodes a cuticle collagen that interacts with unc-6 to affect ray cell migration, and interacts with unc-5 and unc-6 to affect embryonic viability; also affects ray morphology in males such that the structural cells and the hypodermis of the rays are swollen in mutants.
44atf-5T04C10.4n/achrX 14,809,925atf-5 encodes a homolog of the mammalian bZIP transcription factors ATF4 and ATF5, analogous to GCN4 in S. cerevisiae; like like ATF4 and GCN4, atf-5 has an extensive 5' UTR with one 37-residue uORF; ATF4 is poorly translated in unstressed cells but well-translated during ER stress, amino acid starvation, or arsenite treatment; possibly atf-5 is also translationally regulated in a way similar to ATF4.
45B0524.1B0524.1n/achrIII 1,908,251contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase G; ENSEMBL:ENSP00000260970
46abu-7C03A7.8n/achrV 5,164,061abu-7 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-7 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-7 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
47egl-45C27D11.1n/achrIII 7,826,432egl-45 encodes a homolog of eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 10, that affects development of the HSNs that affect egg laying.
48Y48A6B.10Y48A6B.10n/achrIII 11,041,221contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
49his-7F45F2.4n/achrV 8,533,548his-7 encodes an H2A histone.
50hsp-4F43E2.8n/achrII 7,351,305hsp-4 encodes a predicted homolog of the mammalian ER chaperone BiP that affects embryonic and larval viability; expression is most prominent in the spermatheca and transcription of hsp-4 is induced in the gut and in the hypodermis upon ER stress.