UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T06A1.5T06A1.50chrV 1,929,299contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
2C23H4.3C23H4.3n/achrX 12,227,955contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
3F13B12.2F13B12.2n/achrIV 10,427,657contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
4col-152F32G8.5n/achrV 10,561,507C. elegans COL-152 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
5R07E3.4R07E3.4n/achrX 10,331,226contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
6Y43F4B.2Y43F4B.2n/achrIII 13,294,800contains similarity to Interpro domain IPR009079 (Four-helical cytokine-like, core)
7T06E6.1T06E6.1n/achrV 15,394,012contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
8T16G12.3T16G12.3n/achrIII 10,052,465contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA0053; ENSEMBL:ENSP00000295381
9K01D12.5K01D12.5n/achrV 12,398,255contains similarity to Interpro domain IPR003980 (Histamine H3 receptor)
10K09H11.1K09H11.1n/achrV 5,749,898contains similarity to Pfam domains PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF01636 (Phosphotransferase enzyme family) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR011945 (Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal), IPR005833 (Haloacid dehydrogenase/epoxide hydrolase), IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR006402 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site), IPR002575 (Aminoglycoside phosphotransferase)
11his-7F45F2.4n/achrV 8,533,548his-7 encodes an H2A histone.
12F26G1.5F26G1.5n/achrII 4,770,962contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
13ulp-2Y38A8.3n/achrII 4,957,746C. elegans ULP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
14dnc-2C28H8.12n/achrIII 5,925,025dnc-2 encodes a member of the dynamitin family that affects spindle alignment in polarized cells in early embryos, nuclear movement, spindle morphology, chromosome segregation, and pronuclear migration.
15gpdh-1F47G4.3n/achrI 14,077,014gpdh-1 encodes one of two C. elegans glycerol 3-phosphate dehydrogenases; although loss of gpdh-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious defects, gpdh-1 mRNA expression is upregulated in response to hypertonicity, suggesting that GPDH-1 does play a role in osmotic stress adaptation in C. elegans.
16C31E10.7C31E10.7n/achrX 14,002,346C31E10.7 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:10230) (CYB5; OMIM:250790), which when mutated leads to disease.
17D1054.1D1054.1n/achrV 10,769,166contains similarity to Pfam domain PF01734 Patatin-like phospholipase contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin)
18F22G12.4F22G12.4n/achrI 13,157,287contains similarity to Pfam domains PF01363 (FYVE zinc finger) , PF00023 (Ankyrin repeat) (17)contains similarity to Interpro domains IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
19C34B2.6C34B2.6n/achrI 10,679,640contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF02190 (ATP-dependent protease La (LON) domain) , PF05362 (Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008268 (Peptidase S16, active site), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR001270 (Chaperonin clpA/B), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR004815 (Peptidase S16, ATP-dependent protease La), IPR008269 (Peptidase S16, lon C-terminal), IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
20drr-1F45H10.4n/achrII 13,495,384C. elegans DRR-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR008253 (Marvel)
21srz-64Y57G7A.7n/achrII 1,291,002C. elegans SRZ-64 protein ;
22T15D6.11T15D6.11n/achrI 12,397,457contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
23evl-14H38K22.1n/achrIII 4,308,081evl-14 encodes a homolog of the yeast sister cohesion protein Pds5p that functions during both mitosis and meiosis and is implicated in the maintenance of sister chromatid cohesion in late prophase, and affects vulval morphology, meiotic germline development, embryonic and larval viability, fertility, and cell divisions in the germ line as well as in vulval and somatic gonad lineages; some of the defects, such as somatic gonad defects, are due at least partially to cell division defects.
24B0205.8B0205.8n/achrI 10,729,585contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein LOC25940; ENSEMBL:ENSP00000238823
25his-33F17E9.13n/achrIV 8,335,508his-33 encodes an H2A histone; by homology, HIS-33 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-33 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
26lact-8Y42A5A.2n/achrV 11,092,342lact-8 encodes a beta-lactamase domain-containing protein that contains a predicted transmembrane domain in its N terminus.
27ptr-11F56C11.2n/achrI 163,495ptr-11 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-11 is required for normal growth to full size, locomotion, and vulval morphogenesis.
28C49A9.3C49A9.3n/achrIV 6,223,512contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domains IPR000711 (ATPase, F1 complex, OSCP/delta subunit), IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
29arx-5Y37D8A.1n/achrIII 12,817,350arx-5 encodes the C. elegans ortholog of the p21Arc subunit of the actin-related protein (Arp) 2/3 complex.
30Y37A1B.5Y37A1B.5n/achrIV 14,053,897contains similarity to Pfam domain PF05694 56kDa selenium binding protein (SBP56) contains similarity to Interpro domains IPR008826 (Selenium-binding protein), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
31arc-1ZK1320.6n/achrII 9,676,012arc-1 encodes a member of the ARL (ADP-ribosylation factor(ARF)-like) family of proteins which are very similar to ARF proteins but lack the ability to stimulate ADP ribosylation by cholera toxin; arc-1 has a human homolog, MID1, which when mutated leads to Opitz syndrome (OMIM:300000).
32nas-38F57C12.1n/achrX 560,901C. elegans NAS-38 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00090 (Thrombospondin type 1 domain) , PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR000884 (Thrombospondin, type I), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
33C06G8.1C06G8.1n/achrIV 10,779,821contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domains IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel)
34F39B2.3F39B2.3n/achrI 14,788,812contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding)
35T07G12.3T07G12.3n/achrIV 10,535,145contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
36cul-6K08E7.7n/achrIV 12,588,438cul-6 encodes a member of the cullin family that may physically interact with SKR-3.
37T09E8.3T09E8.3n/achrV 13,180,913contains similarity to Pfam domain PF03311 Cornichon protein contains similarity to Interpro domain IPR003377 (Cornichon)
38F07C6.2F07C6.2n/achrIV 12,791,374contains similarity to Amblyomma hebraeum 9.8 kDa basic protein.; TR:Q9GPM1
39fbxa-54T12B5.2n/achrIII 957,051This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
40srt-22ZK1037.3n/achrV 15,315,273C. elegans SRT-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
41F45H10.2F45H10.2n/achrII 13,492,421contains similarity to Pfam domain PF02939 UcrQ family contains similarity to Interpro domain IPR004205 (UcrQ)
42cnx-1ZK632.6n/achrIII 9,815,658cnx-1 encodes the C. elegans ortholog of calnexin, a type I Ca2+-binding integral membrane protein of the endoplasmic reticulum (ER); CNX-1 binds calcium and is predicted to function as a molecular chaperone required for glycoprotein folding and maturation as well as regulation of intracellular calcium homeostasis; in C. elegans, cnx-1 activity is required at 25 degrees C for wild-type levels of fertility and normal embryonic and larval development; cnx-1 activity is also required for maintaining viability in response to ER stress; in addition, cnx-1(RNAi) can suppress necrotic-like cell death induced by hyperactivated MEC-4 and DEG-1 ion channels, suggesting that CNX-1 also plays a role in regulating necrotic cell death; CNX-1 expression is first detected ubiquitously in the early embryo, with expression then becoming restricted to embryonic head and tail regions; post-embryonic expression is seen in the excretory cell, head and tail neurons, spermatheca, intestine, germ cells, and spicules in the male tail; antibody staining of early embryos indicates that CNX-1 localizes to the endoplasmic reticulum; in regulating reproduction at 25 degrees C, cnx-1 functions redundantly with crt-1, which encodes calreticulin, an additional Ca2+-binding ER chaperone protein.
43D1014.6D1014.61e-47chrV 8,122,275contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
44M88.4M88.4n/achrIII 4,550,251contains similarity to Interpro domains IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
45K02G10.5K02G10.5n/achrX 4,689,524contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF03137 (Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family) contains similarity to Interpro domains IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
46F32H5.1F32H5.1n/achrV 13,357,051contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
47K09E10.2K09E10.2n/achrIV 12,309,919contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
48R05H11.1R05H11.1n/achrIII 6,796,617This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
49hrd-1F55A11.3n/achrV 11,768,584C. elegans HRD-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
50srx-29K06B4.9n/achrV 15,697,466C. elegans SRX-29 protein ;