UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1T05H4.4T05H4.41e-176chrV 6,439,469The T05H4.4 gene encodes a homolog of the human gene B5R, which when mutated leads to methemoglobinemia (OMIM:250800).
2B0222.1B0222.1n/achrV 9,134,798contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domains IPR003566 (T-cell surface glycoprotein CD5), IPR002619 (Protein of unknown function CX), IPR000694 (Proline-rich region)
3uvt-2C24H10.5n/achrX 5,076,202uvt-2 encodes a protein that contains four EF-hand calcium binding motifs with similarity to human calmodulin; mRNA weakly expressed in L1 through L4 larval stages and in the adult hermaphrodite.
4scc-1F10G7.4n/achrII 4,699,843scc-1 encodes a member of the Rad21/Rec8-like family of cohesion proteins that affects embryonic viability, fertility, the rate of embryonic cell divisions and the incidence of male progeny; interacts with ATL-1, F56D12.5, and F11E6.1 based on yeast two-hybrid assays, and is expressed in nondividing embryonic and germline nuclei.
5F11E6.6F11E6.6n/achrIV 17,465,196contains similarity to Homo sapiens Damage-regulated autophagy modulator; ENSEMBL:ENSP00000258534
6F11G11.13F11G11.13n/achrII 4,875,478contains similarity to Pfam domain PF00217 ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR000749 (ATP:guanido phosphotransferase), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region)
7sru-21C08F11.4n/achrIV 13,629,701C. elegans SRU-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
8ptr-8F44F4.4n/achrII 10,891,194ptr-8 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-8 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-8 is also required for normal growth to full size and locomotion; PTR-8 is expressed in hypodermis.
9F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
10clec-176E03H12.3n/achrIV 4,984,700C. elegans CLEC-176 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
11fbxa-165C08E3.8n/achrII 1,615,632This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
12F46B3.16F46B3.16n/achrV 20,630,275
13glc-2F25F8.2n/achrI 4,886,565glc-2 encodes the beta subunit of a glutamate-gated chloride channel; in vivo, GLC-2 is capable of forming homomeric glutamate-activated channels, as well as heteromeric channels with GLC-1 that can be activated by glutamate and avermectins, antihelmintics that inhibit pharyngeal pumping; as loss of glc-2 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GLC-2 in development and/or behavior is not yet known; however, GLC-2 expression is generally restricted to the pm4 pharyngeal muscles of larvae and adults, suggesting a role for GLC-2 in regulation of glutamatergic inhibition of pharyngeal pumping.
14F47G9.4F47G9.4n/achrV 11,319,469contains similarity to Pfam domain PF00643 B-box zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
15T25B2.1T25B2.1n/achrX 6,175,044contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000533 (Tropomyosin), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR000695 (H+ transporting ATPase, proton pump), IPR000198 (RhoGAP)
16nph-4R13H4.1n/achrV 11,837,428nph-4 encodes an ortholog of human NPHP4 (OMIM:607215, mutated in juvenile nephronophthisis and Senior-Loken syndrome-4) that is required for normal chemotaxis, lifespan, and male mating behavior; NPH-4 is expressed in diverse neurons (amphid and phasmid sensory, URX, labial, male lumbar and cloacal ganglia, and male-specific CEM, HOB and RnB); within neurons, NPH-4 is a ciliary protein, localized to the transistion zone at cilial bases rather than ciliary axonemes, and absent from somata, axons, or dendrites; NPH-4 colocalizes with NPH-1 and PKD-2 in male-specific sensory cilia, and is required for the normal ciliary localization of NPH-1; NPH-4 expression requires DAF-19, and mutating an X-box in nph-4's promoter abolishes nph-4 expression; NPH-4 is required for NPH-1's localization to transistion zones; morphologically, nph-4 mutant cilia are normal, indicating a function for NPH-4 in signal transduction.
17K11H12.7K11H12.7n/achrIV 666,215
18sfxn-1.1AH6.2n/achrII 9,518,171C. elegans SFXN-1.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03820 Tricarboxylate carrier contains similarity to Interpro domain IPR004686 (Tricarboxylate/iron carrier)
19clec-218W02D7.2n/achrV 8,309,344C. elegans CLEC-218 protein; contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
20nhr-254ZK6.5n/achrV 393,883C. elegans NHR-254 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21E01B7.1E01B7.1n/achrV 17,926,717contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR000694 (Proline-rich region)
22msp-38K08F4.8n/achrIV 10,143,514msp-38 encodes a member of the major sperm protein family; msp-38 has a C. briggsae homolog as predicted by the Wobble Bulk Aware Bulk Aligner (WABA).
23rrf-3F10B5.7n/achrII 8,165,532rrf-3 encodes an RNA-directed RNA polymerase (RdRP) homolog that inhibits somatic RNAi, and thus promotes activity of repeated genes (e.g., multicopy transgenic arrays); the effect of RRF-3 on RNAi is opposite to that of RRF-1 (which stimulates somatic RNAi), which might arise from competition by RRF-3 with RRF-1 or EGO-1 in RNAi formation; rrf-3(allele) or rrf-3(allele2) mutants are hypersensitive to somatic RNAi, and conversely suppress the activity of an integrated rol6 (su1006) transgene.
24T23G11.1T23G11.1n/achrI 7,701,721contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8I452
25F46B6.4F46B6.4n/achrV 9,778,673contains similarity to Pfam domain PF01926 GTPase of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR016496 (GTP-binding protein, HflX), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR006073 (GTP1/OBG)
26srw-83ZK262.6n/achrV 18,428,523C. elegans SRW-83 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
27srx-8C14C6.9n/achrV 555,265C. elegans SRX-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
28srh-220F47C12.5n/achrIV 3,977,216C. elegans SRH-220 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29srh-119Y102A5C.21n/achrV 16,973,230C. elegans SRH-119 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30C04C3.6C04C3.6n/achrIV 3,421,207contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
31srw-8F59D6.5n/achrV 3,033,490C. elegans SRW-8 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
32srab-6C36C5.10n/achrV 3,151,224C. elegans SRAB-6 protein ;
33clec-24F49A5.4n/achrV 16,863,042C. elegans CLEC-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
34pgp-7T21E8.2n/achrX 10,867,530pgp-7 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-7 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-7 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of PGP-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-7 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the rays of the adult male tail.
35srj-32F07G11.5n/achrV 7,296,979C. elegans SRJ-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36ZK697.8ZK697.8n/achrV 1,748,793contains similarity to Pfam domain PF00576 HIUase/Transthyretin family contains similarity to Interpro domain IPR000895 (Transthyretin)
37T22B7.7T22B7.7n/achrX 5,652,816contains similarity to Homo sapiens CGI16-iso; ENSEMBL:ENSP00000368599
38sulp-8ZK287.2n/achrV 9,671,599sulp-8 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-8 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids; a SULP-8::GFP fusion is expressed in the basolateral membrane of the excretory cell, intestine, and rectal gland cells.
39B0432.6B0432.6n/achrII 267,814contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
40srh-245F31F4.9n/achrV 655,327C. elegans SRH-245 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41Y39A1A.17Y39A1A.17n/achrIII 10,688,996contains similarity to Interpro domain IPR001611 (Leucine-rich repeat)
42F59D6.2F59D6.2n/achrV 3,028,937contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
43T07D3.6T07D3.6n/achrII 881,565contains similarity to Pfam domain PF06828 Fukutin-related contains similarity to Interpro domain IPR009644 (Fukutin-related)
44R53.4R53.4n/achrII 9,967,683contains similarity to Homo sapiens 10 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000377740
45pdhk-2ZK370.5n/achrIII 8,739,634C. elegans PDHK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02518 Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase contains similarity to Interpro domains IPR005467 (Signal transduction histidine kinase, core), IPR004358 (Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal), IPR003594 (ATP-binding region, ATPase-like)
46tre-5C23H3.7n/achrII 54,158C. elegans TRE-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01204 Trehalase contains similarity to Interpro domains IPR001661 (Glycoside hydrolase, family 37), IPR008928 (Six-hairpin glycosidase-like)
47K05G3.2K05G3.2n/achrX 16,497,319
48C50F2.1C50F2.1n/achrI 3,893,803contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
49F55D1.2F55D1.2n/achrX 5,488,910
50pgp-10C54D1.1n/achrX 7,162,476pgp-10 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-10 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-10 activity via RNAi results in no obvious defects, the exact role of pgp-10 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-10 promoter-gfp fusion proteins are expressed in larvae and adults in the intestine and hypodermis.