UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T05F1.2T05F1.20chrI 9,623,710T05F1.2 encodes a novel protein; in situ hybridization studies indicate that T05F1.2 mRNA is expressed in the medial germline.
2nos-2ZK1127.1n/achrII 7,066,218nos-2 encodes one of three genes in C. elegans that contains a putative zinc-binding domain similar to the one found in Drosophila nanos; nos-2 affects incorporation of primordial germ cells into the somatic gonad, is required redundantly with nos-1 to prevent primordial germ cells from dividing in starved animals and to maintain germ cell viability during larval development in hermaphrodites and in males, and also functions together with nos-1 and nos-3 in the hermaphrodite switch from spermatogenesis to oogenesis; nos-2 is expressed in the primordial germ cells around the time of gastrulation from a maternal RNA associated with P granules, and it is expressed coordinately with nos-1in a dynamic fashion until the embryonic 200-cell stage.
3K04C1.5K04C1.5n/achrX 14,248,813contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
4bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
5Y37D8A.19Y37D8A.19n/achrIII 12,930,534contains similarity to Hordeum vulgare Nonspecific lipid-transfer protein 4.3 precursor (LTP 4.3).; SW:NL43_HORVU
6C14B1.2C14B1.2n/achrIII 3,702,706contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81T15
7Y75B12B.1Y75B12B.1n/achrV 15,185,232Y75B12B.1 encodes a probable transposase, with many C. elegans paralogs and distant similarity to rotifer and insect transposases; Y75B12B.1 has no known function in mass RNAi assays; Y75B12B.1 mRNA is stabilized by bound GLD-1.
8cpg-2B0280.5n/achrIII 7,102,966cpg-2 encodes a protein with six chitin-binding peritrophin-A domains and three mucin-like regions; CPG-2 is individually dispensable for normal embryonic development; however, CPG-2 and CPG-1 are jointly required for osmotic integrity of early embryos, error-free chromosomal segregation during meiosis, polar body extrusion, association of the sperm pronucleus/centrosome complex (SPCC) with the early embryonic cortex, localization of PAR-2 in early embryos, posterior localization of P granules or PIE-1, and pseudocleavage; CPG-2, like CPG-1, is covalently linked to chondroitin, which itself is required for vulval morphogenesis, polar-body extrusion, and separation of the eggshell from the embryonic plasma membrane; cpg-2 mRNA, like that of cpg-1, is expressed specifically in the adult hermaphrodite germ line and is bound by GLD-1; CPG-2 has 34 potential chondroitin attachment sites, four of them verified by mass spectrometry, and transgenic CPG-2 synthesized in mammalian cells carries chondroitin sulfate chains; CPG-2's multiple peritrophin-A domains may enable mechanical cross-linking of chitin.
9T27A10.6T27A10.6n/achrX 3,592,684contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
10C17E4.3C17E4.3n/achrI 9,417,878contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
11F57C2.4F57C2.4n/achrII 14,525,575contains similarity to Homo sapiens Crumbs protein homolog 1 precursor; ENSEMBL:ENSP00000256772
12gln-6C28D4.3n/achrIV 9,740,184C. elegans GLN-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
13mom-2F38E1.7n/achrV 8,357,065mom-2 encodes a member of the Wnt family of secreted signaling glycoproteins that is required for induction of endodermal (gut) tissue in the 4-cell stage embryo; MOM-2, required in the inducing blastomere (P2) at the 4-cell stage, may be the ligand for MOM-5, a Frizzled homolog, thought to act in the receiving blastomere (EMS); MOM-2 genetically interacts in the same pathway as KIN-19, but parallel to APR-1; MOM-2 also may be a ligand for LIN-18, a Ryk homolog.
14gln-5F26D10.10n/achrIV 17,272,909C. elegans GLN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
15D1054.11D1054.11n/achrV 10,794,334contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
16clec-222C03E10.6n/achrV 11,271,884C. elegans CLEC-222 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
17F17E9.4F17E9.4n/achrIV 8,348,753
18F14H3.6F14H3.6n/achrV 16,058,082contains similarity to Homo sapiens Similar to golgi SNAP receptor complex member 2; ENSEMBL:ENSP00000318814
19mei-2F57B10.12n/achrI 6,565,308mei-2 encodes a novel protein that contains a region similar to the p80-targeting subunit of katanin that is required for embryonic viability, alignment of chromosomes at the metaphase plate, and establishment of the oocyte meiotic spindle together with MEI-1; can interact with MEI-1 in HeLa cells and this complex can function to disassemble microtubules, expressed in the germ line, throughout the cytoplasm of most mature oocytes within the proximal gonad, and localization is mutually dependent upon MEI-1
20sdz-27R07H5.4n/achrIV 11,187,603C. elegans SDZ-27 protein
21fbxa-215Y45F10C.3n/achrIV 13,666,087This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
22C17G1.2C17G1.2n/achrX 9,922,096contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJE7
23dod-23F49E12.2n/achrII 8,398,700C. elegans DOD-23 protein ;
24W02F12.3W02F12.3n/achrV 6,703,798contains similarity to Leishmania braziliensis Proteophosphoglycan ppg4.; TR:A4HM87
25F49E12.1F49E12.1n/achrII 8,402,502contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
26W05F2.3W05F2.3n/achrI 3,368,102
27str-182C12D8.12n/achrV 10,232,595C. elegans STR-182 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28egg-2R01H2.3n/achrIII 7,059,489C. elegans EGG-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
29rmd-1T05G5.7n/achrIII 9,759,548C. elegans RMD-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical)
30T01H3.4T01H3.4n/achrII 7,881,603T01H3.4 encodes an unfamiliar protein; T01H3.4 and T01H3.5 share an operon divergently transcribed from another operon containing vha-4.
31R04D3.4R04D3.4n/achrX 13,288,277contains similarity to Rattus norvegicus Copper-transporting ATPase 1 (EC 3.6.3.4) (Copper pump 1) (Menkessdisease-associated protein homolog).; SW:AT7A_RAT
32C30F12.4C30F12.4n/achrI 6,972,971contains similarity to Triticum aestivum Gamma-gliadin precursor.; SW:P08453
33F08F3.6F08F3.6n/achrV 5,419,025This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
34H04M03.3H04M03.3n/achrIV 5,892,434contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
35H02I12.5H02I12.5n/achrIV 11,402,613
36mex-6AH6.5n/achrII 9,525,192mex-6 encodes a CCCH zinc-finger protein highly similar to MEX-5 that functions with MEX-5 to affect embryonic viability, establish soma germline asymmetry in embryos and establish PIE-1, MEX-1, and POS-1 asymmetry in embryos, and also affects formation of intestinal cells; MEX-6 and MEX-5 may act downstream of the PAR proteins.
37C14B1.9C14B1.9n/achrIII 3,725,339contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000307805
38C16C8.4C16C8.4n/achrII 3,443,969contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
39F31E3.6F31E3.6n/achrIII 6,982,722
40H02I12.1H02I12.1n/achrIV 11,375,266H02I12.1 encodes a large (1319-residue) protein with 12 chitin-binding peritrophin-A domains; H02I12.1(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, perhaps because of defects in chitin and eggshell synthesis; like CEJ-1 and CPG-2, H02I12.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; H02I12.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
41H06A10.1H06A10.1n/achrX 13,508,747contains similarity to Interpro domain IPR006609 (Region of unknown function DM13, Skeletor)
42puf-7B0273.2n/achrIV 5,488,347puf-7 encodes a protein 97% identical to PUF-6 and functions redundantly with the other PUF genes, fbf-1, fbf-2, puf-6, and puf-8, during primordial germ cell development, based on combinatorial RNAi; interacts with NOS-2 in yeast two-hybrid screens.
43grl-23E02A10.2n/achrV 12,576,078grl-23 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a glycine-rich low-complexity region, a Ground-like (Grl) domain, and an acid-rich low-complexity region; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
44C25A8.4C25A8.4n/achrIV 7,006,427contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
45Y62H9A.6Y62H9A.6n/achrX 11,883,508contains similarity to Brucella melitensis Hypothetical cytosolic protein BMEI0237.; TR:Q8YJ49
46tbh-1H13N06.6n/achrX 15,501,790tbh-1 encodes a putative dopamine beta-hydroxylate orthologous to human DBH (OMIM:609312, mutated in dopamine beta-hydroxylase deficiency).
47F14D7.2F14D7.2n/achrV 14,292,817contains similarity to Homo sapiens Similar to Dentin sialophosphoprotein preproprotein; ENSEMBL:ENSP00000282478
48F27C8.6F27C8.6n/achrIV 9,587,998F27C8.6 encodes a putative arylacetamide deacetylase and microsomal lipase; F27C8.6 is required for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; F27C8.6(RNAi) hermaphrodites are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them.
49B0513.4B0513.4n/achrIV 13,880,800contains similarity to Ixodes scapularis Putative secreted protein.; TR:Q8MVF5
50W02D9.7W02D9.7n/achrI 12,559,462contains similarity to Vibrio vulnificus Septum formation inhibitor-activating ATPase.; TR:Q8DFS3