UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nas-15T04G9.20chrX 779,117nas-15 encodes an astacin-like metalloprotease.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3cdh-7R05H10.6n/achrII 14,846,930cdh-7 encodes a protein that contains a cadherin domain.
4daf-6F31F6.5n/achrX 14,891,298daf-6 is required for an unidentified function of the nonneuronal amphidial sheath cells that promotes correct morphology of both the amphid and the outer labial sensilla; daf-6 mutants disrupt the joining of the amphid sheath and socket cells to form the receptor channel, and display defects in several distinct functions including formation of dauer larvae, chemotaxis, osmotic avoidance, male mating, negative regulation of lifespan, negative regulation of ASJ's axonal growth late in development, and dye uptake by amphids and phasmids; daf-6 has recently been reported to be identical to the coding sequence ptr-7/F31F6.5, but this assertion has not yet been verified by transgenic rescue.
5T20D4.3T20D4.3n/achrV 3,420,496contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
6ZK1025.7ZK1025.7n/achrI 11,466,357contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
7col-17F11G11.10n/achrII 4,866,996col-17 encodes a collagen which is expressed in all developmental stages except eggs, like col-15, col-16, and col-20; collagen genes with this expression pattern may be used for synthesis of cuticles after the L1 stage (e.g., the L4 cuticle).
8ucr-2.2T10B10.2n/achrX 15,175,935C. elegans UCR-2.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) contains similarity to Interpro domains IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
9R05G6.9R05G6.9n/achrIV 7,515,301R05G9.6 encodes a protein with a predicted signal sequence and EGF-like repeats that are related to those of Notch family members.
10T16G1.2T16G1.2n/achrV 12,931,137contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
11R05C11.3R05C11.3n/achrIV 2,087,977R05C11.3 encodes a calcium-transporting ATPase; large-scale RNAi screens indicate that R05C11.3 activity is required for locomotion and normal rates of postembryonic growth.
12C24G7.2C24G7.2n/achrI 4,105,880contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
13T16G1.9T16G1.9n/achrV 12,948,716contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR002110 (Ankyrin)
14skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
15T14G11.3T14G11.3n/achrX 2,684,999contains similarity to Homo sapiens inner membrane protein, mitochondrial isoform 2; ENSEMBL:ENSP00000366526
16F52G2.3F52G2.3n/achrIV 13,545,784contains similarity to Pfam domain PF07547 RSD-2 N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR011508 (RSD-2, N-terminal)
17Y45G12C.3Y45G12C.3n/achrV 2,556,848contains similarity to Pfam domain PF02798 Glutathione S-transferase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
18gei-13F58A4.11n/achrIII 9,634,553gei-13 encodes a protein, with a BED finger domain (predicted to be DNA-binding) and a glutamine/asparagine-rich domain; GEI-13 physically interacts with GEX-3, and is required for normal body shape, cuticle synthesis, and locomotion.
19C27C7.2C27C7.2n/achrI 11,433,261contains similarity to Pfam domain PF01697 (Domain of unknown function)
20F40F4.6F40F4.6n/achrX 3,239,686contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) , PF07974 (EGF-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001304 (C-type lectin), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR006582 (Region of unknown fuction MD, Caenorhabditis elegans), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
21C05C9.1C05C9.1n/achrX 11,162,259contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
22tag-198F09G8.2n/achrIII 8,269,509C. elegans TAG-198 protein; contains similarity to Pfam domain PF03265 Deoxyribonuclease II contains similarity to Interpro domain IPR004947 (Deoxyribonuclease II)
23F49E11.2F49E11.2n/achrIV 13,037,470contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
24K02B12.3K02B12.3n/achrI 8,510,282contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
25C11E4.6C11E4.6n/achrX 9,613,728contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00640 (Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID)) , PF00023 (Ankyrin repeat) (5), PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
26K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
27far-1F02A9.2n/achrIII 9,080,736far-1 encodes a fatty acid/retinol binding protein; expressed throughout development with highest expression levels in L3 stage larvae and in adult males.
28lst-2R160.7n/achrX 4,380,673C. elegans LST-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01363 FYVE zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
29ZC434.3ZC434.3n/achrI 10,334,634contains similarity to Interpro domain IPR000931 (Adenovirus fibre protein)
30cyp-37A1F01D5.9n/achrII 14,015,298C. elegans CYP-37A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
31alg-1F48F7.1n/achrX 13,953,681A homolog of rde-1 that is involved in RNA interference and affects developmental timing along with alg-2 and dcr-1 by regulating expression of the lin-4 and let-7 small temporal RNAs.
32cyc-1C54G4.8n/achrI 8,023,821cyc-1 encodes a component of complex III ( cytochrome c reductase) required for normal ATP production; reduction of ATP production by cyc-1(RNAi) decreases growth rate and body size, slows behavior, and increases lifespan; cyc-1 encodes a protein predicted by Eisenberg and coworkers, with 52% accuracy, to be mitochondrial
33tli-1F25H2.1n/achrI 10,536,634C. elegans TLI-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00168 (C2 domain) , PF02845 (CUE domain) contains similarity to Interpro domains IPR003892 (Ubiquitin system component Cue), IPR009060 (UBA-like), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
34abu-1AC3.3n/achrV 10,381,053abu-1 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-1 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-1 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
35pcca-1F27D9.5n/achrX 7,659,204The F27D9.5 gene encodes an ortholog of the human gene PROPIONYL-COA CARBOXYLASE ALPHA SUBUNIT (PCCA), which when mutated leads to propionicaciduria, type I (OMIM:232000).
36F59E12.9F59E12.9n/achrII 5,643,532contains similarity to Interpro domains IPR003618 (Transcription elongation factor S-II, central region), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000194 (ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding)
37rpt-2F29G9.5n/achrV 6,016,841C. elegans RPT-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR003960 (AAA ATPase, conserved site), IPR005937 (26S proteasome subunit P45), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
38xrn-1Y39G8C.1n/achrII 14,076,171xrn-1 encodes a 5'-3' exoribonuclease that is orthologous to Saccharomyces cerevisiae Xrnp1, a key component of the yeast 5'-3' mRNA degradation pathway; in C. elegans, XRN-1 activity is required during embryogenesis for completion of ventral enclosure, the morphogenetic process whereby the ventral epithelial cells cover and seal the interior cells of the embryo; in addition, XRN-1 also plays a role in facilitating RNA interference (RNAi), likely acting in the same pathway as the DCR-1/Dicer ribonuclease; to date, XRN-1 expression has been reported in adult hypodermal and rectal cells.
39app-1W03G9.4n/achrI 4,965,983C. elegans APP-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01321 (Creatinase/Prolidase N-terminal domain) , PF00557 (metallopeptidase family M24) contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR000587 (Creatinase)
40imp-2T05E11.5n/achrIV 11,117,784C. elegans IMP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04258 Signal peptide peptidase contains similarity to Interpro domains IPR006639 (Peptidase A22, presenilin signal peptide), IPR007369 (Peptidase A22B, signal peptide peptidase)
41R01E6.2R01E6.2n/achrX 13,565,948contains similarity to Pfam domain PF06394 Pepsin inhibitor-3-like repeated domain contains similarity to Interpro domain IPR010480 (Proteinase inhibitor I33, aspin)
42B0395.2B0395.2n/achrX 16,032,720contains similarity to Pfam domain PF03062 MBOAT family contains similarity to Interpro domain IPR004299 (Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT)
43F08A8.3F08A8.3n/achrI 12,948,957contains similarity to Pfam domains PF01756 (Acyl-CoA oxidase) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) contains similarity to Interpro domains IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR012258 (Acyl-CoA oxidase), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR002655 (Acyl-CoA oxidase, C-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal)
44C34F6.1C34F6.1n/achrX 11,194,603contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
45T22D1.4T22D1.4n/achrIV 6,911,758contains similarity to Pfam domain PF04597 Ribophorin I contains similarity to Interpro domain IPR007676 (Ribophorin I)
46F35C11.4F35C11.4n/achrII 8,250,751contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C9orf125; ENSEMBL:ENSP00000363980
47F33H2.6F33H2.6n/achrI 15,015,710contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
48F08B12.1F08B12.1n/achrX 11,388,875F08B12.1 is orthologous to the human gene AC133-2 ANTIGEN (PROML1; OMIM:604365), which when mutated leads to disease.
49Y17G7B.11Y17G7B.11n/achrII 12,061,387contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
50F19H8.2F19H8.2n/achrII 14,604,795contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Transcriptional activator of lysine pathway genes with 2-aminoadipate semialdehyde as co-inducer; saccharopine reductase synthesis; SGD:YDR034C