UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T04C9.3T04C9.34e-24chrIII 5,985,695
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3C03F11.1C03F11.1n/achrX 5,392,402contains similarity to Pfam domains PF03530 (Calcium-activated SK potassium channel) , PF02888 (Calmodulin binding domain) , PF07885 (Ion channel) contains similarity to Interpro domains IPR004178 (Calmodulin-binding), IPR015449 (Potassium channel, calcium-activated, SK), IPR011996 (Potassium channel, calcium-activated, SK, conserved region), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel), IPR013099 (Ion transport 2)
4F37C4.1F37C4.1n/achrIV 3,890,907contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
5F16G10.11F16G10.11n/achrII 2,392,784contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
6srd-8B0547.4n/achrIV 5,644,418C. elegans SRD-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7nhr-15F33E11.1n/achrV 321,993nhr-15 is predicted to encode a member of the nuclear hormone receptor family.
8srd-31F07C4.8n/achrV 7,634,059C. elegans SRD-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
9W06B11.1W06B11.1n/achrX 5,850,462contains similarity to Pfam domain PF05301 Protein of unknown function (DUF738) contains similarity to Interpro domain IPR007965 (Protein of unknown function DUF738)
10R09A1.3R09A1.3n/achrV 1,025,455
11F47B7.1F47B7.1n/achrX 3,788,259contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
12K06H7.2K06H7.2n/achrIII 8,094,871This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
13sru-22F36G9.5n/achrV 15,973,922C. elegans SRU-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
14T28B4.2T28B4.2n/achrX 6,582,753
15F10D7.4F10D7.4n/achrX 17,380,140
16dhc-1T21E12.4n/achrI 4,394,384dhc-1 encodes a cytoplasmic dynein heavy chain homolog required in one-cell embryos for pronuclear migration, centrosome separation, centrosome proximity to the male pronucleus, and mitotic spindle orientation, suggesting that DHC-1 helps position the microtubule organizing center; DHC-1 genetically interacts with SPD-5, a coiled-coil centrosomal protein.
17skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
18T07H6.5T07H6.5n/achrX 6,288,966contains similarity to Pfam domain PF00084 Sushi domain (SCR repeat) contains similarity to Interpro domains IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR016060 (Complement control module)
19fbxb-85R17.1n/achrIII 10,848,088This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
20H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
21Y38F1A.4Y38F1A.4n/achrII 12,967,952contains similarity to Mus musculus Neuropeptide Y receptor type 6 (NPY6-R) (Pancreatic polypeptidesreceptor 2) (PP2).; SW:NY6R_MOUSE
22lge-1K09C8.4n/achrX 10,968,138C. elegans LGE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01501 Glycosyl transferase family 8 contains similarity to Interpro domain IPR002495 (Glycosyl transferase, family 8)
23flnb-1C23F12.2n/achrX 9,402,619C. elegans FLNB-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00630 (Filamin/ABP280 repeat) (2), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) (3)contains similarity to Interpro domains IPR001298 (Filamin/ABP280 repeat), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016146 (Calponin-homology), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
24zig-1K10C3.3n/achrI 9,848,900zig-1 encodes a predicted transmembrane protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-1::gfp reporter fusion is expressed in most neurons, including the PVT interneuron, as well as in body wall muscle; zig-1::gfp expression begins during the L1 larval stage of development.
25rhgf-1F13E6.6n/achrX 10,704,787rhgf-1 encodes an RGS RhoGEF (Regulator of G-protein Signaling Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor); RHGF-1 functions within cholingergic motor neurons in one of four G-protein-mediated signaling pathways that control locomotion via regulation of acetylcholine (ACh) release at neuromuscular junctions; in regulating ACh release, RHGF-1 functions downstream of the C. elegans Galpha12 ortholog, GPA-12, and upstream of the Rho GTPase ortholog, RHO-1; additionally, rhgf-1 activity is required for normal mechanosensory behavior, egg laying, and embryonic development; an rhgf-1 reporter fusion is expressed in ventral cord motor neurons as well as several head neurons.
26cwn-2W01B6.1n/achrIV 10,069,006cwn-2 encodes a member of the WNT family; expressed at highest levels in embryos and expression declines and is almost absent by the third larval stage.
27C54E4.4C54E4.4n/achrIV 2,163,172
28ZK892.4ZK892.4n/achrII 10,007,287ZK892.4 is orthologous to the human gene ALPHA-METHYLACYL-CoA RACEMASE (AMACR; OMIM:604489), which when mutated leads to AMACR deficiency.
29Y113G7A.12Y113G7A.12n/achrV 20,140,914
30gcy-11C30G4.3n/achrX 17,049,964C. elegans GCY-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00211 (Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001054 (Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
31fbxa-102K03D7.7n/achrV 17,492,710This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
32T04B8.1T04B8.1n/achrII 635,951
33fbxa-110Y102A5C.8n/achrV 16,937,848This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34F48B9.1F48B9.1n/achrX 2,183,370contains similarity to Interpro domain IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
35ssr-2C14A11.7n/achrX 2,825,197C. elegans SSR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
36T05A1.3T05A1.3n/achrIV 9,563,673contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
37T05A7.3T05A7.3n/achrII 4,676,002contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
38T20G5.4T20G5.4n/achrIII 10,213,504contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
39str-33C24B9.1n/achrV 2,729,388C. elegans STR-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40let-19K08F8.6n/achrII 8,776,425The let-19 gene encodes a protein related to human TRAP240 (thyroid hormone receptor-associated protein 240, OMIM:300182), a transcriptional co-activation complex subunit conserved in yeast, Drosophila, and humans; LET-19 is required for proper asymmetric cell divisions and cell fusions regulated by LIN-44/Wnt and LIN-17/frizzled, as well as for proper development of secondary vulval cell fates as regulated by Notch signaling.
41tsp-16F01E11.4n/achrX 6,995,740C. elegans TSP-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin), IPR013838 (Beta tubulin, autoregulation binding site)
42D1007.15D1007.15n/achrI 4,560,680contains similarity to Mus musculus Uncharacterized protein KIAA0195.; SW:Q7TSH8
43btb-1F40G9.4n/achrIII 186,286C. elegans BTB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
44osm-9B0212.5n/achrIV 3,554,256The osm-9 gene encodes a capsaicin receptor homolog involved in sensory responses to a subset of chemical stimuli and to ASH neuron-mediated osmotic and mechanical stimuli; OSM-9 is also involved in adaptation to volatile odorants and salts.
45F45B8.3F45B8.3n/achrX 14,960,981contains similarity to Interpro domains IPR003267 (Small proline-rich), IPR000694 (Proline-rich region)
46T03G11.5T03G11.5n/achrX 5,168,923
47srbc-56F54B8.12n/achrV 15,831,110C. elegans SRBC-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
48clec-229H02K04.1n/achrV 15,340,763C. elegans CLEC-229 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
49spp-16F32D8.9n/achrV 10,900,900C. elegans SPP-16 protein; contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B)
50dmd-4C27C12.6n/achrX 14,859,502C. elegans DMD-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00751 (DM DNA binding domain) , PF03474 (DMRTA motif) contains similarity to Interpro domains IPR005173 (DMRTA motif), IPR001275 (DM DNA-binding)