UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-106T01G6.40chrV 490,539nhr-106 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3tyr-1C02C2.1n/achrIII 7,875,371C02C2.1 encodes a tyrosinase homolog with a glutamine/asparagine-rich domain.
4F42G2.4F42G2.4n/achrII 2,411,193n/a
5bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
6K03H1.10K03H1.10n/achrIII 9,923,743contains similarity to Pfam domains PF02172 (KIX domain) , PF02135 (TAZ zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR003101 (Coactivator CBP, KIX), IPR000197 (Zinc finger, TAZ-type)
7opt-3F56F4.5n/achrI 6,135,613C. elegans OPT-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00854 POT family contains similarity to Interpro domains IPR000109 (TGF-beta receptor, type I/II extracellular region), IPR000817 (Prion protein), IPR004768 (Oligopeptide transporter, peptide:H+ symporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
8F55A11.7F55A11.7n/achrV 11,785,988contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
9B0035.13B0035.13n/achrIV 11,305,691contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
10C30B5.6C30B5.6n/achrII 6,220,573
11F56G4.1F56G4.1n/achrI 11,343,556contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
12cpz-2M04G12.2n/achrV 13,382,112C. elegans CPZ-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
13R13H4.6R13H4.6n/achrV 11,864,309contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Putative protease La homolog type (EC 3.4.21.-).; SW:O29883
14F54H12.6F54H12.6n/achrIII 7,972,813contains similarity to Pfam domain PF00736 EF-1 guanine nucleotide exchange domain contains similarity to Interpro domains IPR014038 (Translation elongation factor EF1B, beta and delta chains, guanine nucleotide exchange), IPR001326 (Translation elongation factor EF1B, beta/delta chains, conserved site), IPR014717 (Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
15lys-5F58B3.2n/achrIV 11,624,888C. elegans LYS-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01183 Glycosyl hydrolases family 25 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR002053 (Glycoside hydrolase, family 25)
16W07G4.4W07G4.4n/achrV 13,045,013contains similarity to Pfam domain PF00883 Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR000819 (Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal)
17tag-290F35B12.6n/achrV 11,614,053C. elegans TAG-290 protein; contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
18K02E7.10K02E7.10n/achrII 1,066,288contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
19ZK669.4ZK669.4n/achrII 7,943,957ZK669.4 is orthologous to the human gene DIHYDROLIPOAMIDE BRANCHED CHAIN TRANSACYLASE (E2 COMPONENT OF BRANCHED CHAIN KETO ACID DEHYDROGENASE COMPLEX; (DBT), which when mutated leads to maple syrup urine disease, type II (OMIM:248610); the ZK669.4 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
20ivd-1C02B10.1n/achrIV 5,087,748The C02B10.1 gene encodes an isovaleryl-CoA dehydrogenase; this function has been verified by both sequence homology and direct biochemical assay.
21F35C8.5F35C8.5n/achrX 5,366,661contains similarity to Pfam domain PF01598 contains similarity to Interpro domain IPR006088 (Sterol desaturase)
22nhr-232Y22F5A.13.0000000000000003e-31chrV 10,257,478C. elegans NHR-232 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23T07D4.1T07D4.1n/achrII 8,863,168contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24F59A2.6F59A2.6n/achrIII 3,420,133contains similarity to Pfam domains PF02524 (KID repeat) , PF01465 (GRIP domain) contains similarity to Interpro domains IPR004089 (Chemotaxis methyl-accepting receptor, signalling), IPR000533 (Tropomyosin), IPR009053 (Prefoldin), IPR000237 (GRIP)
25F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
26Y49E10.16Y49E10.16n/achrIII 12,432,047contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
27lys-2Y22F5A.5n/achrV 10,280,860lys-2 is one of ten C. elegans lysozyme genes; as such, lys-2 can be predicted to have a role in lysozymal function including immune function.
28F56B3.6F56B3.6n/achrIV 789,430contains similarity to Pfam domain PF03134 TB2/DP1, HVA22 family contains similarity to Interpro domain IPR004345 (TB2/DP1 and HVA22 related protein)
29fbxa-167C31C9.3n/achrII 13,642,551This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
30ZC178.2ZC178.2n/achrV 8,707,635contains similarity to Pfam domain PF05647 C. elegans protein of unknown function (DUF801) contains similarity to Interpro domain IPR008519 (Protein of unknown function DUF801, Caenorhabditis elegans)
31ttr-47H14N18.3n/achrV 8,923,470C. elegans TTR-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domains IPR001588 (Casein, alpha/beta), IPR001534 (Transthyretin-like)
32F36G9.12F36G9.12n/achrV 15,980,154contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR001356 (Homeobox), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
33R13D11.4R13D11.4n/achrV 810,558contains similarity to Interpro domain IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel)
34srv-30T13A10.7n/achrIV 6,268,435C. elegans SRV-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
35him-3ZK381.1n/achrIV 6,978,215him-3 encodes a homolog of the S. cerevisiae HOP1 protein which is required for the formation of the synaptonemal complex during meiosis; him-3 is required for synapsis and chiasma formation during meiotic recombination and for chromosome segregation; him-3 mutants show a high frequency of males in the population as well as a high frequency of arrested embryos due to defects in X-chromosome segregation; HIM-3 localizes to the meiotic chromosome associating with both unsynapsed and synapsed chromosomes.
36T07G12.2T07G12.2n/achrIV 10,531,796contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
37his-37C50F4.7n/achrV 9,547,316his-37 encodes an H4 histone.
38F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
39D1022.4D1022.4n/achrII 7,456,724contains similarity to Pfam domain PF01738 Dienelactone hydrolase family contains similarity to Interpro domain IPR002925 (Dienelactone hydrolase)
40F59A7.8F59A7.8n/achrV 2,010,108contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
41dct-11W06B11.3n/achrX 5,838,856C. elegans DCT-11 protein ;
42C18B2.4C18B2.4n/achrX 3,605,110contains similarity to Pfam domain PF02893 GRAM domain contains similarity to Interpro domains IPR001419 (HMW glutenin), IPR004182 (GRAM)
43F58H7.8F58H7.8n/achrIV 908,458
443R5.13R5.1n/achrIII 13,780,560contains similarity to Mus musculus Paired amphipathic helix protein Sin3a.; SW:SN3A_MOUSE
45F59D6.3F59D6.3n/achrV 3,026,073contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
46srh-264T06E6.8n/achrV 15,414,724C. elegans SRH-264 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47T12B3.3T12B3.3n/achrIV 7,375,883contains similarity to Pfam domain PF03009 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family contains similarity to Interpro domain IPR004129 (Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)
48D1054.5D1054.5n/achrV 10,774,690contains similarity to Pfam domain PF00571 (CBS domain)
49F35G12.5F35G12.5n/achrIII 4,585,670contains similarity to Wigglesworthia glossinidia brevipalpis RpoD protein.; TR:Q8D286
50F44A6.5F44A6.5n/achrX 10,217,967contains similarity to Sulfolobus tokodaii Hypothetical protein ST0534.; TR:Q974X9