UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1lrs-1R74.10chrIII 4,184,221lrs-1 encodes a predicted cytoplasmic leucyl-tRNA synthetase (LeuRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of leucine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; LRS-1 activity is required for embryonic, larval, and germline development, as well as normal body morphology and rates of postembryonic growth.
2ZK673.1ZK673.1n/achrII 10,444,162contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
3R09F10.1R09F10.1n/achrX 8,324,257contains similarity to Pfam domains PF08246 (Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)) , PF00112 (Papain family cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR013201 (Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
4fbxa-65C17B7.11n/achrV 3,345,912This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
5math-8C16C4.13n/achrII 1,888,192C. elegans MATH-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
6C32D5.6C32D5.6n/achrII 6,332,890contains similarity to Interpro domain IPR013026 (Tetratricopeptide region)
7cul-6K08E7.7n/achrIV 12,588,438cul-6 encodes a member of the cullin family that may physically interact with SKR-3.
8C26E1.2C26E1.2n/achrV 13,306,168contains similarity to Interpro domain IPR000169 (Eukaryotic thiol (cysteine) protease)
9F31A3.3F31A3.3n/achrX 17,533,568
10T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
11elt-2C33D3.1n/achrX 10,482,266elt-2 encodes a GATA-type transcription factor most similar to the vertebrate GATA4-6 transcription factors required for cardiac and endoderm development (OMIM:601656, 600576); in C. elegans, ELT-2 is required redundantly with ELT-7 for initiating and maintaining terminal differentiation of the intestine; ELT-2 is expressed solely in the intestine, beginning embryonically at the 2E-cell stage and continuing in all intestinal cells throughout the life of the animal; in the regulatory hierarchy controlling endoderm development, ELT-2 lies downstream of the maternal regulators SKN-1 and POP-1 and the embryonic GATA factors MED-1/-2, and END-1/-3; in turn, ELT-2, along with ELT-7, likely regulates transcription of a number of intestine-specific terminal differentiation genes such as ges-1, ifb-2, pha-4, and the stress-induced mtl-2; ELT-2 also positively autoregulates, presumably to ensure maintenance of intestinal differentiation
12hlh-15C43H6.8n/achrX 2,413,123C. elegans HLH-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
13twk-26C33D12.3n/achrX 3,052,381C. elegans TWK-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
14H34I24.1H34I24.1n/achrIII 2,847,797
15pcp-2F23B2.12n/achrIV 9,162,862C. elegans PCP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domains IPR008758 (Peptidase S28), IPR000258 (Bacterial ice-nucleation proteins octamer repeat)
16hint-1F21C3.3n/achrI 7,280,150C. elegans HINT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01230 HIT domain contains similarity to Interpro domains IPR001310 (Histidine triad (HIT) protein), IPR011151 (Histidine triad motif), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
17K11G9.2K11G9.2n/achrV 6,675,280contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
18ipp-5C09B8.1n/achrX 6,032,949ipp-5 encodes a type I inositol 5-phosphatase homolog; ipp-5 acts downstream of let-23 to negatively regulate IP3 signaling and is involved in spermathecal contractions during ovulation; an ipp-5::gfp transcriptional reporter is expressed in the adult distal spermatheca and weakly in the proximal sheath.
19C05E11.7C05E11.7n/achrX 4,583,603
20Y43F8C.4Y43F8C.4n/achrV 19,627,836contains similarity to Homo sapiens 90 kDa protein; VG:OTTHUMP00000182483
21F13B6.2F13B6.2n/achrIV 7,459,793
22F01D5.3F01D5.3n/achrII 13,999,536contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR001368 (TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
23F42A10.5F42A10.5n/achrIII 6,172,231contains similarity to Interpro domain IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type)
24K09C4.10K09C4.10n/achrX 3,278,116contains similarity to Staphylococcus aureus Serine-rich adhesin for platelets precursor (Staphylococcus aureusssurface protein A).; SW:Q7A362
25nhr-210R11G11.12n/achrV 518,366C. elegans NHR-210 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
26twk-28C52B9.6n/achrX 4,276,975C. elegans TWK-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
27C04E12.12C04E12.12n/achrV 3,390,139contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
28srh-264T06E6.8n/achrV 15,414,724C. elegans SRH-264 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29C44C8.1C44C8.1n/achrIV 904,383This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
30B0024.11B0024.11n/achrV 10,318,482contains similarity to Pfam domain PF01142 tRNA pseudouridine synthase D (TruD) contains similarity to Interpro domains IPR001656 (tRNA pseudouridine synthase D), IPR011760 (tRNA pseudouridine synthase D, core), IPR017091 (tRNA pseudouridine synthase D, eukaryotic)
31F47B3.3F47B3.3n/achrI 3,964,844contains similarity to Pfam domain PF01284 Membrane-associating domain contains similarity to Interpro domain IPR008253 (Marvel)
32T05F1.11T05F1.11n/achrI 9,654,690This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
33Y54G11A.7Y54G11A.7n/achrII 14,298,367contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR000023 (Phosphofructokinase)
34ZC504.3ZC504.3n/achrX 10,418,158contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
35asg-2C53B7.4n/achrX 6,841,624asg-2 encodes a homolog of subunit G of the membrane-bound F0 proton channel portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); asg-2 activity is required for growth at a normally high rate and for normal osmoregulation; in addition, asg-2 activity is required for response to hermaphrodite contact, the first step in a series of stereotypical male mating behaviors; an ASG-2::GFP fusion localizes to mitochondria and to cilia of the male-specific CEM neurons.
36ZC190.2ZC190.2n/achrV 8,682,033contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR)
37fbxa-31ZC47.5n/achrIII 1,270,493This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
38dylt-1F13G3.4n/achrI 7,300,621dylt-1 encodes a putative dynein light chain subunit that inhibits DHC-1 in vivo, but is otherwise dispensable for viability; DYLT-1 is paralogous to DYLT-3, and orthologous to human DYNLT1 and DYNLT3 (OMIM: 300302); dylt-1(RNAi) and dylt-1(ok417) both suppress the lethality of conditional dhc-1 mutations, and dylt-1(RNAi) suppresses dhc-1(or195) spindle length and cytokinesis defects as well, indicating that DYLT-1 negatively regulates dynein; in oocytes and early embryos, DYLT-1 is associated with nuclear envelopes and centrosomes, and with meiotic and mitotic spindle poles; like DHC-1 itself, DYLT-1 is strongly mislocalized to centrosomes in dhc-1(or195) animals shifted to nonpermissive temperature.
39nlt-1ZK892.2n/achrII 10,000,661nlt-1 encodes a member of the SCP-2 sterol transfer family.
40nhr-267H22D14.1n/achrIV 9,285,626C. elegans NHR-267 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
41E04F6.6E04F6.6n/achrII 7,198,430contains similarity to Interpro domain IPR000183 (Orn/DAP/Arg decarboxylase 2)
42F52C6.13F52C6.13n/achrII 1,930,469
43C44C8.3C44C8.3n/achrIV 896,078This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
44F16H6.10F16H6.10n/achrV 18,223,587contains similarity to Haemophilus influenzae Putative protease HI0419 (EC 3.4.-.-).; SW:YEGQ_HAEIN
45F19C7.2F19C7.2n/achrIV 4,601,343contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domain IPR008758 (Peptidase S28)
46sfxn-1.5T04F8.1n/achrX 11,660,570C. elegans SFXN-1.5 protein; contains similarity to Pfam domain PF03820 Tricarboxylate carrier contains similarity to Interpro domain IPR004686 (Tricarboxylate/iron carrier)
47K08C7.1K08C7.1n/achrIV 10,658,786contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48T22F3.7T22F3.7n/achrV 3,599,159contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
49pcp-1ZK112.1n/achrIII 7,759,923C. elegans PCP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domain IPR008758 (Peptidase S28)
50F21G4.1F21G4.1n/achrX 9,890,917contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF03137 (Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR000539 (Frizzled protein), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)