UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1str-41R13D7.10chrV 7,412,508C. elegans STR-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
2K02H8.1K02H8.1n/achrX 17,004,963K02H8.1 encodes, by alternative splicing, two isoforms of a putative MUSCLEBLIND-type mRNA splicing regulator required in adults for normal muscle dense body organization, locomotion, and vulval morphogenesis; K02H8.1 is orthologous to Drosophila MBL and human MBNL1 (OMIM:606516), MBNL2 (OMIM:607327), and MBNL3 (OMIM:300413); K02H8.1 is transcribed in larvae and adults; K02H8.1(RNAi) animals show protruding vulvae, progressive uncoordination, and disordered dense bodies; while K02H8.1 is required in adults, it is dispensable in larvae, perhaps reflecting a progressive muscle dystrophy in K02H8.1(RNAi) animals.
3W02D7.3W02D7.3n/achrV 8,294,341
4ZC404.7ZC404.7n/achrV 6,779,108
5Y57A10B.1Y57A10B.1n/achrII 12,362,805contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
6CD4.1CD4.1n/achrV 5,608,204
7R05A10.3R05A10.3n/achrIV 14,175,025contains similarity to Saccharomyces cerevisiae <b><u>C</u></b>onserved <b><u>O</u></b>ligomeric <b><u>G</u></b>olgi complex <b><u>1</u></b><br> Complexed with Cog8p; interacts with Cog2p; SGD:YGL223C
8cho-1C48D1.3n/achrIV 13,212,115cho-1 encodes a high-affinity choline transporter orthologous to members of the sodium-dependent glucose transporter family; CHO-1 is expressed in cholinergic neurons.
9Y43F8A.5Y43F8A.5n/achrV 19,387,467contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
10C34F11.1C34F11.1n/achrII 5,213,423contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
11B0207.11B0207.11n/achrI 5,963,581B0207.11 encodes a nematode-specific protein probably required for a normally high ovulation rate; B0207.11 has no obvious non-nematode homologs, but does have a putative N-terminal coiled-coil domain and an SH2 motif, and is is paralogous to four other C. elegans proteins (F42G4.6, F44F4.10, T08G11.2, and Y81G3A.1); B0207.11(tm322) hermaphrodites show abnormal egg-laying, retaining significantly fewer eggs than wild-type (perhaps due to a lowered ovulation rate) while retaining late-stage embryos; B0207.11 has no obvious phenotype in mass RNAi experiments, possibly because of genetic redundancy with its paralogs.
12irk-1R03E9.4n/achrX 6,769,400C. elegans IRK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01007 Inward rectifier potassium channel contains similarity to Interpro domains IPR013521 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, conserved region 2), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013518 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic), IPR001838 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir-like)
13ceh-12F33D11.4n/achrI 5,841,090ceh-12 encodes a homeobox protein orthologous to human HLXB9 (OMIM:142994, mutated in Currarino syndrome) that is required for normal synaptic inputs to motor neurons VA2-VA10 (sisters to VB3-VB11); ceh-12 is expressed in VB motor neurons, but repressed in their VA siblings by UNC-4 and UNC-37; unc-4 or unc-37 mutants show ectopic CEH-12 expression in VA neurons, which is both necessary and sufficient to induce VA neurons to form gap junctions with normally VB-specific interneurons; ceh-12 mutations have no grossly obvious phenotype, and have no effect on del-1 or acr-5 repression in VB neurons, but do suppress the backward movement defect of unc-4 mutants, and do derepress vab-7 (normally restricted to DB and VC motor neurons); CEH-12, like other HLXB9 orthologs, has an N-terminal eh1 domain that may interact with UNC-37/Groucho, and that may indicate CEH-12 to be a transcriptional repressor.
14str-66Y73C8C.59.999999999999999e-57chrV 3,103,680C. elegans STR-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15amt-2F49E11.3n/achrIV 13,044,619amt-2 encodes a transmembrane protein that is one of four C. elegans members of the ammonium transporter AMT/Rh family of proteins predicted to function in transport of ammonium ions across the plasma membrane.
16aat-7F54D12.3n/achrII 1,389,233aat-7 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-7 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-7 does not require this residue for heterodimer formation or alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
17R09H10.1R09H10.1n/achrIV 10,601,257contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
18R13.4R13.4n/achrIV 10,819,150contains similarity to Pfam domain PF02891 MIZ/SP-RING zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004181 (Zinc finger, MIZ-type)
19ZK180.1ZK180.1n/achrIV 4,497,817contains similarity to Pfam domain PF00003 7 transmembrane receptor (metabotropic glutamate family) contains similarity to Interpro domains IPR000337 (GPCR, family 3), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
20Y54E2A.1Y54E2A.1n/achrII 14,736,737contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
21clec-55F08H9.9n/achrV 14,480,717C. elegans CLEC-55 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) (2), PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
22K03A11.4K03A11.4n/achrX 13,080,030contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
23C31H2.3C31H2.3n/achrX 5,152,942
24fbxa-188F47H4.8n/achrV 17,343,887This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
25F16H6.6F16H6.6n/achrV 18,205,786contains similarity to Anthyllis vulneraria subsp lapponica Maturase-like protein.; TR:Q8HUG8
26Y7A9A.1Y7A9A.1n/achrIV 16,199,192contains similarity to Pfam domain PF01019 Gamma-glutamyltranspeptidase contains similarity to Interpro domain IPR000101 (Gamma-glutamyltranspeptidase)
27lgc-4F18G5.4n/achrX 9,238,639C. elegans LGC-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002394 (Nicotinic acetylcholine receptor, N-terminal), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
28C44B11.1C44B11.1n/achrIII 3,156,820contains similarity to Pfam domain PF06905 Fas apoptotic inhibitory molecule (FAIM1) contains similarity to Interpro domain IPR010695 (Fas apoptotic inhibitory molecule)
29F31B9.2F31B9.2n/achrX 15,919,200contains similarity to Mus musculus Radixin (ESP10).; SW:RADI_MOUSE
30D1044.1D1044.1n/achrIII 5,545,251contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
31C29F9.6C29F9.6n/achrIII 115,990contains similarity to Pfam domain PF02135 TAZ zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR003101 (Coactivator CBP, KIX), IPR000197 (Zinc finger, TAZ-type)
32T28F3.5T28F3.5n/achrIV 17,297,711contains similarity to Pfam domains PF01039 (Carboxyl transferase domain) , PF02786 (Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain) , PF02785 (Biotin carboxylase C-terminal domain) , PF00364 (Biotin-requiring enzyme) , PF00289 (Carbamoyl-phosphate synthase L chain, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000022 (Carboxyl transferase), IPR005481 (Carbamoyl phosphate synthase, large subunit, N-terminal), IPR000089 (Biotin/lipoyl attachment), IPR016185 (PreATP-grasp-like fold), IPR011761 (ATP-grasp fold), IPR005482 (Biotin carboxylase, C-terminal), IPR011053 (Single hybrid motif), IPR005479 (Carbamoyl phosphate synthetase, large subunit, ATP-binding), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR011764 (Biotin carboxylation region), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR011763 (Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal), IPR013817 (Pre-ATP-grasp fold), IPR011054 (Rudiment single hybrid motif)
33F49B2.6F49B2.6n/achrI 14,335,445contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
34K08C9.6K08C9.6n/achrI 11,499,274contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Hypothetical protein AF0327.; TR:O29920
35F10G8.2F10G8.2n/achrI 10,022,221contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
36bath-47T07H3.1n/achrII 1,603,204C. elegans BATH-47 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) (2), PF00917 (MATH domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
37F58B4.2F58B4.2n/achrV 10,918,030contains similarity to Pfam domain PF00173 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001199 (Cytochrome b5)
38ZK354.6ZK354.6n/achrIV 5,296,718contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
39F55E10.7F55E10.7n/achrX 8,349,739contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
40F17C8.6F17C8.6n/achrIII 4,745,411F17C8.6 encodes an alpha1 Ca2+ channel subunit; large-scale RNAi experiments indicate that during development F17C8.6, along with nca-2, may play a role in regulating egg size and shape.
41del-4T28B8.5n/achrI 8,140,996C. elegans DEL-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
42F18E9.4F18E9.4n/achrX 8,582,026
43pho-4T16D1.2n/achrII 5,237,340C. elegans PHO-4 protein ;
44F19B2.6F19B2.6n/achrV 20,155,401contains similarity to Tetrahymena thermophila SB210 Putative uncharacterized protein.; TR:Q23A89
45W01B6.3W01B6.3n/achrIV 10,071,407contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
46acc-4T27E9.9n/achrIII 13,482,337C. elegans ACC-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
47srw-7R08F11.5n/achrV 3,806,992C. elegans SRW-7 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
48C18H7.6C18H7.6n/achrIV 590,772contains similarity to Interpro domain IPR000817 (Prion protein)
49E02C12.12E02C12.12n/achrV 9,380,457contains similarity to Pfam domain PF07914 Protein of unknown function (DUF1679) contains similarity to Interpro domain IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species)
50T10E9.9T10E9.9n/achrI 6,547,634contains similarity to Pfam domains PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02771 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR006089 (Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR006092 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal)