UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1glb-23R13A1.83e-168chrIV 7,218,772glb-23 encodes a globin; glb-23 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-23 has no obvious function in mass RNAi assays.
2cyp-33C6F41B5.7n/achrV 2,248,474C. elegans CYP-33C6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
3K07D4.6K07D4.6n/achrII 4,017,758contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG31439-PA;; FLYBASE:CG31439
4F13B6.1F13B6.1n/achrIV 7,457,398
5T20H4.2T20H4.2n/achrIII 7,242,074contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
6ZK418.6ZK418.6n/achrIII 7,076,490contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
7fbxa-110Y102A5C.8n/achrV 16,937,848This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
8ZK892.4ZK892.4n/achrII 10,007,287ZK892.4 is orthologous to the human gene ALPHA-METHYLACYL-CoA RACEMASE (AMACR; OMIM:604489), which when mutated leads to AMACR deficiency.
9ceh-6K02B12.1n/achrI 8,500,257ceh-6 encodes a POU family homeodomain protein, homologous to human POU3F4 (OMIM:304400, mutated in conductive deafness 3) that affects embryonic viability, locomotion, and molting, and that regulates ectodermal and excretory function; CEH-6 is expressed dynamically during development and expression includes neurons, the excretory cell, and ectodermal cells.
10T05C7.1T05C7.1n/achrIV 48,261contains similarity to Interpro domain IPR011019 (KIND)
11F38E1.3F38E1.3n/achrV 8,376,994contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
12C03F11.1C03F11.1n/achrX 5,392,402contains similarity to Pfam domains PF03530 (Calcium-activated SK potassium channel) , PF02888 (Calmodulin binding domain) , PF07885 (Ion channel) contains similarity to Interpro domains IPR004178 (Calmodulin-binding), IPR015449 (Potassium channel, calcium-activated, SK), IPR011996 (Potassium channel, calcium-activated, SK, conserved region), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel), IPR013099 (Ion transport 2)
13Y49A3A.4Y49A3A.4n/achrV 14,357,603contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
14gon-1F25H8.3n/achrIV 9,940,393gon-1 encodes a functional metalloprotease that defines a new sub-family of secreted proteases known as MPT (metalloprotease with thrombospondin type 1 repeats); the other two members of this family are the bovine procollagen I N-protease ( PINP ) and the murine enzyme ADAMTS-1; gon-1 is essential for hermaphrodite gonadal morphogenesis; sequence homology with other metalloproteases suggests that it functions by remodelling the extracellular matrix; GON-1 is expressed at high levels within the gonadal distal tip cell during migration.
15K08D10.9K08D10.9n/achrIV 4,159,983
16nas-29F58A6.4n/achrII 5,140,235C. elegans NAS-29 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR017050 (Peptidase M12A, astacin, nematode), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
17Y41E3.6Y41E3.6n/achrIV 15,006,683contains similarity to Bacillus halodurans Stress-and starvation-induced gene controlled by sigma-B.; TR:Q9KE40
18his-16ZK131.10n/achrII 13,817,860his-16 encodes an H2A histone; his-16 is contained within the histone gene cluster HIS3.
19ZC404.7ZC404.7n/achrV 6,779,108
20C44B7.4C44B7.4n/achrII 6,869,836contains similarity to Rattus norvegicus Protein FAM26F.; SW:Q561R8
21Y41C4A.8Y41C4A.8n/achrIII 11,707,793contains similarity to Aedes aegypti Hypothetical conserved protein (Putative uncharacterized protein).; TR:Q1HQM0
22Y113G7A.12Y113G7A.12n/achrV 20,140,914
23ZK228.3ZK228.3n/achrV 18,459,731contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
24sec-24.2ZC518.2n/achrIV 12,358,176C. elegans SEC-24.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF04811 (Sec23/Sec24 trunk domain) , PF04815 (Sec23/Sec24 helical domain) , PF04810 (Sec23/Sec24 zinc finger) , PF00626 (Gelsolin repeat) , PF08033 (Sec23/Sec24 beta-sandwich domain) contains similarity to Interpro domains IPR006900 (Sec23/Sec24 helical region), IPR012990 (Sec23/Sec24 beta-sandwich), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006896 (Sec23/Sec24 trunk region), IPR006895 (Zinc finger, Sec23/Sec24-type), IPR007123 (Gelsolin region)
25T05A1.3T05A1.3n/achrIV 9,563,673contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
26F42G8.9F42G8.9n/achrIV 8,117,087
27R13.4R13.4n/achrIV 10,819,150contains similarity to Pfam domain PF02891 MIZ/SP-RING zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004181 (Zinc finger, MIZ-type)
28F54D12.7F54D12.7n/achrII 1,383,599contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
29nas-32T02B11.7n/achrV 897,042C. elegans NAS-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR017050 (Peptidase M12A, astacin, nematode), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
30C04F6.2C04F6.2n/achrX 3,397,298
31col-177F59F3.2n/achrX 11,000,722C. elegans COL-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
32srx-90H12C20.5n/achrV 11,581,770C. elegans SRX-90 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
33srx-78C01G10.3n/achrV 15,096,226C. elegans SRX-78 protein
34F21C3.6F21C3.6n/achrI 7,284,859contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Caldesmon; ENSEMBL:ENSP00000354826
35F41C6.7F41C6.7n/achrX 6,883,839contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
36ndx-2W02G9.1n/achrV 2,664,041ndx-2 encodes a NUDIX hydrolase; by sequence comparison, NDX-2 is predicted to be orthologous to human NUDT5 which, in vitro, possesses ADP-sugar diphosphatase activity; in C. elegans, loss of ndx-2 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, consistent with the proposed nonessential roles for Nudix proteins in eliminating potentially toxic nucleotide metabolites from cells and modulating levels of metabolic intermediates by shuttling them into alternative biochemical pathways.
37F36H2.3F36H2.3n/achrI 9,258,077contains similarity to Pfam domain PF00084 Sushi domain (SCR repeat) contains similarity to Interpro domains IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR016060 (Complement control module)
38Y45F3A.8Y45F3A.8n/achrIII 10,591,217contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
39fbxa-218Y49E10.17n/achrIII 12,438,684C. elegans FBXA-218 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
40lact-1F46H5.8n/achrX 7,259,241lact-1 encodes a beta-lactamase domain-containing protein.
41H12D21.5H12D21.5n/achrV 14,894,419contains similarity to Interpro domains IPR001307 (Thiosulfate sulfurtransferase), IPR000463 (Cytosolic fatty-acid binding protein), IPR001763 (Rhodanese-like)
42C55C3.1C55C3.1n/achrIV 5,711,705contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
43F35E8.1F35E8.1n/achrV 15,904,615contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
44R05A10.7R05A10.7n/achrIV 14,161,499contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
45K02H8.1K02H8.1n/achrX 17,004,963K02H8.1 encodes, by alternative splicing, two isoforms of a putative MUSCLEBLIND-type mRNA splicing regulator required in adults for normal muscle dense body organization, locomotion, and vulval morphogenesis; K02H8.1 is orthologous to Drosophila MBL and human MBNL1 (OMIM:606516), MBNL2 (OMIM:607327), and MBNL3 (OMIM:300413); K02H8.1 is transcribed in larvae and adults; K02H8.1(RNAi) animals show protruding vulvae, progressive uncoordination, and disordered dense bodies; while K02H8.1 is required in adults, it is dispensable in larvae, perhaps reflecting a progressive muscle dystrophy in K02H8.1(RNAi) animals.
46pad-1Y18D10A.13n/achrI 12,890,677The pad-1 gene encodes a highly conserved, but unfamiliar, protein that is required for embryonic development.
47T19D2.1T19D2.1n/achrX 3,935,349contains similarity to Pfam domains PF00090 (Thrombospondin type 1 domain) (4), PF01421 (Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease) contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR013273 (Peptidase M12B, ADAM-TS), IPR001590 (Peptidase M12B, ADAM/reprolysin)
48C34G6.3C34G6.3n/achrI 5,897,020contains similarity to Interpro domain IPR005819 (Histone H5)
49T02G6.2T02G6.2n/achrI 11,801,906contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein.; TR:Q9C9Y9
50W02D7.3W02D7.3n/achrV 8,294,341