UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R12E2.6R12E2.60.00000002chrI 4,151,478contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
2str-60T06C12.1n/achrV 15,898,679C. elegans STR-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
3F28B1.4F28B1.4n/achrV 17,056,226contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Ferredoxin (FDX-2).; TR:O30071
4C16D9.4C16D9.4n/achrV 8,241,945contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domains IPR008068 (Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like), IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
5sri-71D2062.3n/achrII 2,628,473C. elegans SRI-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6K02F6.7K02F6.7n/achrII 2,527,240
7T01C8.2T01C8.2n/achrX 16,786,949
8srbc-62T19C9.1n/achrV 17,218,465C. elegans SRBC-62 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
9srz-42H12I19.1n/achrIV 14,130,194C. elegans SRZ-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10F40H6.5F40H6.5n/achrIII 6,052,328contains similarity to Pfam domains PF02795 (Domain of unknown function (DUF225)) , PF00337 (Galactoside-binding lectin) (3)contains similarity to Interpro domains IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR004024 (Protein of unknown function DUF225), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
11K01C8.2K01C8.2n/achrII 8,268,517contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
12srh-28ZC404.5n/achrV 6,774,975C. elegans SRH-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13tpi-1Y17G7B.7n/achrII 12,038,108tpi-1 encodes a putative triosephosphate isomerase orthologous to human TPI1 (OMIM:190450, mutated in TPI deficiency) and Drosophila WASTED AWAY; despite the severity of TPI mutant phenotypes in humans and Drosophila, TPI-1 has no obvious function in mass RNAi assays.
14sri-11T22H2.3n/achrI 11,696,802C. elegans SRI-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR015964 (Cytochrome C oxidase subunit II-like, transmembrane region)
15ZK488.5ZK488.5n/achrV 594,476contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
16C47D12.8C47D12.8n/achrII 11,700,677C47D12.8 encodes an ortholog of the DNA repair protein XPF/ERCC4, which when mutated in humans leads to xeroderma pigmentosum (complementation group F; OMIM:133520); C47D12.8(RNAi) animals are hypersensitive to ultraviolet radiation, with increased germ cell apoptosis and embryonic lethality; C47D12.8 protein interacts with F10G8.7 (an ERCC1 ortholog) in yeast two-hybrid assays; C47D12.8 is expressed broadly in both embryonic and postembryonic animals, and is required for embryonic development; C47D12.8 is upregulated in dauers, and shares an operon with kel-1 and VF13D12L.3.
17R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
18T07G12.4T07G12.4n/achrIV 10,537,682contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
19pqn-15C24A8.3n/achrX 4,307,497The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
20srh-25C54D10.6n/achrV 12,433,068C. elegans SRH-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21nhr-164C41G6.5n/achrV 15,234,803C. elegans NHR-164 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
22C09G1.2C09G1.2n/achrX 15,980,318contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Formin, nucleates the formation of linear actin filaments, involved in cell processes such as budding and mitotic spindle orientation which require the formation of polarized actin cables, functionally redundant with BNR1; SGD:YNL271C
23rbr-2ZK593.4n/achrIV 10,923,428rbr-2 encodes a histone H3 lysine 4 (H3K4) demethylase that is required for normally short lifespan and reliable vulval development, that regulates genome-wide levels of H3K4 trimethylation, and that interacts genetically with CLK-2, GLP-1, LIN-15, and SEM-5; RBR-2 is orthologous to budding yeast Jhd2p, Drosophila LID, and human JARID1A (OMIM:180202), JARID1B (OMIM:605393), JARID1C (OMIM:314690, mutated in mental retardation), and JARID1D (OMIM:426000); rbr-2(tm1231) homozygotes display excess trimethylated H3K4 (H3K4me3) and erratic vulval development (either vulvaless or multivulva); rbr-2(RNAi) animals show extended lifespans, a strong synthetic multivulva and H3K4me3 phenotype in a lin-15(n765ts) mutant background at permissive temperature, and abnormally slow growth with clk-2(mn159), glp-1(or178), or sem-5(n2019) mutant backgrounds.
24bcc-1M7.3n/achrIV 11,089,293bcc-1 encodes a homolog of Drosophila and vertebrate Bicaudal C (BICC) that contains KH RNA-binding domains, a serine-rich region, and a SAM (sterile alpha motif) domain; by homology, BCC-1 is predicted to function as a cytoplasmic RNA-binding protein that is required for translational regulation and/or mRNA stability during embryonic or germline development; however, as loss of bcc-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of BCC-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
25F32H2.8F32H2.8n/achrI 8,992,131contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domains IPR004988 (Protein of unknown function DUF273), IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide)
26K09F5.1K09F5.1n/achrX 7,740,721
27C18F10.2C18F10.2n/achrIII 6,274,532contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Sporulation-specific protein 15.; SW:Q10411
28M02B7.5M02B7.5n/achrIV 3,813,489contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF01369 (Sec7 domain) contains similarity to Interpro domains IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000904 (SEC7-like)
29fbxa-102K03D7.7n/achrV 17,492,710This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
30sup-12T22B2.4n/achrX 3,906,111sup-12 encodes an RNA-binding protein that contains a conserved RNA recognition motif (RRM); during development, SUP-12 functions to regulate muscle-specific splicing of alternative unc-60 and egl-15 pre-mRNAs; in vitro, SUP-12 can bind unc-60 and egl-15 pre-mRNAs; a sup-12::gfp promoter fusion is expressed in body wall muscle and in the pharynx; in body wall muscle, a SUP-12::GFP localizes to nuclei in a speckled pattern.
31Y56A3A.16Y56A3A.16n/achrIII 11,912,267contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Pleckstrin homology domain-containing family M member 3; ENSEMBL:ENSP00000373899
32F52C9.3F52C9.3n/achrIII 5,324,039contains similarity to Pfam domain PF00781 Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) contains similarity to Interpro domain IPR001206 (Diacylglycerol kinase, catalytic region)
33T08G3.7T08G3.7n/achrV 16,464,369contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00023 (Ankyrin repeat) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
34F48G7.13F48G7.13n/achrV 615,813
35F22E5.2F22E5.2n/achrII 2,665,821
36F53C3.8F53C3.8n/achrII 3,891,751
37K06H6.2K06H6.2n/achrV 586,550contains similarity to Pfam domain PF05050 Protein of unknown function (DUF672) contains similarity to Interpro domain IPR007744 (Protein of unknown function DUF672)
38T26C11.2T26C11.2n/achrX 1,836,847contains similarity to Interpro domains IPR000893 (Luteovirus ORF6 protein), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin)
39nhr-83F48G7.3n/achrV 632,120C. elegans NHR-83 protein; contains similarity to Pfam domains PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core), IPR015897 (CHK kinase-like)
40F58F6.6F58F6.6n/achrIV 1,342,037contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domain IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
41R09A1.3R09A1.3n/achrV 1,025,455
42K07C5.2K07C5.2n/achrV 10,340,201contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
43Y69H2.1Y69H2.1n/achrV 18,621,264contains similarity to Myxine glutinosa NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 (EC 1.6.5.3).; SW:NU4M_MYXGL
44K03H4.1K03H4.1n/achrV 13,151,458contains similarity to Helicobacter pylori Transposase OrfB.; TR:Q93C83
45F31F4.17F31F4.17n/achrV 659,395
46F31E9.3F31E9.3n/achrV 17,323,648This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
47srt-12E03D2.4n/achrV 4,241,727C. elegans SRT-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
48lgc-23C15A7.1n/achrX 12,066,273C. elegans LGC-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
49vps-32.2C37C3.3n/achrV 7,850,487C. elegans VPS-32.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
50T05H4.3T05H4.3n/achrV 6,444,929contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal)