UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1egg-5R12E2.100chrI 4,170,287C. elegans EGG-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
2klp-16C41G7.2n/achrI 9,513,594klp-16 encodes a C-terminal motor kinesin orthologous to the Drosophila melanogaster Ncd and Saccharomyces cerevisiae Kar3; however KLP-16 along with KLP-3, KLP-15 and KLP-17 form an unique subgroup based on amino acid sequence and secondary structure analysis; klp-16 is involved in development of the nervous system in embryos and in chromosome segregation; in situ RNA hybridization experiments indicate that klp-16 is localized in the anterior nervous system in the head region of late embryos.
3egg-2R01H2.3n/achrIII 7,059,489C. elegans EGG-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
4cgh-1C07H6.5n/achrIII 7,496,952cgh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase, orthologous to budding yeast Dhh1p, fission yeast Ste13p, Drosophila ME31B, and human DDX6 (OMIM:600326); CGH-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CGH-1 is also required for sperm function, oocyte fertilization, and early embryonic cytokinesis; by orthology with budding yeast, CGH-1 is expected to enable decapping-dependent mRNA degradation; CGH-1 is expressed in meiotic germ cells, oocytes, sperm, early embryonic P granules, other unidentified cytoplasmic foci of the gonad core and early embryos, and the germline precursors Z2 and Z3; cgh-1(RNAi) hermaphrodites lose ~100% of their oocytes to physiological apoptosis; gonadal CGH-1 accumulation is suppressed by either glh-1/4 RNAi or gld-1(q485);gld-2(q497) mutations, yet physiological apoptosis (which would normally be elevated by loss of CGH-1) is also abnormally low in these genotypes; cgh-1(RNAi) males have sterile sperm with abnormally short pseudopods; CGH-1 associates with CAR-1, DCAP-2, and CEY-2/3/4 in P granules and cytoplasmic particles of the early embryo; CGH-1 is required for normal CAR-1 localization in early embyros, and binds CAR-1 in an RNA-dependent manner.
5R02F2.4R02F2.4n/achrIII 5,485,028R02F2.4 encodes a protein with six chitin-binding peritrophin-A domains; R02F2.4 transcripts are enriched during oogenesis; like CEJ-1 and CPG-2, R02F2.4 might participate in eggshell synthesis and early embryonic development, and R02F2.4's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin; however, R02F2.4 has no obvious function in mass RNAi assays; while R02F2.4 is more closely similar to CPG-2 than CEJ-1, it may be less strongly expressed (since it has substantially fewer ESTs) and thus be less important in development.
6Y18D10A.11Y18D10A.11n/achrI 12,862,741contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein DKFZp779H0156; ENSEMBL:ENSP00000344380
7H02I12.5H02I12.5n/achrIV 11,402,613
8T04A8.8T04A8.8n/achrIII 4,694,596contains similarity to Homo sapiens;Mus musculus;Rattus norvegicus;Bos taurus;Sus scrofa Ubiquitin-like protein SMT3B (Sentrin 2) (HSMT3).; SW:SM32_HUMAN
9zif-1F59B2.6n/achrIII 9,003,725zif-1 encodes a SOCS-box protein that promotes establishment of the germ line by targetting germline proteins for cullin-dependent degradation in non-germline (somatic) cells; ZIF-1 binds germline CCCH-(zinc)-finger proteins and the E3 ubiquitin ligase subunit elongin C (ELC-1); while ZIF-1 has no obvious homologs, it may be analogous to the Drosophila SOCS-box protein GUSTAVUS, which is required for VASA localization to the germline and which does have mammalian homologs.
10T05B9.1T05B9.1n/achrII 11,260,588contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
11hus-1H26D21.1n/achrI 3,698,705hus-1 encodes the C. elegans ortholog of the Schizosaccharomyces pombe Hus1 DNA damage checkpoint protein; in C. elegans, hus-1 activity is required for DNA damage-induced cell cycle arrest and apoptosis, telomere maintenance, and hence, genome stability and development; specifically, hus-1 is required for the CEP-1/p53-dependent increase in germline egl-1 expression following irradiation; a HUS-1::GFP fusion protein is detected in the nuclei of mitotic and meiotic germ cells, mature oocytes, embryos, and somatic larval cells, particularly those that are proliferating; while HUS-1 localization is generally diffuse throughout these nuclei, following irradiation, HUS-1 localizes to discrete foci that overlap with chromatin; HUS-1 nuclear localization is dependent upon the Rad9 homologue HPR-9 and upon the checkpoint protein MRT-2, with which it interacts in yeast two-hybrid and in vitro assays.
12rmd-1T05G5.7n/achrIII 9,759,548C. elegans RMD-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical)
13klp-15M01E11.6n/achrI 5,578,180C. elegans KLP-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00225 Kinesin motor domain contains similarity to Interpro domain IPR001752 (Kinesin, motor region)
14hmg-3C32F10.5n/achrI 5,816,902C. elegans HMG-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00505 (HMG (high mobility group) box) , PF08512 (Histone chaperone Rttp106-like) , PF03531 (Structure-specific recognition protein (SSRP1)) contains similarity to Interpro domains IPR013719 (Region of unknown function DUF1747, eukaryote), IPR000969 (Structure-specific recognition protein), IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG), IPR000135 (High mobility group box, HMG1/HMG2, subgroup)
15C36B1.11C36B1.11n/achrI 8,756,734contains similarity to Interpro domain IPR001576 (Phosphoglycerate kinase)
16cpar-1F54C8.2n/achrIII 9,434,486cpar-1 encodes one of two C. elegans proteins homologous to the inner kinetochore histone H3 variant CENP-A (the other is encoded by hcp-3); loss of cpar-1 and hcp-3 activity via RNAi results in mitotic chromosome segregation defects, but no significant defects in meiotic chromosome segregation; when expressed in the germline using the pie-1 promoter, a CPAR-1::GFP fusion protein localizes to meiotic chromosomes during late prophase/prometaphase of meiosis I, but is not seen on chromosomes during meiosis II.
17C48B4.6C48B4.6n/achrIII 9,557,903contains similarity to Plateumaris constricticollis toyamensis Cytochrome oxidase subunit I (Fragment).; TR:Q85QH2
18B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
19cyp-31A2H02I12.8n/achrIV 11,404,949cyp-31A2 encodes a class 4 cytochrome P450 predicted to hydroxylate polyunsaturated fats (PUFAs); CYP-31A2 is required for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; cyp-31A2(RNAi) hermaphrodites are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them; in mammalian eicosanoid signalling, class 4 cytochrome P450 is required for the omega hydroxylation of PUFAs, prostaglandins, and leukotrienes.
20F31C3.5F31C3.5n/achrI 15,053,308contains similarity to Pfam domain PF04128 Partner of SLD five, PSF2 contains similarity to Interpro domains IPR016906 (GINS complex, PSF2 component, subgroup), IPR007257 (GINS complex, Psf2 component)
21skr-17C06A8.4n/achrII 7,784,177skr-17 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-17 has no known function in vivo, since skr-17(RNAi) animals are at least superficially normal, and SKR-17 does not appear to interact in vitro with any of the C. elegans cullin homologs.
22F57C9.3F57C9.3n/achrI 4,838,180
23C14B1.9C14B1.9n/achrIII 3,725,339contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000307805
24dhs-5F56D1.5n/achrII 5,454,878dhs-5 encodes a possible steroid dehydrogenase; DHS-5 generally resembles short chain-type alcohol/other dehydrogenases, but has two predicted N-terminal transmembrane sequences, and its closest relatives in vertebrates are known or putative steroid dehydrogenases such as hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 12 from mouse (also known as KIK-I or DHBK_MOUSE).
25F52B5.2F52B5.2n/achrI 8,317,068contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
26nasp-2C50B6.2n/achrV 13,311,278C. elegans NASP-2 protein ; contains similarity to Halocynthia roretzi Protein HGV2.; SW:Q02508
27C16C8.4C16C8.4n/achrII 3,443,969contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
28C27D9.1C27D9.1n/achrII 4,754,512contains similarity to Pfam domain PF06542 Protein of unknown function (DUF1114) contains similarity to Interpro domain IPR009497 (Protein of unknown function DUF1114)
29R09B3.2R09B3.2n/achrI 11,909,721contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
30H02I12.1H02I12.1n/achrIV 11,375,266H02I12.1 encodes a large (1319-residue) protein with 12 chitin-binding peritrophin-A domains; H02I12.1(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, perhaps because of defects in chitin and eggshell synthesis; like CEJ-1 and CPG-2, H02I12.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; H02I12.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
31C30F12.4C30F12.4n/achrI 6,972,971contains similarity to Triticum aestivum Gamma-gliadin precursor.; SW:P08453
32B0035.3B0035.3n/achrIV 11,314,534contains similarity to Pfam domain PF01661 Macro domain contains similarity to Interpro domain IPR002589 (Appr-1-p processing)
33zyg-11C08B11.1n/achrII 8,019,153zyg-11 encodes a protein containing four diverged leucine-rich repeats and an armadillo-like helical domain and is conserved in metazoa, but not found in Drosophila; during development, ZYG-11 functions as the substrate-recognition subunit for a CUL-2-based ubiquitin-ligase complex that is required for a number of biological processes including progression through meiotic anaphase II, mitotic chromosome condensation, and establishment of anterior/posterior polarity in the early embryo; ZYG-11 interacts with CUL-2 in vivo and with ELC-1/elongin C in vitro.
34C16C8.16C16C8.16n/achrII 3,447,247contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
35F43G9.4F43G9.4n/achrI 8,611,732contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.03a.; TR:Q8IHI9
36plk-3F55G1.8n/achrIV 7,472,120C. elegans PLK-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00659 (POLO box duplicated region) (2), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR017450 (POLO box), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000959 (POLO box duplicated region)
37fem-3C01F6.4n/achrIV 9,106,267fem-3 encodes a novel protein that promotes male development in all tissues.
38C48B4.9C48B4.9n/achrIII 9,562,829contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein (At1g32400/F5D14_22) (Tobamovirus multiplications2A).; TR:Q9C5W7
39nos-1R03D7.7n/achrII 10,952,444nos-1 encodes an putative RNA-binding protein that contains a zinc-binding motif homologous to that of Drosophila Nanos, a posterior-group protein required for embryonic patterning and primordial germ cell development; in C. elegans, NOS-1 is required redundantly with NOS-2, a second Nanos homolog, for maintenance of germ cell viability during postembryonic development and for preventing primordial germ cells from dividing in the absence of food; nos-1 mRNA is expressed dynamically in the embryo, with early expression seen throughout the embryo and later expression restricted solely to germline blastomeres; nos-1 mRNA becomes undetectable after the 200-cell stage, but reappears later at the 550-cell stage; NOS-1 protein is not detectable in germline blastomeres until the 550-cell stage, suggesting that NOS-1 might actually function zygotically in germline specification.
40T23D8.7T23D8.7n/achrI 9,991,647contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF08699 (Domain of unknown function (DUF1785)) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR014811 (Region of unknown function DUF1785), IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
41skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
42T24D1.3T24D1.3n/achrI 9,959,459contains similarity to Interpro domain IPR001841 (Zinc finger, RING-type)
43C16C10.3C16C10.3n/achrIII 4,174,219contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
44C27C12.3C27C12.3n/achrX 14,864,682C27C12.3 encodes a novel protein that is conserved in C. elegans; three other genes related to C27C12.3 are present in tandem on the X chromosome; in situ hybridization studies indicate that C27C12.3 mRNA is expressed in the proximal germline.
45btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
46Y53C12A.6Y53C12A.6n/achrII 9,717,654contains similarity to Bacteriophage RB69 Hypothetical protein RB69ORF024c.; TR:Q7Y5B4
47rnh-1.2ZK938.7n/achrII 9,840,817C. elegans RNH-1.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF00075 (RNase H) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
48C34G6.5C34G6.5n/achrI 5,873,231contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
49C16C8.12C16C8.12n/achrII 3,453,161
50ZK1128.4ZK1128.4n/achrIII 10,119,727contains similarity to Pfam domain PF03850 Transcription factor Tfb4 contains similarity to Interpro domain IPR004600 (Transcription factor Tfb4)