UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1him-10R12B2.40chrIII 5,804,132him-10 encodes a coiled coil protein that is structurally related to the Nuf2 kinetochore proteins of Schizosaccharaomyces pombe, Saccharomyces cerevisiae, and humans; in C. elegans, him-10 activity is essential for the proper structure and function of mitotic and meiotic kinetochores and thus, for proper attachment and segregation of chromosomes during mitosis and meiosis; during mitosis, HIM-10 localizes to the kinetochore region of the kinetochore-centromere complex from prophase to anaphase; during oocytes meiosis, HIM-10 surrounds chromosomes in diakinesis and prometaphase of meiosis I and meiosis II, while during male meiosis, HIM-10 surrounds spermatocyte chromosomes during metaphase I, anaphase I, and metaphase II.
2lin-35C32F10.2n/achrI 5,811,676lin-35 encodes the C. elegans retinoblastoma protein (Rb) ortholog; lin-35 was first identified in screens for synthetic multivulva (synMuv) genes and as a class B synMuv gene, functions redundantly with class A genes to antagonize Ras signaling and negatively regulate vulval development; in addition, lin-35 activity is required redundantly with: 1) pha-1 and ubc-18 for early steps in pharyngeal morphogenesis, 2) fzr-1 for normal patterns of postembryonic proliferation, 3) xnp-1 for somatic gonad development, and 4) psa-1 for fertility and embryonic and larval development; on its own, lin-35 is also required for wild-type levels of fertility; LIN-35 is expressed broadly in embryos and L1 larvae, but in later larvae and adults is detected in vulval precursor cells and their descendants as well as a subset of head and tail cells.
3K06H7.1K06H7.1n/achrIII 8,099,908
4rpb-3C36B1.3n/achrI 8,729,359C. elegans RPB-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF01000 (RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain) , PF01193 (RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain) contains similarity to Interpro domains IPR011263 (DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type), IPR011262 (DNA-directed RNA polymerase, insert), IPR011261 (DNA-directed RNA polymerase, dimerisation)
5tag-298C01H6.7n/achrI 7,226,247C. elegans TAG-298 protein; contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domain IPR001487 (Bromodomain)
6mdt-27T18H9.6n/achrV 9,210,879C. elegans MDT-27 protein; contains similarity to Interpro domain IPR003983 (Leukotriene B4 type 1 receptor)
7pri-1F58A4.4n/achrIII 9,613,184pri-1 encodes a homolog of the DNA polymerase alpha-primase subunit D that is required in embryos for the normal timing of embryonic cell divisions, much as DIV-1 is.
8F10G2.4F10G2.4n/achrV 7,327,473
9unc-71Y37D8A.13n/achrIII 12,886,268unc-71 encodes an ADAM, a disintegrin and metalloprotease-containing transmembrane protein that is a member of the metzincin superfamily of proteases; UNC-71 is required non-cell autonomously for motor axon guidance and sex myoblast migration; UNC-71 does not appear to have an active metalloprotease domain, but functions with UNC-6/netrin and integrins INA-1/PAT-3 to provide guidance cues during axonal migration; UNC-71 is expressed in a restricted pattern in the excretory and excretory gland cells, some head neurons, the sphincter muscles, and hypodermal cells surrounding the vulva.
10brf-1F45E12.2n/achrII 7,307,210brf-1 encodes an ortholog of mammalian B-RELATED FACTOR (also known as BRF, TDS4, PCF4, or hTFIIIB90); BRF is thought to act as a molecular bridge between TATA-binding protein (TBP) associated factors that functions in TFIIIB (RNA polymerase III associated transcription factors).
11R10D12.12R10D12.12n/achrV 13,961,624contains similarity to Pfam domain PF04101 Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
12brc-1C36A4.8n/achrIII 3,858,030brc-1 encodes an ortholog of human BRCA1 (OMIM:113705, mutated in early onset breast and ovarian cancer) required for double-strand break repair via inter-sister recombination during meiosis; BRC-1 forms a heterodimer with BRD-1, which constitutes an E3 ubiquitin ligase; after irradiation, the DNA checkpoint proteins ATL-1 and MRE-11 are required for BRC-1/BRD-1 heterodimers to associate with RAD-51 and LET-70/Ubc5, and to ubiquitylate damaged chromatin; brc-1(RNAi) animals have excess chromosomal nondisjunction, abnormally high levels of CEP-1-dependent germ cell apoptosis (both with and without gamma-irradiation) and hypersensitivity to gamma-irradiation (e.g., abnormal sterility after irradiation); BRC-1 and BRD-1 bind one another, probably through their N-terminal RING domains, in yeast two-hybrid experiments and pull-down assays; BRC-1/BRD-1 heterodimers may interact with RAD-51 and other proteins via mutual binding to UBC-9; brc-1 is genetically dispensable for the induction of nuclear ATL-1 foci by gamma-irradiation or hydroxyurea.
13F59E12.11F59E12.11n/achrII 5,648,707contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Loss of heterozygosity 12 chromosomal region 1 protein; ENSEMBL:ENSP00000321546
14Y4C6B.1Y4C6B.1n/achrIV 5,355,504contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
15C05C8.6C05C8.6n/achrV 7,236,014contains similarity to Pfam domains PF07707 (BTB And C-terminal Kelch) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR011705 (BTB/Kelch-associated), IPR013089 (Kelch related)
16mcm-3C25D7.6n/achrV 15,058,134mcm-3 encodes a member of the MCM2/3/5 family with similarity to human DNA replication licensing factor, MCM3, and affects embryonic viability.
17aly-2F23B2.6n/achrIV 9,148,006aly-2 encodes an RRM motif-containing protein required for normal export of TRA-1/tra-2 mRNA complexes, and thus for normal hermaphroditism; ALY-2 is orthologous to human THOC4 (OMIM:604171), and paralogous to ALY-1 and ALY-3; in the absence of TRA-1, and in conjunction with NXF-1, ALY-2 and its paralog ALY-1 are required to bind the TRE 3' UTR element of tra-2 mRNA, and block tra-2 mRNA's export from the nucleus; aly-2(RNAi) animals have abnormal female (as opposed to hermaphrodite) sexual phenotypes; by orthology, ALY-2 is thought to promote recruitment of mRNA export factor to mRNAs; other than these sex-determination phenotypes, ALY-2 has no grossly obvious function in four-way RNAi assays of ALY-1/-3 and W04D2.6.
18tag-216K08F9.2n/achrV 15,135,533C. elegans TAG-216 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
19lin-46R186.4n/achrV 12,969,772lin-46 encodes one of two C. elegans paralogs of bacterial MoeA proteins and mammalian gephyrins (E domain, only); LIN-46 is predicted to function as a scaffolding protein for a developmental timing complex, and may also play a role in molybdenum cofactor biosynthesis; identified in screens for suppressors of precocious heterochronic mutations in lin-14 and lin-28, lin-46 is required for stage-specific developmental events at the third larval and adult stages of development; as a component of the heterochronic pathway, lin-46 appears to act immediately downstream of lin-28, which encodes a predicted RNA binding protein required for cell fate specification at the L2 stage; a LIN-46:GFP fusion protein is detected in the cytoplasm and non-nucleolar part of the nucleus of ventral and lateral hypodermal cells around the time of the larval molts; in addition, the LIN-46 fusion protein is detected in cell bodies and axons of the AVBL/R motor interneurons.
20Y106G6D.7Y106G6D.7n/achrI 10,126,327contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
21cup-2F25D7.1n/achrI 10,399,657The primary phenotype of cup-2 animals is an accumulation of secreted GFP in the pseudocoelom, suggesting a decrease in, or the absence of, endocytosis in coelomocytes.
22W04D2.4W04D2.4n/achrV 12,496,219contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
23polh-1F53A3.2n/achrIII 1,947,677polh-1 encodes a putative DNA polymerase eta orthologous to human POLH (OMIM:603968, mutated in xeroderma pigmentosum); POLH-1 promotes lagging-strand synthesis through G/C rich sequences, is required for normal resistance to UV-induced mutagenesis in early embryos, and suppresses the damage-induced DNA replication checkpoint in embryos; polh-1(RNAi) enhances the mutator phenotype of dog-1(gk10) 2.3-fold.
24xpg-1F57B10.6n/achrI 6,560,500F57B10.6 is orthologous to the human gene EXCISION REPAIR CROSS-COMPLEMENTING RODENT REPAIR DEFICIENCY, COMPLEMENTATION GROUP 5 (XERODERMA PIGMENTOSUM, COMPLEMENTATION GROUP G (COCKAYNE SYNDROME)) (ERCC5; OMIM:133530), which when mutated leads to disease.
25ekl-6T16G12.5n/achrIII 10,066,125C. elegans EKL-6 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
26W04B5.5W04B5.5n/achrIII 2,414,713The W04B5.5 gene encodes a phospholipid-independent AKT/PKB kinase.
27H21P03.2H21P03.2n/achrIV 11,481,604contains similarity to Pfam domain PF08743 Nse4 contains similarity to Interpro domain IPR014854 (Nse4)
28nasp-1C09H10.6n/achrII 11,107,270C. elegans NASP-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR013026 (Tetratricopeptide region)
29K04G7.1K04G7.1n/achrIII 7,163,752
30met-2R05D3.11n/achrIII 8,377,993C. elegans MET-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF05033 (Pre-SET motif) , PF00856 (SET domain) , PF01429 (Methyl-CpG binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR001214 (SET), IPR003616 (Post-SET zinc-binding region), IPR003606 (Pre-SET zinc-binding sub-group), IPR001739 (Methyl-CpG DNA binding), IPR007728 (Pre-SET zinc-binding region)
31F40G9.2F40G9.2n/achrIII 191,482contains similarity to Pfam domain PF05051 Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) contains similarity to Interpro domain IPR007745 (Cytochrome C oxidase copper chaperone)
32F32E10.5F32E10.5n/achrIV 7,576,352contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002011 (Receptor tyrosine kinase, class II, conserved site), IPR002999 (Tudor)
33F25B3.6F25B3.6n/achrV 9,581,315contains similarity to Pfam domain PF03126 Plus-3 domain contains similarity to Interpro domain IPR004343 (Plus-3)
34let-99K08E7.3n/achrIV 12,569,200let-99 encodes a protein with a DEP domain (Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin); LET-99 has no obvious homologs in non-nematodes, but has a truncated paralog (LRG-1) in C. elegans; LET-99 is required for the mitotic spindle to be properly oriented with respect to the axis of cellular polarity, both during anterior migration and rotation of the nuclear-centrosome complex and during anaphase; let-99 mutants exhibit hyperactive nuclear movement and abnormal anaphase spindle pole behavior; LET-99 is mislocalized in par-2 and par-3 mutants; like other proteins containing DEP domains, LET-99 may act as part of a G protein signalling pathway (e.g., the one controlling spindle position).
35dpl-1T23G7.1n/achrII 9,171,156dpl-1 encodes the C. elegans ortholog of mammalian DP, the E2F-heterodimerization partner; dpl-1 is a class B synMuv gene whose activity is required for oogenesis as well as embryonic asymmetry and vulval development; in addition, dpl-1 acts with a subset of class B synMuv genes and the MCD-1 zinc-finger protein to promote the killing process during programmed cell death; DPL-1 is a nuclear protein that is widely expressed throughout development in both somatic and germ cell lineages.
36mrp-4F21G4.2n/achrX 9,886,947mrp-4 encodes a putative member of subfamily C of the ATP-binding cassette transporters; MRP-4 is required, redundantly with its paralog WHT-2, for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; hermaphrodites subjected to double wht-2(RNAi) mrp-4(RNAi) are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them; in mammalian eicosanoid signalling, subfamily C ABC transporters are required for PUFA and eicosanoid transport.
37T24C4.7T24C4.7n/achrIII 893,471contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
38rpa-1F18A1.5n/achrII 7,665,772rpa-1 encodes the C. elegans ortholog of the replication protein A (RPA) large subunit; by homology, RPA-1 is predicted to function as a DNA-binding and oligonucleotide oligosaccharide-binding (OB) protein that is required for DNA replication, repair, and recombination; large-scale RNAi screens indicate that rpa-1 is essential for embryonic development, and that in yeast two-hybrid assays interacts with the product of M04F3.1, the RPA medium subunit; in situ hybridization studies indicate that rpa-1 transcripts are expressed in germ cells.
39C14C11.4C14C11.4n/achrV 5,649,282contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003366 (CUB-like region)
40F10G2.2F10G2.2n/achrV 7,331,479
41ZK1248.11ZK1248.11n/achrII 5,828,127contains similarity to Xenopus laevis E3 SUMO-protein ligase NSE2 (EC 6.-.-.-) (Non-structural maintenancesof chromosomes element 2 homolog) (Non-SMC element 2 homolog).; SW:Q7ZXH2
42zfp-2F35H8.3n/achrII 9,558,501zfp-2 encodes a zinc-finger transcription factor; loss of zfp-2 and lin-35/Rb results in almost complete sterility accompanied by defects in somatic gonad development and vulval morphology, as well as polyploidization of somatic cell nuclei; loss of zfp-2 activity by itself reveals that zfp-2 is also required for cosuppression, inhibition of RNAi of some genes, and wild-type levels of expression of a rol-6 extrachromosomal array; a zfp-2::GFP promoter fusion construct is expressed in vulval cells and all somatic gonad structures, such as the spermatheca, sheath cells, uterine cells and distal tip cells (DTCs).
43fsn-1C26E6.5n/achrIII 4,938,358This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins
44W04A8.6W04A8.6n/achrI 13,856,302contains similarity to Interpro domain IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
45F52C12.1F52C12.1n/achrIV 1,961,538contains similarity to Pfam domain PF06087 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase contains similarity to Interpro domains IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR010347 (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase)
46F30A10.3F30A10.3n/achrI 9,493,712contains similarity to Pfam domain PF03770 Inositol polyphosphate kinase contains similarity to Interpro domain IPR005522 (Inositol polyphosphate kinase)
47F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
48agt-2F09E5.13n/achrII 5,372,696agt-2 encodes a paralog of the DNA repair enzyme O6-Alkylguanine DNA-alkyltransferase (AGT); AGT-2 has AGT biochemical activity and is expressed at all developmental stages.
49F55C5.4F55C5.4n/achrV 12,273,750contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
50K08F9.4K08F9.4n/achrV 15,145,223contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Essential protein with a highly acidic N-terminal domain; IFH1 exhibits genetic interactions with FHL1, overexpression interferes with silencing at telomeres and HM loci; potential Cdc28p substrate; SGD:YLR223C