UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R10H10.6R10H10.65e-65chrIV 10,409,131contains similarity to Pfam domain PF01687 Riboflavin kinase contains similarity to Interpro domain IPR015865 (Riboflavin kinase)
2nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3gst-44F13A7.10n/achrV 16,391,643gst-44 encodes a putative omega-class glutathione transferase (GST; EC 2.5.1.18) which, like its paralog GSTO-1, might have thiol oxidoreductase and dehydroascorbate reductase activity; GST-44 is expressed in excretory cell cytoplasm; other GST-44 paralogs include C02D5.3 and K10F12.4; GST-44 has no obvious function in mass RNAi assays.
4F36F12.4F36F12.4n/achrV 2,089,002contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
5lin-24B0001.1n/achrIV 12,132,269lin-24 was identified in screens for mutations that result in altered vulval cell lineages; lin-24 is defined by two alleles, the first of which, a partially dominant mutation, generally results in vulvaless animals, while the second, a non-null amber mutation that is also partially dominant, results in wild-type animals when homozygous, but vulvaless animals when heterozygous with a wild-type allele; morphological examination of lin-24 animals indicates that some of the Pn.p cells that normally make up the vulva undergo inappropriate cell death that is dependent upon the ced-2, ced-5, and ced-10 engulfment genes, but not on the ced-3 and ced-4 killing genes; the precise molecular identity of lin-24 has not yet been reported.
6Y54G9A.5Y54G9A.5n/achrII 13,723,894
7str-134C05E4.6n/achrV 744,563C. elegans STR-134 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8F37D6.3F37D6.3n/achrI 10,487,009contains similarity to Interpro domain IPR002004 (Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein)
9C26D10.3C26D10.3n/achrII 8,327,460contains similarity to Pfam domain PF07992 Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
10srh-104F21H7.7n/achrV 16,243,471C. elegans SRH-104 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
12nhr-231Y17D7B.1n/achrV 18,792,886C. elegans NHR-231 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
13C24H12.2C24H12.2n/achrII 437,796
14VF39H2L.1VF39H2L.1n/achrI 8,645,323contains similarity to Pfam domain PF05739 SNARE domain contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
15K09D9.12K09D9.12n/achrV 4,003,740
16srt-70B0238.6n/achrV 5,258,776C. elegans SRT-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17C15A7.2C15A7.2n/achrX 12,072,281contains similarity to Xenopus laevis Transmembrane protein 145.; SW:Q5U239
18C27F2.5C27F2.5n/achrIII 4,961,124C27F2.5 encodes the C. elegans ortholog of the conserved vacuolar protein sorting protein EAP30/SNF8/VPS22; by homology, the product of C27F2.5 is predicted to be a component of an ESCRT-II complex (Endosomal Sorting Complex Required for Transport) that functions in endosomal transport.
19F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
20let-60ZK792.6n/achrIV 11,689,627let-60 encodes a member of the GTP-binding RAS protooncogene family; let-60 activity is required for viability, vulval development, spicule development, germ line meiotic progression, posterior development of the hypodermis, chemotaxis, sex myoblast migration, and muscle membrane extension; let-60 acts genetically downstream of let-23 with respect to vulval development and upstream of the MAPK pathway with respect to chemotaxis; let-60 is expressed in neural, muscle, and hypodermal lineages.
21skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
22ceh-5C16C2.1n/achrI 9,727,604ceh-5 encodes a homeodomain protein, similar to the human VENTRAL ANTERIOR HOMEO BOX 2 gene (VAX2; OMIM:604295); CEH-5 is dispensable for viability and gross morphology.
23Y52B11A.9Y52B11A.9n/achrI 11,036,452contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR005824 (KOW), IPR002358 (Ribosomal protein L6, conserved site-1), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
24sra-31C56C10.5n/achrII 6,577,792C. elegans SRA-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
25Y51A2A.5Y51A2A.5n/achrV 18,299,724contains similarity to Saccharomyces cerevisiae transcription factor tau (TFIIIC) subunit 95; SGD:YBR123C
26H25P19.1H25P19.1n/achrV 688,859
27M01E5.1M01E5.1n/achrI 13,275,251contains similarity to Ichthyophthirius multifiliis Immobilization antigen isoform.; TR:Q9BMH3
28srbc-70F30B5.6n/achrIV 4,227,430C. elegans SRBC-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
29C45G9.2C45G9.2n/achrIII 5,069,704contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR003733 (Thiamine monophosphate synthase), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
30T05A8.6T05A8.6n/achrII 2,739,156contains similarity to Xenopus laevis Integumentary mucin C.1 (FIM-C.1) (Fragment).; SW:Q05049
31C01H6.9C01H6.9n/achrI 7,231,276C01H6.9 encodes a homolog of haploid germ cell-specific nuclear protein kinase (haspin) that specifically binds GOA-1 in yeast two-hybrid assays; C01H6.9 is expressed in PHB sensory neurons and PVT interneurons in the tail, several unidentified neurons in the head (with projections to the nose and nerve ring), and intestinal cells, with mainly nuclear localization; C01H6.9 has no obvious function or phenotype in RNAi assays, either alone or with inactivation of a close paralog (F22H10.5).
32C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
33srgp-1F12F6.5n/achrIV 11,574,575C. elegans SRGP-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00611 (Fes/CIP4 homology domain) contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000198 (RhoGAP)
34str-228C07G3.5n/achrV 3,511,106C. elegans STR-228 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35nhr-189F47C10.8n/achrV 3,859,413C. elegans NHR-189 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
36F44F1.4F44F1.4n/achrI 13,264,689contains similarity to Sulfolobus solfataricus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q97WH0
37T09E11.1T09E11.1n/achrI 12,338,593contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
38Y116A8C.40Y116A8C.40n/achrIV 17,147,619contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39C06E4.4C06E4.4n/achrIV 7,259,079contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
40C14F11.2C14F11.2n/achrX 6,211,298contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (6), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
41srd-68F09C6.7n/achrV 16,901,990C. elegans SRD-68 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42F41C6.2F41C6.2n/achrX 6,870,966
43his-12ZK131.6n/achrII 13,821,298his-12 encodes an H2A histone; his-12 is contained within the histone gene cluster HIS3.
44C16C2.4C16C2.4n/achrI 9,714,017contains similarity to Pfam domain PF03909 BSD domain contains similarity to Interpro domain IPR005607 (BSD)
45ina-1F54G8.3n/achrIII 9,170,331ina-1 encodes one of two C. elegans alpha integrin subunits; during development, ina-1 activity is required for migration of a number of cell types, including neurons, coelomocyte precursors, and the distal tip cells of the somatic gonad; in addition, ina-1 is required for axon fasciculation and morphogenesis of structures such as the head, pharynx, egg-laying apparatus, and male tail; INA-1 coimmunoprecipitates with the PAT-3 beta integrin subunit suggesting that, in vivo, INA-1 and PAT-3 function as a heterodimer to regulate cell migration and tissue morphogenesis; INA-1 is expressed in many tissues, including neurons, the gonad, and the pharyngeal basement membrane; expression begins during gastrulation and continues through to adulthood.
46Y66A7A.3Y66A7A.3n/achrIII 11,480,163contains similarity to Interpro domain IPR009058 ()
47F26F4.6F26F4.6n/achrIII 4,892,477contains similarity to Homo sapiens Similar to Suppressor protein SRP40; VG:OTTHUMP00000170311
48str-125T05E12.1n/achrV 17,075,114C. elegans STR-125 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49B0302.5B0302.5n/achrX 17,194,125
50C06A5.4C06A5.4n/achrI 5,981,191contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)