UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R10E4.9R10E4.92.0000000000000001e-106chrIII 4,302,001contains similarity to Pfam domain PF04387 Protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLA contains similarity to Interpro domain IPR007482 (Protein-tyrosine phosphatase-like, PTPLA)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3his-30F35H10.1n/achrIV 8,331,839his-30 encodes an H2A histone; by homology, HIS-30 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-30 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
4his-61F55G1.10n/achrIV 7,485,966his-61 encodes an H2A histone.
5his-57F54E12.5n/achrIV 11,340,574his-57 encodes an H2A histone.
6his-33F17E9.13n/achrIV 8,335,508his-33 encodes an H2A histone; by homology, HIS-33 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-33 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
7M195.2M195.2n/achrII 8,362,076contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat
8C56C10.4C56C10.4n/achrII 6,583,720contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
9M05B5.2M05B5.2n/achrI 7,173,298contains similarity to Mus musculus Hypothetical protein.; TR:Q8BQG5
10F39E9.7F39E9.7n/achrII 3,306,570contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
11T17H7.7T17H7.7n/achrIII 756,721
12R09D1.12R09D1.12n/achrII 9,451,202contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
13gpdh-1F47G4.3n/achrI 14,077,014gpdh-1 encodes one of two C. elegans glycerol 3-phosphate dehydrogenases; although loss of gpdh-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious defects, gpdh-1 mRNA expression is upregulated in response to hypertonicity, suggesting that GPDH-1 does play a role in osmotic stress adaptation in C. elegans.
14F22G12.4F22G12.4n/achrI 13,157,287contains similarity to Pfam domains PF01363 (FYVE zinc finger) , PF00023 (Ankyrin repeat) (17)contains similarity to Interpro domains IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
15T01D1.3T01D1.3n/achrII 175,055
16F17C11.1F17C11.1n/achrV 10,942,089contains similarity to Methanosarcina mazei Conserved protein.; TR:Q8PT55
17W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
18C42D4.2C42D4.2n/achrIV 7,181,781contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
19T24C12.4T24C12.4n/achrX 2,204,550
20T06D8.10T06D8.10n/achrII 11,244,135contains similarity to Pfam domain PF03098 Animal haem peroxidase contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR001007 (von Willebrand factor, type C)
21F47G9.3F47G9.3n/achrV 11,315,117contains similarity to Pfam domains PF00100 (Zona pellucida-like domain) , PF00024 (PAN domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
22K09F6.8K09F6.8n/achrII 2,295,399
23R74.2R74.2n/achrIII 4,188,552contains similarity to Interpro domains IPR008376 (Synembryn), IPR002952 (Eggshell protein)
24C09F9.2C09F9.2n/achrII 14,708,961contains similarity to Pfam domains PF01390 (SEA domain) , PF01826 (Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain) (3), PF07974 (EGF-like domain) , PF03351 (DOMON domain) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR005018 (DOMON related), IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR000082 (SEA), IPR008960 (Carbohydrate-binding family 9/cellobiose dehydrogenase, cytochrome), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013050 (DOMON)
25his-43F08G2.2n/achrII 13,827,426his-43 encodes an H2A histone.
26C27A2.5C27A2.5n/achrII 5,069,164contains similarity to Interpro domains IPR000006 (Metallothionein, vertebrate), IPR002952 (Eggshell protein), IPR006081 (Alpha defensin), IPR001396 (Echinodermata metallothionein, family 4), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
27C36B7.6C36B7.6n/achrX 7,098,999contains similarity to Pfam domain PF05602 Cleft lip and palate transmembrane protein 1 (CLPTM1) contains similarity to Interpro domain IPR008429 (Cleft lip and palate transmembrane 1)
28T07C4.10T07C4.10n/achrIII 10,323,248contains similarity to Interpro domains IPR002957 (Keratin, type I), IPR000533 (Tropomyosin), IPR009053 (Prefoldin)
29T21C9.9T21C9.9n/achrV 10,591,537contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
30C28H8.4C28H8.4n/achrIII 5,907,687contains similarity to Pfam domain PF00810 ER lumen protein retaining receptor contains similarity to Interpro domain IPR000133 (ER lumen protein retaining receptor)
31T06E4.8T06E4.8n/achrV 9,622,529contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
32C08F11.7C08F11.7n/achrIV 13,637,874contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domains IPR006570 (SPK), IPR002398 (Peptidase C14, caspase precursor p45)
33F59F4.3F59F4.3n/achrX 15,844,928contains similarity to Interpro domain IPR002038 (Osteopontin)
34ZK488.6ZK488.6n/achrV 591,473contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
35C06G1.2C06G1.2n/achrX 16,622,192contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG31439-PA;; FLYBASE:CG31439
36K08B5.1K08B5.1n/achrX 16,560,293
37ugt-25C10H11.3n/achrI 4,733,442C. elegans UGT-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
38clx-1C50F7.2n/achrIV 7,735,511clx-1 encodes a protein that contains 23 copies of a 15 amino acid repeat, possibly derived from a collagen triplet; there is no transcript evidence for this locus.
39K09C4.10K09C4.10n/achrX 3,278,116contains similarity to Staphylococcus aureus Serine-rich adhesin for platelets precursor (Staphylococcus aureusssurface protein A).; SW:Q7A362
40rab-11.1F53G12.1n/achrI 109,369rab-11.1 encodes a small GTPase homologous to the Rab GTPases that function in endocytosis, membrane fusion, and vesicular trafficking events; RAB-11.1 activity is required for completion of the final stages of cytokinesis during early embryogenesis and for efficient uptake of yolk proteins during oocyte development; RAB-11.1 is also required for normal peripheral localization of nuclei in the synctial germ cell in the ovary.
41K02G10.5K02G10.5n/achrX 4,689,524contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF03137 (Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family) contains similarity to Interpro domains IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
42F53C11.3F53C11.3n/achrV 13,783,418contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR000507 (Adrenergic receptor, beta 1), IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
43T20D4.4T20D4.4n/achrV 3,416,870contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
44T20G5.10T20G5.10n/achrIII 10,211,438contains similarity to Pfam domain PF06320 GCN5-like protein 1 (GCN5L1) contains similarity to Interpro domain IPR009395 (GCN5-like 1)
45dep-1F44G4.8n/achrII 9,012,700dep-1 encodes a class III receptor protein tyrosine phosphatase (R-PTP) orthologous to human R-PTPs such as PTPRJ/Dep-1 (mutated in epithelial cancers; OMIM:600925); DEP-1 is required, redundantly with LIP-1 and LET-60, and downstream of LIN-12, to promote secondary over primary vulval fate in the P5.p and P7.p lineages; DEP-1 is expressed in P5.p and P7.p lineages, and dep-1 acts cell-autonomously in these lineages; DEP-1 colocalizes with LET-23 in punctae, and binds LET-23 in vitro; DEP-1, with LIP-1, is also required for normal duct cell and excretory pore development; dep-1 mutations are wild-type in isolation, but have vulval phenotypes with added mutations in lin-15, lip-1, or let-60; DEP-1 laterally inhibits secondary vulval fates in parallel with LIN-12/Notch signalling; in primary (P5.p) vulval cells, LET-60/RAS-activated SUR-2 inhibits dep-1 and lin-12 expression; since RNAi of 125 out of 165 predicted C. elegans protein phosphatase genes fails to enhance lip-1 mutations, the LIP-1/DEP-1 interaction is likely to be highly specific.
46T05C12.4T05C12.4n/achrII 8,178,909contains similarity to Interpro domain IPR003566 (T-cell surface glycoprotein CD5)
47C56G2.15C56G2.15n/achrIII 6,367,144contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase), IPR008125 (Streptothricin acetyltransferase)
48F56D1.2F56D1.2n/achrII 5,476,416contains similarity to Pfam domain PF08357 SEFIR domain contains similarity to Interpro domain IPR013568 (SEFIR)
49K01D12.9K01D12.9n/achrV 12,404,277contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Nucleolar protein that binds nuclear localization sequences, required for pre-rRNA processing and ribosome biogenesis; SGD:YGR159C
50F41G3.3F41G3.3n/achrII 6,757,638