UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R09D1.6R09D1.60chrII 9,453,412contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
2fbxa-67T12B5.11n/achrIII 949,956This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
3srx-58C29F3.6n/achrV 15,353,194C. elegans SRX-58 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
4R151.1R151.1n/achrIII 7,218,656
5H22K11.3H22K11.3n/achrX 6,783,682contains similarity to Candida albicans Hyphally-regulated protein precursor.; SW:P46591
6C34C12.1C34C12.1n/achrIII 3,455,082contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
7F38A1.6F38A1.6n/achrIV 1,252,165
8K06H6.3K06H6.3n/achrV 582,674contains similarity to Pfam domain PF04142 Nucleotide-sugar transporter contains similarity to Interpro domains IPR004689 (UDP-galactose transporter), IPR007271 (Nucleotide-sugar transporter)
9K06H6.1K06H6.1n/achrV 588,891contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
10F58B6.1F58B6.1n/achrIII 1,114,111contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
11srh-185C50H11.7n/achrV 3,066,861C. elegans SRH-185 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR004090 (Chemotaxis methyl-accepting receptor)
12F25H9.1F25H9.1n/achrV 13,454,521contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
13C31B8.12C31B8.12n/achrV 2,926,103contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
14F54D8.6F54D8.6n/achrIII 5,104,430contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
15VC5.2VC5.2n/achrV 7,087,384contains similarity to Pfam domain PF00053 Laminin EGF-like (Domains III and V) contains similarity to Interpro domains IPR006056 (YjgF-like protein), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin)
16C32B5.9C32B5.9n/achrII 955,198
17C30F12.1C30F12.1n/achrI 6,957,790contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
18F52H2.6F52H2.6n/achrX 2,561,931F52H2.6 is orthologous to the human gene 3BETA-HYDROXYSTEROL DELTA 24 REDUCTASE (DHCR24; OMIM:606418), which when mutated leads to disease.
19gcy-34M04G12.3n/achrV 13,384,440gcy-34 encodes a predicted soluble guanylyl cyclase that is expressed in four candidate sensory neurons connected to the pseudocoelom, URXL, URXR, AQR, and PQR; as loss of gcy-34 activity via RNA-mediated interference does not result in any abnormalities, the precise role of GCY-34 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; GCY-34 expression in neurons connected to the pseudocoelom suggests, however, that GCY-34 may play a role in fluid homeostasis.
20ZK792.7ZK792.7n/achrIV 11,695,365contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domain IPR004843 (Metallophosphoesterase)
21Y39A1A.20Y39A1A.20n/achrIII 10,699,807
22fbxa-118M162.8n/achrV 19,772,016This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
23ire-1C41C4.4n/achrII 8,118,482ire-1 encodes a transmembrane serine/threonine protein kinase and site-specific endoribonuclease orthologous to Saccharomyces cerevisiae inositol-requiring 1 protein kinase (Ire1) and human endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1 (ERN1, OMIM:604033); IRE-1 is required for the unfolded protein response (UPR) that counteracts cellular stress induced by accumulation of unfolded proteins in the endoplasmic reticulum (ER); in response to ER stress, IRE-1 cleaves xbp-1 mRNA to produce transcriptionally active XBP-1 that positively regulates UPR gene expression in order to maintain ER homeostasis.
24F31A9.2F31A9.2n/achrX 1,795,240
25B0280.7B0280.7n/achrIII 7,111,015
26ugt-41F10D2.11n/achrV 7,162,312C. elegans UGT-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
27sru-3C33A12.11n/achrIV 9,497,224C. elegans SRU-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
28Y75B8A.14Y75B8A.14n/achrIII 12,217,589contains similarity to Pfam domain PF03029 Conserved hypothetical ATP binding protein contains similarity to Interpro domain IPR004130 (Protein of unknown function, ATP binding)
29skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
30C16B8.2C16B8.2n/achrX 3,963,843
31cgr-1T27A10.7n/achrX 3,598,867C. elegans CGR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
32clec-238Y102A5C.17n/achrV 16,952,706C. elegans CLEC-238 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
33F16D3.4F16D3.4n/achrI 8,366,932F16D3.4 encodes a putative beta-tubulin folding cofactor D, orthologous to human TBCD (OMIM:604649); in early embryos, F16D3.4 is required for normally rapid microtubule elongation; F16D3.4 may be a ligand and effector of the ARL2 ortholog EVL-20; F16D3.4 is expressed in larval and adult pharynx, intestine, and neurons; in mass RNAi assays, F16D3.4 is required for normal mitotic spindle elongation, embryonic and larval viability, fertility, locomotion, body shape, vulval development, and cuticular integrity.
34alh-10C54D1.4n/achrX 7,142,025C. elegans ALH-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
35rab-30Y45F3A.2n/achrIII 10,564,035rab-30 encodes a rab related protein of the Ras GTPase superfamily.
36C39E9.7C39E9.7n/achrIV 13,074,688contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
37sri-18Y22F5A.2n/achrV 10,259,578C. elegans SRI-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
38gro-1ZC395.6n/achrIII 5,266,087C. elegans GRO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01715 IPP transferase contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR002627 (tRNA isopentenyltransferase), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR011593 (Isopentenyl transferase-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
39ceh-23ZK652.5n/achrIII 7,840,469The ceh-23 gene encodes a homeodomain protein required for a specific differentiated trait of the thermosensory interneuron AIY.
40F59A3.1F59A3.1n/achrI 5,525,077F59A3.1 encodes one of two C. elegans carboxypeptidase D homologs; loss of F59A3.1 activity via large-scale RNAi screens in a sensitized, rrf-3 mutant background results in larval lethality, abnormal locomotion, and abnormal morphogenesis of the vulval epithelium resulting in rupture; high-throughput expression studies report F59A3.1 expression in the pharynx only.
41C32B5.13C32B5.13n/achrII 961,636contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
42R03G8.4R03G8.4n/achrX 13,102,677contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
43Y52B11A.7Y52B11A.7n/achrI 11,022,105contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR011050 (Pectin lyase fold/virulence factor), IPR002394 (Nicotinic acetylcholine receptor, N-terminal), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
44T12G3.4T12G3.4n/achrIV 12,049,069contains similarity to Pfam domain PF03088 Strictosidine synthase contains similarity to Interpro domains IPR004141 (Strictosidine synthase), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like)
45ugt-7C13D9.9n/achrV 4,998,788C. elegans UGT-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
46ZK1240.3ZK1240.3n/achrII 2,321,141contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
47C33D12.2C33D12.2n/achrX 3,043,877C33D12.2 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C52D10.12, M02F4.3, R04E5.2, and R13G10.4; by orthology with MAM3, C33D12.2 may participate in metal homoeostasis; C33D12.2 is expressed in intestine, body wall muscle, nervous system (including ventral and dorsal nerve cords and head neurons), and adult vulval muscle and reproductive system; C33D12.2, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; C33D12.2 has no obvious function in RNAi assays.
48srh-231C03G6.11n/achrV 7,351,540C. elegans SRH-231 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR003944 (Protease-activated receptor 4)
49T10B5.2T10B5.2n/achrV 1,849,449
50acl-10F55A11.5n/achrV 11,775,146C. elegans ACL-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01553 Acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002123 (Phospholipid/glycerol acyltransferase)