UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1R09D1.12R09D1.120chrII 9,451,202contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3cyk-4K08E3.6n/achrIII 13,769,892cyk-4 encodes a GTPase activating protein (GAP) for the Rho family of GTPases that, together with ZEN-4, is sufficient to promote the formation of the large bundles of microtubules that form the central spindle during anaphase, and is required for fertility and coordinated locomotion postembryonically; localizes to the central spindle during anaphase interdependently with ZEN-4, and interacts with ZEN-4 in vitro and in vivo.
4top-2K12D12.1n/achrII 11,877,788C. elegans TOP-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00521 (DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A) , PF02518 (Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase) , PF00204 (DNA gyrase B) contains similarity to Interpro domains IPR002205 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A or C-terminal), IPR013506 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, region 2), IPR001241 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal), IPR011558 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, conserved region), IPR013758 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A or C-terminal, alpha-beta), IPR013757 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A, alpha-helical), IPR003594 (ATP-binding region, ATPase-like), IPR013759 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal, alpha-beta), IPR003957 (Transcription factor, CBFA/NFYB, DNA topoisomerase), IPR001154 (DNA topoisomerase II, eukaryotic-type), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR013760 (DNA topoisomerase, type IIA, central)
5C28H8.4C28H8.4n/achrIII 5,907,687contains similarity to Pfam domain PF00810 ER lumen protein retaining receptor contains similarity to Interpro domain IPR000133 (ER lumen protein retaining receptor)
6nhr-130T01G6.8n/achrV 482,090C. elegans NHR-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
7lin-36F44B9.6n/achrIII 8,018,689C. elegans LIN-36 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006612 (Zinc finger, C2CH-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
8C56C10.4C56C10.4n/achrII 6,583,720contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
9cul-1D2045.6n/achrIII 10,473,304cul-1 encodes a cullin, orthologous to Cdc53/Cul1 in S. cerevisiae and CUL-1 in humans (OMIM:603134), that is required both maternally and zygotically for developmentally programmed transitions from the G1 phase of the cell cycle to the GO phase or the apoptotic pathway, and that is probably also required for normally slow G1-to-S phase progression; CUL-1 physically interacts with eight Skp1-related proteins (SKR-1, -2, -3, -4, -7, -8, -9, and -10).
10W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
11dos-2K10G6.2n/achrII 3,977,041C. elegans DOS-2 protein ;
12R10E4.9R10E4.9n/achrIII 4,302,001contains similarity to Pfam domain PF04387 Protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLA contains similarity to Interpro domain IPR007482 (Protein-tyrosine phosphatase-like, PTPLA)
13F17C11.1F17C11.1n/achrV 10,942,089contains similarity to Methanosarcina mazei Conserved protein.; TR:Q8PT55
14R74.2R74.2n/achrIII 4,188,552contains similarity to Interpro domains IPR008376 (Synembryn), IPR002952 (Eggshell protein)
15C24B5.4C24B5.4n/achrV 9,196,537contains similarity to Pfam domain PF08925 Domain of Unknown Function (DUF1907) contains similarity to Interpro domain IPR015021 (Region of unknown function DUF1907)
16ubxn-1F23C8.4n/achrI 2,434,821C. elegans UBXN-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00789 (UBX domain) , PF00627 (UBA/TS-N domain) contains similarity to Interpro domains IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote), IPR001012 (UBX), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
17F22G12.4F22G12.4n/achrI 13,157,287contains similarity to Pfam domains PF01363 (FYVE zinc finger) , PF00023 (Ankyrin repeat) (17)contains similarity to Interpro domains IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
18arf-3F57H12.1n/achrIV 7,983,211arf-3 encodes a member of the ADP-ribosylation factor related protein family; likely expressed in touch receptors and regulated by MEC-3.
19gna-1B0024.12n/achrV 10,319,821gna-1 encodes one of two C. elegans glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferases (GNAs); by homology, GNA-1 is predicted to be required for the formation of UDP-N-acetylglucosamine, a substrate in chitin synthesis, Golgi and cytoplasmic glycosylation, and GPI anchoring; gna-1, like chs-2, is expressed pharyngeally rather than in germline, and (unlike its paralog gna-2) does not have an osmotically-sensitive embryonic lethal RNAi phenotype; as loss of gna-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GNA-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
20F59F4.3F59F4.3n/achrX 15,844,928contains similarity to Interpro domain IPR002038 (Osteopontin)
21lgc-22F15E6.2n/achrIV 4,302,863C. elegans LGC-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
22clic-1T05B11.3n/achrV 7,734,247C. elegans CLIC-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000996 (Clathrin light chain)
23rab-11.1F53G12.1n/achrI 109,369rab-11.1 encodes a small GTPase homologous to the Rab GTPases that function in endocytosis, membrane fusion, and vesicular trafficking events; RAB-11.1 activity is required for completion of the final stages of cytokinesis during early embryogenesis and for efficient uptake of yolk proteins during oocyte development; RAB-11.1 is also required for normal peripheral localization of nuclei in the synctial germ cell in the ovary.
24F49C12.9F49C12.9n/achrIV 9,315,482contains similarity to Pfam domain PF00627 UBA/TS-N domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
25F10D11.6F10D11.6n/achrI 8,448,214contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
26K01G5.3K01G5.3n/achrIII 10,751,062contains similarity to Mus musculus Ladinin 1 (Lad-1) (Linear IgA disease autoantigen).; SW:LAD1_MOUSE
27F57B10.1F57B10.1n/achrI 6,582,350contains similarity to Pfam domains PF07716 (Basic region leucine zipper) , PF00170 (bZIP transcription factor) contains similarity to Interpro domains IPR002112 (Transcription factor Jun), IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor), IPR002227 (Tyrosinase), IPR008917 (Eukaryotic transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding), IPR011616 (bZIP transcription factor, bZIP-1)
28T19B10.5T19B10.5n/achrV 11,235,863T19B10.5 encodes a protein with partial similarity to human PERIAXIN (PRX; OMIM:605725), which when mutated leads to Dejerine-Sottas neuropathy.
29ver-3F59F3.14e-67chrX 10,995,095C. elegans VER-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (4), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site), IPR013151 (Immunoglobulin)
30F39E9.7F39E9.7n/achrII 3,306,570contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
31T19B10.3T19B10.3n/achrV 11,224,368The T19B10.3 gene encodes an ortholog of the human gene GALACTOSIDASE, BETA 1 (GLB1), which when mutated leads to gangliosidosis type I (OMIM:230500).
32C44C1.2C44C1.2n/achrX 959,222contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
33F46C8.8F46C8.8n/achrX 7,552,792
34C36B7.6C36B7.6n/achrX 7,098,999contains similarity to Pfam domain PF05602 Cleft lip and palate transmembrane protein 1 (CLPTM1) contains similarity to Interpro domain IPR008429 (Cleft lip and palate transmembrane 1)
35T09B4.4T09B4.4n/achrI 6,168,285contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
36mel-28C38D4.3n/achrIII 4,789,199mel-28 encodes a large (1,784-residue) protein required for nuclear envelope assembly; MEL-28 is highly divergent from, but orthologous to human AT-hook-containing transcription factor 1 (AHCTF1); MEL-28 is found in nuclear pore complexes (NPCs) during interphase, kinetochores early in mitosis, and chromatin later in mitosis; mel-28 mutants were first identified in a screen for genes involved in cell division in the early embryo; mel-28 mutants or mel-28(RNAi) animals have no (or poorly visible) pronuclei and nuclear morphology generally, along with a weak mitotic spindle, aberrant chromatin segregation, and abnormally distributed nuclear envelope (NE) proteins and NPCs; MEL-28 is needed for normal localization of LMN-1 and EMR-1, and appears to be a stable structural component of the NE; maternal MEL-28 is needed for embryonic development.
37T19C3.2T19C3.2n/achrIII 616,074
38C38C6.3C38C6.3n/achrII 14,633,822contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical transmembrane protein.; TR:O74525
39C46H11.7C46H11.7n/achrI 5,042,625contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
40T20D4.4T20D4.4n/achrV 3,416,870contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
41F25H2.4F25H2.4n/achrI 10,552,463contains similarity to Pfam domain PF03665 Uncharacterised protein family (UPF0172) contains similarity to Interpro domain IPR005366 (Protein of unknown function UPF0172)
42ctg-2T13H5.2n/achrII 8,515,897C. elegans CTG-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001071 (Cellular retinaldehyde binding/alpha-tocopherol transport), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
43dep-1F44G4.8n/achrII 9,012,700dep-1 encodes a class III receptor protein tyrosine phosphatase (R-PTP) orthologous to human R-PTPs such as PTPRJ/Dep-1 (mutated in epithelial cancers; OMIM:600925); DEP-1 is required, redundantly with LIP-1 and LET-60, and downstream of LIN-12, to promote secondary over primary vulval fate in the P5.p and P7.p lineages; DEP-1 is expressed in P5.p and P7.p lineages, and dep-1 acts cell-autonomously in these lineages; DEP-1 colocalizes with LET-23 in punctae, and binds LET-23 in vitro; DEP-1, with LIP-1, is also required for normal duct cell and excretory pore development; dep-1 mutations are wild-type in isolation, but have vulval phenotypes with added mutations in lin-15, lip-1, or let-60; DEP-1 laterally inhibits secondary vulval fates in parallel with LIN-12/Notch signalling; in primary (P5.p) vulval cells, LET-60/RAS-activated SUR-2 inhibits dep-1 and lin-12 expression; since RNAi of 125 out of 165 predicted C. elegans protein phosphatase genes fails to enhance lip-1 mutations, the LIP-1/DEP-1 interaction is likely to be highly specific.
44F53C11.3F53C11.3n/achrV 13,783,418contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR000507 (Adrenergic receptor, beta 1), IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
45T19D7.3T19D7.3n/achrX 657,345contains similarity to Pfam domains PF02822 (Antistasin family) (3), PF00093 (von Willebrand factor type C domain) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011061 (Proteinase inhibitor I14/I15, hirudin/antistatin), IPR008037 (Proteinase inhibitor I19, pacifastin), IPR006552 (VWC out), IPR004094 (Proteinase inhibitor I15, antistasin), IPR001007 (von Willebrand factor, type C)
46T17H7.7T17H7.7n/achrIII 756,721
47M05B5.2M05B5.2n/achrI 7,173,298contains similarity to Mus musculus Hypothetical protein.; TR:Q8BQG5
48his-61F55G1.10n/achrIV 7,485,966his-61 encodes an H2A histone.
49C01B10.10C01B10.10n/achrIV 6,626,165contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002410 (Peptidase S33, prolyl aminopeptidase), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
50dao-3K07E3.3n/achrX 8,085,329dao-3 encodes a protein containing tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase catalytic and NAD(P)-binding domains; by similarity to mammalian enzymes, DAO-3 is predicted to function in one-carbon unit metabolism and thus, in amino acid and nucleotide biosynthesis; dao-3 expression appears to be regulated by daf-2-mediated insulin signaling: microarray experiments suggest that it is upregulated in daf-2 mutant adults, while differential display and Northern analyses suggest that it is down-regulated; a dao-3 promoter gfp fusion is expressed in larvae in the hypodermis and in the nervous system, including tail neurons and phasmids.