UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ubc-12R09B3.41.9999999999999998e-87chrI 11,911,676The ubc-12 gene encodes a ubiquitin-conjugating enzyme whose substrate is NED-8, and which is required for both embryogenesis and terminal hypodermal differentiation; ubc-12(RNAi) mutants either arrest during embryonic development or show pleotropic defects (e.g., vulval eversion during the L4 stage), as well as defective alae.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3C15B12.6C15B12.6n/achrX 6,498,835
4Y17G7B.3Y17G7B.3n/achrII 11,990,838Y17G7B.3 is orthologous to the human gene HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE (HAGH; OMIM:138760), which when mutated leads to disease.
5srj-9T20C4.1n/achrV 3,432,956C. elegans SRJ-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6W10G6.1W10G6.1n/achrX 16,245,293contains similarity to Babesia bovis Merozoite surface antigen-2a2.; TR:Q95UH0
7R11.3R11.3n/achrX 16,198,339contains similarity to Haemophilus influenzae Hypothetical protein HI0386.; SW:YBGC_HAEIN
8nhr-256ZK697.2n/achrV 1,745,848C. elegans NHR-256 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
9srv-17C06E7.7n/achrIV 5,868,915C. elegans SRV-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10C27B7.2C27B7.2n/achrIV 8,893,280contains similarity to Arabidopsis thaliana F3O9.12 protein (At1g16320/F3O9_12).; TR:Q9SA31
11F08C6.5F08C6.5n/achrX 7,560,915contains similarity to Interpro domain IPR003016 (2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site)
12M02G9.3M02G9.3n/achrII 10,319,023contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
13tag-179T24D1.4n/achrI 9,961,143C. elegans TAG-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF04922 DIE2/ALG10 family contains similarity to Interpro domains IPR016900 (Alpha-1, 2 glucosyltransferase Alg10), IPR007006 (DIE2/ALG10)
14F42A6.1F42A6.1n/achrIV 3,356,300
15srz-90C18D4.9n/achrV 17,528,936C. elegans SRZ-90 protein
16Y49G5B.1Y49G5B.1n/achrV 5,228,330contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
17srsx-8F52F10.5n/achrV 1,552,074C. elegans SRSX-8 protein ;
18srt-63T28A11.15n/achrV 3,255,375C. elegans SRT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
19btb-5W05G11.5n/achrIII 60,257C. elegans BTB-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
20M02F4.1M02F4.1n/achrX 3,028,999contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Splicing factor, arginine/serine-rich 12; ENSEMBL:ENSP00000284041
21ceeh-1K02F3.6n/achrIII 830,425ceeh-1 encodes a soluble epoxide hydrolase (sEH) orthologous to human ABHD7 and ABHD9; recombinant CEEH-1 is biochemically active in vitro on epoxyeicosatrienoic acids and leukotoxins (EpOMEs); conversely, CEEH-1 is inhibited by urea-based antagonists of mammalian sEH that elevate EpOME levels when fed to C. elegans; perhaps because of genetic redundancy with its paralog CEEH-2, CEEH-1 has no obvious function in mass RNAi assays.
22fbxa-95F28F8.4n/achrV 15,572,053This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
23C17B7.7C17B7.7n/achrV 3,326,895contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
24C29F9.8C29F9.8n/achrIII 96,559
25clec-122Y25C1A.3n/achrII 3,107,043C. elegans CLEC-122 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR003983 (Leukotriene B4 type 1 receptor), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
26srh-118K03D7.6n/achrV 17,495,205C. elegans SRH-118 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27rrf-3F10B5.7n/achrII 8,165,532rrf-3 encodes an RNA-directed RNA polymerase (RdRP) homolog that inhibits somatic RNAi, and thus promotes activity of repeated genes (e.g., multicopy transgenic arrays); the effect of RRF-3 on RNAi is opposite to that of RRF-1 (which stimulates somatic RNAi), which might arise from competition by RRF-3 with RRF-1 or EGO-1 in RNAi formation; rrf-3(allele) or rrf-3(allele2) mutants are hypersensitive to somatic RNAi, and conversely suppress the activity of an integrated rol6 (su1006) transgene.
28K05G3.2K05G3.2n/achrX 16,497,319
29F25B4.7F25B4.7n/achrV 5,686,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
30scl-18T12A7.3n/achrIV 11,754,015C. elegans SCL-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site)
31srbc-58R09E12.2n/achrV 776,135C. elegans SRBC-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
32C04G6.4C04G6.4n/achrII 5,082,452contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
33Y43F8B.13Y43F8B.13n/achrV 19,459,852contains similarity to Puumala virus Nucleocapsid protein (Fragment).; TR:Q8B3A4
34frk-1T04B2.2n/achrIV 10,044,780frk-1 encodes a non-receptor tyrosine kinase orthologous to the human proto-oncogene Fer; frk-1 is an essential gene required early for embryonic cell proliferation and later in embryonic epidermal cells for enclosure, morphogenesis and late stages of differentiation; FRK-1's role in embryonic development is independent of its kinase domain, and when expressed in cultured mammalian cells, FRK-1 disrupts cell adhesion; FRK-1 is initially expressed in all cells of the early embryo where it localizes to nuclei and points of cell-cell contact; later expression is seen in epithelial cells, body wall muscle, and the adult germline, including mature sperm; FRK-1 expression in epidermal cells requires activity of the ELT-1 GATA transcription factor, and FRK-1 localization to the plasma membrane requires PAT-3/Beta-integrin, JAC-1/p120 catenin, and HMP-2/Beta-catenin with which FRK-1 interacts in vitro.
35F52E10.3F52E10.3n/achrX 16,283,853contains similarity to Salmonella typhimurium Secretion system apparatus protein ssaM.; SW:SSAM_SALTY
36B0412.3B0412.3n/achrIII 802,243contains similarity to Pfam domain PF07919 Protein of unknown function (DUF1683) contains similarity to Interpro domain IPR012880 (Protein of unknown function DUF1683, C-terminal)
37his-68T23D8.6n/achrI 9,989,347his-68 encodes an H2A histone.
38F34D6.2F34D6.2n/achrII 2,683,818contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR000047 (Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
39C23H5.1C23H5.1n/achrIV 2,132,010contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
40ZK697.8ZK697.8n/achrV 1,748,793contains similarity to Pfam domain PF00576 HIUase/Transthyretin family contains similarity to Interpro domain IPR000895 (Transthyretin)
41Y116A8C.22Y116A8C.22n/achrIV 17,047,371contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000116 (High mobility group proteins HMG-I and HMG-Y), IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
42K04G11.1K04G11.1n/achrX 14,335,998contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
43F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
44T26C5.4T26C5.4n/achrII 9,249,704contains similarity to Encephalitozoon cuniculi SER/THR protein phosphatase 2-A (EC 3.1.3.16) (Serine/threoninesprotein phosphatase).; TR:Q8SS50
45C40A11.8C40A11.8n/achrII 2,150,922
46srh-131Y102A5C.31n/achrV 17,006,090C. elegans SRH-131 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47nas-8C34D4.9n/achrIV 7,117,415nas-8 encodes an astacin-like metalloprotease.
48F43B10.1F43B10.1n/achrX 16,662,035
49M01E5.2M01E5.2n/achrI 13,278,606contains similarity to Pfam domains PF01018 (GTP1/OBG) , PF01926 (GTPase of unknown function) contains similarity to Interpro domains IPR014100 (GTP-binding protein Obg/CgtA), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR006169 (GTP1/OBG subdomain), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG)
50srz-74K03D3.1n/achrIV 16,330,219C. elegans SRZ-74 protein ;