UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R07E5.3R07E5.30chrIII 4,405,506The R07E5.3 gene encodes a homolog of SNF5/Ini1, a component of the SWI/SNF complex that is conserved from yeast to mammals and that is involved in chromatin remodeling; R07E5.3 may be involved in asymmetric cell division of the T cells.
2R09F10.3R09F10.3n/achrX 8,295,584contains similarity to Dictyostelium discoideum Spore coat protein sp96.; SW:P14328
3T19B10.9T19B10.9n/achrV 11,249,483contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
4K08H10.9K08H10.9n/achrV 9,992,294contains similarity to Pfam domain PF04051 Transport protein particle (TRAPP) component, Bet3 contains similarity to Interpro domain IPR007194 (Transport protein particle (TRAPP) component, Bet3)
5pri-2W02D9.1n/achrI 12,530,247pri-2 encodes a homolog of the DNA polymerase alpha-primase subunit C that is required in embryos for the normal timing of embryonic cell divisions (much as DIV-1 is) and for normal mitosis in the germline.
6efn-4F56A11.3n/achrIV 563,657efn-4 encodes a member of the ephrin family of ligands that affects neuroblast migrations during closure of the ventral gastrulation cleft and subsequent epidermal morphogenesis, possibly functioning independently of EFN-1, EFN-2, EFN-3, and the VAB-1 receptor during morphogenesis; can interact with VAB-1 in vitro, and is expressed in neural and epidermal precursors at the 100-cell stage, in head neurons, pharyngeal cells, lateral and tail neurons, and in the ectoderm during epidermal enclosure.
7wrt-9B0344.2n/achrX 1,583,762wrt-9 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of proline-rich, low-complexity sequence; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-9 has no obvious function in RNAi assays.
8hst-2C34F6.4n/achrX 11,205,546hst-2 encodes the C. elegans ortholog of the heparan sulfate modifying enzyme 2O-sulfotransferase; by homology, HST-2 is predicted to function in heparan sulfate biosynthesis by catalyzing the chain-modifying sulfation of the C2 hydroxyl group of hexuronic acid; during development, hst-2 activity is required for normal body size, cell migration, and nervous system development; an hst-2::gfp reporter fusion is first expressed in embryos, continuing on through adulthood; expression is detected in many tissues, including the pharynx, hypodermis, muscles, vulva, and distal tip cells (DTCs) of the somatic gonad.
9mcm-5R10E4.4n/achrIII 4,289,788C. elegans MCM-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00493 MCM2/3/5 family contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR008048 (MCM protein 5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001208 (MCM)
10W08G11.1W08G11.1n/achrV 16,348,431contains similarity to Pfam domains PF00788 (Ras association (RalGDS/AF-6) domain) , PF02204 (Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain) contains similarity to Interpro domains IPR013995 (Vacuolar sorting protein 9, subgroup), IPR003123 (Vacuolar sorting protein 9), IPR000159 (Ras-association)
11C15C8.4C15C8.4n/achrV 12,746,483contains similarity to Pfam domain PF06401 Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR010483 (Alpha-2-macroglobulin RAP, C-terminal), IPR009066 (Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein, domain 1)
12hil-6F59A7.4n/achrV 2,031,066C. elegans HIL-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00538 linker histone H1 and H5 family contains similarity to Interpro domains IPR003993 (Treacher Collins syndrome, treacle), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR005819 (Histone H5), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein), IPR005818 (Histone H1/H5), IPR003216 (Linker histone, N-terminal)
13F55D12.2F55D12.2n/achrI 7,892,099contains similarity to Interpro domains IPR002017 (Spectrin repeat), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal)
14T10B5.3T10B5.3n/achrV 1,866,374contains similarity to Pfam domain PF08162 NUC189 domain contains similarity to Interpro domain IPR012979 (Protein of unknown function NUC189, C-terminal)
15srs-1W03B1.4n/achrIV 4,358,749srs-1 encodes a predicted mitochondrial seryl-tRNA synthetase (SerRS), a class II aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of serine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; in C. elegans, SRS-1 activity is required for normal postembryonic morphology and rates of growth.
16cpf-2F56A8.6n/achrIII 13,267,824C. elegans CPF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
17his-2T10C6.13n/achrV 16,041,899his-2 encodes an H3 histone; his-2 is contained within the histone gene cluster HIS1.
18F19C6.3F19C6.3n/achrX 10,007,249contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) , PF00093 (von Willebrand factor type C domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR008037 (Proteinase inhibitor I19, pacifastin), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001007 (von Willebrand factor, type C)
19nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
20F52D10.2F52D10.2n/achrX 11,590,643contains similarity to Interpro domains IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
21fzy-1ZK177.6n/achrII 5,502,742fzy-1 encodes an ortholog of S. cerevisiae Cdc20p that is required for the metaphase-to-anaphase transition, the deposition of extra meiotic chromosomes to polar bodies, and postembryonic vulval development; on the basis of orthology, FZY-1 is predicted to regulate anaphase-promoting complex (APC); FZY-1 protein is found in early embryonic cells at prometaphase and metaphase of mitosis and meiosis I, being localized to condensed chromosomes in prometaphase, and chromosomes on the metaphase plate during metaphase; FZY-1 binds IFY-1 and MDF-2 in yeast two-hybrid experiments; the missense fzy-1(h1983) mutation suppresses the lethal phenotype of mdf-1; fzy-1(RNAi) animals have vulval defects reflecting those seen in homozygotes for mat-3(ku233), whereas mat-3(ku233) is partly suppressed by RNAi of the fzy-1 paralog fzr-1.
22C30E1.7C30E1.7n/achrX 16,915,205
23F42G8.6F42G8.6n/achrIV 8,131,368contains similarity to Pfam domains PF05237 (MoeZ/MoeB domain) , PF00581 (Rhodanese-like domain) , PF00899 (ThiF family) contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR003016 (2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site), IPR009036 (Molybdenum cofactor biosynthesis), IPR000594 (UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold), IPR007901 (MoeZ/MoeB), IPR016040 (NAD(P)-binding)
24pix-1K11E4.4n/achrX 13,730,745C. elegans PIX-1 protein ;
25fbxb-105F08D12.8n/achrII 2,770,341This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
26dao-3K07E3.3n/achrX 8,085,329dao-3 encodes a protein containing tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase catalytic and NAD(P)-binding domains; by similarity to mammalian enzymes, DAO-3 is predicted to function in one-carbon unit metabolism and thus, in amino acid and nucleotide biosynthesis; dao-3 expression appears to be regulated by daf-2-mediated insulin signaling: microarray experiments suggest that it is upregulated in daf-2 mutant adults, while differential display and Northern analyses suggest that it is down-regulated; a dao-3 promoter gfp fusion is expressed in larvae in the hypodermis and in the nervous system, including tail neurons and phasmids.
27ZC204.2ZC204.2n/achrII 1,664,783contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
28F33D11.10F33D11.10n/achrI 5,867,449contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
29smo-1K12C11.2n/achrI 1,340,894C. elegans SMO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
30ZK265.8ZK265.8n/achrI 8,271,989contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
31K09E9.3K09E9.3n/achrX 15,612,740contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
32ugt-41F10D2.11n/achrV 7,162,312C. elegans UGT-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
33R03E9.2R03E9.2n/achrX 6,731,598contains similarity to Interpro domain IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
34ZC250.3ZC250.3n/achrV 5,796,478contains similarity to Pfam domain PF04142 Nucleotide-sugar transporter contains similarity to Interpro domains IPR004689 (UDP-galactose transporter), IPR007271 (Nucleotide-sugar transporter)
35C40H1.6C40H1.6n/achrIII 9,331,786contains similarity to Pfam domain PF08694 Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 contains similarity to Interpro domains IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR014806 (Protein of unknown function DUF1782)
36B0310.6B0310.6n/achrX 530,795
37C47G2.4C47G2.4n/achrII 11,292,129contains similarity to Pfam domain PF04791 LMBR1-like membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR006876 (LMBR1-like conserved region)
38cdh-3ZK112.7n/achrIII 7,747,815cdh-3 encodes a member of the cadherin superfamily that affects morphogenesis of tail epithelia and excretory function; expressed predominantly in developing epithelial cells, and also expressed in the AC, excretory cell, various neurons, and vulval cells during different stages of development.
39sdz-30T04D3.2n/achrI 13,307,433C. elegans SDZ-30 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
40T09B9.5T09B9.5n/achrX 9,778,986contains similarity to Streptococcus pneumoniae Hypothetical protein.; TR:P96479
41K04F10.7K04F10.7n/achrI 6,367,224contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein FAM76B; ENSEMBL:ENSP00000351631
42prx-14R07H5.1n/achrIV 11,183,588C. elegans PRX-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF04695 Peroxisomal membrane anchor protein (Pex14p) conserved region contains similarity to Interpro domain IPR006785 (Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal)
43B0285.4B0285.4n/achrIII 4,344,312contains similarity to Pfam domain PF04072 Leucine carboxyl methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016651 (Leucine carboxyl methyltransferase, LCTM1 1), IPR007213 (Leucine carboxyl methyltransferase)
44F09E5.11F09E5.11n/achrII 5,357,780F09E5.11 encodes a divergent ortholog of S. cerevisiae VPH2/VMA12; like VPH2, F09E5.11 may be required for vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase) assembly in the endoplasmic reticulum.
45str-99F10A3.6n/achrV 16,157,886C. elegans STR-99 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46ZK1128.1ZK1128.1n/achrIII 10,113,863contains similarity to Pfam domain PF02636 Uncharacterized ACR, COG1565 contains similarity to Interpro domain IPR003788 (Protein of unknown function DUF185)
47ZK1127.4ZK1127.4n/achrII 7,054,517contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG9286-PA;; FLYBASE:CG9286
48R09F10.5R09F10.5n/achrX 8,307,016
49tag-246ZK1128.5n/achrIII 10,121,745ZK1128.5/tag-246 encodes an ortholog of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D (SMARCD) proteins; ZK1128.5/TAG-246 is required for full levels of LIN-3/EGF signalling during vulval development, though this effect is only visible in genetically sensitized backgrounds.
50ZC449.1ZC449.1n/achrX 5,026,248contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site)