UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R07C3.6R07C3.60chrII 924,524
2hot-6C13G3.2n/achrV 11,021,972C. elegans HOT-6 protein ;
3ceh-36C37E2.4n/achrX 14,184,445ceh-36 encodes a paired-like homeodomain transcription factor that is one of three orthodenticle (OTD)-like homeodomain proteins in C. elegans (the others being ttx-1 and ceh-37); CEH-36 is required broadly for specification of the AWC olfactory neuron and also for establishing the left-right asymmetry of the ASEL and ASER gustatory neurons; in addition, CEH-36 is sufficient to specify the AFD thermosensory neuron fate in some cell types; CEH-36 is expressed in the AWC and ASE chemosensory neurons.
4M03B6.4M03B6.4n/achrX 13,859,911contains similarity to Halobacterium sp Vng0659h.; TR:Q9HRK3
5Y116A8B.1Y116A8B.1n/achrIV 17,216,790contains similarity to Oryza sativa P0660F12.13 protein (P0614D08.10 protein).; TR:Q94CR6
6fbxb-25F58E1.2n/achrII 1,684,456This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
7F55C9.3F55C9.3n/achrV 19,287,274contains similarity to Pfam domain PF02170 PAZ domain contains similarity to Interpro domain IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ)
8T20D4.19T20D4.19n/achrV 3,431,055contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domain IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
9F31D4.5F31D4.5n/achrV 20,851,509contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR010997 (HRDC-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type)
10F23D12.5F23D12.5n/achrX 14,450,814F23D12.5 encodes a putative histone H3 di/trimethyllysine-27 (H3K27me2/me3) demethylase; F23D12.5 contains a C-terminal JmjC domain, and is homologous to human JMJD3, UTX (OMIM:300128), and UTY (OMIM:400009); F23D12.5 is expected to antagonize transcriptional repression by polycomb repressor complexes, which mark stem cells (and presumably germline) by H3K27me3-mediated repression of somatic genes; however, F23D12.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
11T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
12F34D10.3F34D10.3n/achrIII 3,734,527contains similarity to Interpro domain IPR004061 (Sphingosine 1-phosphate receptor)
13T02G5.2T02G5.2n/achrII 7,095,853contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR001023 (Heat shock protein Hsp70)
14set-12K09F5.5n/achrX 7,734,685set-12 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase with no non-nematode orthologs; neither set-12(n4442) nor set-12(RNAi) have any obvious phenotypes.
15Y57A10C.8Y57A10C.8n/achrII 12,428,881contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR002355 (Multicopper oxidase, copper-binding site)
16mdt-31F32H2.2n/achrI 8,966,630C. elegans MDT-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF05669 SOH1 contains similarity to Interpro domain IPR008831 (SOH1)
17taf-7.1F54F7.1n/achrX 11,836,759The taf-7.1 gene encodes an ortholog of mammalian TATA-binding protein associated factor TAF7L (TAFIIQ, OMIM:300314) that in mice exhibits testis-specific expression; TAF-7 function in C. elegans is not yet known, as taf-7 inactivation by RNA interference does not result in any obvious developmental defects.
18cyp-34A4T09H2.1n/achrV 3,950,999C. elegans CYP-34A4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
19Y73C8C.8Y73C8C.8n/achrV 3,112,017contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
20hlh-25C17C3.7n/achrII 5,535,400C. elegans HLH-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
21cut-6M142.2n/achrIII 10,913,915C. elegans CUT-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF00100 (Zona pellucida-like domain) , PF00092 (von Willebrand factor type A domain) contains similarity to Interpro domains IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
22srb-7F37C12.17n/achrIII 7,178,120C. elegans SRB-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
23F36H5.4F36H5.4n/achrII 1,762,375
24ZK899.6ZK899.6n/achrX 9,463,973contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delta-like subunit of the yeast AP-3 complex which functions in transport of alkaline phosphatase to the vacuole via the alternate pathway, suppressor of loss of casein kinase 1 function; SGD:YPL195W
25hch-1F40E10.1n/achrX 14,698,114hch-1 encodes a member of the zinc-dependent metalloprotease family that contains an epidermal growth factor-like domain, a CUB domain, and a TSP1 domain and affects hatching and QL neuroblast migration.
26C40A11.4C40A11.4n/achrII 2,138,139contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
27Y75B8A.18Y75B8A.18n/achrIII 12,226,253contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q03001 Bullous pemphigoid antigen 1 isoforms 1/2/3/4/5/8; ENSEMBL:ENSP00000281662
28srz-79C09G12.2n/achrIV 3,494,391C. elegans SRZ-79 protein ;
29F13H10.1F13H10.1n/achrIV 11,004,784contains similarity to Oryza sativa Putative pM5 collagenase.; TR:Q93W04
30T01G6.10T01G6.10n/achrV 502,683contains similarity to Pfam domains PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF00106 (short chain dehydrogenase) contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
31ced-8F08F1.5n/achrX 8,415,405The ced-8 gene encodes a homolog of the human putative membrane transporter XK; ced-8 is required for apoptosis to occur with normal speed during embryonic development.
32C06G3.6C06G3.6n/achrIV 7,018,898contains similarity to Pfam domain PF00569 Zinc finger, ZZ type contains similarity to Interpro domains IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR000433 (Zinc finger, ZZ-type)
33nhr-44T19A5.4n/achrV 8,962,974C. elegans NHR-44 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
34R05H5.5R05H5.5n/achrII 10,200,234contains similarity to Pfam domain PF04161 Arv1-like family contains similarity to Interpro domains IPR007290 (Arv1-like protein), IPR015964 (Cytochrome C oxidase subunit II-like, transmembrane region)
35R09D1.5R09D1.5n/achrII 9,448,892contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
36D1086.1D1086.1n/achrV 14,099,606contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
37fbxb-53F36H5.5n/achrII 1,759,512This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
38C03C10.5C03C10.5n/achrIII 4,090,398contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IEF0
39K02E10.6K02E10.6n/achrX 2,481,834contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
40F35G2.3F35G2.3n/achrIV 12,210,192contains similarity to Interpro domain IPR004226 (Tubulin binding cofactor A)
41R10D12.15R10D12.15n/achrV 13,968,837contains similarity to Pfam domain PF00182 Chitinase class I contains similarity to Interpro domain IPR000726 (Glycoside hydrolase, family 19, catalytic)
42Y102A5C.27Y102A5C.27n/achrV 16,988,446contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43ZK896.9ZK896.9n/achrIV 12,857,434ZK896.9 encodes a putative transporter of UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) and UDP-N-acetylgalactosamine (UDP-GalNAc), orthologous to human SLC35A3 (OMIM:605632) and paralogous to C03H5.2 and SRF-3; ZK896.9 has no obvious function in RNAi assays, but this could reflect genetic redundancy with its paralogs.
44col-121F56D5.1n/achrIV 9,395,553col-121 encodes a cuticle collagen required for resistance to the endocrine disrupting chemical bisphenol A (BPA); col-121(nx3) and col-121(RNAi) animals are hypersensitive to BPA, but are otherwise wild-type (e.g., they have normal body shape); BPA hypersensitivity has also been observed for dpy-2(e8), dpy-7(e88) and dpy-10(e128) mutants.
45vet-6F44F1.7n/achrI 13,271,377vet-6 encodes a protein that contains a spectrin repeat; vet-6 is preferentially transcribed in embryos prior to gastrulation.
46lev-8C35C5.5n/achrX 11,562,231lev-8 encodes a novel nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) alpha subunit that is a member of the ACR-8 group of nAChR subunits; LEV-8 activity is required for normal rates of pharyngeal pumping and for fully wild-type responses (increased egg laying and body wall muscle contraction) to the nAChR agonist and antihelmintic levamisole; expression of a LEV-8::GFP reporter construct begins at the L1 larval stage and is detected in neurons, body wall and uterine muscle cells, and socket cells of the IL and OL mechanosensory neurons; expression in body wall muscles is strongest in the anterior, consistent with increased levamisole resistance of head, or anterior, muscles seen in lev-8 mutant animals.
47fbxb-115T26H2.2n/achrV 19,239,099This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
48C11G6.3C11G6.3n/achrX 16,343,288contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000956 (Stathmin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR003026 (Transcription factor Otx1, C-terminal), IPR000533 (Tropomyosin), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
49ZC477.7ZC477.7n/achrIV 7,110,897
50C04E6.3C04E6.3n/achrV 5,920,241