UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R06F6.7R06F6.73.0000000000000003e-31chrII 10,811,543contains similarity to Saccharomyces cerevisiae FLO5- and FLO8-determined flocculation are considerably less sensitive to mannose than FLO1-determined flocculation.; SGD:YHR211W
2C15C7.4C15C7.4n/achrX 3,146,822
3ttr-28R90.3n/achrV 12,904,670C. elegans TTR-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
4C54C6.5C54C6.5n/achrIII 3,549,652contains similarity to Mycoplasma pulmonis Hypothetical protein MYPU_4440.; TR:Q98QC2
5F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
6B0294.1B0294.1n/achrX 1,897,093
7C47D2.1C47D2.1n/achrX 8,215,243
8F41G3.10F41G3.10n/achrII 6,749,016contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
9abf-5T22H6.5n/achrX 12,793,039The abf-5 gene encodes a homolog of the antibacterial factor ASABF from Ascaris suum.
10F20B6.6F20B6.6n/achrX 4,201,908contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
11zig-4C09C7.1n/achrX 7,925,923zig-4 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; ZIG-4 activity is required for maintenance of ventral nerve cord organization: the AVKL/R and PVQL/R axons of the left and right ventral nerve cords do not maintain their proper spatial positions and drift into the opposite cord; a zig-4::gfp reporter fusion is expressed in the PVT, ASK, BAG, and M2 neurons, with expression also seen during the L1 stage in pharyngeal mesoderm and ectoderm.
12sol-1C15A11.3n/achrI 7,392,485C. elegans SOL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
13cyp-14A5F08F3.7n/achrV 5,422,142cyp-14A5 encodes a member of the cytochrome P450 family.
14sul-2D1014.1n/achrV 8,158,775sul-2 is orthologous to the human gene ARYLSULFATASE A (ARSA; OMIM:250100), which when mutated leads to metachromatic leukodystrophy.
15Y39A3A.4Y39A3A.4n/achrIII 2,074,752contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
16C18G1.1C18G1.1n/achrV 4,779,553
17tsp-1C02F5.8n/achrIII 8,238,638C. elegans TSP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel)
18flp-13F33D4.3n/achrIV 7,697,747C. elegans FLP-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01581 FMRFamide related peptide family
19C55A6.6C55A6.6n/achrV 11,514,222contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
20F10F2.4F10F2.4n/achrIII 4,624,572contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
21F22E5.6F22E5.6n/achrII 2,650,293contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
22glb-27W01C9.5n/achrII 8,548,030glb-27 encodes a globin whose expression is probably induced by anoxia in a HIF-1-dependent manner; glb-27 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-27 has no obvious function in mass RNAi assays.
23Y43F8C.5Y43F8C.5n/achrV 19,631,978contains similarity to Dictyostelium discoideum Myb-like protein (Fragment).; SW:MYBH_DICDI
24ttr-10F19F10.4n/achrV 7,553,390C. elegans TTR-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
25F58E6.1F58E6.1n/achrV 9,742,698n/a
26snt-4T23H2.2n/achrI 6,438,658C. elegans SNT-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001565 (Synaptotagmin), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
27T16G1.7T16G1.7n/achrV 12,933,975T16G1.7 is orthologous to the human gene ALIAS DLC1~CANDIDATE TUMOR SUPPRESSOR GENE (DLEC1; OMIM:604050), which when mutated leads to disease.
28pqn-48K07D4.8n/achrII 4,040,965The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
29C02B8.3C02B8.3n/achrX 8,139,820
30nhr-6C48D5.1n/achrIII 3,576,162nhr-6 encodes a nuclear receptor of the NR4A4 subfamily that is orthologous to the mammalian NGFI-B receptors and the Drosophila HR38 nuclear receptor (DHR38) that has been implicated in molting and metamorphosis; by homology, NHR-6 likely functions as a transcription factor that, based upon RNAi experiments, is required for normal ovulation and/or spermathecal development or function; an nhr-6 reporter fusion is expressed primarily in the anterior and posterior spermatheca during L3 and L4 larval stages, with some weak and variable expression also observed in two chemosensory neurons; nhr-6 mRNA is expressed in an oscillating manner throughout larval development, in a pattern that is slightly irregular with respect to the timing of larval molts and that exhibits consistently lower expression at the times when these molts actually occur.
31F43G9.5F43G9.5n/achrI 8,615,863F43G9.5 encodes a NUDIX hydrolase that that inhibits DHC-1 in vivo, and is a (perhaps evolutionarily conserved) target of transcriptional activation by DAF-16; F43G9.5(RNAi) suppresses the lethality of conditional dhc-1 mutations, as well as the spindle length and cytokinesis defects of dhc-1(or195), indicating that F43G9.5 negatively regulates dynein; while loss of F43G9.5 function has no obvious effect on lifespan, dauer formation, or fat storage, F43G9.5 is required for embryonic development, fertility, and general health in mass RNAi assays.
32lim-4ZC64.4n/achrX 3,871,505lim-4 encodes a LIM homeodomain protein homologous to murine Lhx6 and L3/Lhx7, and to Drosophila ARROWHEAD; LIM-4 is required for differentiation of AWB chemosensory neurons, for several but not all aspects of RID motor neuron differentiation, expression of ser-2, repulsion from chemosensory repellants, SAA neurite outgrowth, and normal locomotion and head foraging; lim-4 is expressed in AWB, RID, RIV, RMDL, RMDR, RMEV, four SAA neurons, and four SIA neurons.
33F20B6.4F20B6.4n/achrX 4,194,407
34F09C3.2F09C3.2n/achrI 14,273,068contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR005833 (Haloacid dehydrogenase/epoxide hydrolase), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
35R13A1.5R13A1.5n/achrIV 7,191,489
36sre-26Y57A10C.4n/achrII 12,419,774C. elegans SRE-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
37F22B7.3F22B7.3n/achrIII 8,649,167
38C15B12.4C15B12.4n/achrX 6,472,014contains similarity to Interpro domain IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal)
39F52E1.8F52E1.8n/achrV 8,393,368contains similarity to Pfam domains PF00300 (Phosphoglycerate mutase family) , PF00328 (Histidine acid phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR000560 (Histidine acid phosphatase), IPR013078 (Phosphoglycerate mutase)
40nhr-120C25B8.6n/achrX 6,638,552C. elegans NHR-120 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
41VM106R.1VM106R.1n/achrII 10,828,708contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
42F26A1.8F26A1.8n/achrIII 4,821,475contains similarity to Interpro domain IPR000010 (Proteinase inhibitor I25, cystatin)
43nhr-7F54D1.4n/achrIV 11,267,544C. elegans NHR-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
44T02D1.6T02D1.6n/achrIV 17,410,914contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002232 (5-Hydroxytryptamine 6 receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45nhr-30C25E10.1n/achrV 9,046,045C. elegans NHR-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
46zig-5Y48A6A.1n/achrIII 10,952,247zig-5 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-5::gfp reporter fusion is expressed in a number of neurons, including PVT, VD1-13, RID, AFD, ASK, RIV, RIB, PVQ, DVA, and RIS; zig-5::gfp is detected in the PVT neuron beginning at the three-fold stage of embryogenesis and continuing throughout larval development; loss of zig-5 activity in large-scale RNAi screens has been reported to result in low levels of embryonic lethality.
47F58B4.3F58B4.3n/achrV 10,930,269contains similarity to Homo sapiens similar to bA88M19.1 (EGF-like-domain multiple 5 protein); ENSEMBL:ENSP00000223618
48F21F3.1F21F3.1n/achrI 4,909,304contains similarity to Pfam domain PF01436 NHL repeat contains similarity to Interpro domains IPR000720 (Peptidyl-glycine alpha-amidating monooxygenase), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013017 (NHL repeat, subgroup), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR001258 (NHL repeat)
49numr-2F08F8.1n/achrIII 7,365,432C. elegans NUMR-2 protein ;
50T24C4.4T24C4.4n/achrIII 873,063contains similarity to Pfam domain PF06653 Protein of unknown function (DUF1164) contains similarity to Interpro domains IPR008368 (Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit), IPR009545 (Protein of unknown function DUF1164), IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide)